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近交对中国美利奴羊的影响及其克服和预测方法的研究

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北京农业大学学报 1990年第1期16卷 111-117页

作者：饶绍奇蒋英北京市农林科学院畜牧兽医研究所

本文对中国美利奴羊(军垦型)应用多变量线性模型方法,分析近交对生产性能的影响,在各主要经济性状中,遗传力高的性状近交衰退较小,遗传力中等和低的性状近交衰退较大。选择能有效地克服近交的影响,对遗传力高的性状,加强选择克服近交衰... 详细信息

本文对中国美利奴羊(军垦型)应用多变量线性模型方法,分析近交对生产性能的影响,在各主要经济性状中,遗传力高的性状近交衰退较小,遗传力中等和低的性状近交衰退较大。选择能有效地克服近交的影响,对遗传力高的性状,加强选择克服近交衰退较强。采用指数选择克服近交衰退效果较好。利用双亲亲缘系数估测后代生产性能可早期预测近交衰退。

关键词：中国美利奴羊近交衰退近交系数

低剂量铅、镉和汞混合暴露致神经元树突形态异常及其Cofilin-Arp2/3分子调控机制

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低剂量铅、镉和汞混合暴露致神经元树突形态异常及其Cofilin-Arp2...

作者：饶绍奇南昌大学

学位级别：硕士

研究目的:环境重金属污染对人类健康的影响已成为一种全球性公共卫生问题,其中危害严重的主要包括铅(Lead,Pb),镉(Cadmium,Cd)和汞(Mercury,Hg)。它们通常共存于人类生活环境中,通过多种途径进入人体,并在一般人群的血液中能够同时检测... 详细信息

研究目的:环境重金属污染对人类健康的影响已成为一种全球性公共卫生问题,其中危害严重的主要包括铅(Lead,Pb),镉(Cadmium,Cd)和汞(Mercury,Hg)。它们通常共存于人类生活环境中,通过多种途径进入人体,并在一般人群的血液中能够同时检测到这三种重金属。课题组前期研究发现一般人群血液负荷及其相关水平的低剂量重金属Pb、Cd和Hg混合暴露可引起大鼠学习记忆损伤和突触结构可塑性损伤,然而机制尚不清楚。树突出枝相关蛋白Arp2/3复合物和剪切相关蛋白Cofilin在神经元树突分支形态形成过程中均起到重要作用。最新研究发现,Cofilin可以加快Arp2/3从肌动蛋白丝上解离的速度,并促进肌动蛋白丝分支的解离,引起肌动蛋白平衡紊乱进而导致树突形态结构损伤。因此,本研究通过建立低剂量重金属混合染毒的原代海马神经元模型,调控Cofilin-Arp2/3通路的表达,探究低剂量铅、镉、汞混合暴露对海马神经元树突形态影响及其机制,以期为防治重金属复合污染所致神经损伤的提供新靶点。实验方法:(1)建立一般人群血液负荷水平的低剂量重金属Pb、Cd、Hg混合暴露原代海马神经元模型。通过鬼笔环肽对F-actin进行染色检测低剂量重金属混合暴露对海马神经元树突形态复杂性的影响;Western Blot检测树突骨架肌动蛋白F-actin/G-actin平衡,并检测树突分支形成的关键蛋白Arp2和Arp3亚基的表达情况;免疫荧光共染Arp3和肌动蛋白丝的结合能力。并通过慢病毒HBLV-Arp3感染高表达神经元Arp3表达水平,观察低剂量重金属混合暴露对Arp3和F-actin的结合能力、肌动蛋白平衡以及树突复杂程度的影响。(2)原代海马神经元浓度梯度低剂量重金属混合暴露后,检测剪切相关蛋白Cofilin的表达水平,Cofilin和F-actin的结合能力;并通过干扰片段si RNA-Cofilin敲低海马神经元中Cofilin表达,观察海马神经元Cofilin和肌动蛋白丝结合、肌动蛋白平衡以及树突复杂程度的影响。(3)原代海马神经元浓度梯度低剂量重金属混合暴露后,免疫荧光共染检测Cofilin和Arp3在海马神经元中的共表达程度。通过si RNA-Cofilin敲低海马神经元中Cofilin表达水平后,观察低剂量重金属所致Arp3表达及其与肌动蛋白丝结合能力损伤的影响。同时,慢病毒HBLV-Arp3高表达神经元Arp3表达水平后,观察低剂量重金属所致Cofilin表达异常的影响。(4)在体外反应体系,通过大肠杆菌表达系统纯化丝切蛋白Cofilin,应用EMR质谱技术在体外分析重金属离子及其混合暴露与Cofilin蛋白组分子之间的结合作用。通过多功能酶标仪检测肌动蛋白聚合和解聚过程中的荧光变化反应肌动蛋白动力学,在此基础上在反应体系中加入Cofilin和重金属,探讨Cofilin对肌动蛋白的剪切作用及低剂量重金属混合暴露的影响。结果:(1)树突出枝相关蛋白Arp2/3在低剂量重金属混合暴露对神经元树突形态异常中的作用。低剂量重金属铅、镉、汞混合暴露引起树突复杂程度浓度依赖性下降,表现为平均树突长度和分支末端数目下降(P<0.05)。并伴随着骨架肌动蛋白的平衡紊乱,其中丝状肌动蛋白F-actin的表达量下降而单体肌动蛋白G-actin的表达量上升,F-actin/G-actin的比值下降(P<0.05)。树突分支形成的关键蛋白Arp3的表达水平及其与肌动蛋白丝的结合能力随着低剂量重金属暴露剂量增加出现浓度依赖性下降(P<0.05)。慢病毒HBLV-Arp3感染有效提高了神经元Arp3表达水平。进一步检测发现HBLV-Arp3感染也改善了低剂量重金属混合暴露引起的Arp3和F-actin的结合能力、肌动蛋白平衡以及树突复杂程度的损伤(P<0.05)。(2)树突剪切相关蛋白Cofilin在低剂量重金属混合暴露致神经元树突形态异常中的作用。低剂量重金属铅、镉、汞混合暴露引起树突剪切相关蛋白Cofilin的表达水平浓度依赖性上升,且伴随着Cofilin和肌动蛋白丝的结合能力增加,剪切能力增强(P<0.05)。小干扰片段si RNA-Cofilin转染有效敲低了神经元Cofilin表达水平。进一步检测发现si RNA-Cofilin转染也改善了低剂量重金属混合暴露引起的Cofilin和F-actin的结合能力、肌动蛋白平衡以及树突复杂程度的损伤(P<0.05)。(3)Cofilin调控Arp2/3在低剂量重金属混合暴露致神经元树突骨架肌动蛋白平衡异常中的作用。低剂量重金属铅、镉、汞混合暴露引起海马神经元Cofilin和Arp3共表达浓度依赖性上升(P<0.01)。si RNA-Cofilin敲低海马神经元中Cofilin表达水平改善了低剂量重金属混合暴露所

