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Analysis of tandem repeats in the genome of chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis

chinese Science Bulletin 2005年第14期50卷 1462-1469页

作者： KONG Jie1 & GAO Huan2.3 1. Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Re- sources, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheris Research Insti- tute, chinese academy of Fishery {2., qingdao 266071, china 2. institute of oceanology, chinese academy of sciences, qingdao 266071, china 3. The Graduate School of the chinese academy of sciences, Beijing 100039, china Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine Fisheries Resources Ministry of Agriculture Yellow Sea Fisheris Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences Qingdao China institute of oceanology Chinese Academy of Sciences Qingdao China The Graduate School of the chinese academy of sciences Beijing China

Through random sequencing, we found a total of 884000 base-pairs (bp) of random genomic sequences in the genome of chinese shrimp (Fenneropenaeus chinensis). Using bio-soft Tandem Repeat Finder (TRF) software, 2.59 tandem repeats were found, in which there were 1714 mi- crosatellites and 445 minisatellites, accounting for 79.4% and 2..6% of repeat sequences, respectively. The cumulative length of repeat sequences was found to be 116685 bp, ac- counting for 13.2. of the total DNA sequence; the cumula- tive length of microsatellites occupied 9.78% of the total DNA sequence, and that of minisatellites occupied 3.42.. In decreasing order, the 2. most abundant repeat sequence classes were as follows: AT (557), AC (471), AG (2.4), AAT (92., A (56), AAG (2.), ATC (2.), ATAG (2.), AGG (18), ACT (15), C (11), AAC (11), ACAT (11), CAGA (10), AGAA (9), AGGG (7), CAAA (7), CGCA (6), ATAA (6), AGAGAA (6). Dinucleotide repeats, not only in the aspect of the number, but also in cumulative length, were the preponderant repeat type. There were few classes and low copy numbers of repeat units of the pentanucleotide repeat type, which included only three classes: AGAGA, GAGGC and AAAGA. The classes and copy numbers of heptanucleotide, eleven-nucleotide and thirteen-nucleotide primer-number-composed repeats were distinctly less than that of repeat types beside them.

关键词：虾遗传特性遗传基因 DNA

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Sporopollen analysis of Core B10 in the southern Yellow Sea and the reflected characteristics of climate changes

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chinese Science Bulletin 2003年第B06期48卷 42-48页

作者： FU Mingzuo~(1,2.3), LI Zhen~1, XU Xiaowei~1 & SHl Xuefa~1 1. Key Laboratory of Marine Sedimentology and Environmental Geology, First institute of Oceanography. State Oceanic Administration, qingdao 2.6061.{2. 2. institute of oceanology, chinese academy of sciences, qingdao 266071.{2. 3. Graduate School, chinese academy of sciences, Beijing 100039.{2. 1. Key Laboratory of Marine Sedimentology and Environmental Geology First institute of Oceanography State Oceanic Administration 266061 Qingdao China 2. institute of oceanology Chinese Academy of Sciences 266071 Qingdao China 3. Graduate School Chinese Academy of Sciences 100039 Beijing China

Eight sporopollen zones have been divided based on the results of high-resolution sporopollen analysis of Core B10 in the southern Yellow Sea. Based on the results along with ^14C datings and the subbottom profiling data,climatic and environmental changes since the last stage of late Pleistocene are discussed. The main conclusions are drawn as follows: (1) the vegetation evolved in the process of coniferous forest-grassland containing broad-leaved trees→coniferous and broad-leaved mixed forest→coniferons and broad-leaved mixed forest-grassland prevailed by coniferous trees→coniferous and broad-leaved mixed forest-grassland containing evergreen broad-leaved trees→coniferons and broad-leaved mixed forest-grassland prevailed by broadleaved trees→deciduous broad-leaved forest-meadow containing evergreen broad-leaved trees→coniferous and broadleaved mixed forest-grassland prevailed by broad-leaved trees→coniferous and broad-leaved mixed forest containing evergreen broad-leaved trees; (2. eight stages of climate changes are identified as the cold and dry stage, the temperate and wet stage, the cold and dry stage, the warm and dry stage, the temperate and wet stage, the hot and dry stage, the temperate and dry stage, then the warm and dry stage in turn; (3) the sedimentary environment developed from land,to littoral zone, to land again, then to shore-neritic zone; and (4) the Yellow Sea Warm Current formed during early-Holocene rather than Atlantic stage.

