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基于线粒体COⅠ基因的海陵岛鲷科鱼类系统发育分析

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基因组学与应用生物学 2017年第3期36卷 874-881页

作者：黄元佳贺亮刘丽袁吉贵全秋梅广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室湛江524088

对采自海陵岛的6种鲷科鱼类(Sparidae)86个个体的线粒体COⅠ基因进行测序,结合Gen Bank上的17条同源序列,共7属11种103个个体进行系统进化分析。海陵岛11种鲷科鱼类COⅠ基因序列的T、C、A、G的平均含量分别为31.9%、27.6%、23.4%和17.1%... 详细信息

对采自海陵岛的6种鲷科鱼类(Sparidae)86个个体的线粒体COⅠ基因进行测序,结合Gen Bank上的17条同源序列,共7属11种103个个体进行系统进化分析。海陵岛11种鲷科鱼类COⅠ基因序列的T、C、A、G的平均含量分别为31.9%、27.6%、23.4%和17.1%,有保守位点359个,变异位点165个,简约信息位点162个,序列中转换大于颠换。Kimura 2-parameter种间遗传距离显示,真赤鲷和二长棘犁齿鲷的遗传距离小于前者与蓝点赤鲷的遗传距离。应用邻接法(NJ法)和最大似然法(ML法)对103条序列分别构建了鲷科鱼类的分子系统进化树。结果显示,鲷科鱼类分为两大类群,一类包括犁齿鲷属、赤鲷属、牙鲷属和四长棘鲷属,另一类包括平鲷属、棘鲷属和拟牛眼鲷属。根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,真赤鲷与二长棘犁齿鲷可能属于同一属,这与传统的形态分类学观点不完全相符。

关键词：海陵岛鲷科 CO I基因系统进化

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稀杯盔形珊瑚转录组分析

广东海洋大学学报 2015年第6期35卷 1-8页

作者：刘金豆刘丽黄元佳广东海洋大学水产学院//南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室//南海生物资源开发与利用协同创新中心广东湛江524088

以高通量测序技术Illumina Hi SeqTM2000对稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)进行转录组测序分析,共获得50 360 620条短序列(reads)。利用Trinity软件对所有reads从头组装后得到81 014条单基因簇(Unigenes),60 471条(74.58%)编码蛋白框(Coding Sequences,CDs)。与Nr(Non-redundant,非冗余)、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins,蛋白相邻类的聚簇)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot四大数据库比对共获得36 545条注释基因。其中与COG数据库比对获得14 491条注释基因,分为24个功能类别,其中参与一般功能预测类的Unigene数最多,有4 642条;KEGG分析比对获得16 021条注释基因,分成241类,包括代谢通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等,在所有通路中参与代谢途径的基因数最多,共有2 450条(15.29%);GO(Gene Ontology,基因本体)功能分类将Unigene分为47个类别。

关键词：转录组稀杯盔形珊瑚 Unigene 信号通路

吉富罗非鱼第二十一代选育群体微卫星标记研究

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基因组学与应用生物学 2017年第4期36卷 1498-1504页

作者：袁吉贵刘丽陈增祥张艳苹黄元佳广东海洋大学水产学院湛江524025

采用10对微卫星引物对广东省化州光辉养殖场有限公司新选育的吉富罗非鱼第21代群体进行遗传多样性研究。结果显示:10对引物在48尾吉富罗非鱼中共检测到57个等位基因(Na),平均值为5.700;有效等位基因(Ne)平均值为3.726;观测杂合度(Ho)在0... 详细信息

采用10对微卫星引物对广东省化州光辉养殖场有限公司新选育的吉富罗非鱼第21代群体进行遗传多样性研究。结果显示:10对引物在48尾吉富罗非鱼中共检测到57个等位基因(Na),平均值为5.700;有效等位基因(Ne)平均值为3.726;观测杂合度(Ho)在0.750~1之间,平均值为0.896;多态信息含量(PIC)在0.390~0.797之间,平均值为0.640。表明该吉富罗非鱼选育群体具有较高的遗传多样性水平,可作为选育和养殖基础群体。

关键词：吉富罗非鱼微卫星标记遗传多样性

基于16SrRNA基因部分序列的8种虾虎鱼科鱼类系统发育关系分析

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基于16SrRNA基因部分序列的8种虾虎鱼科鱼类系统发育关系分析

2016年中国水产学会学术年会

作者：黄元佳全秋梅贺亮刘丽广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室

本研究对采自海陵岛的4种虾虎鱼科鱼类进行16SrRNA基因特异扩增测序,并与从GenBank下载的11条同源序列结合,共15条序列进行序列联合分析和系统发育研究。研究表明:15条序列T、C、A、G碱基含量分别为21.5%,25.0%,30.6%,22.9%,有保守位点... 详细信息

