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基于BioBERT与BiLSTM的临床试验纳排标准命名实体识别

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中国医学物理学杂志 2024年第1期41卷 125-132页

作者：李盛青苏前敏黄继汉上海工程技术大学电子电气工程学院上海201620 上海中医药大学药物临床研究中心上海201203

目的:提出一种基于BioBERT预训练模型的纳排标准命名实体识别方法(BioBERT-Att-BiLSTM-CRF),可自动提取临床试验相关信息,为高效制定纳排标准提供帮助。方法:结合UMLS医学语义网络和专家定义方式,制定医学实体标注规则,并建立命名实体... 详细信息

目的:提出一种基于BioBERT预训练模型的纳排标准命名实体识别方法(BioBERT-Att-BiLSTM-CRF),可自动提取临床试验相关信息,为高效制定纳排标准提供帮助。方法:结合UMLS医学语义网络和专家定义方式,制定医学实体标注规则,并建立命名实体识别语料库以明确实体识别任务。BioBERT-Att-BiLSTM-CRF首先将文本转换为BioBERT向量并输入至双向长短期记忆网络以捕捉上下文语义特征;同时运用注意力机制来提取关键特征;最终采用条件随机场解码并输出最优标签序列。结果:BioBERT-Att-BiLSTM-CRF在纳排标准命名实体识别数据集上的效果优于其他基准模型。结论:使用BioBERT-Att-BiLSTM-CRF能更高效地提取临床试验的纳排标准相关信息,从而增强临床试验注册数据的科学性,并为临床试验纳排标准的制定提供帮助。

关键词：纳排标准命名实体识别双向长短期记忆网络条件随机场临床试验

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两阶段问答范式的生物医学事件触发词检测

计算机工程与应用 2023年

作者：行帅熊玉洁苏前敏黄继汉上海工程技术大学电子电气工程学院上海中医药大学药物临床研究中心

现有的生物医学事件触发词检测存在以下缺陷：1）保留了与触发词无关的冗余信息；2）忽略了实体与事件之间的潜在关联性；3）传统方法容易受到数据稀缺性的影响。针对上述问题，提出了一种两阶段问答范式的生物医学事件触发词检测方法... 详细信息

现有的生物医学事件触发词检测存在以下缺陷：1）保留了与触发词无关的冗余信息；2）忽略了实体与事件之间的潜在关联性；3）传统方法容易受到数据稀缺性的影响。针对上述问题，提出了一种两阶段问答范式的生物医学事件触发词检测方法。在事件类型识别阶段，采用基于句法距离的注意力捕获更有意义的上下文特征，排除无关信息的干扰；为了有效利用实体中的潜在特征，采用全局统计的单词-实体-事件共现特征，指导事件类型感知注意力挖掘词与事件之间的强关联性。在触发词定位阶段，根据识别出的事件类型，制定问题回答该事件对应的触发词索引，从而利用丰富的问答数据库实现数据增强。在MLEE语料库上的结果表明，两阶段问答范式、句法距离和事件类型感知注意力都有效地提升了模型性能，所提出的模型取得了81.39%的F1分数，并在多个事件类型上的详细结果均优于其他基线模型。

关键词：生物医学事件触发词检测句法距离单词-实体-事件共现特征两阶段问答范式

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知识图谱在医学领域的应用综述

生物医学工程学杂志 2023年

作者：郑增亮蔡晓琼黄继汉苏前敏上海工程技术大学电子电气工程学院上海中医药大学药物临床研究中心

随着医学信息技术与计算机科学的蓬勃发展，医疗服务行业逐渐从信息化向智慧化过渡。医学知识图谱在知识问答和智能诊断等智能医疗应用中发挥了重要作用，是推进智慧医疗的关键技术，也是医疗信息智能化管理的基础。为了充分发掘知识图... 详细信息

随着医学信息技术与计算机科学的蓬勃发展，医疗服务行业逐渐从信息化向智慧化过渡。医学知识图谱在知识问答和智能诊断等智能医疗应用中发挥了重要作用，是推进智慧医疗的关键技术，也是医疗信息智能化管理的基础。为了充分发掘知识图谱在医学领域中的巨大潜力，本文从药物间关系发现、辅助诊断、个性化推荐、决策支持和智能预测这五个方面展开，介绍了医学知识图谱的最新研究进展，并结合当前医学知识图谱面临的挑战与问题提出相关建议，为推进医学知识图谱广泛应用提供参考。

关键词：辅助诊断智能预测医学知识图谱智慧医疗

复杂网络视角下国际多中心临床试验机构合作趋势探究

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中国新药杂志 2022年第16期31卷 1574-1579页

作者：郑增亮蔡晓琼苏前敏黄继汉于挺上海工程技术大学电子电气工程学院上海201620 上海中医药大学药物临床研究中心上海201203 上海工程技术大学管理学院上海201620

