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基于网络嵌入的miRNA-靶基因关联预测算法研究

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基于网络嵌入的miRNA-靶基因关联预测算法研究

作者：鲍垚婷湖南大学

学位级别：硕士

MicroRNA作为人类体内最重要的小分子之一,通过多种方式调控靶基因的表达,与许多复杂疾病相关。新一代测序技术的发展以及海量的生物医学数据的积累,对理解miRNA在生物网络中的调控机制和复杂疾病的发病机理提供了便利。生物信息学算法... 详细信息

MicroRNA作为人类体内最重要的小分子之一,通过多种方式调控靶基因的表达,与许多复杂疾病相关。新一代测序技术的发展以及海量的生物医学数据的积累,对理解miRNA在生物网络中的调控机制和复杂疾病的发病机理提供了便利。生物信息学算法的提出大大加快了miRNA-靶基因的关系预测的进度,然而现有的方法在有效利用已知数据提取特征方面还有待改进,因此本文以miRNA和靶基因为研究对象,利用miRNA和靶基因的多源数据,结合网络嵌入和深度学习的计算方法,设计出能够预测潜在的miRNA-靶基因相互作用的算法模型,加快生物实验的进程。主要工作如下:(1)鉴于现有的miRNA-靶基因预测方法存在未高效利用已知数据,选取特征忽略了数据之间关系信息等不足。本文结合邻居信息和网络嵌入的方式,设计了miRNA-靶基因关联预测算法Multi-MTI(Multi Information MiRNA-Target Interaction)。该方法一方面从网络关联信息出发,构建融合邻居信息的miRNA-靶基因二分网络,利用网络表示学习方法Deepwalk学习miRNA和靶基因之间的关系特征。另一方面从序列信息出发,利用Role2vec方法学习miRNA和靶基因的序列特征。对所学数据特征和关系特征进行拼接,并利用一个注意力网络来预测miRNA和靶基因的关系。通过五折交叉验证,Multi-MTI与其他对比方法相比,在多项评估指标中皆获得了更好的效果。消融实验和参数分析表明了Multi-MTI模型的每一环节都对结果带来更好的作用。通过对未知样本预测结果的案例分析,进一步展示了Multi-MTI具有预测潜在miRNA-靶基因关联的能力。(2)为了进一步探索网络中节点对之间的关系特征,提出了算法MDCNN(Metapath-based Deep Convolutional Neural Network)。一方面,以元路径的形式出发,将网络节点对的关系联系在一起,提高算法的可解释性。另一方面,针对所学的特征的有效性对于miRNA-靶基因起着重要的作用,设计成一个端到端的框架,可以在训练的过程中更新参数,自适应地学习到最佳的特征表示。五折交叉验证表明,MDCNN与Multi-MTI和其他对比方法相比较,在各项评估指标都获得了更高的值。消融实验表明,利用多源信息能够使模型捕获更多的节点信息。参数敏感性分析过程表明,参数对模型的影响较小,具有很强的鲁棒性。最后通过对hsa-mir-26b-5p和CDKN1A的案例研究,说明了MDCNN具有预测新的潜在的miRNA靶基因关联的能力。

关键词： miRNA-靶基因关联网络嵌入深度学习卷积神经网络元路径

Tb-doped Zn-Al LDH/tryptophan杂合物的合成及其荧光性质

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Tb-doped Zn-Al LDH/tryptophan杂合物的合成及其荧光性质

Synthesis of new Tb-doped Zn-Al LDH/tryptophan hybrids and their fluorescent property

中国化学会第30届学术年会

作者：陈玉凤鲍垚南昌大学化学学院

本文采用软化学法合成了一系列基于Tb掺杂Zn Al-LDH和色氨酸的杂合物,并对杂合物的组成,结构和荧光进行了表征。组份分析表明,当Tb-doped Zn Al LDH分别与0.05,0.1,and 0.25mol·L-1的色氨酸溶液作用后,相应杂合物中色氨酸的含量依次增... 详细信息

本文采用软化学法合成了一系列基于Tb掺杂Zn Al-LDH和色氨酸的杂合物,并对杂合物的组成,结构和荧光进行了表征。组份分析表明,当Tb-doped Zn Al LDH分别与0.05,0.1,and 0.25mol·L-1的色氨酸溶液作用后,相应杂合物中色氨酸的含量依次增加。XRD结果表明杂合物中出现了新的衍射峰,这些衍射峰与LDH和色氨酸的衍射峰都不匹配。红外光谱表征结果发现,杂合物的红外光谱兼有LDH和色氨酸的红外光谱特征。荧光光谱结果表明,Tb-doped Zn Al LDH中出现了很强的源于Tb3+离子的5D4—7F5跃迁的绿光峰,而在杂合物中该绿光大大减弱,但并未猝灭,且杂合物的光谱覆盖在很宽的可见光区范围;同时源于色氨酸的荧光明显增强。

关键词： Tb掺杂 ZnAl层状氢氧化物色氨酸杂合物荧光

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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Journal of Rare Earths 2016年第11期34卷 1095-1102页

