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Comparative analysis of transposable elements diversity and evolution in forest musk deer comparing to bovids

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Comparative analysis of transposable elements diversity and ...

第十三届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第六届中国西部动物学学术研讨会

作者： Wenhua Qi Chaochao Yan biqin mou Kai Cui Zhenxin Fan Xiuyue Zhang Bisong Yue College of Biology and Food Engineering Chongqing Three Gorges University Key Laboratory of Bio-Resources and Eco-Environment (Ministry of Education) College of Life Sciences Sichuan University

Transposable elements(TEs)are major components of vertebrate genomes,with major roles ingenomearchitecture and *** order to characterize both common patterns and lineage-specific differences in TE content and TE evolution,we have analized the mobilomes of Forest musk deer genome compared to bovid,equid,and cervine

关键词：

来源： cnki会议评论

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美洲大蠊基因组重复序列分析

四川动物 2017年第5期36卷 540-547页

作者：牟必琴严超超李午佼李静沈咏梅岳碧松四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064 药用美洲大蠊四川省重点实验室成都610081

重复序列是真核生物基因组的重要组成部分。一些重复序列,如自主型的逆转录转座子LINE,在昆虫的系统进化和遗传多样性研究方面得到了广泛的应用。de novo从头预测和基于同源比对预测相结合的方法被用来搜索美洲大蠊Periplaneta american... 详细信息

重复序列是真核生物基因组的重要组成部分。一些重复序列,如自主型的逆转录转座子LINE,在昆虫的系统进化和遗传多样性研究方面得到了广泛的应用。de novo从头预测和基于同源比对预测相结合的方法被用来搜索美洲大蠊Periplaneta americana基因组,共鉴定出大约占全基因组62%的重复序列。研究发现,散在重复序列中,DNA转座子占美洲大蠊基因组的16.18%;逆转座元件中LINE最多,占基因组的13.64%,SINE和LTR分别占基因组的3.52%和1.32%。LINEs中的Bov Bs亚家族在所有转座子亚家族中比例最高(约6.73%)。美洲大蠊与德国小蠊Blattella germanica相比,除LTR外,其他类型的转座子占基因组的比例均高于德国小蠊。通过分析逆转录转座子反转录酶完整度、氨基酸序列相似度及遗传距离,从美洲大蠊基因组中鉴定出一类BovBs:RTE-1_PAm。BovBs的反转录酶氨基酸序列的系统树表明,美洲大蠊与内华达古白蚁Zootermopsis nevadensis的进化关系比与其同属蜚蠊科Blattidae的德国小蠊的关系更近。昆虫中BovBs的进化关系与传统核基因进化关系的不同,表明转座子的进化相对宿主基因的进化具有一定的独立性。

关键词：美洲大蠊基因组重复序列转座子 BovBs 系统进化

基于生物信息数据探究VCAN在食管鳞状细胞癌预后中的作用

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中国胸心血管外科临床杂志 2022年第8期29卷 1031-1041页

作者：陆思芬魏小珍牟必琴胡琼霞邓竹君张文庚四川大学华西医院精准医学中心精准医学四川省重点实验室成都610041 四川大学华西医院麻醉科成都610041

目的利用生物信息数据探究多功能蛋白聚糖(versican,VCAN)在食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)预后中的作用。方法从GEO数据库中下载3个ESCC的RNA芯片数据集。基于这3个数据集的整合数据,鉴定差异表达基因(diffe... 详细信息

目的利用生物信息数据探究多功能蛋白聚糖(versican,VCAN)在食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)预后中的作用。方法从GEO数据库中下载3个ESCC的RNA芯片数据集。基于这3个数据集的整合数据,鉴定差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。基于DEGs结果进行下列分析:(1)用STRING数据库构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络;(2)用分子复合体识别(molecular complex detection,MCODE)软件分析PPI网络中的模块,选出最有意义的模块,这些模块中包括的基因即为hub基因;(3)用来自TCGA和GTEx数据库的RNA高通量测序数据验证这些hub基因的表达情况,验证这些基因是否为DEGs;(4)通过验证确定为DEGs的hub基因,进行生存曲线分析,筛选对ESCC生存期有显著影响的基因;(5)用TIMER数据库分析VCAN基因的表达量和肿瘤浸润性免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的丰度以及这些细胞的基因标志物丰度的关系;(6)用Targetscan和miRDB软件预测能够调控VCAN的miRNAs,然后用Cytoscape软件构建调控网络。结果发现630个DEGs和32个hub基因,其中VCAN是一个上调差异表达基因,VCAN的高表达与更差的ESCC无病生存期显著相关。且VCAN还能在ESCC的免疫微环境中发挥作用,主要表现为VCAN丰度和M2巨噬细胞基因标志物的丰度呈现显著正相关,其中有些标志物已经被报道与ESCC的预后不良显著有关。最后,我们还发现VCAN可以被ESCC中的15个miRNAs调控,其中有些miRNAs已经被报道与ESCC的预后有关。结论本研究为VCAN在ESCC预后中的作用提供了直接和间接的综合证据。直接证据是生存曲线显示上调差异表达的VCAN与ESCC的预后不良显著相关。间接证据是VCAN与ESCC免疫微环境中的有些预后不良标志物呈正相关,VCAN能够被ESCC中与预后有关的有些miRNAs调控。