关键词：重金属混合暴露树突形态 Cofilin Arp3

应用结构异质性阈模型定位阈性状基因位点:I理论研究(英文)

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应用数学 2001年第3期14卷 46-51页

作者：饶绍奇李霞郭政张庆普凯斯西部储备大学流行病学与生物统计系哈尔滨医科大学数学与生物信息教研室黑龙江哈尔滨150086 哈尔滨工业大学数学系黑龙江哈尔滨150080

结构异质性是在定位阈性状基因位点过程中普遍存在的一个问题 .例如 ,数量遗传学家通常根据连锁分子标记推断性状位点基因型 ,由于性状位点基因型的不确定性 ,一个亲折方差组分被引入阈模型 .针对这个问题 ,我们提出了一个新颖的统计模... 详细信息

结构异质性是在定位阈性状基因位点过程中普遍存在的一个问题 .例如 ,数量遗传学家通常根据连锁分子标记推断性状位点基因型 ,由于性状位点基因型的不确定性 ,一个亲折方差组分被引入阈模型 .针对这个问题 ,我们提出了一个新颖的统计模型并推广到多阈值性状 .在这篇理论文章中。

关键词：结构异质性奇异性多阈值性状准似然函数固定效应模型基因位点统计模型

应用结构异质性阈值模型定位阈值性状基因位点 : 仿真研究(英文)

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应用数学 2001年第2期14卷 125-132页

作者：饶绍奇张庆普李霞郭政凯斯西部储备大学哈尔滨工业大学黑龙江哈尔滨150080 哈尔滨医科大学黑龙江哈尔滨150086

蒙特卡罗仿真研究表明 :对处理在基因定位阈值性状中出现的超离中趋势现象 (结构异质性 ) ,我们提出的结构异质性模型是一个高效的统计方法 .它表现在高效率的统计检验、准确的参数估计和基因定位等方面 .病态或奇异费歇信息矩阵是在基... 详细信息

蒙特卡罗仿真研究表明 :对处理在基因定位阈值性状中出现的超离中趋势现象 (结构异质性 ) ,我们提出的结构异质性模型是一个高效的统计方法 .它表现在高效率的统计检验、准确的参数估计和基因定位等方面 .病态或奇异费歇信息矩阵是在基因连锁定位分析中的一个突出的算法问题 ,仿真数据显示它们的发生率可以达到 2 8% .我们提出的应用奇异根分解方法可以有效地解决这一算法问题 .对比常规阈值模型 ,结构异质性阈值模型有较高的算法稳定性 .