关键词：中国黄海气候变化碳14年代测定底基压型数据更新世沉积环境大西洋

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Some observational results of sea storm current

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Acta Oceanologica Sinica 2001年第2期20卷 299-308页

作者： Xiu Richen, Liu Aiju, Ye Hesong, Gu Yuhe, Xu Lanying (1. First institute of Oceanography, State Oceanic Administration, qingdao 2.6061,{2. 2. institute of oceanology, chinese academy of sciences, qingdao 266071,{2.) First institute of Oceanography State Oceanic Administration Qingdao 266061 China

INTRODUCTIONDr. Hollister, a marine geologist of the Woods Hole Oceanographic Institution, first pointed out that there was ocean storm current in the ocean. He found out the wavy texture in the seabed core samples, and suggested that this wavy texture was caused by the high speed sea current in remote antiquity. He then suggested a bold hypothesis that there existed a benthic storm current near the ocean bottom, and presented this hypothesis at the IUGG conference held at San Francisco in 1963. Unfortunately, the attention was not drawn to the hypothesis at the conference, and the hypothesis was criticized as a sheer nonsense.

关键词： Sea storm current tidal storm current chaotic motion

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Analysis of expressed sequence tags of a marine red alga,Gracilaria lemaneiformis

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Progress in Natural Science:Materials International 2002年第7期 40-45页

作者： SUN Xue, YANG Guanpin, MAO Yunxiang, ZHANG Xuecheng, SUI Zhenghong and QIN Song(1. College of Marine Life sciences, Ocean University of qingdao, qingdao 2.6003, china 2. institute of oceanology, chinese academy of sciences, qingdao 266071, china) College of Marine Life sciences Ocean University of Qingdao Qingdao 266003 China institute of oceanology Chinese Academy of Sciences Qingdao 266071 China

The expressed sequence tags (EST) has been proved to be a useful tool for discovering and identifying functional genes, especially in some species whose genetic information is unavailable. A total of 180 ESTs have been generated from a cDNA library of game-tophytic Gracilaria lemaneiformis in this study. These clones are clustered into 151 groups, among which 8 groups are highly homologous to chloroplast genes and are abundant in the library. After searching for matches in the EST database of red alga, 2. groups are found to match with the registered ESTs of Rhodophyta and 6 with Gracilaria . Searching in the protein database reveal that 73 non-redundant clones have significant similarity to some known sequences, the majority of which are involved in photosynthesis, DNA transcription or translation, and 6, 4 and 3 clones are associated with growth or development, signal transduction and stress or defense response, respectively.

关键词： Gracilaria lemaneiformis expressed sequence tags (EST) homologous sequence.

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中国对虾杆状病毒一个DNA片段序列测定

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海洋学报 2003年第S2期25卷 186-189页

作者：孔杰刘萍石拓相建海中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛266071 中国科学院海洋研究所山东青岛266071

1　引言杆状病毒引发对虾急性死亡已经成为全球性对虾养殖的问题,在对虾养殖的主要国家和地区均有报道.该病毒引发对虾发病的主要临床表现是在对虾头胸甲有明显的白色斑点,因此有白斑病病毒(whitespotdiseasevirus,WSDV)或白斑综合症病... 详细信息

1　引言杆状病毒引发对虾急性死亡已经成为全球性对虾养殖的问题,在对虾养殖的主要国家和地区均有报道.该病毒引发对虾发病的主要临床表现是在对虾头胸甲有明显的白色斑点,因此有白斑病病毒(whitespotdiseasevirus,WSDV)或白斑综合症病毒(whitespotsyndromevirus,WSSV)之称[1,2..国内研究者曾将引起中国对虾(Penaeuschinenesis)爆发性流行病的杆状病毒命名为皮下及造血组织坏死杆状病毒(hypodermalandhematopoieticnecrosisbaculovirus,HHNBV)[3];而日本研究者对引起日本对虾(Penaeusj

关键词：中国对虾杆状病毒 DNA碱基序列

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珠江三角洲网河区径流潮流相互作用分析

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海洋学报 2004年第1期26卷 125-131页

作者：欧素英杨清书中山大学河口海岸研究所

在大量实测资料基础上采用小波分析方法对珠江三角洲网河区径流与潮汐的相互作用进行分析,得出如下结果:网河区潮差和潮位的周期变化既有典型潮汐的半日周期和全日周期以及半月周期,也有径流量的周期变化如64 8d的周期变化,即同时具有... 详细信息

