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一例丁型肝炎患者体内HDV全基因克隆及分析

第八届全国医学生物化学与分子生物学第五届全国临床应用生物化学与分子生物学2013华东六省一市生物化学与分子生物学联合学术研讨会

作者：韩峰石贤龙李虎莫新凯鲁艳芹韩金祥卫生部生物技术药物重点实验室山东省罕少见病重点实验室山东省医药生物技术研究中心山东省医学科学院济南大学山东省医学科学院医学与生命科学学院

成骨不全症(Osteogenesis imperfecta,OI)是一种以结缔组织紊乱为特征的罕见遗传性疾病,其中常染色体显形遗传的V型OI约占5%,系IFITM5基因c.-14C>T突变所致。其典型的临床表现为前臂旋转严重受限,骨折或矫正手术后产生增生性骨痂,骨间... 详细信息

成骨不全症(Osteogenesis imperfecta,OI)是一种以结缔组织紊乱为特征的罕见遗传性疾病,其中常染色体显形遗传的V型OI约占5%,系IFITM5基因c.-14C>T突变所致。其典型的临床表现为前臂旋转严重受限,骨折或矫正手术后产生增生性骨痂,骨间膜钙化。本研究旨在通过生物信息学方法分析筛选出与IFITM5相互作用的蛋白分子,并对正常对照及原代培养的V型OI患者成骨细胞的相关mRNA进行Real-time PCR检测,对其中表达上调或下调的蛋白分子进一步免疫印迹验证,以求初步筛选出与其致病关联分子。

关键词：成骨不全 IFITM5基因致病关联分子

来源： cnki会议评论

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胃肠病学和肝病学杂志 2010年第9期19卷 855-858页

作者：代国明韩金祥鲁艳芹王丽娜山东省医药生物技术研究中心国家卫生部生物技术药物重点实验室山东济南250062 济南市传染病医院

目的通过逆转录PCR方法从HDV RNA阳性患者血液中扩增HDV全长基因组。方法从血液中提取病毒RNA,利用HDV序列中较保守的序列设计引物分别扩增得到两个相互交叉的HDV cDNA片段,然后再通过SalⅠ单酶切位点将两个cDNA片段连接成单位长度的HDV... 详细信息

目的通过逆转录PCR方法从HDV RNA阳性患者血液中扩增HDV全长基因组。方法从血液中提取病毒RNA,利用HDV序列中较保守的序列设计引物分别扩增得到两个相互交叉的HDV cDNA片段,然后再通过SalⅠ单酶切位点将两个cDNA片段连接成单位长度的HDV cDNA。经过测序、对比分析得到全部HDV基因组序列,并与其他HDV序列进行同源性比对。结果 HDV基因组全长1 677 bp。与基因型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的序列同源性分别为86%~98%、80%~81%和89%。结论利用RT-PCR的方法可以成功克隆出HDV cDNA序列,通过序列比对可以发现本实验样本为Ⅰ型HDV感染。

关键词：丁型肝炎丁型肝炎病毒基因组逆转录PCR

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成骨不全环状RNA生物信息学分析

中国骨质疏松杂志 2017年第4期23卷 431-436页

作者：马翔鲁艳芹王延宙刘军龙苏学利张遥左清利任秀智韩金祥济南大学-山东省医学科学院医学与生命科学学院山东济南250022 山东省医药生物技术研究中心山东省医学科学院山东济南250062 山东省立医院山东济南250021 天津市武清区人民医院天津301700

