检索结果-南通市图书馆

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

河弧菌可移动遗传元件的预测与分析

疾病监测 2022年第5期37卷 591-597页

作者：黄元铭李臻鹏程倩韩雨梁未丽中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的研究河弧菌中可移动遗传元件的种类和分布,探究其对河弧菌适应性进化的意义。方法从公共数据库中获取170株河弧菌的基因组数据,使用MGEfinder软件识别河弧菌中的可移动遗传元件,并对其种类、插入活性、分布及毒力因子进行研究。结果... 详细信息

目的研究河弧菌中可移动遗传元件的种类和分布,探究其对河弧菌适应性进化的意义。方法从公共数据库中获取170株河弧菌的基因组数据,使用MGEfinder软件识别河弧菌中的可移动遗传元件,并对其种类、插入活性、分布及毒力因子进行研究。结果170株河弧菌基因组中共识别到1227个可移动遗传元件。这些元件可归类为完整噬菌体、不完整噬菌体、插入序列、含有第二类内含子的元件、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件、只含有编码基因的元件以及不含任何开放读码框的元件共8类。317个代表性元件序列簇中有307个转座活性都较低,但高转座活性的可移动遗传元件在河弧菌中分布更广泛。可移动遗传元件携带的编码基因的功能主要涉及基因复制、重组、修复,以及基因转录等。可移动遗传元件在环境分离株和临床分离株的分布没有差异。在插入序列、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件以及只含有编码基因的元件这4种可移动遗传元件中识别到多种毒力因子,且不同的可移动遗传元件携带的毒力因子不同。结论河弧菌含有多种类型、多种功能的可移动遗传元件,表现出以高转座活性可移动遗传元件为主导的适应性进化特征。

关键词：河弧菌可移动遗传元件水平基因转移毒力生存

河弧菌VfqI-VfqR密度感应系统对VflT6SS2附属基因簇中vgrG操纵子的调控研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

疾病监测 2022年第5期37卷 585-590页

作者：韩雨黄元铭程倩李杰刁保卫梁未丽中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制重点实验室北京102206

目的探究河弧菌VfqI-VfqR密度感应系统对VflT6SS2附属基因簇hcp-vgrG中vgrG操纵子的调控。方法使用荧光定量反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测野生株和VfqI-VfqR系统缺失株中vgrG的mRNA水平。利用启动子-lux报告质粒系统检测冷光值,确... 详细信息

目的探究河弧菌VfqI-VfqR密度感应系统对VflT6SS2附属基因簇hcp-vgrG中vgrG操纵子的调控。方法使用荧光定量反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测野生株和VfqI-VfqR系统缺失株中vgrG的mRNA水平。利用启动子-lux报告质粒系统检测冷光值,确定vgrG启动子在河弧菌野生株、缺失株、回补株中的活性差异。在大肠埃希菌中,导入VfqR过表达质粒,检测vgrG启动子-lux报告质粒冷光值,确定VfqR可否激活vgrG启动子。结果△vfqI、△vfqR和△vfqI-vfqR缺失株中vgrG mRNA水平和启动子活性均显著低于野生株;在△vfqR中回补VfqR表达质粒pSRvfqR和在△vfqI中分别添加3-oxo-C_(10)-HSL、C_(10)-HSL和3-oxo-C_(12)-HSL AHLs分子均能恢复vgrG启动子活性,并且3种AHLs分子效果大体一致。在大肠埃希菌中过表达VfqR并添加上述3种外源AHLs,对vgrG启动子活性没有影响。结论VfqI-VfqR密度感应系统在启动子水平正性调控vgrG操纵子,并且该调控作用是间接的。

关键词：河弧菌 Ⅵ型分泌系统密度感应系统 vgrG 转录调控

甲型流感病毒H1N1感染致小鼠肠道损伤机制的研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

疾病监测 2023年第9期38卷 1108-1115页

作者：李金桐晏军任志鸿宋利琼肖玉春黄元铭班承钧北京中医药大学东直门医院北京100700 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的观察甲型流感病毒H1N1感染小鼠的一般状态、肺组织病理、肠组织病理、结肠转录组、肠内容物代谢组的变化,探究甲型流感病毒H1N1感染致小鼠肠道损伤的机制。方法用流感病毒PR8感染C57BL/6J小鼠,留取感染后第7天肺组织、结肠组织和盲... 详细信息

