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MicrorNA Expression Profiles and Mir-10a Target in Anti-benzo[a] pyrene-7,8-diol-9,10-epoxide-transformed Human 16HBE Cells

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Biomedical and Environmental Sciences 2009年第1期22卷 14-21页

作者： YUE-LAN SHEN YI-Guo JIANG anne r. greenlee LAN-LAN ZHOU LIN-HUA LIU lnstitute for Chemical Carcinogenesis Guangzhou Medical College Guangzhou 510182 Guangdong China Stem Cell and Primary Cell Group The Jackson Laboratory Bar Harbor ME 04609 USA

Objective To screen mirNA profiles of malignantly transformed human bronchial epithelial cells, 16HBE-T, induced by anti-benzo[a]pyrene-trans-7,8-diol-9,10-epoxide （anti-BPDE）, and to analyze putative mir-10a targets in 16HBE-T. Methods A novel microarray platform was employed to screen mirNA profiles of 16HBE-T cells transformed by anti-BPDE. Microarray data for mir-10a and mir-320 were validated using quantitative real time polymerase chain reaction （QrT-PCr）. The expression of a putative target for mir-10a, HOXA1, was analyzed by reverse transcription polymerase chain reaction （rT-PCr） and QrT-PCr. results In comparison with the vehicle-treated cells （16HBE-N）, 16HBE-T exhibited differential expression of 54 mirNAs, in which, 45 were over-expressed and 9 were down-regulated. The five most highly expressed mirNAs were mir-494, mir-320, mir-498, mir-129, and mir-106a. The lowest expressed mirNAs were mir-10a, mir-493-5p, and mir-363＊. Three members of mir-17-92 cluster, mir-17-5p, mir-20a, and mir-92, showed significantly higher abundance in 16BHE-T as mir-21, mir-141, mir-27a, mir-27b, mir-16 and mirNAs of the let-7 family. The putative target for mir-10a, HOXA1 mrNA was up-regulated 3-9-fold in 16HBE-T, as compared with 16HBE-N. Conclusion The findings of the study provide information on differentially expressed mirNA in malignant 16HBE-T, and also suggest a potential role of these mirNAs in cell transformation induced by anti-BPDE. HOXA1 is similarly up-regulated, suggesting that mir-10a is associated with the process of HOXA 1-mediated transformation.

关键词： MicrorNA Anti-BPDE Malignant transformation 16HBE

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帕金森病相关的线粒体多态性基因型分析

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环境与健康杂志 2007年第6期24卷 409-411页

作者：蒋义国 Tammy Ellis 周兰兰 anne r greenlee 广州医学院化学致癌研究所与预防医学系广东广州510182 National Farm Medicine Center Marshfield Clinic Research FoundationU.S.A

目的建立基于荧光杂交探针和熔解曲线分析方法,检测线粒体单核苷酸多态性的快速而可靠的技术,为与帕金森病相关的环境和遗传因素相互作用的人群流行病学研究提供技术支持。方法从全血中提取线粒体DNA,设计特异性引物和荧光素标记探针,在... 详细信息

目的建立基于荧光杂交探针和熔解曲线分析方法,检测线粒体单核苷酸多态性的快速而可靠的技术,为与帕金森病相关的环境和遗传因素相互作用的人群流行病学研究提供技术支持。方法从全血中提取线粒体DNA,设计特异性引物和荧光素标记探针,在LightCycler仪器上进行实时PCr和熔解曲线分析,根据检测探针上特异等位基因的荧光探针的熔点温度(Tm值)给样本的10个单核苷酸多态性分型,测序验证熔解曲线分析结果。结果在线粒体DNA的1719、4580、7028、8251、9055、10398、12308、13368、13708和16391位点上的野生型向突变型变化,引起检测探针的Tm值依次降低6.51、8.29、3.26、7.82、4.79、2.84、2.73、9.04、8.53和9.52℃。熔解曲线分析获得的150个基因型分析结果与测序结果100/一致。结论荧光杂交探针技术能快速和有效地检测线粒体DNA多态性。这种方法将能够用于大规模的环境流行病学研究,并有助于研究帕金森病的发病机制,识别遗传易感生物标志和保护易感人群。

关键词：帕金森病线粒体多态性杂交探针

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荧光杂交探针技术检测单核苷酸多态性

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实用预防医学 2007年第1期14卷 1-3页

作者：蒋义国 Tammy Ellis 周兰兰 anne r.greenlee 广州医学院化学致癌研究所与预防医学系广东广州510182 National Farm Medicine Center Marshfield Clinic Research Foundation

目的建立一种基于荧光杂交探针技术快速检测单核苷酸多态性方法。方法提取线粒体DNA,在LightCycler仪器上进行实时PCr和熔解曲线分析,测序验证。结果熔解曲线分析获得的150个基因型分析结果与测序结果100%一致。结论实时PCr和杂交探针... 详细信息

目的建立一种基于荧光杂交探针技术快速检测单核苷酸多态性方法。方法提取线粒体DNA,在LightCycler仪器上进行实时PCr和熔解曲线分析,测序验证。结果熔解曲线分析获得的150个基因型分析结果与测序结果100%一致。结论实时PCr和杂交探针技术能快速、有效的检测单核苷酸多态性。

关键词：单核苷酸多态性实时PCr 杂交探针

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巴金森氏疾病相关的线粒体多态性基因型分析

巴金森氏疾病相关的线粒体多态性基因型分析

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第五届广东省环境诱变剂学会暨第三届广东省预防医学会卫生毒理专业委员会学术交流会

作者：蒋义国 Tammy Ellis 周兰兰 anne r.greenlee 广州医学院化学致癌研究所与预防医学系

目的建立基于荧光杂交探针和熔解曲线分析方法,检测线粒体单核苷酸多态性的快速而可靠的技术,此技术适用于与巴金森氏疾病相关的环境和遗传因素相互作用的人群流行病学研究。方法从全血中提取线粒体DNA,设计特异性引物和荧光素标记探针,... 详细信息

目的建立基于荧光杂交探针和熔解曲线分析方法,检测线粒体单核苷酸多态性的快速而可靠的技术,此技术适用于与巴金森氏疾病相关的环境和遗传因素相互作用的人群流行病学研究。方法从全血中提取线粒体DNA,设计特异性引物和荧光素标记探针,在LightCycler仪器上进行实时PCr和熔解曲线分析,根据检测探针上特异等位基因的T值给样本的10个单核苷酸多态性分型,测序验证熔解曲线分析结果。结果在线粒体DNA的1719、4580、7028、8251、9055、10398、12308、13368、13708和16391位点上的野生型向突变型变化,引起检测探针的T值依次降低6.51℃,8.29℃,3.26℃,7.82℃,4.79℃,2.84℃,2.73℃,9.04℃,8.53℃和9.52℃。熔解曲线分析获得的150个基因型分析结果与测序结果100%一致。结论荧光杂交探针技术能快速和有效的检测线粒体DNA多态性。这种方法将能够用于大规模的环境流行病学研究,并有助于研究巴金森氏疾病的发病机制,识别遗传易感生物标志和保护易感人群。

关键词：巴金森氏疾病线粒体多态性杂交探针

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