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油茶基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析

作物杂志 2024年第3期 23-31页

作者：代涵申铁石桃雄黎瑞源贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵州贵阳550001 贵州师范大学生命科学学院/荞麦产业技术研究中心贵州贵阳550001

利用NCBI数据库中油茶(Camellia oleifera Abel)全基因组序列挖掘SSR位点,并基于Primer 3.0软件设计引物,筛选多态性较高的引物进行遗传多样性的评价。以油茶全基因组序列数据为基础,检测1 661 881个SSR位点,总长为2 889 508 820 bp,发... 详细信息

利用NCBI数据库中油茶(Camellia oleifera Abel)全基因组序列挖掘SSR位点,并基于Primer 3.0软件设计引物,筛选多态性较高的引物进行遗传多样性的评价。以油茶全基因组序列数据为基础,检测1 661 881个SSR位点,总长为2 889 508 820 bp,发生频率为63.22%。单核苷酸重复类型最多(61.72%),其次为二核苷酸(28.59%)和三核苷酸重复单元(6.90%)。分析重复序列位点发现,油茶SSR中包含337种类型重复基序,主要以A/C为主要重复单元,优势基序依次为A/T(60.46%)、AG/TC(13.88%)、AT/TA(12.09%)、AC/TG(2.86%)、AAT/TTA(2.54%)。在每条染色体上挑选10对引物进行引物合成(共150对),并检测其多态性。结果得出129对引物能扩增出目标条带,其中25对引物能在材料间扩增出特异性条带。利用油茶全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出适用于油茶遗传多样性分析、遗传图谱构建和品种鉴定等研究的SSR引物。

关键词：油茶基因组 SSR 种质资源遗传多样性

基于主成分分析的苦荞麦重组自交系农艺性状综合评价

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浙江农业学报 2024年第4期36卷 748-759页

作者：薛贤滨贾琼陈峥峰黎瑞源陈庆富石桃雄贵州师范大学生命科学学院贵州省荞麦工程技术研究中心贵州贵阳550001 贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵州贵阳550001

为筛选出综合性状优良的种质,为苦荞麦高产品种的选育推荐材料,对选取的58个具有高产潜质的重组自交系(RILs)及其双亲的10个主要农艺性状进行遗传变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果表明,58个RILs各性状的变异系数介于5.... 详细信息

为筛选出综合性状优良的种质,为苦荞麦高产品种的选育推荐材料,对选取的58个具有高产潜质的重组自交系(RILs)及其双亲的10个主要农艺性状进行遗传变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果表明,58个RILs各性状的变异系数介于5.71%~31.55%,其中,产量、生育期和主茎分枝数的变异系数较大,粒宽和籽粒周长的变异系数较小。产量与籽粒面积、籽粒周长、株高和千粒重呈极显著(P株高>籽粒面积>生育期>籽粒周长>粒宽>粒长。主成分分析结果表明,前4个主成分的累计贡献率达86.987%,分别是粒形与产量因子(39.940%)、粒宽因子(24.478%)、株高因子(11.667%)、主茎分枝数与生育期因子(10.893%)。基于综合评价结果及RILs与亲本间的方差分析,共筛选出R64、R103、R164、R84、R192、R153和R214等7个综合性状优良的非米荞型RILs。这7个株系在聚类分析中均被划分在了高产、大粒、高秆和生育期短的C2类群,可将其作为示范推广品种或西南地区常规苦荞育种的优良种质资源加以利用。米荞型株系R52、R198和R101的产量极显著或显著高于米荞型亲本小米荞,可用于苦荞麦高产薄壳品种的选育。

关键词：苦荞麦重组自交系农艺性状遗传变异主成分分析聚类分析

苦荞(Fagopyrum tataricum)RILs群体果壳率相关性状的变异分析和QTL定位

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基因组学与应用生物学 2024年第3期43卷 428-441页

作者：薛贤滨黎瑞源任蓉蓉贾琼陈峥峰陈庆富王莉花石桃雄贵州师范大学生命科学学院贵州省荞麦工程技术研究中心贵阳550001 贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵阳550001 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业农村部西南作物基因资源与种质创制重点实验室昆明650205

为选育薄果壳大粒的苦荞(Fagopyrum tataricum)品种和挖掘果壳率相关性状候选基因,本研究以‘小米荞’(米荞型)和‘晋荞麦2号’(非米荞型)为亲本构建的重组自交系(recombinant inbred lines,RILs)群体为供试材料,分析了两个生长季节苦荞... 详细信息