目的观察甲型流感病毒H1N1感染小鼠的一般状态、肺组织病理、肠组织病理、结肠转录组、肠内容物代谢组的变化,探究甲型流感病毒H1N1感染致小鼠肠道损伤的机制。方法用流感病毒PR8感染C57BL/6J小鼠,留取感染后第7天肺组织、结肠组织和盲肠内容物,计算肺指数,测量结肠长度,采用苏木素–伊红染色观察肺、肠组织病理,RNA-seq法进行结肠转录组测序,非靶向代谢组学检测盲肠内容物。结果感染模型组小鼠较空白对照组小鼠体质量减轻、活动减少,肺指数增加,结肠长度缩短,肺、结肠组织病理出现损伤。空白对照组和感染模型组小鼠共有1609个差异基因,437个差异代谢物,这些差异基因和差异代谢物共同富集到的通路包括花生四烯酸代谢通路和色氨酸代谢通路。结论甲型流感病毒感染可能通过改变小鼠结肠内基因表达水平和盲肠内的代谢产物造成小鼠肠道损伤。

关键词：甲型流感病毒肺损伤结肠损伤转录组学代谢组学

dapb1基因对诺卡菌系统分类和物种鉴定方法的建立与评价

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

疾病监测 2022年第2期37卷 191-197页

作者：徐帅车彦林李臻鹏黄元铭韩李超李丹李振军中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 温州医科大学检验医学院检验医学教育部重点实验室浙江温州325035

目的评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力。方法从公共数据库中获得230株菌株(198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株)基因组序列,从198株诺卡菌(90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株)基因组中提取dapb1基因,采用... 详细信息

目的评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力。方法从公共数据库中获得230株菌株(198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株)基因组序列,从198株诺卡菌(90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株)基因组中提取dapb1基因,采用clustalo进行多序列比对,并用iqtree构建系统发育树。计算全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI),并对16S rRNA序列进行PCR扩增,扩增片段经纯化后测序,与dapb1基因鉴定结果进行比较。结果基于dapb1基因对诺卡菌模式菌株构建系统发育树,90株诺卡菌模式菌株被分为5个进化分支,种间相似度为73.80%~97.74%,平均相似度为82.40%。将该方法应用于31株诺卡菌标准菌株和77株临床菌株,结果显示16S rRNA基因与ANI一致率为77.7%,而dapb1基因与ANI一致率为100%,dapb1基因比16S rRNA基因具有更高的分辨率和准确性,可对诺卡菌进行准确的定种。其98.08%的序列相似度可作为诺卡菌菌种鉴定的界值。结论 dapb1基因具有良好的种间分辨率,可对诺卡菌进行快速、准确的定种,能够真实反映诺卡菌种间的系统发育关系,可应用于诺卡菌菌群遗传结构分析、暴发溯源和流行株的传播监测。

关键词：诺卡菌 dapb1基因系统分类细菌鉴定

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

河弧菌中Ⅵ型分泌系统组成及功能性表达研究

河弧菌中Ⅵ型分泌系统组成及功能性表达研究

作者：黄元铭中国疾病预防控制中心

学位级别：硕士

河弧菌(Vibrio fluvialis)作为一种新近出现的食源性病原菌,正在逐渐成为一个新的公共卫生问题。河弧菌能够引起急性腹泻的散发和暴发,偶尔也会有肠道外感染病例的报道。河弧菌感染的临床症状与霍乱有些相似,能够引起病人的水样腹泻。目... 详细信息

