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蛇足石杉内生真菌Shiraia ***14全基因组序列分析

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基因组学与应用生物学 2024年第2期43卷 353-368页

作者：范存忠邱兰兰吴晓东杨慧林张志斌颜日明朱笃江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室南昌330022 江西科技师范大学生命科学学院南昌330013

内生真菌Shiraia ***14是从植物蛇足石杉(Huperzia serrata)中分离出来的一株能产生石杉碱甲和竹红菌素A的菌株。为了解菌株Shiraia ***14的基因特征,对该菌株进行全基因组测序。基于二代测序技术对蛇足石杉内生真菌Shi-raia ***14的全... 详细信息

内生真菌Shiraia ***14是从植物蛇足石杉(Huperzia serrata)中分离出来的一株能产生石杉碱甲和竹红菌素A的菌株。为了解菌株Shiraia ***14的基因特征,对该菌株进行全基因组测序。基于二代测序技术对蛇足石杉内生真菌Shi-raia ***14的全基因组进行测序分析,通过生物信息学相关软件进行质量控制及组装、功能注释、比较基因组学分析及系统发育分析和次生代谢产物分析。内生真菌Shiraia ***14的基因组大小为32067383 bp,N50的值为525954 bp,G+C含量为47.96%;预测得到基因组中共有11242个编码序列(coding sequences,CDS)、106个tRNA和27个rRNA;在GO、KEGG、KOG和CAZY中分别注释到3822个、3223个、8837个和563个基因;系统发育结果表明内生真菌Shiraia ***14属于竹黄菌属(Shiraia)。预测结果表明,内生真菌Shiraia ***14中存在50个次生代谢产物合成基因簇,具有合成多种生物活性物质的潜在能力,包括核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPP)、Ⅰ型聚酮合酶(T1PKS)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)等,此外还预测到可能参与石杉碱甲和竹红菌素A生物合成的基因簇。

关键词：内生真菌全基因组测序石杉碱甲竹红菌素A

高产吲哚乙酸东乡野生稻内生微杆菌KlspL18分离及鉴定

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微生物学报 2022年第11期62卷 4108-4121页

作者：张志斌朱晓湉刘婷婷张晓杨慧林颜日明朱笃江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室江西南昌330022 江西科技师范大学生命科学学院江西南昌330013

【目的】对分离自东乡野生稻叶组织的高产吲哚乙酸菌株KlspL18进行分类学鉴定。【方法】采用菌株形态、生理生化指标结合16S rRNA基因序列同源性比对以及全基因组测序等方法,对该菌株进行多相分类鉴定,并采用高效液相(HPLC)法测定其产... 详细信息

【目的】对分离自东乡野生稻叶组织的高产吲哚乙酸菌株KlspL18进行分类学鉴定。【方法】采用菌株形态、生理生化指标结合16S rRNA基因序列同源性比对以及全基因组测序等方法,对该菌株进行多相分类鉴定,并采用高效液相(HPLC)法测定其产吲哚乙酸的产量。【结果】菌株KlspL18为革兰氏阳性、不形成孢子的棒杆状,接触酶实验阳性,其温度、NaCl浓度和pH值生长范围分别为15–40℃ (最适为28℃)、1%–10%(最适为1%)及6.0–11.0 (最适为7.0),能利用多种糖和有机酸作为碳源。菌株细胞壁氨基酸主要为鸟氨酸,细胞壁多糖为半乳糖和甘露糖,极性脂类为二磷脂酰甘油、磷脂酰甘油和2种未鉴定的糖脂,细胞脂肪酸主要为anteiso-C_(15:0) (30.33%)、anteiso-C_(17:0) (31.53%)和iso-C_(16:0) (14.32%),萘醌类主要为MK-10和MK-11。16S rRNA基因序列分析表明,该菌株与Microbacterium proteolyticum RZ36^(T)相似度为97.64%;全基因组测序分析显示,其G+C含量70.2%,与近缘标准菌株核苷酸同源性(ANI)和数字DNA-DNA杂交值(dDDH)分别为83.35%和26.4%,均低于种间同源性的临界值。菌株KlspL18产IAA可达291.7 mg/L。【结论】菌株KlspL18是高产吲哚乙酸微杆菌属的一个新种,命名为Microbacterium dongxiang sp. nov.,模式菌株为KlspL18 (=CCTCC M2022446),具有应用于农业生产促进植物生长的潜能。