目的对成骨不全血清中差异表达的miR-21、miR-26a、miR-29a、miR-29b、miR-30e、miR-34c、miR-133a、miR-145、miR-210、miR-489与miR-1297等共11种miRNAs进行circRNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circRNAs及靶基因间的相互作用。方法采用starbase软件对11种差异性表达miRNAs相关circRNAs进行预测,将得到的miRNA-circRNA进行频数分布分析并通过cytoscape软件进行网络分析寻找核心分子。采用miRWALK软件对11种差异性表达miRNAs相关靶基因进行预测,将得到的miRWALK-靶基因进行频数分布分析并通过cytoscape,DAVID软件进行网络分析寻找核心分子。结果 Starbase软件对11种不同miRNAs所预测的靶circRNAs的总数量为222个,非重叠circRNAs为141个。其中MIB1_hsa_circ_000886,MIB1_hsa_circ_002013,CPNE1_hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439与其中4种miRNA相互作用。另有14个circRNAs与3种miRNA相互作用。miRWALK软件对11种不同miRNAs所预测的靶基因中CNOT6、ELF2、NAV3等基因在不同数量级数据库中与相应不同种miRNAs作用密切。通过对11种miRNA相应circRNA以及靶基因生物学预测分析得到YES1基因与miR-133a、miR-145以及FAT1_hsa_circ_000713与LMNB2_hsa_circ_001499之间存在相互作用。PPP2CA与miR-29a、miR-29b、miR-133a以及KIAA1586_hsa_circ_001439之间存在相互作用。NTN4和SRGAP1与miR-26a、miR-145以及RFC1_hsa_circ_001649之间存在相互作用。结论本研究对成骨不全血清中差异表达的11种miRNAs及其相互作用的circRNAs、靶基因与相关信号通路进行了网络分析与预测,为进一步分析之间相互作用奠定了基础。

关键词：成骨不全 miRNA circRNA 靶基因信号通路生物信息学预测

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成骨不全症体外胶原合成的实验研究

医学信息（医学与计算机应用） 2014年第2期18卷 48-49页

作者：李虎韩金祥王延宙李天友石贤龙鲁艳芹济南大学山东省医学科学院医学与生命科学学院山东济南250022 卫生部生物技术药物重点实验室山东省罕少见病重点实验室山东省医药生物技术研究中心山东省医学科学院山东济南250062 山东大学附属省立医院小儿骨科山东济南250021

目的:探讨1例成骨不全症患者胶原合成的特征。方法应用3H-脯氨酸掺入法及Elisa法分别检测成骨不全症及发育性髋关节脱位两种来源的皮肤成纤维细胞的胶原合成及分泌情况。结果与结论与发育性髋关节脱位组相比成骨不全症患儿细胞内及细胞... 详细信息

目的:探讨1例成骨不全症患者胶原合成的特征。方法应用3H-脯氨酸掺入法及Elisa法分别检测成骨不全症及发育性髋关节脱位两种来源的皮肤成纤维细胞的胶原合成及分泌情况。结果与结论与发育性髋关节脱位组相比成骨不全症患儿细胞内及细胞外胶原含量显著降低(P<0.05),提示该例成骨不全患者胶原合成的异常。

关键词：成骨不全症成纤维细胞胶原合成

帕米磷酸钠对成骨不全成骨细胞和成纤维细胞增殖分化的研究

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罕少疾病杂志 2011年第3期18卷 1-4,F0002页

作者：李公超任秀智王延宙鲁艳芹徐超韩金祥山东省医学科学院山东省医药生物技术研究中心山东省现代医用药物与技术重点实验室山东济南250062 天津医院天津300211 山东省省立医院山东济南250033

目的研究双磷酸盐类药物帕米磷酸钠对成骨不全患者原代成骨细胞和成纤维细胞增殖分化的影响。方法实验组:成骨不全患者成骨细胞及成纤维细胞;对照组:先天性髋脱位成骨细胞及成纤维细胞,两组各取三例样本。不同浓度(10-3M～10-10M)帕米... 详细信息