河弧菌(Vibrio fluvialis)作为一种新近出现的食源性病原菌,正在逐渐成为一个新的公共卫生问题。河弧菌能够引起急性腹泻的散发和暴发,偶尔也会有肠道外感染病例的报道。河弧菌感染的临床症状与霍乱有些相似,能够引起病人的水样腹泻。目前,对于河弧菌的生存特点与治病机制的了解,仍然很有限。Ⅵ型分泌系统(T6SSs)是一种新近发现的细菌分泌系统,在很多革兰阴性菌中均有被发现。T6SSs常常被认为与细菌的致病力有关,其机制是通过将毒力蛋白注射到宿主细胞或外环境的与其竞争的其他细菌中,引起靶细胞的死亡,从而获得竞争优势。在本次研究中,我们根据之前的研究和全基因组测序结果,还有PCR实验验证,明确了 VF85003的两个T6SS基因簇(VflT6SS1和VflT6SS2)详细的基因、组成结构及其侧翼区序列,同时也鉴定出了三个“独立”的hcp-vgrG同源基因簇。我们选择了 34株野生河弧菌分离株,依据85003基因组中VflT6SS1和VflT6SS2基因簇,使用叠瓦片式的方式设计引物,利用PCR扩增野生河弧菌中的T6SS基因簇。结果显示VflT6SS2内各基因片段的检出率高于VflT6SS1,提示在野生河弧菌中,VflT6SS2基因簇的分布可能比VflT6SS1更广泛。在PCR验证实验中,在某几个野生株里,VflT6SS2的tssG2-tagH2、tssJ2-tssK2、或vasI-tssA2,或vasH-vasI、vasI-tssa2或tssM2-vasL并未被检出,可能是由于各野生株间遗传背景有差异或基因有突变等原因。Hcp和VgrG既是T6SS的结构蛋白,也能够作为效应子被分泌出去。通过检测Hcp蛋白的分泌来判断T6SS是否有功能活性,是一种常用的T6SS研究方法。在本次研究中,我们发现,VflT6SS2cp的表达是受温度影响的。在常规培养条件下,VflT6SS2在25℃和30℃有组成型表达,在高温(37℃)下没有表达活性,这提示VflT6SS2可能对于细菌在水生环境中的生存具有重要意义。我们收集了 OD600值在0.2、0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.8和过夜的菌液,结果显示Hcp蛋白在过夜前的菌液中均有表达,但只在OD600为1.0-2.0这一阶段能够分泌出去,说明VflT6SS2cp的分泌也呈生长阶段依赖性的。我们在不同的河弧菌野生株中检测了 VflT6SS2cp的表达和分泌,结果显示,在常规培养条件下,除了 VF42没有分泌Hcp蛋白,其他野生株均表现出VflT6SS2的活性。我们的研究发现增加盐浓度(NaCl的浓度从170 mM到855 mM)或者使用高的等渗透压KC1溶液、蔗糖溶液、海藻糖溶液或甘露醇溶液(相当于340mM的NaCl溶液)在常规培养条件下,能够很明显的刺激Hcp的分泌,这表明渗透压也能够调控VflT6SS2的功能。而且,我们发现尽管VflT6SS2在37℃、常规培养条件下是没有活性的,但如果使用高盐浓度(513 mM到855 mM的NaCl),还是能够激活VflT6SS2,这一结果也提示了 VflT6SS2可能在感染宿主内的特定条件下是能够发挥功能的。最后,我们的杀菌实验结果显示VflT6SS2的功能性表达与抗菌活性有关。vasH作为T6SS的全局调控子,它的缺失能够影响Hcp的表达与分泌,进而影响VflT6SS2介导的细菌杀菌活性。VflT6SS2的三个Hcp效应子的杀菌实验的结果显示,TssD2和TssD2的缺失对细菌杀菌能力的影响很有限,但它们的双缺失株却极大地降低了细菌的杀菌能力,这表明TssD2a和TssD2b在功能上冗余的,但对于VflT6SS2介导的抗菌活性是必须的。TssD2c的缺失对于细菌杀菌的影响很有限,这也提示TssD2c可能对于VflT6SS2介导的杀菌活性是非必需的。85003中另一个T6SS基因簇VflT6SSl,在常规培养条件下,基因的mRNA表达水平很低,说明VflT6SS1在常规培养条件下未对细菌杀伤能力有贡献。总之,我们的研究提示了 VflT6SS2能够给予河弧菌在海洋环境中获得竞争优势,它的活性能够被如温度和盐浓度等环境信号所调控。

关键词： Ⅵ型分泌系统 VasH(毒力相关分泌因子H) Hcp(haemolysin co-regulated protein 溶血素共调蛋白) T6SS 杀菌实验河弧菌

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

一代英豪出才溪

福建党史月刊 1991年第10期 27-29页

作者：黄元铭

才溪,地处福建省西部的上杭县,方圆116.5平方公里,四面群山环抱,山青水秀。她以毛泽东“才溪乡调查”而闻名于世。这里是红军之乡,88%的青壮年参加了红军;1100多位志士为革命捐躯;又是负有“九军十八师”盛名的将军之乡,有10人被授予少... 详细信息