关键词：蒙特卡罗结构异质性奇异性算法阈值性状

利用亚细胞位置特异的基因功能模块与表达调控网络识别疾病特征基因

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科学通报 2006年第13期51卷 1545-1551页

作者：张敏朱晶郭政李霞杨达王磊饶绍奇哈尔滨医科大学生物信息学系哈尔滨150086

利用GeneOntology中的生物过程(biologicalprocess)及细胞组分(cellularcomponent)两种分类体系,选择显著聚集差异表达基因的复合功能模块,识别其中能够有效分类疾病样本的特征功能模块,以特征功能模块中的差异表达基因作为特征并分析... 详细信息

利用GeneOntology中的生物过程(biologicalprocess)及细胞组分(cellularcomponent)两种分类体系,选择显著聚集差异表达基因的复合功能模块,识别其中能够有效分类疾病样本的特征功能模块,以特征功能模块中的差异表达基因作为特征并分析它们与疾病的相关性.对前列腺癌、胃癌和白血病数据的分析结果表明,基于特征功能模块的特征基因选择方法可以识别与疾病高度相关的功能一致的特征基因.进一步的分析显示,根据特征功能模块和基因表达调控信息构建基因表达调控网络,可以从中挖掘可能的疾病关键特征基因,并提示对复杂疾病同时应答的多功能模块间协同作用关系机理研究的重要线索.同时,本研究结合基因功能分类的疾病特征基因选择方法提示了一种高准确度的疾病分类方法,分类结果有明确的生物学意义,对复杂疾病的分子病理学研究亦有重要的意义.

关键词：基因表达谱 Gene Ontology 功能模块特征基因基因调控网络

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基于知识融合策略构建双相障碍致病基因网络

中山大学学报（医学科学版） 2013年第3期34卷 471-477页

作者：刘轲赵虎刘燕饶绍奇中山大学中山医学院广东广州510080 广东医学院公共卫生学院广东东莞523808 中山大学公共卫生学院广东广州510080

【目的】提出基于知识融合策略构建基因网络方法 ,并应用于双相障碍相关的致病基因网络分析。【方法】将Wellcome Trust Case Control Consortium(WTCCC)提供的双相障碍全基因组单核苷酸多态(SNP)数据与人类蛋白质-蛋白质互作数据库对... 详细信息

【目的】提出基于知识融合策略构建基因网络方法 ,并应用于双相障碍相关的致病基因网络分析。【方法】将Wellcome Trust Case Control Consortium(WTCCC)提供的双相障碍全基因组单核苷酸多态(SNP)数据与人类蛋白质-蛋白质互作数据库对应的基因做交集。通过单体型全模型logistic回归模型检验获得经多重检验校正统计学显著的基因互作对子,并由此构建致病基因网络以及挖掘连通度显著高于理论分布的核心致病基因。【结果】采用知识融合的方法,将数据维度从482 248个SNP位点降至98 157。经统计模型检验获得3 841个互作基因用于构建双相障碍致病基因网络,并挖掘出115个核心致病基因。其中,在连通度高于30的29个核心基因中,有12个重复了以前的报道(PRKCA,EGFR,ESR1,ATXN1,FYN,CREBBP,TP53,AKT1,CSNK2A1,DLG1,PTN和LYN),另外17个未被报道过的基因从其生物功能以及致病分子机制上看,可能是新的双相障碍易感基因(SMAD3,SRC,GRB2,PIK3R1,ZBTB16,ABL1,APP,EP300,TGFBR1,SYK,YWHAZ,INSR,MAPK1,PRKCB,PRKCD,SMAD2和SVIL)。【结论】本文提出的基于蛋白质-蛋白质互作知识引导的基因网络构建方法是一种可靠的系统性分析方法,有助于全面地了解复杂疾病的分子网络机制和确立核心风险基因。