为选育薄果壳大粒的苦荞(Fagopyrum tataricum)品种和挖掘果壳率相关性状候选基因,本研究以‘小米荞’(米荞型)和‘晋荞麦2号’(非米荞型)为亲本构建的重组自交系(recombinant inbred lines,RILs)群体为供试材料,分析了两个生长季节苦荞RILs群体的果壳率、百粒重、百粒果仁重和百粒果壳重等4个性状的遗传变异和数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)。结果显示,非米荞型亲本和非米荞型株系的4个果壳率相关性状均值均高于米荞型亲本和米荞型株系的。米荞型和非米荞型株系的4个果壳率相关性状变异系数分别在9.01%~15.66%和8.21%~14.04%。果壳率与百粒重、百粒果仁重和百粒果壳重均呈极显著正相关。通过聚类分析筛选到米荞型株系R160、R198、R199和R46,以及非米荞型株系R102、R120、R125、R142、R157和R178在两个生长季节均表现低果壳率和高百粒重的特点,可作为薄壳大粒苦荞品种选育的候选材料。两个生长季节共检测出17个QTL,其中百粒重、百粒果仁重、百粒果壳重和果壳率的QTL数目分别为5个、4个、5个和3个,单个QTL的表型贡献率为3.76%~48.65%。QTL簇qC1.2含果壳率、百粒重、百粒果仁重和百粒果壳重稳定主效QTL各1个,与已经报道的控制果壳类型和粒重的主效QTL重叠。研究结果可为苦荞果壳率相关性状的分子改良、基因的精细定位和克隆提供理论依据。

关键词：苦荞果壳率遗传变异 QTL定位候选基因

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一种改进的4参数等级反应模型和应用

江西师范大学学报（自然科学版） 2023年第2期47卷 124-132页

作者：曾光张玉玲谢晓尧黎瑞源贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵州贵阳550001 贵阳市教育科学研究所贵州贵阳550001

针对在实际测验中各等级的猜测参数、失误参数可能存在不一致性问题,该文提出等级反应模型的改进模型.以2等级项目为例,通过模拟数据检验模型发现:使用4参数GRM模型估计参数的误差随着猜测参数和失误参数的各个不一致性而增大,而改进后... 详细信息

针对在实际测验中各等级的猜测参数、失误参数可能存在不一致性问题,该文提出等级反应模型的改进模型.以2等级项目为例,通过模拟数据检验模型发现:使用4参数GRM模型估计参数的误差随着猜测参数和失误参数的各个不一致性而增大,而改进后的模型具备更好的稳定性.在实际的地理测验中,发现等级反应项目中的猜测度较低,但失误现象明显,并且参数之间的差异性较大,不可以忽略.

关键词：项目反应理论等级反应模型 4参数Logistic模型

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苦荞薄壳性紧密连锁SSR标记的开发及验证

农业生物技术学报 2022年第8期30卷 1622-1631页

作者：陈峥峰薛贤滨黎瑞源贾琼陈庆富石桃雄贵州师范大学荞麦产业技术研究中心贵州省信息与计算重点实验室

苦荞(Fagopyrum tataricum)是我国重要的杂粮作物之一，其果壳类型不同导致脱壳效率不同，对苦荞产业发展有很大的影响。目前关于苦荞果壳类型的分子标记研究较少。为给苦荞果壳特性的改良及苦荞种质果壳类型的早期判断提供参考和选择... 详细信息

苦荞(Fagopyrum tataricum)是我国重要的杂粮作物之一，其果壳类型不同导致脱壳效率不同，对苦荞产业发展有很大的影响。目前关于苦荞果壳类型的分子标记研究较少。为给苦荞果壳特性的改良及苦荞种质果壳类型的早期判断提供参考和选择依据，本研究开发并验证了与苦荞薄壳特性紧密连锁的SSR分子标记。结果表明，在薄壳基因1.4 Mb的定位区间内共扫描到286个SSRs，其中单核苷酸和二核苷酸重复类型数目最多，分别为92个和103个，出现次数最多的基序分别是A/T和AT/AT;SSRs重复次数大多集中在4～10次。共成功设计、合成了186对SSR引物，其中5对具有多态性的SSR标记与RILs群体的果壳类型形态学标记(a7GK)的连锁分析表明，SSR标记FtgGKssr-149和FtgGKssr-175与果壳类型连锁最紧密。对32个苦荞品种(系)果壳率和多态性SSR标记的关联分析表明，标记FtgGKssr-147、FtgGKssr-149和FtgGKssr-175与果壳率显著或极显著关联。本研究得到了3个与果壳类型紧密连锁以及和果壳率显著关联的SSR标记，可用于薄壳苦荞种质的分子标记辅助选择，对加速薄壳苦荞品种的育种进程具有重要意义。

关键词：苦荞薄壳基因 SSR分子标记

苦荞重组自交系群体果壳率及产量相关性状变异分析

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东北农业大学学报 2023年第3期54卷 8-16页

作者：贾琼石桃雄薛贤滨陈峥峰陈庆富黄娟黎瑞源贵州师范大学荞麦产业技术研究中心贵阳550001 贵州师范大学生命科学学院贵阳550001 贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵阳550001

为选育薄壳高产苦荞品种,探究苦荞果壳率和产量相关性状遗传变异,筛选低果壳率高产苦荞株系,利用“翅米荞×晋荞麦2号”衍生的重组自交系(CJ-RILs)群体,开展株高、主茎分枝数、千粒重、果仁重、果壳重、果壳率及产量等7个性状变异、相... 详细信息