在大量实测资料基础上采用小波分析方法对珠江三角洲网河区径流与潮汐的相互作用进行分析,得出如下结果:网河区潮差和潮位的周期变化既有典型潮汐的半日周期和全日周期以及半月周期,也有径流量的周期变化如64 8d的周期变化,即同时具有径潮的周期变化.不同河段潮差及各分潮波振幅与径流量的大小具有明显的反相关关系,径流量越大,潮差越小,三水站潮差随流量以-0 0002.速度减小,网河区下游河段则减小得较慢.上游径流量越大,因克服径流的阻碍作用而消耗的能量越大,潮汐作用强度迅速减弱,各分潮潮波振幅和潮差沿程减小越快.随着径流量的增大,三水站潮簇D1,D2.D4的振幅明显减小,D2.振幅衰减得最快.

关键词：径流潮流河道潮汐珠江三角洲网河小波变换

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坛紫菜体细胞单克隆叶状体途径及海上养殖

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水产学报 2004年第4期28卷 407-412页

作者：刘必谦曾庆国骆其君杨锐王亚军宁波大学海洋生物工程浙江省重点实验室宁波大学海洋生物二程浙江省重点实验室宁波大学海洋生物二程浙江省重点实验室浙江宁波 3152.1 浙江宁波 3152.1 中国科学院海洋研究所山东青岛 266071 中国科学院研究生院北京 100039

用海螺酶酶解坛紫菜叶状体制备游离的营养细胞,在显做镜下挑选出单个细胞放入96孔板,在2.℃,1500～2.00 lx,12.:12.条件下进行隔离培养。一部分细胞直接发育形成了叶状体:一种途径是单个细胞通过典型的两级分裂发育成叶状体,也有一些单... 详细信息

用海螺酶酶解坛紫菜叶状体制备游离的营养细胞,在显做镜下挑选出单个细胞放入96孔板,在2.℃,1500～2.00 lx,12.:12.条件下进行隔离培养。一部分细胞直接发育形成了叶状体:一种途径是单个细胞通过典型的两级分裂发育成叶状体,也有一些单细胞先形成叶片状的细胞团,然后在细胞团一端形成假根;另一种途径是部分单细胞先形成“愈伤组织”,经过一段时间培养后放散出类似“孢子”的细胞,其中部分“孢子”发育成叶状体。由单细胞克隆培养获得的叶状体经组织培养形成纯合丝状体,这种纯系丝状体扩大培养后转入传统的育苗途径下海养殖。纯系在苗网附着率、叶片质量和性成熟时间等经济性状方面比未经选育的普通种有优势。

关键词：坛紫菜体细胞叶状体纯系

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节旋藻和螺旋藻对7种抗生素敏感性的比较研究

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海洋学报 2004年第3期26卷 82-92页

作者：臧晓南张学成王高歌刘金姐张晓辉刘滨中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 中国科学院海洋研究所山东青岛266071

对两种丝状蓝藻(钝顶节旋藻和盐泽螺旋藻)在基因工程中常用作选择试剂的7种抗生素———氯霉素、氨苄青霉素、红霉素、链霉素、卡那霉素、庆大霉素和新霉素的敏感性作比较实验.结果表明,两种蓝藻对抗生素的敏感性既有共同的特点,也有明... 详细信息

对两种丝状蓝藻(钝顶节旋藻和盐泽螺旋藻)在基因工程中常用作选择试剂的7种抗生素———氯霉素、氨苄青霉素、红霉素、链霉素、卡那霉素、庆大霉素和新霉素的敏感性作比较实验.结果表明,两种蓝藻对抗生素的敏感性既有共同的特点,也有明显的差异.它们对红霉素、氯霉素和链霉素最敏感,致死浓度分别为0 1,0 5和5μg/cm3.两种蓝藻对氨苄青霉素比较敏感,1μg/cm3的氨苄青霉素即可抑制Arthrospira 341和Spirulina 351的生长,但6d后生长恢复.Arthrospira 341和Spirulina 351对卡那霉素、庆大霉素和新霉素均有抗性,而且存在很大差异:300μg/cm3的卡那霉素对Arthrospira 341的生长仍然没有影响,但对于Spiruli na 351,50μg/cm3的卡那霉素即对其生长有明显抑制作用;2.0μg/cm3的卡那霉素即可将其全部致死.2.0μg/cm3的庆大霉素和300μg/cm3的新霉素不能抑制Arthrospira 341和Spirulina 351的生长,但在这两种抗生素环境中两种藻的生长状态有很大差异.并验证了氯霉素、红霉素和链霉素是节旋藻和螺旋藻基因转化过程中的有效的抗性选择剂,也从对抗生素敏感性方面表明节旋藻和螺旋藻两个属的遗传差异.