才溪,地处福建省西部的上杭县,方圆116.5平方公里,四面群山环抱,山青水秀。她以毛泽东“才溪乡调查”而闻名于世。这里是红军之乡,88%的青壮年参加了红军;1100多位志士为革命捐躯;又是负有“九军十八师”盛名的将军之乡,有10人被授予少将以上军衔。诞生在这里的一批共和国将军们。

关键词：一代英豪才溪九军遵义城福州军区王集成贫苦农民侦察科长强渡大渡河共产主义战士

水苏糖和清酒乳杆菌联合使用对慢传输型便秘的缓解效果及机制研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

水苏糖和清酒乳杆菌联合使用对慢传输型便秘的缓解效果及机制研究

dapb1基因用于对诺卡菌系统分类和物种鉴定方法的建立与评价研究

中国营养学会第十五届全国营养科学大会

作者：郭雅南黄元铭李先平宋利琼肖玉春王治寰任志鸿山东大学中国疾病预防控制中心传染病预防控制所

目的为筛选研发可改善便秘的合生元,利用复方地芬诺酯建立小鼠慢传输型便秘(STC)模型,筛选出一株具有通便效果的清酒乳杆菌furu2019(L.sakeifuru2019),并将其与益生元水苏糖(Stachyose,ST)进行配伍,评价ST和L.sakei联用对慢传输型便秘... 详细信息

目的为筛选研发可改善便秘的合生元,利用复方地芬诺酯建立小鼠慢传输型便秘(STC)模型,筛选出一株具有通便效果的清酒乳杆菌furu2019(L.sakeifuru2019),并将其与益生元水苏糖(Stachyose,ST)进行配伍,评价ST和L.sakei联用对慢传输型便秘的效果,并探讨其作用机制。方法 ICR小鼠随机分为五组:空白组、模型组、水苏糖干预组(ST)、清酒乳杆菌干预组(L.sakei)、联合干预组(ST+L.sakei)。空白组与模型组每日灌胃PBS,ST组和L.sakei组分别灌胃水苏糖溶液(1.5g/kg)和清酒乳杆菌菌液(3×10CFU/只),ST+L.sakei组灌胃水苏糖和清酒乳杆菌混合溶液(1.5g/kg+3×10CFU/只)。于第22天灌胃10mg/kg复方地芬诺酯造模,并进行小鼠排便实验。第23天继续灌胃5mg/kg的复方地芬诺酯造模进行肠道推进实验并取材。观察肠道推进率等便秘指标,利用RT-PCR、免疫组化ELISA测定便秘相关基因表达和神经递质含量等指标,利用靶向代谢检测盲肠内容物短链脂肪酸(SCFAs)含量,利用16S rDNA测序分析小鼠粪便菌群变化。结果 ST+L.sakei组对小鼠粪便湿重和粪便含水量的改善效果比ST组和L.sakei组显著;对小鼠首次黑便排出时间、粪便数量和肠道推进率的改善效果有更好的趋势,但与ST组和L.sakei组的差异未达到统计学意义。RT-PCR和免疫组化结果表明,ST+L.sakei组主要通过影响水通道蛋白(AQP4和AQP8)和Cajal间质细胞表达来缓解便秘,其中ST+L.sakei组对水通道蛋白表达水平的影响较ST组和L.sakei组更为显著。SCFAs检测结果表明,ST+L.sakei组显著增加了盲肠内容物中丙酸和丁酸的丰度。ELISA结果表明,ST+L.sakei组小鼠血清中兴奋性神经递质5-羟色胺、P物质和胃动素含量较模型组显著升高,抑制性神经递质内皮素含量较模型组显著降低,其对5-羟色胺的影响较ST组和L.sakei组更为显著。16S rDNA测序分析表明,ST+L.sakei组物种丰富度和菌群多样性恢复到空白组水平。ST+L.sakei能够升高疣微菌门、另枝菌属和艾克曼菌属丰度并降低拟杆菌属的丰度。结论 ST和L.sakei联用的合生元对缓解STC的效果更优,有望发展为治疗STC的有效微生态制剂。

关键词：慢传输型便秘水苏糖清酒乳杆菌靶向代谢组肠道菌群

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

疾病监测 2021年

作者：徐帅车彦林李臻鹏黄元铭韩李超李丹李振军中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室温州医科大学检验医学院检验医学教育部重点实验室

目的：评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力。方法：从公共数据库中获得230株菌株（198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株）基因组序列，从198株诺卡菌（包括90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株）基因组中提取da...

