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A k-mer-based pangenome approach for cataloging seed-storage-protein genes in wheat to facilitate genotype-to-phenotype prediction and improvement of end-use quality

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Molecular Plant 2024年第7期17卷 1038-1053页

作者： Zhaoheng Zhang Dan liu binyong li Wenxi Wang Jize Zhang Mingming Xin Zhaorong Hu Jie liu Jinkun Du Huiru Peng Chenyang Hao Xueyong Zhang Zhongfu Ni Qixin Sun Weilong Guo Yingyin Yao Frontiers Science Center for Molecular Design Breeding Key Laboratory of Crop Heterosis and Utilization(MOE)and Bejing Key Laboratory of Crop Genetic ImprovementChina Agricultural UniversityBeijing100193China Key Laboratory of Crop Gene Resources and Breeding Institute of Crop ScienceChinese Academy of Agricultural SciencesBejingChina

Wheat is a staple foodfor more than 35%of the world's population,with wheatflourused to make hundreds of baked *** end-use quality is a major breeding target;however,improving it is especially time-consuming and ***,genes encoding seed-storage proteins(ssPs)form multigene families and are repetitive,with gaps commonplace in several genome *** overcome these barriers and efficiently identify superior wheat SSP alleles,we developed"PanSK"(Pan-SSP k-mer)for genotype-to-phenotype prediction based on an SsP-based pangenome *** uses 29-mer sequences that represent each ssP gene at the pangenomic level to reveal untapped diversity across landraces and modern ***-wide association studies with k-mers identified 23 Ssp genes associated with end-use quality that represent novel targets for *** evaluated the effect of rye secalin genes on end-use quality and found that removal of w-secalins from 1BL/1RS wheat translocation lines is associated with enhanced end-use ***,using machine-learning-based prediction inspired by PanSK,we predicted the quality phenotypes with high accuracy from genotypes *** study provides an effective approach for genome design based on ssP genes,enabling the breeding of wheat varieties with superior processing capabilities and improved end-use quality.

关键词： wheat seed-storage protein end-use quality k-mer pangenome genomic prediction

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基于物联网的汽车制造系统集成设计云平台

华南理工大学学报（自然科学版） 2018年第12期46卷 84-92页

作者：刘世豪李斌勇海南大学机电工程学院海南海口570228 成都信息工程大学网络空间安全学院四川成都610225

为了提高汽车制造系统的智能化水平,提出了基于物联网和云计算的汽车制造系统集成设计方法.结合所提出的方法,构造了基于物联网的汽车制造系统集成设计云平台,借助物联网监测系统的在线状态数据.在汽车制造系统的概念设计阶段,运用模糊... 详细信息

为了提高汽车制造系统的智能化水平,提出了基于物联网和云计算的汽车制造系统集成设计方法.结合所提出的方法,构造了基于物联网的汽车制造系统集成设计云平台,借助物联网监测系统的在线状态数据.在汽车制造系统的概念设计阶段,运用模糊积分法解决多指标集成决策问题,获取最优概念设计方案.在汽车制造系统的详细设计阶段,运用遗传算法和云计算技术求解系统的最优拓扑结构及参数,对系统进行在线改进.应用所提出的方法,解决了在一批车用曲轴新的加工要求下某汽车智能制造系统的性能指标优化问题,使车用曲轴的平均加工速度达到4件/h、产品合格率达到97%.研究表明,所提出的基于物联网和云计算的汽车制造系统集成设计方法具有较高的工程应用价值.

关键词：在线监测物联网云计算智能制造集成设计车用曲轴

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面向汽车产业链的云服务平台信息支撑体系

计算机集成制造系统 2015年第10期21卷 2787-2797页

作者：李斌勇孙林夫王淑营田冉西南交通大学CAD工程中心四川成都610031 成都信息工程大学信息安全工程学院四川成都610225

针对制造业产业链大规模企业群的制造服务需求,凝练出协同采购、生产、销售、售后和物流五类制造协同服务体系。为解决核心制造企业群与供应商、销售商、售后服务商、物流商五类企业群的大规模复杂性协同问题,结合云服务思想及理论,提... 详细信息

针对制造业产业链大规模企业群的制造服务需求,凝练出协同采购、生产、销售、售后和物流五类制造协同服务体系。为解决核心制造企业群与供应商、销售商、售后服务商、物流商五类企业群的大规模复杂性协同问题,结合云服务思想及理论,提出基于SaaS的汽车产业链云服务平台总体支撑方案。引入变粒度的多重广义协同关系算子模型,验证了支撑方案的合理有效性。利用该支撑模型,构建出面向汽车产业链内外协作一体化的云服务平台信息支撑体系,并对云服务平台的数据库内核进行了设计。对云服务平台的初步应用情况进行了分析,为解决广域空间内制造服务的协同问题提供了一定的理论支撑。

