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Determining antimicrobial resistance profiles and identifying novel mutations of Neisseria gonorrhoeae genomes obtained by multiplexed MinION sequencing

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Science China(Life Sciences) 2020年第7期63卷 1063-1070页

作者： Chi Zhang Feng Wang cansheng zhu Leshan Xiu Yamei Li Li Li Bo Liu Yizhun Li Yaling Zeng Boyang Guo Junping Peng NHC Key Laboratory'of Systems Biology of Pathogens Institute of Pathogen BiologyChinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical CollegeBeijing 100176China Shenzhen Center for Chronic Disease Control Shenzhen 518020China Department of STD Laboratory Shaanxi Provincial Institute for Skin Disease and STD ControlXi'an 710003China

Gonorrhea is one of the most common sexually transmitted diseases worldwide. To cure infection and prevent transmission,timely and appropriate antimicrobial therapy is necessary. Unfortunately, Neisseria gonorrhoeae, the etiological agent of gonorrhea, has acquired nearly all known mechanisms of antimicrobial resistance(AMR), thereby compromising the efficacy of antimicrobial therapy. Treatment failure resulting from AMR has become a global public health concern. Whole-genome sequencing is an effective method to determine the AMR characteristics of N. gonorrhoeae. Compared with next-generation sequencing, the MinION sequencer(Oxford Nanopore Technologies(ONT)) has the advantages of long read length and portability. Based on a pilot study using MinION to sequence the genome of N. gonorrhoeae, we optimized the workflow of sequencing and data analysis in the current study. Here we sequenced nine isolates within one flow cell using a multiplexed sequencing strategy. After hybrid assembly with Illumina reads, nine integral circular chromosomes were obtained. By using the online tool Pathogenwatch and a BLAST-based workflow, we acquired complete AMR profiles related to seven classes of antibiotics. We also evaluated the performance of ONT-only assemblies. Most AMR determinants identified by ONT-only assemblies were the same as those identified by hybrid assemblies. Moreover, one of the nine assemblies indicated a potentially novel antimicrobial-related mutation located in mtrR which results in a frame-shift, premature stop codon, and truncated *** addition, this is the first study using the MinION sequencer to obtain complete genome sequences of N. gonorrhoeae strains which are epidemic in China. This study shows that complete genome sequences and antimicrobial characteristics of *** can be obtained using the MinION sequencer in a simple and cost-effective manner, with hardly any knowledge of bioinformatics required. More importantly, this strategy provid

关键词： nanopore sequencing MinION sequencer Neisseria gonorrhoeae whole-genome sequencing antimicrobial resistance

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EpCAM(EpEx/Ep-ICD) expression and clinical correlation:potential diagnostic biomarker of pancreatic cancer

EpCAM(EpEx/Ep-ICD) expression and clinical correlation:poten...

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第八届全国免疫学学术大会

作者： Kui Zhang Chaojun Song Yongming Li Xin Xie cansheng zhu Yuanjie Sun Ping zhu Kun Yang Boquan Jin Department of Clinical Immunology State Key Discipline of Cell Biology Xijing Hospital Fourth Military Medical University Department of Immunology Fourth Military Medical University

Background and Purpose:Pancreatic cancer is a serious disease with high cancer-related deaths *** biomaker molecules on tissue was formally accepted as biomaker of pancreatic cancer to diagnose or treat this *** this study, EpCAM expression pattern was detected on pancreatic cancer tissue, and further analyzed it’s relation with clinical data in order to find the role in guiding the diagnosis and EpCAM-target therapy of pancreatic cancer.