本研究对采自海陵岛的4种虾虎鱼科鱼类进行16SrRNA基因特异扩增测序,并与从GenBank下载的11条同源序列结合,共15条序列进行序列联合分析和系统发育研究。研究表明:15条序列T、C、A、G碱基含量分别为21.5%,25.0%,30.6%,22.9%,有保守位点333个,变异位点153个,简约信息位点131个,单一突变位点22个。运用MAGA6计算8种虾虎鱼科鱼类之间的遗传距离,结果显示8种虾虎鱼科鱼类的平均遗传距离为0.1329,其中犬牙细棘虾虎鱼和红狼牙虾虎鱼的种间遗传距离最大,青弹涂鱼和大弹涂鱼的遗传距离最小。利用最小进化法和邻位连接法构建分子系统发育树,两种方法构建的系统发育树的拓扑结构完全相同,其中斑纹舌虾虎鱼位于进化树的基部,拟矛尾虾虎鱼位于进化树的顶端。研究旨为虾虎鱼科鱼类的分类提供依据,并为其进一步的研究和保护提供参考。

关键词：虾虎鱼 16SrRNA 系统进化海陵岛

稀杯盔形珊瑚钙调素类似蛋白基因的克隆、原核表达和温度胁迫下的表达分析

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稀杯盔形珊瑚钙调素类似蛋白基因的克隆、原核表达和温度胁迫下的...

2017年中国水产学会学术年会

作者：黄元佳袁吉贵彭慧湃张艳苹刘丽广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室

珊瑚碳酸钙的形成过程涉及到Ca的吸收、转运、贮藏、分泌和沉积等,与钙代谢这一高度受控的复杂生理过程紧密相关。本研究以稀杯盔形珊瑚转录组测序结果为基础,通过RACE技术,得到钙调素类似蛋白的c DNA序列,全长1290bp,开放阅读框为498bp... 详细信息

珊瑚碳酸钙的形成过程涉及到Ca的吸收、转运、贮藏、分泌和沉积等,与钙代谢这一高度受控的复杂生理过程紧密相关。本研究以稀杯盔形珊瑚转录组测序结果为基础,通过RACE技术,得到钙调素类似蛋白的c DNA序列,全长1290bp,开放阅读框为498bp,编码165个氨基酸,5′端非编码区为109bp,3′端非编码区为683 bp。相应蛋白质的预测分子量约为18.89kDa,理论等电点为4.22。运用pET-32a载体和BL21(DE3)菌株构建钙调素类似蛋白原核表达系统,诱导出特异性融合蛋白。实时荧光定量PCR检测显示,在不同的胁迫温度(20℃和30℃)处理下,钙调素类似蛋白基因表达随着时间推移呈现先上升后下降的规律,并于24h达到最大表达量。上述结果为进一步深入研究钙调素类似蛋白基因的功能及其调控机理奠定基础。

关键词：稀杯盔形珊瑚钙调素类似蛋白原核表达温度胁迫

基于线粒体Cytb基因片段序列探讨5种鲷科鱼类分子系统进化关系

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基于线粒体Cytb基因片段序列探讨5种鲷科鱼类分子系统进化关系

2016年中国水产学会学术年会

作者：贺亮刘丽黄元佳廖健全秋梅林斌全广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室

对采自广东省海陵岛的4属5种鲷科鱼类36个个体的线粒体Cytb基因进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank已有的同源序列,共56条Cytb基因序列进行序列变异、分子系统进化研究。结果显示,碱基T、C、A、G的平均含量分别为:30.3%、31.1%、23.4%... 详细信息

对采自广东省海陵岛的4属5种鲷科鱼类36个个体的线粒体Cytb基因进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank已有的同源序列,共56条Cytb基因序列进行序列变异、分子系统进化研究。结果显示,碱基T、C、A、G的平均含量分别为:30.3%、31.1%、23.4%、15.2%,A+T含量(53.7%)高于C+G含量(46.3%),其中保守位点490个,变异位点244个,简约信息位点226个,单一突变位点18个,由密码子UUU编码的苯丙氨酸(Phe)具有较强偏倚性;种间、种内平均遗传距离分别在0.001.048、0.109.208之间,5种鲷科鱼类共聚为两大类群(Taxon),并分别对应两种不同体色类型,即银灰体色的灰鳍棘鲷、黑棘鲷与平鲷聚为TaxonⅠ;红体色的黄牙鲷、二长棘鲷形成TaxonⅡ;综合中性检验与mismatch分布,5种鲷科鱼类群体大小处于稳定,且符合中性进化假设。