目的:挖掘国际多中心临床试验国际合作趋势与特征,在新药研发国际化背景下,为监管部门推动国内多中心临床试验发展提供启示与借鉴。方法:基于美国临床试验注册中心(ClinicalTrials.gov)网站的数据,采集并分析2000—2020年国际多中心临... 详细信息

目的:挖掘国际多中心临床试验国际合作趋势与特征,在新药研发国际化背景下,为监管部门推动国内多中心临床试验发展提供启示与借鉴。方法:基于美国临床试验注册中心(ClinicalTrials.gov)网站的数据,采集并分析2000—2020年国际多中心临床试验数据,运用复杂网络方法进行数据分析与特征挖掘。结果:自2000—2020年,国际多中心临床试验机构的合作网络规模不断扩大,合作紧密度不断增强,机构合作网络具有无标度特性。结论:国际多中心临床试验合作网络的规模呈扩大趋势,未来国际多中心临床试验机构间合作应该向着加强国际机构间合作紧密度的方向迈进。

关键词：临床试验注册合作网络复杂网络分析国际多中心临床试验无标度

和胃止泻胶囊治疗腹泻患者的临床疗效和模型化评价

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中国临床药理学与治疗学 2022年第1期27卷 47-55页

作者：徐俪颖张高松黄小民黄继汉王淑华浙江中医药大学附属第一医院浙江杭州310006 新昌县人民医院浙江绍兴312500 上海中医药大学药物临床研究中心上海201203 浙江永宁药业股份有限公司浙江台州318020

目的:进一步评价和胃止泻胶囊上市后扩大用药人群范围对腹泻患者的临床疗效和安全性,对和胃止泻胶囊治疗腹泻的疗效特征进行模型化评价并考察协变量对药效的影响。方法:采用多中心、前瞻性、开放、非对照性的临床研究设计方法,于2015年1... 详细信息

目的:进一步评价和胃止泻胶囊上市后扩大用药人群范围对腹泻患者的临床疗效和安全性,对和胃止泻胶囊治疗腹泻的疗效特征进行模型化评价并考察协变量对药效的影响。方法:采用多中心、前瞻性、开放、非对照性的临床研究设计方法,于2015年10月至2017年12月,在全国35家临床试验中心开展和胃止泻胶囊上市后临床安全性再评价研究。主要疗效指标为止泻有效率,次要疗效指标为腹泻复常率、腹泻复常时间、不成型大便次数和Leeds消化不良症状量表评分。采用非线性混合效应模型建立和胃止泻胶囊时间进程的药效学模型,考察协变量对药效参数的影响。安全性指标为不良事件和不良反应发生率及实验室检查指标。结果:纳入全分析集(FAS)分析的病例共2 285例,止泻有效率为90.8%,腹泻复常率为77.3%,腹泻复常中位时间均为3 d,用药后3 d Leeds消化不良症状量表评分减少3.6分。建模发现用药前每天便质不正常次数对模型参数E_(max)有显著的影响。最终模型参数E_(max)为6次/d, ET_(50)为2.19 d。基线值对参数E_(max)的校正系数为1.61,即基线每增加1次/d,E_(max)值增加1.61次/d。试验期间共发生不良事件146例,不良事件发生率为6.39%,其中13例判断为不良反应,不良反应发生率为0.57%。试验期间共发生严重不良事件2例,严重不良事件发生率为0.09%,无严重不良反应发生。结论:和胃止泻胶囊能有效减少腹泻患者的腹泻次数,并且不良反应发生率较低,是一种值得推广的治疗药物。

关键词：和胃止泻胶囊腹泻临床研究群体药效学模型上市后再评价

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知识图谱在医学领域的研究现状分析

智能计算机与应用 2023年第5期13卷 32-39页

作者：郑增亮蔡晓琼苏前敏黄继汉上海工程技术大学电子电气工程学院上海201620 上海中医药大学药物临床研究中心上海201203

本文针对国内外知识图谱在医学领域的研究进行可视化分析,对比国内和国外研究的热点和异同,以期推动中国知识图谱在医学领域的研究。以CNKI和Web Of Science上刊载的“知识图谱在医学领域研究”主题相关核心文献作为数据来源,运用CiteSp... 详细信息

本文针对国内外知识图谱在医学领域的研究进行可视化分析,对比国内和国外研究的热点和异同,以期推动中国知识图谱在医学领域的研究。以CNKI和Web Of Science上刊载的“知识图谱在医学领域研究”主题相关核心文献作为数据来源,运用CiteSpace可视化软件进行文献计量分析。从时间序列上看,知识图谱在医学领域的研究已引起国内外学者的广泛关注,该领域的发文量随着时间推移,呈现不断增长的趋势。新的方法、技术如大数据、人工智能,深度学习不断应用到医学领域的知识图谱中,但国内外知识图谱在医学领域方面的研究侧重点不同,国内侧重于理论研究,国外侧重于实际应用。