关键词： EpCAM EpEx Ep-ICD pancreatic cancer

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《太极(阴、阳)——科学灯塔》初揭

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南京大学学报(自然科学版) 1985年第3期 441-458页

作者：朱灿生

本文立足于天文资针,研完了月亮径向运动的四种特征点:速度V=O的A、B和加速度a=0的C、D,沟通了这四种点与太极-卦学说里四象的对应;在黄道面上相对于地日心连线■找到为天文学所未知、分属四种、每种有方位不同的16类、四种共64类特征... 详细信息

本文立足于天文资针,研完了月亮径向运动的四种特征点:速度V=O的A、B和加速度a=0的C、D,沟通了这四种点与太极-卦学说里四象的对应;在黄道面上相对于地日心连线■找到为天文学所未知、分属四种、每种有方位不同的16类、四种共64类特征点的空间分布及其周期运动规律;它们是64卦的一个天文背景。

关键词：特征点黄道面极值点投影位置南京大学学报点对应逆问题黄白交角编码形式广义相对论

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陕西省2014年梅毒血清学检测室间质评效果评价

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中国麻风皮肤病杂志 2016年第5期32卷 290-291页

作者：王耀斐朱参胜陕西省地方病防治研究所西安710003

目的:明确2014年陕西省梅毒血清学检测室间质量评价的效果。方法:梅毒盲样统一采购,分发至341个医疗单位实验室,由各实验室按照梅毒血清学检测规范操作,结果反馈,统一判定。结果:上报质评结果的医疗单位332个,上报率为97.4%。其中梅毒... 详细信息

目的:明确2014年陕西省梅毒血清学检测室间质量评价的效果。方法:梅毒盲样统一采购,分发至341个医疗单位实验室,由各实验室按照梅毒血清学检测规范操作,结果反馈,统一判定。结果:上报质评结果的医疗单位332个,上报率为97.4%。其中梅毒螺旋体抗原血清学检测总体合格率为96.99%,非梅毒螺旋体抗原血清学检测总体合格率为69.88%。结论:陕西性病诊疗医院梅毒实验室检测质量仍有待改进。

关键词：梅毒血清学检测室间质评

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2013-2016年性病门诊单纯疱疹病毒血清学检测结果分析

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陕西医学杂志 2018年第3期47卷 398-400页

作者：王耀斐朱参胜贺琪王冠陕西省地方病防治研究所西安710003

目的:分析性病门诊就诊者HSV-1和HSV-2的感染情况。方法:用ELISA法分别检测性病门诊就诊者2911例血清中HSV-1、Ⅱ型的IgM和IgG抗体。结果:2911例中,HSV-1、HSV-2,以及HSV-1和HSV-2混合感染率的95%可信区间分别为(65.04%~69.20%)、(0.20%~6.94%)、(14.01%~20.61%),HSV-1感染率高于HSV-2感染率和HSV-1和HSV-2混合感染率;HSV-1和HSV-2各年度检出率无统计学差异;男、女性HSV-1感染率分别为70.73%、55.07%,女性低于男性(χ~2=57.267,P=0.00);而HSV-2男、女性感染率分别为2.20%、5.07%,女性高于男性(χ~2=7.805,P=0.005);男、女性HSV-1和HSV-2混合感染率分别为13.16%、31.20%,女性高于男性(χ~2=117.127 P=0.00)。HSV-1和HSV-2既往/复发病例分别占83.68%和19.72%,HSV-1既往感染者相对较多。HSV-1和HSV-2的新发病例分别占1.38%和4.65%,HSV-2型新发感染者相对较多。结论:HSV在本地区性病门诊就诊者中具有较高感染率,应进一步在性病高危人群中采取干预措施,防止HSV通过性行为在本地蔓延流行。

关键词：性病学单纯疱疹病毒属血清学试验门诊病人

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Comparison of Distinct Antigen-and Distinct Animal-induced Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Model

Comparison of Distinct Antigen-and Distinct Animal-induced E...