关键词：协同服务软件即服务云服务平台广义协同关系产业链协作企业

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基于Agent的协同物流利润分配模型

计算机工程 2015年第9期41卷 286-291页

作者：田冉韩敏李斌勇西南交通大学信息科学与技术学院成都610031

传统Rubinstein利润分配模型中的参数设定多由经验判定,造成协商结果的不确定性。针对该问题,建立一种自学习的利润分配模型。该模型将协同物流商分为主动协同和被动协同2类,不同类型的协同物流商在探索对方物流商底价的基础上给出自己... 详细信息

传统Rubinstein利润分配模型中的参数设定多由经验判定,造成协商结果的不确定性。针对该问题,建立一种自学习的利润分配模型。该模型将协同物流商分为主动协同和被动协同2类,不同类型的协同物流商在探索对方物流商底价的基础上给出自己的报价或者反报价,依据当前报价结果决定是否转变协商角色类型,并引入自学习的报价参数实现报价过程中报价策略的改变,得到使协同各方满意的结果。仿真结果表明,与传统Rubinstein利润分配模型相比,该模型能降低达成协商所需的次数,有效避免因经验判定造成的不确定性。

关键词：交通运输经济利润分配报价策略协同物流讨价还价策略

不同土地利用方式对土壤有机碳及其组分影响研究

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生态环境学报 2013年第11期22卷 1774-1779页

作者：房飞唐海萍李滨勇北京师范大学地表过程与资源生态国家重点实验室北京100875 北京师范大学资源学院北京100875

测定了5种土地利用方式下（人工草地、围封样地、一年耕地、弃耕地、自由放牧样地）土壤有机碳、土壤微生物生物量碳、易氧化态碳和轻组有机碳组分含量特征，比较分析土地利用变化对典型草原土壤起源下土壤有机碳组分的变化。结果表明，... 详细信息

测定了5种土地利用方式下（人工草地、围封样地、一年耕地、弃耕地、自由放牧样地）土壤有机碳、土壤微生物生物量碳、易氧化态碳和轻组有机碳组分含量特征，比较分析土地利用变化对典型草原土壤起源下土壤有机碳组分的变化。结果表明，1）人工草地土壤有机碳含量为（14．98±3．47）g·kg-1，围封样地的为（12．41±6．40）g·kg-1，一年耕地的为（12．20±5．59）g·kg-1，弃耕样地的为（10．39±5．08）g·kg-1，自由放牧样地的为（9．45±3．19）g·kg-1。人工草地土壤有机碳含量明显高于其他样地，围封样地和一年耕地的含量相似，自由放牧样地的含量最小。2）土壤微生物生物量碳、易氧化态碳和轻组有机碳的含量在不同土地利用方式下的变化趋势与土壤有机碳含量的变化趋势基本一致。土壤有机碳及其组分含量在土壤剖面上，随着土层深度的增加而逐渐降低。3）土壤微生物生物量碳、易氧化态碳和轻组有机碳的平均分配比率在不同类型样地范围分别为0．24％～0．66％、0．002％～0．019％和0．05％-0．25％，显示出各组分对土壤环境变化的敏感度不同，其中土壤微生物生物量碳更能反映土壤有机碳的早期变化，可以作为表征土壤有机碳变化和土壤肥力的敏感指标。

关键词：活性有机碳微生物生物量碳易氧化态碳轻组有机碳

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基于上下文感知的自适应访问控制模型

计算机应用研究 2024年第9期41卷 2839-2845页

作者：张少伟李斌勇邓良明成都信息工程大学网络空间安全学院(芯谷产业学院) 成都610225 先进密码技术与系统安全四川省重点实验室成都610225

面对日益复杂和动态的访问场景,传统访问控制显现出灵活性不足的局限性,一定程度上损害了资源的可用性。针对这一问题,提出一种基于上下文感知的自适应访问控制模型。通过提供额外的特殊授权机制,提升面对特殊请求的灵活性和时间效率,... 详细信息

面对日益复杂和动态的访问场景,传统访问控制显现出灵活性不足的局限性,一定程度上损害了资源的可用性。针对这一问题,提出一种基于上下文感知的自适应访问控制模型。通过提供额外的特殊授权机制,提升面对特殊请求的灵活性和时间效率,提高资源的可用性。使用基于模糊逻辑的上下文感知推理方法评估用户访问时的上下文情景,使系统能够据此作出特殊授权决策,实现了访问控制系统在动态环境下灵活、细粒度的授权能力。通过引入信任度机制限制用户的特殊授权,防止权限滥用。同时对用户在会话期间的活动进行跟踪与监测,以提供自适应访问控制能力。实验结果表明,该模型能够适应动态、复杂的访问控制场景,可以根据不同情境动态调整权限,提高了资源的可用性。

关键词：上下文感知模糊推理访问控制 ABAC

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粒子群局部优化的反距离权重插值算法

计算机应用 2023年第2期43卷 385-390页

作者：向峰李中志熊熙李斌勇成都信息工程大学网络空间安全学院成都610255 先进密码技术与系统安全四川省重点实验室(成都信息工程大学) 成都610225

参考点与参数的选取会对反距离权重(IDW)的精度产生影响。针对多参数协同优化反距离权重算法(PIDW)忽略局部特性的问题,提出一种利用粒子群对IDW进行局部优化的改进算法——PliDW。首先,分别对研究区域中各个样本点的参数进行寻优,利用... 详细信息