关键词：节旋藻螺旋藻选择标记抗生素敏感性

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渤海湾海丰盐场卤虫种群动态及盐度对卤虫种群密度的影响

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海洋学报 2005年第1期27卷 168-172页

作者：管越强张道川周可新印象初河北大学生命科学学院

1引言卤虫是鱼、虾、蟹幼苗极为理想的天然饵料.随着水产育苗发展,卤虫及卤虫卵的需求量在不断增加[1].为了更好地开发、利用和保护卤虫资源,其生态学研究近2. a以来受到了明显的重视,但具体研究偏重于实验种群方面,如环境因子(如温度... 详细信息

1引言卤虫是鱼、虾、蟹幼苗极为理想的天然饵料.随着水产育苗发展,卤虫及卤虫卵的需求量在不断增加[1].为了更好地开发、利用和保护卤虫资源,其生态学研究近2. a以来受到了明显的重视,但具体研究偏重于实验种群方面,如环境因子(如温度、盐度、饵料等)对卤虫生长、存活、生殖特征(如性成熟速度、生殖方式、生殖力)的影响[2.10],而关于卤虫的自然种群研究较少,原因是进行卤虫的野外生态学研究有诸多困难,如卤虫繁殖速度快且次数多,世代之间有重叠:盐湖或盐池的水文特征经常发生剧烈变化[11,12.,故迄今只有Petra[13]和Petra等[14]对Mono湖的Artemia monica,Robert等[15,16]对新西兰Grassmere湖的Artemia franciscana,Gene等[17]对法国Giraud的孤雌生殖卤虫的自然种群进行了系统研究.

关键词：卤虫渤海湾盐度种群动态

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菲律宾蛤仔家系的建立及早期生长发育

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水产学报 2010年第1期34卷 32-40页

作者：闫喜武霍忠明张跃环杨凤张国范大连水产学院生命科学与技术学院中国科学院海洋研究所

采用不平衡巢式设计建立33个菲律宾蛤仔家系(11个父系半同胞家系和33个全同胞家系),并对各家系蛤仔的卵径、受精率、孵化率及生长、存活和变态的相关指标进行了分析。结果表明:各家系蛤仔的卵径、受精率无显著差异(P>0.05,n=90),但孵化... 详细信息

采用不平衡巢式设计建立33个菲律宾蛤仔家系(11个父系半同胞家系和33个全同胞家系),并对各家系蛤仔的卵径、受精率、孵化率及生长、存活和变态的相关指标进行了分析。结果表明:各家系蛤仔的卵径、受精率无显著差异(P>0.05,n=90),但孵化率有明显差异(P2.长最快比生长最慢的F2.均壳长大2..2.%,且差异显著(P2.%。稚贝期间,40日龄I1生长最快比生长最慢的B3平均壳长大78.2.%,且差异显著(P2.活率最高比平均存活率高94.14%,E3存活率最低比平均存活率低72.65%。稚贝期间,40日龄时各家系稚贝的存活率较高,都在85%以上。变态期间,同胞家系出现变态延迟及变态规格小型化现象。附着变态时间从第15天延迟至2.天,变态平均规格为(193.18±12.15)μm,K1变态最小规格为(183.00±14.42.μm,以K为父本的3个家系变态规格普遍偏小,表现出父本效应。各家系变态率不同,存在明显差异,E3家系变态率最高为(94.33%±0.58%),B2.系变态率最低为(7.33%±2.08%)。综合33个同胞家系的各项指标,I1早期生长抗逆性状最优,可进一步作为优良品种选育的育种材料。

关键词：菲律宾蛤仔家系生长发育

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