目的研究双磷酸盐类药物帕米磷酸钠对成骨不全患者原代成骨细胞和成纤维细胞增殖分化的影响。方法实验组:成骨不全患者成骨细胞及成纤维细胞;对照组:先天性髋脱位成骨细胞及成纤维细胞,两组各取三例样本。不同浓度(10-3M～10-10M)帕米磷酸钠分别作用48h、72h。四甲基偶氮唑盐(MTT)法检测药物对细胞增殖的影响;碱性磷酸酶(ALP)活性测定法(ELISA)检测对成骨不全症成骨、成纤维细胞成骨分化的影响。结果药物作用72h效果较明显,(p<0.01);10-3M,10-4M浓度帕米磷酸钠明显抑制两组细胞增殖(p<0.01);10-5M～10-10M浓度的帕米磷酸钠对两组细胞增殖有促进作用,其中实验组成骨细胞和成纤维细胞最佳增殖浓度分别为10-8M和10-6M(p<0.01),对应增殖率可分别达到43%和39%。对照组成骨细胞和成纤维细胞的最佳增殖浓度分别为10-7M和10-5M(p<0.01),对应增殖率为37%和28%。药物浓度在10-5M～10-9M时都促进细胞ALP表达,且ALP活性变化与细胞增殖相一致。其中实验组成骨细胞和成纤维细胞最高ALP活性分别为102U/L和32U/L。结论帕米磷酸钠促进实验组和对照组成骨细胞及成纤维细胞增殖能力和碱性磷酸酶的表达,但是对于实验组细胞的作用更明显。针对成骨不全病人适当的给药方案有利于患者成骨细胞增殖和分化。

关键词：帕米磷酸钠成骨不全症成骨细胞成纤维细胞细胞增殖 ALP活性

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IFITM5在不同癌细胞系中的差异表达

罕少疾病杂志 2015年第2期22卷 49-51页

作者：韩峰鲁艳芹王延宙任秀智石贤龙韩金祥济南大学山东省医学科学院医学与生命科学学院山东济南250022 山东省医药生物技术研究中心山东省医学科学院山东济南250062 山东省立医院山东济南250021 天津市武清区人民医院骨三科天津301700

目的研究干扰素诱导的跨膜蛋白5(IFITM5)在人骨肉瘤15种细胞系中的表达。方法应用RT-QPCR和Western blot检测IFITM5在SAOS2、3A0、SKOV3、HEPG2、HEP2、ACCM、HT29、MDA-MB-231、H7402、HELA、HEK-293、HL-60、K562、THP1、RD等癌细胞系中m RNA和蛋白表达差异。结果在H7402、RD、HEP2细胞系中IFITM5 m RNA和蛋白的表达水平最低,其他细胞系次之,在SAOS2和3A0细胞系中两者均呈高表达。结论 IFITM5在癌细胞系中存在并有表达差异,为后续研究IFITM5在肿瘤中的作用奠定基础。

关键词： IFITM5 mRNA 蛋白癌细胞系

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异烟肼耐药结核分支杆菌katG基因分析

中华微生物学和免疫学杂志 2003年第6期23卷 441-441页

作者：黄海南韩金祥王进鸿高雪芹鲁艳芹山东省医药生物技术研究中心济南250062 山东省胸科医院

结核分支杆菌（M tuberculosis, TB）的katG基因是位于细菌染色体上的结构基因，全长2223bp，它的编码产物是过氧化氢-过氧化物酶，而后者在维系异烟肼（Isoniazid, INH）杀菌毒性中，发挥生命作用。因此，katG基因结构的正确性是编码... 详细信息

结核分支杆菌（M tuberculosis, TB）的katG基因是位于细菌染色体上的结构基因，全长2223bp，它的编码产物是过氧化氢-过氧化物酶，而后者在维系异烟肼（Isoniazid, INH）杀菌毒性中，发挥生命作用。因此，katG基因结构的正确性是编码产生功能正常的过氧化氢-过氧化物酶的先决条件，也是发挥INH特有的药理作用的重要基础。通过检测katG基因的分子结构，尤其是检测某些关键位点的碱基突变，可以快速发现TB对INH耐药的变异情况，对及时的指导临床用药，具有重要的意义。