作者：陈玉凤王肖庆罗世地鲍垚 College of Chemistry Nanchang University Department of Applied Chemistry Guangdong Ocean University

A series of hybrids based on Tb-doped Zn-Al layered double hydroxides （Tb-LDHs） combined with tryptophan （hereafter shortened as Try） were synthesized by soft-chemical method. The composition, structure, and fluorescence of the Tb-LDH/Try hy-brids were analyzed by various characterizations. Compositional analysis indicated that the content of tryptophan present in the hybrids gradually increased while the Tb-LDH reacted with 0.05, 0.1, and 0.25 mol/L Try solution, respectively. XRD results revealed that new reflections appeared in the Tb-LDH/Try hybrids. TGA curves of the Tb-LDH/Try hybrids were different from that of Tb-LDH and Try. IR spectra manifested that the IR spectra of the hybrids were characteristic of the Try and Tb-LDH. Fluorescent spectra sug-gested that the green emission due to5D4→7F5 transition of Tb3＋ greatly decreased but not quenched, and the emission attributed to Try obviously increased. Meanwhile the fluorescent spectra of Tb-LDH/Try hybrids presented broad continuous bands in visible region.

关键词： Tb-doping Zn-Al layered hydroxides tryptophan hybrid fluorescence rare earths

CdS纳米粒子/层状硅酸盐复合物的合成及光学性质的研究

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南昌大学学报（工科版） 2015年第4期37卷 318-326页

作者：鲍垚王肖庆陈玉凤南昌大学化学系江西南昌330031

通过离子交换和后续S2-的引入将CdS纳米粒子引入到层状硅酸盐（Na-Octosilicate）中以形成CdS/Octosilicate复合物。粉末X射线衍射表明,CdS/Octosilicate复合物保持主体层状硅酸盐的结构。CdS/Octosilicate复合物的组分分析基于ICP-AES... 详细信息

通过离子交换和后续S2-的引入将CdS纳米粒子引入到层状硅酸盐（Na-Octosilicate）中以形成CdS/Octosilicate复合物。粉末X射线衍射表明,CdS/Octosilicate复合物保持主体层状硅酸盐的结构。CdS/Octosilicate复合物的组分分析基于ICP-AES、SEM-EDX、CHN元素以及热重TG结果。光致发光光谱（PL）表明：当CdS纳米粒子引入到主体层状硅酸盐中后,CdS中的550 nm峰位明显向高能方向移动（移至528 nm）;紫外-可见散射谱（UV-vis）表明,随着层状硅酸盐中CdS含量的增加,复合物的能带边从高能移向低能;透射电子显微镜（TEM）观测证实,硅酸盐主体层中CdS纳米粒子的尺寸为3-5 nm,而且随着主体硅酸盐中CdS纳米粒子数量的增加,CdS纳米粒子趋于团聚。这些结果表明,CdS的光学性能能够被层状硅酸盐Octosilicate修饰。

关键词：层状硅酸 CdS 光致发光复合材料离子交换

Photoluminescence of Tb-doped MgAl-LDHs depending on phase transition caused by annealing

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Journal of Rare Earths 2016年第1期34卷 36-44页

作者：陈玉凤鲍垚余志鹏杨广超王肖庆 College of Chemistry Nanchang University Nanchang 330031 China

This paper presented the photoluminescence of Tb-doped Mg-A1 layered double hydroxides （Tb-doped MgAI-LDHs） depending on phase transition caused by annealing. Tb-doped MgA1-LDHs structure transformed from hexagonal LDHs, cubic MgO to spinel MgA1204 phase as temperature varied from 200 to 1000 ℃. Emission and excitation spectra of Tb-doped MgAI-LDHs obviously changed with phase transformation. The emissions of Tb3＋ ions attributed to 5D4→TFJ transitions （J=3, 4, 5, 6） were observed in the emission spectra of all the Tb-doped samples. The ratio of （SD4→7F5）/（SD4→7F6） emission intensity, which was sensitive to surroundings of Tb3＋ ion, markedly enhanced with temperature rising to 600 from 400 ℃. Over 600 ℃, the ratio of （SD4→TF5）/ （SD4→TF6） intensity tended to decreasing up to 1000 ℃. The change concerning the ratio of the （SD4→7F5）/（SD4→TF6） emission intensity might be due to various surroundings of Tb3＋ induced by phase transformation.