关键词：双相障碍知识学习蛋白质-蛋白质互作全基因组关联基因网络核心风险基因

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时间延迟基因调控网络重构的决策树方法研究

中国科学（C辑） 2005年第6期35卷 565-573页

作者：姜伟李霞郭政李传星王丽虹饶绍奇哈尔滨医科大学生物信息学系哈尔滨工业大学计算机学院同济大学生命科学与技术学院首都医科大学生物医学工程学院 Departments of Cardiovascular Medicine and Molecular Cardiology Cleveland Clinic FoundationClevelandOhio 44195USA

基因调控网络的重构是功能基因组中最具挑战性的课题之一．针对基因间转录调控的时间延迟性,提出了一种寻找时间延迟调控关系的方法：多点延迟调控网络算法,简称TdGRN (time-delayed gene regulatory networking)。该方法根据时间序列... 详细信息

基因调控网络的重构是功能基因组中最具挑战性的课题之一．针对基因间转录调控的时间延迟性,提出了一种寻找时间延迟调控关系的方法：多点延迟调控网络算法,简称TdGRN (time-delayed gene regulatory networking)。该方法根据时间序列基因表达谱数据,构建时间延迟基因表达矩阵,利用有监督决策树分类器方法和随机重排技术挖掘基因之间的时间延迟调控关系,从而构建时间延迟的基因调控网络．该方法是一种不依赖模型的基因网络重建方法,相对于目前采用的基于模型的网络重建方法有显著优势,可直接利用连续的基因表达谱数据发现延迟任一时间单位差的基因表达调控关系,并避免了目前一些研究方法中需要人为设定基因的最大调控子数目(k)的问题．将该方法应用于酿酒酵母细胞周期的基因表达谱数据,并构建时间延迟的基因调控网络,结果发现多数时间延迟调控关系获得了已有知识的支持．

关键词：基因调控网络时间延迟决策树分类器

基于单核苷酸多态性的基因互作分析方法学进展

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遗传 2013年第12期35卷 1331-1339页

作者：栾奕昭左晓宇刘轲李谷饶绍奇广东医学院医学系统生物学研究所与公共卫生学院东莞523808 中山大学公共卫生学院广州510080

基于单核苷酸多态性的关联分析已成为当前解析人类常见复杂疾病遗传机制的重要手段之一,然而,目前普遍使用的单位点分析策略仅能发现部分单独效应显著的易感SNP位点,因此遗漏了重要的遗传力组分——基因上位效应或联合效应。识别全基因... 详细信息

基于单核苷酸多态性的关联分析已成为当前解析人类常见复杂疾病遗传机制的重要手段之一,然而,目前普遍使用的单位点分析策略仅能发现部分单独效应显著的易感SNP位点,因此遗漏了重要的遗传力组分——基因上位效应或联合效应。识别全基因组多基因间复杂的互作关系已成为全面解析复杂疾病致病分子机制必不可少的一项任务。已有很多方法被应用于全基因组交互作用分析,加深了人类对复杂疾病遗传机制的进一步认识。基于各类方法的理论基础及算法的异同,文章对目前应用较为广泛的基于遗传互作模型的方法、不基于互作模型的方法和数据挖掘类算法3类方法进行了系统地评述,着重介绍了这些方法的主要思想、实现过程及应用中的注意事项等,并指出开展大规模全基因组范围互作检测面临的问题,以期能为相关领域的研究者提供方法学参考。

关键词： SNP 基因互作模型依赖数据挖掘算法下游功能学分析

决策森林分析大型IBD谱定位酒精依赖症相关基因(英文)

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北京大学学报（医学版） 2006年第1期38卷 71-73页

作者：李霞饶绍奇张薇郭政姜伟杜磊哈尔滨工业大学计算科学学院哈尔滨150080 哈尔滨医科大学生物信息学系哈尔滨医科大学第一临床医学院

Objective: To extract the relevant SNPs for alcoholism using sib-pair IBD profiles of ***: We used the ensemble decision approach, a supervised learning approach based on decision forests, to locate alcoholism relevant SNPs using genome-wide SNP data. Results: Application to a publicly available large dataset of 100 simulated replicates for three American populations (http://***/) demonstrates that the proposed approach has successfully located all of the simulated true ***: The numerical results establish the proposed decision forest analysis to be a powerful and practical alternative for large-scale family-based association study.

关键词：多态性单核苷酸酒精中毒医学信息学系谱酒精依赖症基因