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第十一届全国神经病学学术会议

作者： LU Zhengqi zhu cansheng ZHENG Xueping HU Xueqiang~* Department of Neurology,Third Affiliated Hosphal,Sun Yat-sen University,Guangzhou,510630,China *To whom correspondence and reprint request should be addressed at the Department of Neurology,Third Affiliated Hospital,Sun Yat-sen University,Guangzhou,510630

Objective To compare clinical and pathological features of distinct antigen - and distinct animal - induced experimental autoimmune encephalomyelitis model. Methods C57BL/6 mice EAE model was set up by immuni- zing MOG peptide 35 - 55 emulsified in complete Freund’s adjuvant ( CFA), DA rat EAE model by immunizing guinea pig spinal cord homogenate (GPSCH) emulsified in CFA, cynomolgus monkeys EAE mode by immunizing

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88例淋病患者耐药性分析

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中国麻风皮肤病杂志 2019年第7期35卷 406-408,411页

作者：李海英曾成龙王胜春冯婷朱参胜毛伟华第四军医大学西京皮肤医院陕西西安710032 陕西省皮肤性病防治所陕西西安710003

目的:检测淋病患者的耐药性。方法:收集2016年9月至2018年12月我院性病门诊淋病患者,利用E-test法测定青霉素、四环素、环丙沙星、大观霉素、头孢曲松、头孢克肟和阿奇霉素七种抗生素的最小抑菌浓度(MIC)。结果:共收集淋病患者88例,男77... 详细信息

目的:检测淋病患者的耐药性。方法:收集2016年9月至2018年12月我院性病门诊淋病患者,利用E-test法测定青霉素、四环素、环丙沙星、大观霉素、头孢曲松、头孢克肟和阿奇霉素七种抗生素的最小抑菌浓度(MIC)。结果:共收集淋病患者88例,男77例,女11例。环丙沙星耐药86例(97.73%),青霉素耐药63例(71.59%),四环素耐药54例(61.36%),阿奇霉素耐药17例(19.32%),头孢克肟耐药1例(1.14%),大观霉素和头孢曲松无耐药。结论:头孢曲松、头孢克肟和大观霉素仍为治疗淋病的首选药物。

关键词：淋病临床特点耐药性

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锌离子传导聚合物缓冲层:抑制锌离子水电池锌负极寄生反应

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Science China Materials 2023年第12期66卷 4605-4614页

作者：陈丹灵王辉波任丽朱梦宇白正帅李春新施灿盛王汇才汤育欣张焱焱 College of Chemical Engineering Fuzhou UniversityFuzhou 350116China Qingyuan Innovation Laboratory Quanzhou 362801China

由于锌金属在电解液中热力学不稳定而自发地发生寄生反应(析氢、枝晶生长等),水系锌离子电池的商业化应用受到了阻碍.因此,我们构建了一种高粘附性的锌离子传导聚合物聚乙烯醇缩甲醛(PVF)缓冲层,来抑制这些寄生反应的发生,从而提高锌沉... 详细信息

由于锌金属在电解液中热力学不稳定而自发地发生寄生反应(析氢、枝晶生长等),水系锌离子电池的商业化应用受到了阻碍.因此,我们构建了一种高粘附性的锌离子传导聚合物聚乙烯醇缩甲醛(PVF)缓冲层,来抑制这些寄生反应的发生,从而提高锌沉积的可逆性.这种致密的人工缓冲层不仅能有效隔绝电解质与锌负极之间的直接接触,还能适应锌沉积/剥离过程中的体积膨胀,并引导锌成核过程.具体来说,PVF层可提高成核过电位,并促进Zn2+的三维扩散过程,使PVF层下的Zn2+沉积通量均匀化.我们设计的PVF@Zn具有高循环稳定性和不易生成枝晶的特点,基于该电极的对称电池的长循环寿命超过5200 h,比Zn负极电池提高了近35倍,甚至可以在40.0 mA cm^(−2)的超高电流密度下稳定运行.此外,PVF@Zn||NVO全电池在1.0 A g^(−1)的条件下进行2400个循环后,仍能保持172.4 mA h g^(−1)的比容量.这种通过消除自发寄生反应并调节锌均匀沉积及成核的策略,为设计实用化高性能锌负极提供了重要借鉴.

关键词： buffer polymer layer polyvinyl formal spontaneous parasitic reactions Zn dendrite hydrogen evolution nucleation overpotential

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