关键词：微杆菌菌种鉴定全基因组测序吲哚乙酸

聚球藻7942光自养培养的碳代谢和能量代谢

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生物工程学报 2009年第9期25卷 1352-1359页

作者：颜日明张志斌朱笃储炬华东理工大学生物反应器国家重点实验室上海200237 江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物利用与保护重点实验室南昌330022 宜春学院宜春336000

代谢通量分析是研究微藻光自养培养过程中CO2和光能利用的一个非常有用的工具。本研究建立了聚球藻7942光自养培养代谢网络,并通过代谢通量方法分析了不同入射光强下的碳代谢流分布和能量代谢。研究结果表明,CO2固定是代谢能量和还原力... 详细信息

代谢通量分析是研究微藻光自养培养过程中CO2和光能利用的一个非常有用的工具。本研究建立了聚球藻7942光自养培养代谢网络,并通过代谢通量方法分析了不同入射光强下的碳代谢流分布和能量代谢。研究结果表明,CO2固定是代谢能量和还原力消耗的主要途径,分别约占总消耗能量的85%和70%。研究还发现在一定光强范围,基于ATP生成的细胞得率和最大细胞得率基本维持不变,分别约为2.80g/molATP和2.95g/molATP,但基于总吸收光能的细胞得率和对应的光能转换效率则随着光强的增加而降低。

关键词：聚球藻7942 连续培养代谢通量分析能量代谢光能转化

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双液相体系强化氧传递促进微生物油脂生产

生物工程学报 2013年第4期29卷 536-539页

作者：颜日明艾佐佐汪涯张志斌曾庆桂朱笃江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室江西南昌330022 江西教育学院理学院江西南昌330032 江西科技师范大学江西南昌330013

文中通过添加氧载体正十二烷进行双液相发酵来提高发酵性丝孢酵母利用木薯淀粉水解液生产微生物油脂的产量。结果表明,在摇瓶发酵液中添加氧载体,能明显缓解发酵过程中的氧限制程度。在2 L发酵罐中添加1%正十二烷进行双液相高密度发酵,... 详细信息

文中通过添加氧载体正十二烷进行双液相发酵来提高发酵性丝孢酵母利用木薯淀粉水解液生产微生物油脂的产量。结果表明,在摇瓶发酵液中添加氧载体,能明显缓解发酵过程中的氧限制程度。在2 L发酵罐中添加1%正十二烷进行双液相高密度发酵,其发酵生物量和油脂产量分别达到101.2 g/L和50.28 g/L。气相色谱分析表明,添加了氧载体发酵的微生物油脂中含有更高的饱和脂肪酸含量。

关键词：正十二烷氧载体双液相发酵微生物油脂发酵性丝孢酵母

杜仲愈伤组织与悬浮细胞中黄酮和绿原酸积累研究

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中国中药杂志 2009年第13期34卷 1636-1639页

作者：张志斌颜日明邱晓芳曾庆桂游海朱笃江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室江西南昌330022 江西省天然药物活性成分研究重点实验室江西宜昌336000

目的:比较杜仲愈伤组织和悬浮细胞生长及其次生代谢产物黄酮和绿原酸的积累。方法:将杜仲无菌苗真叶诱导的愈伤组织进行悬浮培养,研究了悬浮培养物生长的动态和总黄酮类及绿原酸产量积累的动态。结果:杜仲愈伤组织中黄酮和绿原酸最高分... 详细信息

目的:比较杜仲愈伤组织和悬浮细胞生长及其次生代谢产物黄酮和绿原酸的积累。方法:将杜仲无菌苗真叶诱导的愈伤组织进行悬浮培养,研究了悬浮培养物生长的动态和总黄酮类及绿原酸产量积累的动态。结果:杜仲愈伤组织中黄酮和绿原酸最高分别达到13.46,1.712 mg.g-1,而悬浮细胞中黄酮和绿原酸最高分别达到16.63,3.93 mg.g-1。结论:与愈伤组织相比,悬浮细胞具有生长周期短、速率快、黄酮和绿原酸积累量高的优势。

关键词：杜仲愈伤组织悬浮细胞黄酮绿原酸

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剪切环境对南昌链霉菌形态和代谢的影响

中国抗生素杂志 2004年第9期29卷 521-525页

作者：颜日明郑华淦庄英萍郭美锦储炬张嗣良华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室国家生化工程技术研究中心上海200237