关键词：异烟肼结核分支杆菌耐药性 katG基因基因突变 PCR-SSCR技术

4例软骨发育不全患者FGFR3基因突变检测

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罕少疾病杂志 2018年第2期25卷 1-3页

作者：尹小丽鲁艳芹代运章张遥马翔韩金祥济南大学山东省医学科学院医学与生命科学学院山东济南250200 山东省罕少见病重点实验室山东省医药生物技术研究中心山东省医学科学院山东济南250062

目的对4例临床诊断为软骨发育不全(ACH)患者进行成纤维细胞因子受体3(FGFR3)基因突变检测。方法提取4例患者及父母外周血DNA,设计FGFR3基因外显子10的引物序列,应用聚合酶链反应(PCR)扩增,并对扩增产物进行测序,通过Mutation Survey软... 详细信息

目的对4例临床诊断为软骨发育不全(ACH)患者进行成纤维细胞因子受体3(FGFR3)基因突变检测。方法提取4例患者及父母外周血DNA,设计FGFR3基因外显子10的引物序列,应用聚合酶链反应(PCR)扩增,并对扩增产物进行测序,通过Mutation Survey软件分析突变位点。结果 4例ACH患者均存在FGFR3基因第10外显子1138位点G>A碱基转换,导致FGFR3的第380位氨基酸由甘氨酸(Gly)变为精氨酸(Arg)。结论 FGFR3基因10号外显子c.1138G>A的杂合突变是造成ACH的主要致病原因,FGFR3基因突变检测为产前基因诊断提供了实验依据。

关键词：软骨发育不全成纤维生长因子受体3(FGFR3) 基因突变

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5种高危型HPVE7蛋白B细胞表位的预测

中国病原生物学杂志 2017年第1期12卷 34-37页

作者：尹小丽王学政代运章张士娥朱有名鲁艳芹韩金祥济南大学山东省医学科学院医学与生命科学学院山东济南250022 山东省医学科学院山东省医药生物技术研究中心山东济南250062 山东青岛正方元信公共卫生检测有限公司山东青岛266109

目的预测并分析我国人群常见人乳头瘤病毒HPV16、18、33、52与58亚型E7蛋白的线性B细胞表位。方法在NCBI数据库中获取5种高危型HPVE7蛋白氨基酸序列,采用ClustalX2软件进行多序列比对;运用ExPASY服务器SOPMA和GOR4法预测二级结构,采用Ky... 详细信息

目的预测并分析我国人群常见人乳头瘤病毒HPV16、18、33、52与58亚型E7蛋白的线性B细胞表位。方法在NCBI数据库中获取5种高危型HPVE7蛋白氨基酸序列,采用ClustalX2软件进行多序列比对;运用ExPASY服务器SOPMA和GOR4法预测二级结构,采用Kyte-Doolittle方案和Hopp-Wood方案预测亲水性;运用Bepipred和ABCpred软件预测B细胞表位,辅以抗原性指数,综合评判几率较大的B细胞优势表位。结果综合多参数分析,5种HPV亚型的B细胞表位均集中在蛋白质的N端2-50位附近,其中预测的HPV16与52亚型的第16-21位氨基酸序列一致性为100%,均为QPETTD;HPV16型第28-41位(LNDSSEEEDEIDGP)与HPV52型第28-38位(LGDSSDEEDTD)的氨基酸序列一致性为78%;HPV16型第42-50位(AGQADEPRA),HPV33型第31-46位(SSDEDEGLDRP),HPV52型第36-46位(DTDGVDRPDGQ)和HPV58型第73-78位(TTTDVR)为各自的特异B细胞表位。结论生物信息学方法预测5种HPV的B细胞表位均集中在蛋白质的N端2-50位附近,同时具有特异的B细胞表位(18型除外),可为宫颈癌的诊断、预防和新型疫苗的研制提供参考。

关键词：人乳头瘤病毒 E7蛋白 B细胞表位比对预测