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基于CRISPR的快速灵敏便捷分子检测

生物工程学报 2023年第1期39卷 60-73页

作者：孙雯君黄行许王鑫杰上海科技大学生命科学与技术学院上海201210 中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所、岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心、农业农村部农业基因数据分析重点实验室广东深圳518120 广州生物岛实验室广东广州510030

快速灵敏检测技术对疾病防控必不可少。特别是新冠疫情暴发以来,人们深刻认识到快速灵敏检测技术的重要性。近年来,以CRISPR/Cas为代表的基因编辑技术带来了生物技术革命性的进步。CRISPR的核酸检测技术因其快速、准确、灵敏、经济等特... 详细信息

快速灵敏检测技术对疾病防控必不可少。特别是新冠疫情暴发以来,人们深刻认识到快速灵敏检测技术的重要性。近年来,以CRISPR/Cas为代表的基因编辑技术带来了生物技术革命性的进步。CRISPR的核酸检测技术因其快速、准确、灵敏、经济等特点,正在引发分子诊断革新,并已被成功应用于传染病、遗传病、肿瘤基因突变诊断,以及食品安全等领域。本文归纳了基于CRISPR的多种核酸检测体系及应用,并对未来CRISPR核酸检测发展趋势及结合人工智能的智能化检测进行了展望。

关键词：分子诊断核酸检测临场检测基因编辑 CRISPR CRISPR检测

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巨噬细胞凋亡及其调控

生物化学与生物物理进展 2000年第2期27卷 139-142页

作者：黄行许黄有国中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室北京100101

巨噬细胞通过介导和调控自身及其他细胞凋亡而实现其免疫调节和效应细胞功能 .引起巨噬细胞凋亡的原因有生物、化学、病理、自身等因素 .不仅巨噬细胞自身凋亡和凋亡调控有其特点 ,更为有趣的是 ,巨噬细胞可根据需要 :介导或抑制自身凋... 详细信息

巨噬细胞通过介导和调控自身及其他细胞凋亡而实现其免疫调节和效应细胞功能 .引起巨噬细胞凋亡的原因有生物、化学、病理、自身等因素 .不仅巨噬细胞自身凋亡和凋亡调控有其特点 ,更为有趣的是 ,巨噬细胞可根据需要 :介导或抑制自身凋亡 ;介导或抑制其他细胞凋亡 ;抑制自身凋亡 ,介导其他细胞凋亡 .这可能是巨噬细胞在免疫调节 ,特别是肿瘤免疫中发挥重要作用的基础 .

关键词：巨噬细胞细胞凋亡凋亡调控免疫调节

基于CRISPR的单细胞转录组测序技术研究进展

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生命的化学 2022年第1期42卷 1-11页

作者：郭俊璠黄行许乔云波上海科技大学生命科学与技术学院上海201210 广州大学生命科学学院广州510006

基于CRISPR的单细胞转录组测序技术是将单细胞转录组测序技术与CRISPR集中筛选技术结合,用于研究传统技术无法完成的细胞异质性、细胞谱系追踪、细胞互作及空间位置、药物作用靶点预测和鉴定等。本文简单比较了六种最常用的单细胞转录... 详细信息

基于CRISPR的单细胞转录组测序技术是将单细胞转录组测序技术与CRISPR集中筛选技术结合,用于研究传统技术无法完成的细胞异质性、细胞谱系追踪、细胞互作及空间位置、药物作用靶点预测和鉴定等。本文简单比较了六种最常用的单细胞转录组测序技术,重点介绍了五种基于CRISPR的单细胞转录组测序技术及应用研究,并对其推广应用所面临的挑战作出了分析,旨在为单细胞转录组测序技术的应用及创新提供参考。

关键词：单细胞转录组测序技术 Perturb-Seq CRISP-Seq CROP-Seq Mosaic-Seq Direct capture Perturb-Seq

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脊索动物嗅觉受体基因命名法的发展

生命的化学 2023年第5期43卷 648-656页

作者：韩伟赵素文黄行许林峰之江实验室智能计算平台研究中心杭州311121 上海科技大学iHuman研究所上海201210 上海科技大学生命科学与技术学院上海201210 之江实验室人工智能研究院杭州311121

