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A Genome Sequence of Novel SARS-CoV Isolates: the Genotype, GD-Ins29, Leads to a Hypothesis of Viral Transmission in South China

引用

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2003年第2期1卷 101-107页

作者： E‘deQin XiongleiHe WeiTian YongLiu WeiLi JieWen BingyinSi YongwuHu WenmingPeng LinTaug TaoJiang JianpingShi JiaJia YuZhang JiaYe Cui’eWang YujunHan JingqiangWang BaochangFan QingfaWu GuohuiChang WuchunCao ZuyuanXu RuifuYang JmgWang ManYu YanLi JingXu JunZhou YajumDeng XiaoyuLi JianfeiHu caipingwang ChunxiaYan QingrunZhang JingyueBao GuoqingLi HaiqingZhang YilinZhang HuiZhao XiaoweiZhang ShuangliLi XiaoJieCheng XiuqingZhang BinLiu ChangqingZeng HuanmingYang WeijunChen LinFang ChangfengLi MengLei DaweiLi WeiTong XiangjunTian JianWang BoZhang SonggangLi XuehaiTan SiqiLiu WeiDong JunWang GaneKa-ShuWong JunYu QingyuZhu InstituteofMicrobiologyandEpidemiology ChineseAcademyofMilitaryMedicalSciencesBeijing100071China BeijingGenomicsInstitute ChineseAcademyofSciencesBeijing101300JamesD.WatsonInstituteofGenomeSciencesZhijiangCampusZhejiangUniversityHangzhou310008China

We report a complete genomic sequence of rare isolates (minor genotype) of the SARS-CoV from SARS patients in Guangdong, China, where the first few cases emerged. The most striking discovery from the isolate is an extra 29-nucleotide sequence located at the nucleotide positions between 27,863 and 27,864 (referred to the complete sequence of BJ01) within an overlapped region composed of BGI-PUP5 (BGI-postulated uncharacterized protein 5) and BGI-PUP6 upstream of the N (nucleocapsid) protein. The discovery of this minor genotype, GD-Ins29, suggests a significant genetic event and differentiates it from the previously reported genotype, the dominant form among all sequenced SARS-CoV isolates. A 17-nt segment of this extra sequence is identical to a segment of the same size in two human mRNA sequences that may interfere with viral genome replication and transcription in the cytosol of the infected cells. It provides a new avenue for the exploration of the virus-host interaction in viral evolution, host pathogenesis, and vaccine development.

关键词： Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) genotype GD-Ins29

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