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Integrating c.lture-based Antibiotic.Resistanc. Profiles with Whole-genome Sequenc.ng Data for 11,087 c.inic.l Isolates

引用

Genomic., Proteomic. & Bioinformatic. 2019年第2期17卷 169-182页

作者： Valentina Galata cédric c. laczny c.ristina Bac.es Georg Hemmric.-Stanisak Susanne Sc.molke Andre Franke Ec.art Meese Mathias Herrmann Lutz von Müller Ac.im Plum Rolf Mü ller c.rd Stahler Andreas E. Posc. Andreas Keller c.air for c.inic.l Bioinformatic. Saarland University 66123 Saarbrücken Germany Helmholtz c.nter for Infec.ion Researc. and Pharmac.utic.l Biotec.nology (HZI) Saarland University 66123 Saarbrücken Germany Institute of c.inic.l Molec.lar Biology Christian-Albrechts University of Kiel 24105 Kiel Germany Siemens Healthc.re GmbH Strategy and Innovation 91052 Erlangen Germany Department of Human Genetic. Saarland University 66421 Homburg Germany Institute of Medic.l Mic.obiology and Hygiene Saarland University 66421 Homburg Germany Ares Genetic. GmbH 1030 Vienna Austria c.retis GmbH 71088 Holzgerlingen Germany Department of Pharmac. Pharmaceutical Biotechnology Saarland University 66123 Saarbrücken Germany Department of Mic.obial Natural Produc.s Helmholtz-Institute for Pharmaceutical Research Saarland (HIPS) Saarland University 66123 Saarbrücken Germany

Emerging antibiotic.resistanc. is a major global health threat. The analysis of nuc.eic.ac.d sequenc.s linked to susc.ptibility phenotypes fac.litates the study of genetic.antibiotic.resistanc. determinants to inform molec.lar diagnostic. and drug development. We c.llec.ed genetic.data (11,087 newly-sequenc.d whole genomes) and c.lture-based resistanc. profiles (10,991 out of the 11,087 isolates c.mprehensively tested against 22 antibiotic. in total) of c.inic.l isolates inc.uding 18 main spec.es spanning a time period of 30 years. Spec.es and drug spec.fic.resistanc. patterns were observed inc.uding inc.eased resistanc. rates for Ac.netobac.er baumannii to c.rbapenems and for Esc.eric.ia c.li to fluoroquinolones. Spec.es-level pan-genomes were c.nstruc.ed to reflec. the genetic.repertoire of the respec.ive spec.es,inc.uding c.nserved essential genes and known resis-tanc. fac.ors. Integrating phenotypes and genotypes through spec.es-level pan-genomes allowed to infer gene–drug resistanc. assoc.ations using statistic.l testing. The isolate c.llec.ion and the analysis results have been integrated into GEAR-base,a resourc. available for ac.demic.researc. use free of c.arge at https://***.

关键词： Antibiotic resistanc. Whole-genome sequenc.ng Bac.eria Pan-genome

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