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基于70K SNP芯片评估牙山黑绒山羊保种群体的遗传结构

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中国畜牧杂志 2024年第4期60卷 116-122页

作者：周东辉张昌政张任豹姜雪城王子鹏高霄霄董焕声柳楠贺建宁周李生青岛农业大学动物科技学院山东青岛266109

试验旨在探究牙山黑绒山羊核心种群的遗传多样性,分析群体遗传结构和群体内个体间的亲缘关系,并评估保种效果。使用GGP Goat 70K芯片对50只牙山黑绒山羊(公母各25只)核心群个体进行SNP分型,并使用Plink进行质控后,开展遗传多样性分析、... 详细信息

试验旨在探究牙山黑绒山羊核心种群的遗传多样性,分析群体遗传结构和群体内个体间的亲缘关系,并评估保种效果。使用GGP Goat 70K芯片对50只牙山黑绒山羊(公母各25只)核心群个体进行SNP分型,并使用Plink进行质控后,开展遗传多样性分析、群体亲缘关系分析以及群体家系结构分析。结果显示质控后共获得54668个SNPs位点用于后续分析。遗传多样性分析结果为:各标记位点的最小等位基因频率为0.2541,平均期望杂合度为0.3263,平均观察杂合度为0.3292,多态信息含量为0.3263,多态性标记比例为85.85%,表明牙山黑绒山羊核心种群遗传多样性丰富。群体亲缘关系分析结果表明:该群体的ROH平均长度为9.89 Mb,46.94%为5~10 Mb的片段,基于ROH的平均近交系数为0.0747,近交程度较低。主成分分析可见,该核心群可分为3个亚群;群体的平均IBS遗传距离为0.3090,与G矩阵结果相似度较高,说明个体间的亲缘关系较近。群体的家系结构分析结果提示公羊大致可分为3个群体,10个家系,与主成分分析结果一致;其中一个家系中公羊多达16只,揭示各家系间个体数差异明显,需增加小家系群体的留种率。综上所述:牙山黑绒山羊群体遗传多样性丰富,保种效果较好;群体近交程度较低,但个体间亲缘关系较近,公羊的血统数量较少,各家系间个体数差异明显;牙山黑绒山羊后期繁育需通过制定合理的选种选配方案,结合引入新的血统,扩大核心种群数量,增强其保种效果。

关键词：牙山黑绒山羊 SNP芯片遗传多样性亲缘关系家系结构

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CDKN2A作为肾透明细胞癌不良预后生物标志物的综合分析

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CDKN2A作为肾透明细胞癌不良预后生物标志物的综合分析

作者：高霄霄华中科技大学

学位级别：硕士

目的:研究CDKN2A基因表达情况是否会影响肾脏透明细胞癌(Kidney clear cell carcinoma,KIRC)的预后,CDKN2A是否可作为肾透明细胞癌的潜在的治疗靶点,从而延长患者的生存期。方法:自UCSC Xena(https://***/datapages/)获得肾透明细胞癌... 详细信息