嗅觉受体属于G蛋白偶联受体家族,在脊索动物的整个生命周期中都扮演着至关重要的角色。与其他多数基因家族不同,嗅觉受体家族是一个成员数量庞大的超基因家族,为它们合乎逻辑的命名可以更好地对该家族进行描述、分析和讨论,也可以为机... 详细信息

嗅觉受体属于G蛋白偶联受体家族,在脊索动物的整个生命周期中都扮演着至关重要的角色。与其他多数基因家族不同,嗅觉受体家族是一个成员数量庞大的超基因家族,为它们合乎逻辑的命名可以更好地对该家族进行描述、分析和讨论,也可以为机器学习程序从庞大的嗅觉受体数据库自动构建相应的蛋白结构和功能知识库提供语义信息。由于脊索动物嗅觉受体演化速度很快、基因数量庞大、假基因比率高、在物种及染色体上分布差异巨大等多方面的原因,给嗅觉受体基因合理的命名较为困难。三十多年来,伴随着嗅觉受体研究领域的发展,嗅觉受体基因命名法也经历了多次迭代,在每个阶段都发挥着积极的作用。随着测序技术和生物信息学算法工具的发展,随之而来的是新注释的海量的嗅觉受体基因,这使已有的嗅觉受体基因命名法变得越来越难以适应大数据挖掘和知识工程的系统开发,因此迫切需要一个能满足当下需求的嗅觉受体基因命名法。

关键词：脊索动物嗅觉受体基因命名法

碱基编辑系统及其在构建多点突变模型中的潜在应用

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生命的化学 2020年第11期40卷 1917-1923页

作者：陶皖豫黄行许上海科技大学生命科学与技术学院上海201210

DNA的点突变是遗传性疾病中最常见的突变形式,因此精确的点突变技术将有助于研究由基因突变导致的疾病模型及其致病机制。基于CRISPR/Cas9基因编辑系统的碱基编辑系统可实现胞嘧啶到胸腺嘧啶(C→T)或腺嘌呤到鸟嘌呤(A→G)的高效突变。... 详细信息

DNA的点突变是遗传性疾病中最常见的突变形式,因此精确的点突变技术将有助于研究由基因突变导致的疾病模型及其致病机制。基于CRISPR/Cas9基因编辑系统的碱基编辑系统可实现胞嘧啶到胸腺嘧啶(C→T)或腺嘌呤到鸟嘌呤(A→G)的高效突变。与传统的同源重组方法比较,CRISPR/Cas9基因编辑系统在效率和精确方面具有优势,目前已在植物、动物和人胚胎实现高效精准的碱基编辑。通过多条sgRNA,碱基编辑系统可实现多位点同时编辑,为模拟临床疾病多点突变提供了很好的工具。本文回顾了碱基编辑系统的发展,并对其应用做了展望,旨在为疾病模型的构建提供参考。

关键词：碱基编辑系统多点突变疾病模型

碱基编辑提供了一种罕见遗传病致病突变修复的可行策略

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生命的化学 2019年第1期39卷 6-12页

作者：李广磊黄行许上海科技大学生命科学与技术学院上海201210

罕见遗传病是人类医学面临的最大挑战之一,基因疗法是治疗罕见遗传病的最适方法之一。传统的基因治疗存在技术、递送和费用等方面的限制。基因编辑,特别是最近发展起来的碱基编辑技术,由于高效、准确、安全,使得早期胚胎的基因编辑逐渐... 详细信息

罕见遗传病是人类医学面临的最大挑战之一,基因疗法是治疗罕见遗传病的最适方法之一。传统的基因治疗存在技术、递送和费用等方面的限制。基因编辑,特别是最近发展起来的碱基编辑技术,由于高效、准确、安全,使得早期胚胎的基因编辑逐渐被接受,从而使得通过胚胎基因编辑对罕见遗传病的致病突变进行修复成为可能。并且,由于具备合理、有效、经济、可靠等优势,基于碱基编辑修复致病突变的早期胚胎基因治疗注定将成为某些罕见遗传病的可行的、不可替代的治疗策略。为了早日实现临床胚胎基因治疗,需要进一步完善现有的技术,并加紧临床前实验。同时,通过改良监管审批程序,以及建立共享平台和共性技术等,可以进一步降低罕见遗传病的基因治疗费用。

关键词：罕见遗传病基因治疗碱基编辑早期胚胎

Towards precise genome editing in vivo

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Towards precise genome editing in vivo

2019中国生理学会学术年会暨张锡钧基金第十五届全国青...