参考点与参数的选取会对反距离权重(IDW)的精度产生影响。针对多参数协同优化反距离权重算法(PIDW)忽略局部特性的问题,提出一种利用粒子群对IDW进行局部优化的改进算法——PliDW。首先,分别对研究区域中各个样本点的参数进行寻优,利用交叉验证方法进行评估,记录各自最优取值的一组参数;同时,为提高查询效率,使用K维树(KD-Tree)保存空间位置与最优参数;最后,根据空间邻近程度从K维树选取最近的一组参数优化IDW。基于模拟数据与真实的温度数据集上的实验结果表明,相较于PIDW,PliDW在真实数据集上的准确度提高4.18%以上,改善了PIDW存在的因忽略局部特性导致部分场景准确度低的问题,适应能力更强。

关键词：空间插值反距离权重各向异性多参数优化粒子群算法

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生态红线划分的理论和技术

生态学报 2016年第5期36卷 1244-1252页

作者：林勇樊景凤温泉刘述锡李滨勇国家海洋环境监测中心国家海洋局近岸海域生态环境重点实验室大连116023 国家海洋环境监测中心国家海洋局海域管理技术重点实验室大连116023

在重要生态功能区、生态环境敏感区/脆弱区等区域划定生态红线,控制人类活动强度,对于维护区域生态完整性和生态服务功能的可持续性,解决生态环境退化和资源枯竭问题,减轻异常自然灾害不利影响具有重要意义.虽然不少省市已开展生态红线... 详细信息

在重要生态功能区、生态环境敏感区/脆弱区等区域划定生态红线,控制人类活动强度,对于维护区域生态完整性和生态服务功能的可持续性,解决生态环境退化和资源枯竭问题,减轻异常自然灾害不利影响具有重要意义.虽然不少省市已开展生态红线划分和管理试点工作,但生态红线划分的理论和技术尚不完善。生态红线区划和管理急需理论指导和技术支持。对生态红线的内涵进行了分析,指出了空间红线、面积红线和管理红线之间的有机联系,强调了生态安全空间格局和区域生态服务需求在生态红线划分中的重要性;在生态红线划分技术研究综述基础上剖析了生态红线的研究中存在的问题,如划分方法简单粗放、对景观和区域尺度上的空间过程和空间联系考虑不足以及由于部门和学科分割带来的(海)水陆缺乏统筹等;论述了生态适宜性评价、景观/区域安全格局理论、海陆统筹理论、干扰生态学理论、生态系统管理和适应性理论以及驱动力-压力-状态-影响-响应(DPSIR)模型框架等技术方法和理论以及它们在在生态红线划分中的潜在应用;最后提出了基于生态安全格局和区域生态服务需求的生态红线划分的技术路线,并对今后生态红线划分研究进行了展望。提出的生态红线划分技术和理论方法可为今后生态红线的研究提供有益参考。

关键词：生态红线划分生态学理论和技术生态安全格局基于区域生态服务需求

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基于无采样协作知识图网络的推荐系统

计算机应用 2022年第4期42卷 1057-1064页

作者：蒋雯静熊熙李中志李斌勇成都信息工程大学网络空间安全学院成都610255 先进密码技术与系统安全四川省重点实验室(成都信息工程大学) 成都610225 四川大学空天科学与工程学院成都610065

知识图谱(KG)可以通过高效组织海量数据实现信息的有效抽取,因而基于知识图谱的推荐方法得到了广泛的研究和应用。针对图神经网络在知识图谱建模中的采样误差问题,提出了一种无采样协作知识图网络(NCKN)的方法。首先,设计了无采样知识... 详细信息

知识图谱(KG)可以通过高效组织海量数据实现信息的有效抽取,因而基于知识图谱的推荐方法得到了广泛的研究和应用。针对图神经网络在知识图谱建模中的采样误差问题,提出了一种无采样协作知识图网络(NCKN)的方法。首先,设计了无采样知识传播模块,通过在单个卷积层使用不同大小的线性聚合器来捕捉深层次的信息,实现高效的无采样预计算;然后,为了区分邻居节点贡献度,在传播过程中引入注意力机制;最后,协作传播模块将知识嵌入同用户交互中的协作信号相结合,以更好地描述用户偏好。基于三个真实数据集,评估了NCKN在CTR预测和Top-k预测中的性能。实验结果表明,与主流算法RippleNet、知识图卷积神经网络(KGCN)相比,NCKN在CTR预测中的准确率平均分别提升了2.71%、4.60%;Top-k预测中,NCKN的准确率平均分别提升了5.26%、3.91%。所提方法不仅解决了图神经网络在知识图谱建模中的采样误差问题,且提升了推荐模型的准确率。

关键词：知识图谱推荐系统采样策略图神经网络注意力机制