关键词：知识图谱医学领域可视化

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苏黄止咳胶囊治疗感冒后咳嗽的随机对照研究

中国中西医结合杂志 2008年第8期28卷 698-701页

作者：张燕萍晁燕苗青赵丹林琳孙增涛李素云徐艳玲沈霖黄继汉寇秋爱晁恩祥中国中医科学院西苑医院呼吸科北京100091 北京东方运嘉科技发展有限公司广东中医药大学第二附属医院天津中医药大学附属第二医院河南中医学院第一附属医院辽宁中医学院附属医院华中科技大学同济医学院附属协和医院安徽省药物临床评价中心卫生部中日友好医院

目的观察苏黄止咳胶囊治疗感冒后咳嗽的临床有效性及安全性。方法以止咳宁嗽胶囊为阳性对照药,采用随机、双盲、多中心、阳性药平行对照临床试验。选择符合研究标准的感冒后咳嗽患者280例,治疗组210例(剔除2例),服用苏黄止咳胶囊3粒/次,... 详细信息

目的观察苏黄止咳胶囊治疗感冒后咳嗽的临床有效性及安全性。方法以止咳宁嗽胶囊为阳性对照药,采用随机、双盲、多中心、阳性药平行对照临床试验。选择符合研究标准的感冒后咳嗽患者280例,治疗组210例(剔除2例),服用苏黄止咳胶囊3粒/次,3次/天;对照组70例(剔除1例),服用止咳宁嗽胶囊3粒/次,3次/天;7天为1个疗程。观察患者咳嗽次数、咳嗽程度、咽痒程度、咯痰情况。结果治疗组完成204例,对照组完成67例。咳嗽症状疗效PP分析:治疗组愈显率58.82%,总有效率87.75%;对照组愈显率34.33%,总有效率76.12%;治疗组优于对照组(P0.05)。ITT分析:治疗组愈显率59.62%,总有效率91.35%;对照组愈显率30.43%,总有效率85.51%,愈显率治疗组优于对照组(P0.05)。结论苏黄止咳胶囊治疗感冒后咳嗽安全、有效。

关键词：苏黄止咳胶囊感冒后咳嗽随机双盲多中心

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人工智能技术在新型冠状病毒肺炎中的应用

中国医学物理学杂志 2021年第7期38卷 915-920页

作者：蔡晓琼郭晶磊黄继汉苏前敏上海工程技术大学电子电气工程学院上海201620 上海中医药大学基础医学院上海201203 上海中医药大学药物临床研究中心上海201203

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球范围内迅速传播,对人类的健康、生活、社会功能和国际关系构成严重威胁。人工智能(AI)已被广泛用于解决从大数据分析到计算机视觉的各种复杂问题。COVID-19疫情防治过程中,研究人员提出大量AI算法与模... 详细信息

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球范围内迅速传播,对人类的健康、生活、社会功能和国际关系构成严重威胁。人工智能(AI)已被广泛用于解决从大数据分析到计算机视觉的各种复杂问题。COVID-19疫情防治过程中,研究人员提出大量AI算法与模型以减轻医疗系统的负担,在药物研发、疫情预测、临床诊断等领域发挥了重要作用。本综述从辅助诊断/检测、网络信息监测与分析,生物医学与药物治疗,疾病追踪、识别与检测以及实际临床应用这5个方面讨论了AI在COVID-19中的最新研究进展,旨在为疫情后期管理及未来流行病的及时防治提供参考。

关键词：新型冠状病毒肺炎人工智能深度学习疾病防控综述

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卢梭对科学及文艺的自然主义思考

当代文坛 2024年第3期 177-184页

作者：黄继辉刘晓中国科学院大学人文学院

卢梭的《论科学和文艺》批判了科学和文艺发展对人类社会的负面影响,其探索的范围涉及文明发展的多个纬度,被认为是卢梭启蒙思想体系的滥觞。“科学与文艺的进步不利于敦化风俗”的观点引发了持续至今的争议,反映了他自然主义思想的根... 详细信息

卢梭的《论科学和文艺》批判了科学和文艺发展对人类社会的负面影响,其探索的范围涉及文明发展的多个纬度,被认为是卢梭启蒙思想体系的滥觞。“科学与文艺的进步不利于敦化风俗”的观点引发了持续至今的争议,反映了他自然主义思想的根源和复杂性。卢梭对科学与艺术进步和道德风俗之间潜在冲突的批判,为现代社会自然状态与文化社会之间的紧张关系提供了一个独特的解释视角,有助于我们探索出一条科学、文化与自然和谐共生的可行路径。

关键词：卢梭科学文化《论科学和文艺》自然主义法兰克福学派