关键词： MgAI-LDH Tb-doped phase transition photoluminescence annealing rare earths

退火对Tb掺杂ZnAl层状双金属氢氧化物的结构和荧光特性的影响

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南昌大学学报（工科版） 2016年第2期38卷 103-107,130页

作者：陈玉凤罗世地鲍垚王肖庆南昌大学化学学院江西南昌330031 广东海洋大学应用化学系广东湛江524088

采用共沉淀法制备Tb^(3+)掺杂的锌铝水滑石(Tb-ZnAl-LDH),然后将Tb-ZnAl-LDH分别在200、400、600、800、1 000℃进行退火处理。X射线衍射(XRD)测试结果发现:200℃时Tb-ZnAl-LDH的层状结构发生坍塌,400℃时层板断裂,并出现ZnO相。随着退... 详细信息

采用共沉淀法制备Tb^(3+)掺杂的锌铝水滑石(Tb-ZnAl-LDH),然后将Tb-ZnAl-LDH分别在200、400、600、800、1 000℃进行退火处理。X射线衍射(XRD)测试结果发现:200℃时Tb-ZnAl-LDH的层状结构发生坍塌,400℃时层板断裂,并出现ZnO相。随着退火温度的升高,ZnO相的衍射峰增强,到1 000℃时出现尖晶石(ZnAl_2O_4)结构。荧光光谱(FL)结果表明:原生Tb-ZnAl-LDH呈现很强的绿光,该绿光源于Tb^(3+)离子的5D4-7FJ(J=3,4,5,6)跃迁。经200℃退火后,源于Tb^(3+)的绿光峰大大减弱;当退火温度增加至400℃时,这些分立的绿光峰消失,出现很宽的峰(450~650 nm)。这些研究结果表明,层状ZnAl LDH主体材料更有利于Tb^(3+)离子的发光。此外,扫描电镜(SEM)观察发现,当Tb-ZnAl-LDH的退火温度达到400℃时,其形貌开始出现明显的改变。

关键词：退火锌铝水滑石荧光共沉淀法

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浅析在线水洗水质对化学镍金工艺品质的影响

印制电路信息 2018年第5期26卷 29-32页

作者：崔青鹏陈强李凯鸿鲍垚寻瑞平江门崇达电路技术有限公司广东省智能工控印制电路板工程技术研究中心广东江门529000

文章结合生产实例,对印制电路板化学镍金工艺几类常见品质问题的产生原因及解决办法进行了研究,阐释了在线水洗水质对化学镍金工艺品质影响的重要性。

关键词：印制电路板化学镍金去离子水电导率水质

碳限额交易机制下考虑企业环保意识的碳减排决策研究

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系统科学与数学 2025年

作者：王文宾王梦垚中国矿业大学经济管理学院

考虑碳限额交易机制,本文研究煤企主导的煤电供应链的减排等决策问题.构建动态博弈模型,分别在分散决策和集中决策下,探讨环保意识和减排难度对企业定价和碳减排量的影响.以集中决策为基准,对比了煤企和电企的利润、碳减排量等.鉴于分... 详细信息

考虑碳限额交易机制,本文研究煤企主导的煤电供应链的减排等决策问题.构建动态博弈模型,分别在分散决策和集中决策下,探讨环保意识和减排难度对企业定价和碳减排量的影响.以集中决策为基准,对比了煤企和电企的利润、碳减排量等.鉴于分散决策的效率损失问题,设计利润共享契约来协调煤电供应链.研究表明:1)当煤企环保意识不够强和足够强时,煤企所获得的利润高于电企的利润;当煤企环保意识一般强时,煤企所获得的利润低于电企的利润;2)减排难度可以改变分散决策和集中决策下电力单位价格、碳减排量的大小关系;当减排难度小于特定值时,分散决策下电企的电力单位价格更低,也更有利于增加煤企和电企的碳减排量;3)当减排难度大于特定值时,集中决策的利润高于分散决策的利润;4)随着电企分享利润比例的提高,煤炭的批发价将提高,电企的碳减排量将提高,煤企的碳减排量降低.

关键词：碳限额煤电供应链环保意识减排难度利润共享契约

多麦斯威尔电子能量分布等离子体中的朗缪尔探针诊断(英文)

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推进技术 2025年

作者：叶孜崇靳琛垚江堤张炜中国科学院合肥物质科学研究院等离子体物理研究所中国科学技术大学科学岛分院

本文为针对多温度麦斯威尔电子能量分布（EEDF）等离子体中的朗缪尔探针诊断的一篇简短讨论，重点探讨朗缪尔探针伏安特征曲线在双及三温度麦斯威尔EEDF的等离子体情况中的数据分析方法。本文通过模拟多麦斯威尔EEDF等离子体中形成的朗... 详细信息

本文为针对多温度麦斯威尔电子能量分布（EEDF）等离子体中的朗缪尔探针诊断的一篇简短讨论，重点探讨朗缪尔探针伏安特征曲线在双及三温度麦斯威尔EEDF的等离子体情况中的数据分析方法。本文通过模拟多麦斯威尔EEDF等离子体中形成的朗缪尔探针伏安曲线，重点演示并探讨常见的、过度简化的单麦斯威尔EEDF拟合及其他常见的错误分析方法所造成的电子温度误差，并对相关误差给出定量的估算方式。然后，本文以模拟计算的朗缪尔探针伏安曲线，辅以真实实验的朗缪尔探针伏安曲线数据，演示在多温度麦斯威尔EEDF等离子体的朗缪尔探针伏安曲线中如何处理离子饱和流、电子饱和流、空间电荷效应及如何分辨并分别分析每一个电子群的温度及密度，从而正确获得等离子体中的双及三温度麦斯威尔EEDF信息。

关键词：等离子体诊断朗缪尔探针电子能量分布伏安特征曲线电子温度