目的:研究CDKN2A基因表达情况是否会影响肾脏透明细胞癌(Kidney clear cell carcinoma,KIRC)的预后,CDKN2A是否可作为肾透明细胞癌的潜在的治疗靶点,从而延长患者的生存期。方法:自UCSC Xena(https://***/datapages/)获得肾透明细胞癌样本的RNA-seq编码数据集、临床信息数据集,去除重复样本、随访信息不完整样本,共599个KIRC样本进入此下一步研究。分析所涉及的222个自噬相关基因(Autophagy-related Genes,ARGs)自人类自噬基因数据库(Human Autophagy database,http://***/***)下载。通过Rstudio(4.1.2)中“DEseq2”包进行基因表达差异分析,筛选|log2(Fold Change)|>1.2且具有统计学意义的基因与自噬基因取交集,共得到7个基因,进行单因素COX回归分析、多因素COX回归分析。通过UALCAN数据库作图分析肾透明细胞癌样本与正常组织中CDKN2A m RNA表达情况,同时分析数据集中不同病理特征亚组中CDKN2A的表达水平。人类蛋白组学数据库获取CDKN2A在正常组织及肿瘤组织中的蛋白表达情况。“survminer”包中的“surv＿cutpoint”函数计算CDKN2A表达水平的最佳截断值,根据截断值将数据样本分为CDKN2A高表达组和CDKN2A低表达组。Kaplan-Meier生存曲线评估CDKN2A表达水平与总体生存期(Overall Survival,OS)间的关系。Linkedomics的Link Finder模块分析TCGA中533名肾透明细胞癌患者的m RNA测序数据CDKN2A共表达相关基因及其GO和KEGG通路分析,Link Interpreter模块对以上结果进行富集分析。最后,“ss GSEA”函数、TIMER数据库研究KIRC中CDKN2A的表达水平是否与免疫浸润相关。结果:222个人类自噬基因中CDKN2A、IFNG、TP73、CSX3、GRID2、FAM215A、TMEM74基因在肿瘤组织和正常组织中差异表达(|log2Fold Change|>1.2,p-value<0.05)。单因素COX回归分析提示CDKN2A与总体生存期显著相关(HR 1.6;95%CI,1.3–2.0,p<0.001),多因素COX回归分析结果与其保持一致(HR 1.5;95%CI,1.2–1.9,p<0.001)。与正常组织相比,肿瘤组织中CDKN2A m RNA转录水平、蛋白表达水平显著增高。性别、年龄、疾病分期、肿瘤转移亚组分析显示CDKN2A的表达水平与对照组相比明显升高。Kaplan-Meier生存曲线提示CDKN2A高表达组和低表达组的患者的5年生存率分别为0.397(0.273-0.577)和0.665(0.615-0.719)。CDKN2A的拷贝数目变异与CD4T细胞、Neutrophil细胞的浸润水平具有显著相关性。“ss GSEA”函数比较CDKN2A高表达组和低表达组间28种肿瘤浸润免疫细胞的差异结果表明与CDKN2A低表达组相比,CDKN2A高表达组中activated CD4T cell,activated CD8T cell,central memory CD4T cell,central memory CD8T cell表达增强。结论:与正常组织相比,CDKN2A在KIRC中表达显著升高。CDKN2A高表达组的KIRC患者与CDKN2A低表达组相较OS更短,5年生存率更低(log-rank test,p<0.01)。CDKN2A的表达水平与KIRC不同免疫浸润水平相关。CDKN2A表达与免疫细胞标志基因的相关性表明CDKN2A在调节肾透明细胞癌肿瘤免疫学中的具有一定作用。

关键词：肾透明细胞癌 CDKN2A 免疫浸润总体生存期预后

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信息化教学背景下的多角度情境化词汇教学

山西教育(教学) 2022年第5期 87-88页

作者：高霄霄浙江省临海市外国语学校(初中)

初中英语的词汇量较大，并要求能从听、说、读、写四个方面对词汇全面运用。在英语教学中，教师可将词汇教学与信息化教学相结合，灵活运用各种多媒体创新教学模式，将体验式的教学方法运用到词汇教学中，为学生创设符合实际的语言学习...

初中英语的词汇量较大，并要求能从听、说、读、写四个方面对词汇全面运用。在英语教学中，教师可将词汇教学与信息化教学相结合，灵活运用各种多媒体创新教学模式，将体验式的教学方法运用到词汇教学中，为学生创设符合实际的语言学习情境，同时要将词汇教学渗透到课堂教学的各个环节，保障词汇教学的高效性，为学生的听、说、读、写活动奠定良好的词汇基础。

关键词：

来源：博看期刊

高能饲粮对湖羊肝脏能量与脂代谢相关基因表达的影响

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南京农业大学学报 2022年第3期45卷 562-569页

作者：李英奇梁雅旭高霄霄万珍张国敏王锋南京农业大学江苏省家畜胚胎工程实验室江苏南京210095 南京农业大学动物医学院江苏南京210095

[目的]本试验旨在探讨高能饲粮对湖羊肝脏组织细胞增殖、能量代谢和脂代谢相关基因表达的影响。[方法]选取36只体况良好、体质量相近的3月龄湖羊公羔,随机分为正常日粮组(CON)和高能日粮组(HE),每组3个重复,每个重复6只。CON组和HE组个... 详细信息

[目的]本试验旨在探讨高能饲粮对湖羊肝脏组织细胞增殖、能量代谢和脂代谢相关基因表达的影响。[方法]选取36只体况良好、体质量相近的3月龄湖羊公羔,随机分为正常日粮组(CON)和高能日粮组(HE),每组3个重复,每个重复6只。CON组和HE组个体饲喂日粮的能量水平分别为10和11 MJ·kg^(-1)。预饲14 d后正式饲喂60 d,试验结束后屠宰并采集肝脏组织,用于H&E染色、免疫组化检测和荧光定量PCR(qPCR)、Western blot检测。[结果]H&E染色显示HE组湖羊肝脏组织中出现轻度空泡样变性;免疫组化发现PCNA蛋白主要表达于肝细胞核中,mTOR和LXRα蛋白主要定位在肝细胞质中。高能饲粮饲喂显著提高肝脏组织PCNA和SREBP-1c的mRNA与蛋白表达水平(P0.05)。[结论]提高湖羊的日粮能量水平能增强湖羊肝脏组织的细胞增殖及脂肪合成能力。