作者：黄行许上海科技大学

Several programmable endonucleases, including zinc-finger nucleases（ZFNs）, transcription activator-like effector nucleases（TALENs）, and the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats（CRISPR）/CRISPR-associated 9（Cas9） system, have been used to target genomes in vivo.Taking the advantages of CRISPR/Cas9, we achieved efficient gene targeting in mice, rats, pigs, goats, monkeys, etc.However, programmable endonucleases mediate unprecise mutation due to the error-prone DNA repair of non-homologous end joining after DNA doublestrand cleavage.Therefore, we developed Cas9-nickase/dual sgRNAs strategy to minimize the offtarget mutagenesis in animal model generation.Recently developed base editing（BE） system introduces base editing without DNA double-strand breaks, which provides a more precise strategy for genome editing.Currently, we are improving BE by protein evolution.Data will be presented.

关键词： gnome editing base editing CRISPR in vivo

来源： cnki会议评论

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鸭鸡气管和肺外支气管粘膜组织结构比较

第一军医大学学报 1996年第2期16卷 96-98页

作者：黄行许唐珊珊朴英杰第一军医大学电子显微镜室华南农业大学动物医学系

采用透射电镜和ＡＢ－ＰＡＳ染色观察并比较了鸡鸭气管和肺外支气管粘膜组织结构特点和组化特征。结果表明，鸭鸡纤毛柱状细胞、杯状细胞和基细胞结构大体相似，但鸭的基细胞核周有较多粗面内质网，鸭粘液性细胞的分泌颗粒中有较多分布... 详细信息

采用透射电镜和ＡＢ－ＰＡＳ染色观察并比较了鸡鸭气管和肺外支气管粘膜组织结构特点和组化特征。结果表明，鸭鸡纤毛柱状细胞、杯状细胞和基细胞结构大体相似，但鸭的基细胞核周有较多粗面内质网，鸭粘液性细胞的分泌颗粒中有较多分布不均，大小不一的电子致密斑块，鸡粘被性细胞的分泌颗粒周围有电子致密晕。和鸡相比，鸭气管中杯状细胞比鸡多，气管和肺外支气管中气管腺比鸡少。但鸭杯林状细胞和气管腺的分泌物的酸性都比鸡强。

关键词：支气管粘膜组织结构组织化学

γ射线照射大鼠脾脏淋巴细胞凋亡及其和巨噬细胞的关系

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电子显微学报 1996年第2期15卷 335-343页

作者：朴英杰董武霍霞黄行许乔东访第一军医大学电镜室广州510515

本文利用透射电镜和组织化学染色法观察了800拉德γ射线照射大鼠脾脏中淋巴细胞凋亡及其和巨噬细胞的关系。结果表明,γ射线照射后2小时淋巴细胞开始凋亡,照射后4小时凋亡达到高峰。大部分凋亡淋巴细胞迅速被巨噬细胞整个吞噬形成异噬泡... 详细信息

本文利用透射电镜和组织化学染色法观察了800拉德γ射线照射大鼠脾脏中淋巴细胞凋亡及其和巨噬细胞的关系。结果表明,γ射线照射后2小时淋巴细胞开始凋亡,照射后4小时凋亡达到高峰。大部分凋亡淋巴细胞迅速被巨噬细胞整个吞噬形成异噬泡,凋亡淋巴细胞在巨噬细胞的异噬泡中完成凋亡过程。凋亡小体的形成和自噬密切相关,主要表现为,胞核染色质断裂、浓缩、边集,透明区增大,形成半月形核,及少量花瓣状、空泡状核,或胞核边周致密染色质和中间致密染色质融合,透明区消失,形成黑洞样核。大部分凋亡淋巴细胞的线粒体增多后发生肿胀和空泡化。内质网大量增殖并将整个细胞分割形成大量的自噬泡。巨噬细胞的异噬泡中的凋亡淋巴细胞大部分经内质网分割包裹形成自噬泡后形成凋亡小体。少部分不发生自噬,整个细胞形成一个大的均质无结构的致密体。巨噬细胞外凋亡的淋巴细胞的凋亡小体有的也是以内质网分割包裹的方式形成的。12小时后,凋亡小体全部被巨噬细胞消化清除。

关键词：凋亡淋巴细胞巨噬细胞细胞形态学 γ射线