关键词：鲷科鱼类细胞色素b基因分子系统进化

运用智慧手段打造流域水电运行期综合环境监测体系的设想

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大电机技术 2018年第6期 84-86页

作者：王充实赵越黄元佳金一凌国电大渡河流域水电开发有限公司成都610041

在当代水电开发的浪潮中,随着国家对生态环境文明的要求进一步提高,除了流域水电开发建设环保、水保措施得以落实外,流域水电运行期带来的环境及生态问题也逐渐得到了重视。为研究流域电站运行对流域生态环境产生的影响,并为运行期流域... 详细信息

在当代水电开发的浪潮中,随着国家对生态环境文明的要求进一步提高,除了流域水电开发建设环保、水保措施得以落实外,流域水电运行期带来的环境及生态问题也逐渐得到了重视。为研究流域电站运行对流域生态环境产生的影响,并为运行期流域管理提出解决构想,需搭建智慧化的水电运行期流域综合监测体系。本文提出运行期流域综合环境监测的现状以及目前存在的问题,同时采用智慧手段展开对运行期综合环境监测体系建设的设想。

关键词：智慧电厂流域水电运行期综合环境监测

珊瑚可溶性有机基质中Galaxin蛋白的功能

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珊瑚可溶性有机基质中Galaxin蛋白的功能

2018年中国水产学会学术年会

作者：袁吉贵黄元佳刘丽张艳苹沈城黄亮天黄文靖黄博艺广东海洋大学水产学院广东徐闻国家珊瑚礁自然保护区

研究珊瑚的钙化过程对珊瑚礁的保护和恢复非常重要。然而,有机基质蛋白如何调节矿物质沉积却没有得到很好解释。本研究中克隆了稀杯盔行珊瑚galaxin基因,全长为1492bp。在稀杯盔行珊瑚中没有发现其它的galaxin转录本,Galaxin蛋白具有两... 详细信息

研究珊瑚的钙化过程对珊瑚礁的保护和恢复非常重要。然而,有机基质蛋白如何调节矿物质沉积却没有得到很好解释。本研究中克隆了稀杯盔行珊瑚galaxin基因,全长为1492bp。在稀杯盔行珊瑚中没有发现其它的galaxin转录本,Galaxin蛋白具有两个特殊的重复结构和一个锌指结构。在pull-down实验中,Galaxin与Tubulin tyrosine ligase-like family,member 5蛋白,Coadhesin-like蛋白和EVH1 domain-containing蛋白结合。在同一种珊瑚的有机基质和总蛋白质之间,与Galaxin相结合的蛋白是相似的,但在稀杯盔行珊瑚和丛生盔行珊瑚之间存在差异。在36-96 h温度胁迫中,稀杯盔行珊瑚galaxin基因的表达量在17°C、21°C和31°C胁迫下先上调后下调,而在33°C高温胁迫下持续上调;稀杯盔行珊瑚在17°C胁迫下出现严重的漂白,但在21°C,27°C,31°C和33°C却没有白化现象。这项研究显示了珊瑚galaxin基因复杂的功能。与低温胁迫相比,中国西沙海域的稀杯盔行珊瑚更能抵抗高温。

关键词：珊瑚白化 Galaxin 温度胁迫

“一带一路”倡议对中国沿线城市旅游经济发展的影响效应 ——基于双重差分模型的实证分析

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华东经济管理 2025年第1期39卷 31-40页

作者：高亚佳黄裕洪浙江省“八八战略”创新发展研究院浙江杭州310012 中共新昌县委党校科研室浙江新昌312500 华南师范大学经济与管理学院广东广州510006

拓展和深化旅游合作是共建“一带一路”的重要内容。文章基于2009—2020年中国271个地级市的面板数据,构建双重差分模型实证考察“一带一路”倡议对沿线城市旅游经济发展的影响及潜在机制。研究发现,“一带一路”倡议对沿线城市旅游经... 详细信息

拓展和深化旅游合作是共建“一带一路”的重要内容。文章基于2009—2020年中国271个地级市的面板数据,构建双重差分模型实证考察“一带一路”倡议对沿线城市旅游经济发展的影响及潜在机制。研究发现,“一带一路”倡议对沿线城市旅游经济发挥显著的促进效应,这一影响效应在东部城市、大城市及历史文化名城中更为突出;机制分析表明,“一带一路”倡议通过完善数字信息基础设施、推动技术创新、优化产业结构和提高服务供给水平等渠道推动城市旅游经济发展。研究结论可以为中国通过共建“一带一路”倡议促进旅游高质量发展提供理论依据和政策启示。

关键词： “一带一路”倡议旅游经济高质量发展区域经济双重差分模型