目的：评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力。方法：从公共数据库中获得230株菌株（198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株）基因组序列，从198株诺卡菌（包括90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株）基因组中提取dapb1基因，采用clustalo进行多序列比对，并用iqtree构建系统发育树。计算全基因组平均核苷酸一致性（average nucleotide identity， ANI），并对16S rRNA序列进行PCR扩增，扩增片段经纯化后测序，与dapb1基因鉴定结果进行比较。结果：基于dapb1基因对诺卡菌模式菌株构建系统发育树，90株诺卡菌模式菌株被分为5个进化分支，种间相似度73.80%～97.74%，平均相似度82.40%。将该方法应用于31株诺卡菌标准菌株和77株临床菌株，结果显示16S rRNA基因与ANI一致率为77.7%，而dapb1基因与ANI一致率为100%，dapb1基因比16S rRNA基因具有更高的分辨率和准确性，可对诺卡菌进行准确的定种。其97.75%～98.07%的序列相似度可作为诺卡菌新种鉴定的界值。结论：dapb1基因具有良好的种间分辨率，可对诺卡菌进行快速、准确的定种，能够真实反映诺卡菌种间的系统发育关系，可应用于诺卡菌菌群遗传结构分析、爆发溯源和流行株的传播监测。

关键词：

基于转录组测序技术分析中医三阳合治法减轻流感病毒致小鼠结肠损伤的作用机制

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中华实验和临床病毒学杂志 2023年第2期37卷 159-167页

作者：张亚楠晏军宋利琼黄元铭刘畅刘国星李金桐张悦王明哲翟志光王成祥张立山班承钧许文波程淼北京中医药大学东直门医院北京100700 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 北京市鼓楼中医医院北京100009 临渭刘尊基中医诊所陕西与渭南714000 北京中医药大学第三附属医院北京100029 中国中医科学院中医基础理论研究所北京100700 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委医学病毒学与病毒疾病重点实验室北京102206

目的应用转录组测序技术研究麻杏石甘汤合小柴胡汤(以下称"三阳合治")减轻流感病毒感染小鼠结肠损伤的作用机制。方法甲型流感病毒H1N1滴鼻诱导流感病毒致小鼠结肠损伤模型。小鼠分为空白组、模型组和三阳合治组,每组10只小鼠。模型组... 详细信息

目的应用转录组测序技术研究麻杏石甘汤合小柴胡汤(以下称"三阳合治")减轻流感病毒感染小鼠结肠损伤的作用机制。方法甲型流感病毒H1N1滴鼻诱导流感病毒致小鼠结肠损伤模型。小鼠分为空白组、模型组和三阳合治组,每组10只小鼠。模型组、三阳合治组分别以PBS、麻杏石甘汤合小柴胡汤灌胃,7天后取各组小鼠结肠组织,观察结肠长度及结肠病理损伤情况,并进行转录组测序,筛选三阳合治组与模型组显著差异基因进行GO、KEGG和GSEA分析。结果三阳合治干预后显著改善了小鼠的结肠长度,减轻了结肠病理损伤。三阳合治组与模型组有92个显著差异表达基因,GO分析提示差异基因富集于细胞因子和趋化因子产生的调节、炎症应答、防御反应、免疫反应、NIK/NF-κB信号的调节以及MAPK级联等生物过程,以及刷状缘膜、刷状缘、微绒毛等与肠道屏障相关的细胞组分。KEGG分析提示差异基因富集于Toll样受体信号通路、产生IgA的肠道免疫网络、补体和凝血级联以及PPAR信号通路等。GSEA分析提示产生IgA的肠道免疫网络、PPAR信号通路以及丙酸代谢和丁酸盐代谢等在三阳合治干预后显著上调,而凋亡和MAPK信号通路在三阳合治干预后显著下调。结论三阳合治法主要通过免疫、炎症、代谢等发挥对流感病毒感染小鼠的肠道保护作用。

关键词：麻杏石甘汤合小柴胡汤三阳合治流感病毒转录组测序结肠损伤作用机制