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Homepeptide Repeats:Implications for Protein Structure,Function and Evolution

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2012年第4期10卷 217-225页

作者： Muthukumarasamy Uthayakumar bowdadu benazir Sanjeev Patra Marthandan Kirti Vaishnavi Manickam Gurusaran Kanagarajan Sureka Jeyaraman Jeyakanthan Kanagaraj Sekar Supercomputer Education and Research Centre Indian Institute of ScienceBangalore 560012India Department of Bioinformatics Alagappa UniversityKaraikudi 630003India

Analysis of protein sequences from Mycobacterium tuberculosis H37Rv （Mtb H37Rv） was performed to identify homopeptide repeat- containing proteins （HRCPs）. Functional annotation of the HRCPs showed that they are preferentially involved in cellular metabolism. Furthermore, these homopeptide repeats might play some specific roles in protein-protein interaction. Repeat length differences among Bacteria, Archaea and Eukaryotes were calculated in order to identify the conservation of the repeats in these divergent kingdoms. From the results, it was evident that these repeats have a higher degree of conservation in Bacteria and Archaea than in Eukaryotes. In addi- tion, there seems to be a direct correlation between the repeat length difference and the degree of divergence between the species. Our study supports the hypothesis that the presence of homopeptide repeats influences the rate of evolution of the protein sequences in which they are embedded. Thus, homopeptide repeat may have structural, functional and evolutionary implications on proteins.

关键词： Homopeptide repeats Disordered regions Replication slippage Protein domains Rate of evolution

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