为选育薄壳高产苦荞品种,探究苦荞果壳率和产量相关性状遗传变异,筛选低果壳率高产苦荞株系,利用“翅米荞×晋荞麦2号”衍生的重组自交系(CJ-RILs)群体,开展株高、主茎分枝数、千粒重、果仁重、果壳重、果壳率及产量等7个性状变异、相关性、方差和聚类分析。结果表明,“晋荞麦2号”千粒重、果壳重和果壳率均极显著高于“翅米荞”。CJ-RILs群体各调查性状均表现为连续变异,存在明显双向超亲分离现象,其中产量变异系数最大(41.98%),其次是果壳重(33.82%),再者是果壳率(22.95%),株高变异系数最小(11.18%)。产量与株高呈显著正相关,与主茎分枝数呈极显著负相关;果壳率、千粒重、果仁重、果壳重4个性状两两之间呈极显著正相关。非米荞型株系果壳率、千粒重、果仁重、果壳重均显著高于米荞型株系;米荞带翅型株系果仁重显著高于米荞无翅型株系。在欧氏距离为16.43~18.84处,185个株系和亲本被划分为5个类群,其中C4类群包含50个米荞型株系,果壳率均值显著低于其他类型,产量也较高,可作为高产且低果壳率苦荞品种选育的推荐材料。

关键词：苦荞重组自交系果壳率产量相关性分析聚类分析

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四球茶转录组SSR位点信息分析

安徽农业大学学报 2017年第4期44卷 558-562页

作者：黎瑞源邢辉申铁贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵阳550001

对基于高通量测序拼接获得的99 741条四球茶嫩叶Unigenes进行了SSR(simple sequence repeats)位点分析,共揭示了23 732个SSR位点,分布于18 552条Unigenes中,SSR发生频率为23.79%;含有SSR位点的Unigenes的总长度为226 188 bp,SSR位点间的平均距离为1/2.07 kb,重复长度平均长度为9.53 bp。在四球茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的47.53%和25.92%;在181种重复基元类型中,优势重复基元分别是AG/CT、A/T、ACC/GGT,分别占总SSRs的41.38%、22.10%和6.49%,共占总SSRs的比例达69.97%。

关键词：四球茶转录组 SSR

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苦荞转录组EST-SSR发掘及多态性分析

中国农业科技导报 2015年第4期17卷 42-52页

作者：黎瑞源潘凡陈庆富石桃雄贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室贵阳550001 贵州师范大学荞麦产业技术研究中心贵阳550001

利用Misa软件对苦荞种子转录组高通量测序获得的45 699条EST序列进行了SSR位点扫描,共得到2 700个SSR位点,分布于2 624条EST序列中,SSR位点平均距离为1/1.73 kb。随着EST序列长度的增加,含SSR位点序列的比例也随之升高,800 bp以上EST序... 详细信息

利用Misa软件对苦荞种子转录组高通量测序获得的45 699条EST序列进行了SSR位点扫描,共得到2 700个SSR位点,分布于2 624条EST序列中,SSR位点平均距离为1/1.73 kb。随着EST序列长度的增加,含SSR位点序列的比例也随之升高,800 bp以上EST序列含SSR的比例明显高于800 bp以下序列。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复是苦荞EST-SSR主导类型,分别占总SSR的52.11%、13.33%和30.63%,其中（A）n、（AG）n和（AAG）n是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基序,分别占总SSR的51.85%、7.11%和8.93%。设计合成了150对EST-SSR引物,其中91对引物（60.67%）在40份苦荞种质中获得有效扩增,30对引物（32.97%）具有多态性。平均每对引物能检测到3.53个等位变异;多态信息含量（PIC）在0.10~0.71之间,平均达0.40。以上结果说明,从苦荞转录组EST序列中大规模开发SSR标记是一条简便而可行的途径。

关键词：苦荞转录组测序 EST SSR

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《服务器管理》教学方法探讨

高教学刊 2017年第14期3卷 82-84页

作者：黎瑞源贵州师范大学贵州贵阳550001

《服务器管理》是英国高等教育文凭(HND:Higher National Diploma)计算机网络专业的核心专业课程,是学生职业技能实现的基础之一。针对目前课程教材和配套资料不明晰、上机实验环境不理想和采用的教学方法模式不适合的现状,提出了相应... 详细信息

《服务器管理》是英国高等教育文凭(HND:Higher National Diploma)计算机网络专业的核心专业课程,是学生职业技能实现的基础之一。针对目前课程教材和配套资料不明晰、上机实验环境不理想和采用的教学方法模式不适合的现状,提出了相应的改进方法,以期能有效改善教学效果、激发学生的学习兴趣、提升学生的动手能力和解决实际问题的能力。

关键词：服务器管理教学方法虚拟机