关键词：湖羊肝脏能量代谢脂代谢

日粮添加紫苏籽对湖羊肝脏部分自噬与凋亡相关基因表达的影响

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南京农业大学学报 2022年第2期45卷 333-340页

作者：梁雅旭邓凯平张真高霄霄王智博王锋樊懿萱南京农业大学江苏省家畜胚胎工程实验室江苏南京210095

[目的]本试验旨在探究日粮中添加富含多不饱和脂肪酸的15%紫苏籽(PFS)对湖羊肝脏自噬和凋亡的影响。[方法]选取30只体重相近且健康状况良好的2月龄湖羊公羔,随机分为2组,分别饲喂含0%(对照)和15%PFS的日粮。饲养84 d后,每组随机选择5只... 详细信息

[目的]本试验旨在探究日粮中添加富含多不饱和脂肪酸的15%紫苏籽(PFS)对湖羊肝脏自噬和凋亡的影响。[方法]选取30只体重相近且健康状况良好的2月龄湖羊公羔,随机分为2组,分别饲喂含0%(对照)和15%PFS的日粮。饲养84 d后,每组随机选择5只羊屠宰,采集肝脏组织。通过qPCR和Western blot等技术检测肝脏中自噬、凋亡及LKB1-AMPK-MTOR信号通路相关基因与蛋白的表达水平。[结果]与对照组相比,15%PFS显著上调PPARGC1A、BECN1、ATG5、ATG7基因和PPARGC1A、BECN1蛋白表达水平(P0.05);15%PFS组肝脏组织中LKB1-AMPK-MTOR通路关键基因LKB1、AMPK和MTOR mRNA表达水平显著高于对照组(P<0.05)。[结论]紫苏籽可能通过调控LKB1-AMPK-MTOR信号通路和自噬相关基因与蛋白的表达水平,进而调控湖羊肝脏自噬进程。

关键词：湖羊紫苏籽自噬凋亡

干扰B-Raf基因对绵羊毛囊干细胞增殖和凋亡的影响

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中国畜牧杂志 2023年第12期59卷 155-161页

作者：于梦琪李兰兰吕长慧高霄霄周李生柳楠贺建宁青岛农业大学动物科技学院山东青岛266109 德州市平原县畜牧业发展中心山东德州253100

本研究旨在探讨编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine/Threonine-Protein Kinase)的B-Raf基因对绵羊毛囊干细胞(HFSCs)增殖和凋亡的影响。将si-B-Raf转染至HFSCs,通过RT-qPCR实验技术检测B-Raf基因、Erk1/2基因和STAT3基因的表达水平,通过Western Blot实验技术检测B-Raf蛋白、Erk1/2蛋白、p-Erk1/2蛋白和STAT3蛋白的表达水平,通过EdU细胞增殖法和CCK-8细胞增殖检测法检测HFSCs的增殖情况,通过流式细胞仪检测HFSCs的凋亡情况。结果表明,si-B-Raf转染细胞后,B-Raf基因的表达量显著降低,Erk1/2基因和STAT3基因的表达量也显著降低;Western Blot实验结果表明,B-Raf蛋白、Erk1/2蛋白、p-Erk1/2蛋白和STAT3蛋白的表达水平显著降低;EdU和CCK-8结果发现细胞增殖受到抑制,细胞增殖水平显著下降;流式细胞仪检测到细胞凋亡水平显著上升。综上,干扰B-Raf基因表达显著抑制HFSCs增殖并促进其凋亡,可能是通过MAPK/Erk1/2通路进行的,研究可为进一步阐明绵羊毛囊发育机制提供科学参考。

关键词： B-Raf基因 HFSCs 细胞增殖细胞凋亡

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基于70 K SNP芯片分析济宁青山羊保种群体的遗传结构

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畜牧兽医学报 2023年第7期54卷 2836-2847页

作者：张任豹周东辉周李生高霄霄柳楠贺建宁青岛农业大学动物科技学院青岛266109

旨在探究山东济宁青山羊保种群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究利用Illumina 70 K Goat SNP芯片对40只成年济宁青山羊全基因组范围内的SNP进行检测,利用Plink软件、GCTA工具和R语言,对济宁青山羊的遗传结构、亲缘关系和近... 详细信息