关键词：食管鳞状细胞癌预后多功能蛋白聚糖(VCAN) 生物信息学

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药用美洲大蠊全基因组测序分析

四川动物 2018年第2期37卷 121-126页

作者：晋家正李午佼牟必琴沈咏梅耿福能岳碧松范振鑫生物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院成都610065 药用美洲大蠊四川省重点实验室四川西昌615000 四川省药用动物工程技术研究中心四川西昌615000

以美洲大蠊Periplaneta americana为原料生产的康复新液等药品临床疗效显著,得到了广泛应用。本文以四川好医生攀西药业有限责任公司饲养的药用美洲大蠊为材料,首次采用Illumina Hi Seq 2000和Pac Bio SMRT测序平台开展了全基因组测序,... 详细信息

以美洲大蠊Periplaneta americana为原料生产的康复新液等药品临床疗效显著,得到了广泛应用。本文以四川好医生攀西药业有限责任公司饲养的药用美洲大蠊为材料,首次采用Illumina Hi Seq 2000和Pac Bio SMRT测序平台开展了全基因组测序,并进行基因组组装、注释和分析。原始测序数据经过滤后得到1.4 Tb的二代测序数据和33.81 Gb的三代测序数据。组装结果表明,美洲大蠊基因组大小为3.26 Gb,这在已报道的昆虫基因组中仅次于东亚飞蝗Locusta migratoria。基因组重复序列含量为62.38%,杂合度为0.635%,表明其为复杂基因组。组装的Contig N50和scaffold N50长度分别为28.2 kb、315 kb,单拷贝基因完整性为88.1%,小片段文库测序数据平均比对率为99.8%,测序和组装质量满足后续分析要求。采用De novo预测、同源预测和基于转录本预测3种方法共注释到14 568个基因,其中92.4%的基因获得了功能注释。本研究首次完成了美洲大蠊的全基因组测序,也是大蠊属Periplaneta昆虫的第一个基因组,为美洲大蠊遗传进化分析和药用基因资源挖掘打下了重要基础。

关键词：美洲大蠊药用昆虫全基因组测序基因组装基因注释

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定西市主要蔬菜品种农残状况及对策建议

长江蔬菜 2024年第20期 79-82页

作者：刘子斌王芳康明蛟陈莉马喜凤牟龙陈必琴定西市农产品质量安全监测检测站甘肃定西743000

依据GB 23200.113-2018《植物源性食品中208种农药及其代谢物残留量的测定气相色谱—质谱联用法》的标准,随机抽取定西市7个县区的农业生产企业(合作社)、农产品生产基地、批发市场和农户种植地的6种日常主要消费蔬菜品种420个样品,进... 详细信息

依据GB 23200.113-2018《植物源性食品中208种农药及其代谢物残留量的测定气相色谱—质谱联用法》的标准,随机抽取定西市7个县区的农业生产企业(合作社)、农产品生产基地、批发市场和农户种植地的6种日常主要消费蔬菜品种420个样品,进行23种农药残留的检测,并对检测结果进行分析。结果表明,不同蔬菜农药残留超标率由高到低依次为:芹菜(5.71%)>甘蓝(4.29%)=油麦菜(4.29%)>韭菜(2.86%)=辣椒(2.86%)=番茄(2.86%)。常规农药以苯醚甲环唑、联苯菊酯检出率较高,检出率分别为8.83%、7.14%;蔬菜样品常规农药残留超标率为3.81%,以苯醚甲环唑超标率最高,为1.43%;禁限用农药残留有检出现象,检出率为4.52%,以毒死蜱的检出率最高。

关键词：蔬菜农药残留对策定西市