旨在探究山东济宁青山羊保种群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究利用Illumina 70 K Goat SNP芯片对40只成年济宁青山羊全基因组范围内的SNP进行检测,利用Plink软件、GCTA工具和R语言,对济宁青山羊的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行分析,以期揭示个体之间的亲缘关系。结果共得到67088个SNPs,个体的基因型检出率达到了98%以上;通过Plink(V1.90)软件质控,过滤掉一个样本,剩余的SNPs有57991个,其中85.5%的SNPs具有多态性;各位点平均有效等位基因数为1.697,平均多态信息含量(PIC)为0.283,最小等位基因频率(MAF)为0.293,群体平均观察杂合度(Ho)为0.409,平均期望杂合度(He)为0.418;济宁青山羊保种群体的平均状态同源(IBS)遗传距离为0.3334。23只种公羊的平均IBS遗传距离为0.3303,IBS遗传距离和G矩阵结果均表明部分种羊之间有亲缘关系。在40只个体中共检测到347个长纯合片段(ROH),基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.0479,近交程度低,群体遗传多样性丰富。基于IBS距离矩阵、G矩阵,结合邻接系统发育树,以公羊间分子亲缘系数0.1为标准进行聚类,将23只公羊划分为14个家系。综上,济宁青山羊保种群体遗传多样性较丰富,近交程度低,保种效果良好,建议后续工作持续关注各家系数量,确保家系结构维持平衡。

关键词：济宁青山羊 SNP芯片遗传多样性亲缘关系群体遗传结构

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动物育种学融合课程思政的教学改革与实践

山东畜牧兽医 2023年第8期44卷 71-74,77页

作者：李和刚高霄霄赵金山青岛农业大学动物科技学院山东青岛266109

伴随着信息爆炸和互联网时代的来临,动物育种学课程的传统课堂讲授模式面临新的挑战。如何在课堂教学中挖掘出让学生主动与老师有效交流的兴趣点,是本门课程教学改革要解决的重点问题。本文从课程性质与思政目标、课程思政教学设计、课... 详细信息

伴随着信息爆炸和互联网时代的来临,动物育种学课程的传统课堂讲授模式面临新的挑战。如何在课堂教学中挖掘出让学生主动与老师有效交流的兴趣点,是本门课程教学改革要解决的重点问题。本文从课程性质与思政目标、课程思政教学设计、课程思政典型案例及素材、教学效果、课程思政案例(基因组编辑育种及其法律监管)、总结反思等方面对本门课程融合课程思政的教学改革与实践进行了详尽的论述。

关键词：动物育种学课程思政教学改革兴奋半衰期思政案例

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初情期雌性山羊lncRNA的筛选与鉴定

初情期雌性山羊lncRNA的筛选与鉴定

作者：高霄霄安徽农业大学

学位级别：硕士

初情期是雌性哺乳动物发育过程中重要的阶段,是具备繁殖能力的关键标志。最近研究发现,哺乳动物初情期启动受表观遗传调控。长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)做为表观遗传的重要组成部分,几乎参与调控哺乳动物各个发育阶段。然... 详细信息

初情期是雌性哺乳动物发育过程中重要的阶段,是具备繁殖能力的关键标志。最近研究发现,哺乳动物初情期启动受表观遗传调控。长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)做为表观遗传的重要组成部分,几乎参与调控哺乳动物各个发育阶段。然而,目前lncRNA在山羊初情期调控方面的研究还未见报道。本研究通过利用RNA-seq技术分析雌性山羊下丘脑转录本表达模式,筛选参与调控山羊初情期的lncRNA及其富集通路并进行初步的功能验证。通过公羊试情,观察外阴及卵巢变化确定雌性山羊初情期时间。首先,采用二代高通量测序技术对初情期(月龄:4.5MM;体重:16.17±0.50kg)和初情期前(月龄:2.5MM;体重:8.30±0.61kg)雌性山羊下丘脑转录本进行测序分析,筛选差异表达的lncRNA,然后进行lncRNA靶基因预测和通路富集分析,并用荧光定量PCR方法对测序结果进行验证,筛选出候选lncRNA。分离1d雌性大鼠下丘脑神经元进行原代培养,采用siRNA干扰方法验证候选lncRNA的功能,荧光定量PCR检测靶基因表达水平。结果表明,筛选到2943个lncRNAs,包括2012个差异表达的lncRNAs靶向作用于5412个蛋白编码基因,发现有许多差异lncRNA的靶基因与初情期调控有关;通过KEGG和GO分析富集到许多参与调控初情期和生殖相关的通路,如催产素信号通路,类固醇生物合成通路和信息素受体激活信号通路。体外添加siRNA干扰候选lncRNA XLOC46331表达,发现下丘脑神经元中lncRNA XLOC46331及其靶基因IGFBP5表达显著下调(P<0.01),初情期相关的IGF-1表达也受到显著抑制(P<0.05)。总之,本试验首次报道了初情期雌性山羊下丘脑存在差异表达的lncRNA,这些差异表达的lncRNA及其靶基因富集通路很可能在山羊生殖及初情期调控中发挥着重要作用;候选lncRNA XLOC46331可能通过作用于IGFBP5基因参与调控初情期。这为进一步研究山羊初情期启动调控机制提供新的参考。

关键词：长链非编码RNA 初情期山羊下丘脑