通过在摇瓶和发酵罐上考察不同剪切环境对南昌链霉菌的代谢过程和菌丝形态的影响 ,并对某些菌丝形态参数进行了定量分析 ,发现南昌链霉菌对剪切的敏感性。在此基础上通过改变发酵罐上搅拌桨叶类型促进了前期菌体生长 ,并使最终发酵效价... 详细信息

通过在摇瓶和发酵罐上考察不同剪切环境对南昌链霉菌的代谢过程和菌丝形态的影响 ,并对某些菌丝形态参数进行了定量分析 ,发现南昌链霉菌对剪切的敏感性。在此基础上通过改变发酵罐上搅拌桨叶类型促进了前期菌体生长 ,并使最终发酵效价提高了 5

关键词：南昌链霉菌梅岭霉素剪切环境菌丝形态生长代谢

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聚球藻7942混养培养中碳代谢与能量利用

生物工程学报 2010年第9期26卷 1239-1248页

作者：颜日明张志斌曾庆桂朱笃储炬华东理工大学生物工程学院生物反应器工程国家重点实验室上海200237 江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物保护与利用重点实验室南昌330022 宜春学院宜春336000

为了考察聚球藻7942在混养条件下的能量利用效率,分别以葡萄糖和乙酸为碳源开展了聚球藻7942的混养培养研究,并在此基础上利用代谢通量分析方法对聚球藻7942混养条件下的碳代谢和能量利用进行了探讨。结果表明:葡萄糖和乙酸均能促进藻... 详细信息

为了考察聚球藻7942在混养条件下的能量利用效率,分别以葡萄糖和乙酸为碳源开展了聚球藻7942的混养培养研究,并在此基础上利用代谢通量分析方法对聚球藻7942混养条件下的碳代谢和能量利用进行了探讨。结果表明:葡萄糖和乙酸均能促进藻细胞生长,且乙酸促进藻细胞生长的作用更为明显;葡萄糖利用可明显增加藻细胞糖酵解途径中碳代谢流量,而乙酸利用则导致糖酵解途径中碳代谢流量减小,两种有机碳源均增加了柠檬酸循环中碳代谢流量;有机碳源导致藻细胞光化学效率下降,而葡萄糖较之乙酸降低藻细胞光化学效率更为明显。虽然混养条件下光能的贡献率要小于光自养,但基于能量的细胞得率和能量转换率均高于光自养,光自养和以葡萄糖、乙酸为碳源的混养中基于ATP生成的能量转换效率分别为6.81%、7.43%和8.77%。

关键词：聚球藻7942 混养培养代谢通量分析碳代谢能量利用

用于微生物油脂发酵的木薯淀粉水解工艺的优化

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食品与发酵工业 2012年第5期38卷 86-90页

作者：张志斌颜日明曾庆桂汪涯朱笃江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室江西南昌330022 宜春学院江西省天然药物活性成分研究重点实验室江西宜春336000

为了提高木薯淀粉的发酵产脂能力,采用正交实验和均匀设计法对木薯淀粉酶法水解工艺进行了优化,结果表明α-淀粉酶量、糖化酶量和液化温度对木薯淀粉水解有显著影响。当淀粉酶量为756 U/g,糖化酶量为602 U/g,液化温度为92°C,其水解DE... 详细信息

为了提高木薯淀粉的发酵产脂能力,采用正交实验和均匀设计法对木薯淀粉酶法水解工艺进行了优化,结果表明α-淀粉酶量、糖化酶量和液化温度对木薯淀粉水解有显著影响。当淀粉酶量为756 U/g,糖化酶量为602 U/g,液化温度为92°C,其水解DE值达到97.3%。以该水解液进行皮状丝胞酵母B3(*** B3)油脂发酵时,其生物量和油脂产量分别为16.38 g/L和7.22 g/L,比葡萄糖作为碳源的生物量和油脂产量高46.25%和41.12%,利用木薯淀粉水解液作为新型发酵碳源生产微生物油脂是一种理想的途径。

关键词：微生物油脂木薯淀粉水解液正交实验设计均匀设计 DE值

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羊蹄内生真菌的分离鉴定及其多样性分析

安徽农业科学 2008年第9期36卷 3706-3708页

作者：曾庆桂颜日明朱笃温增春江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室江西南昌330022

[目的]为从羊蹄中寻找具有药用价值的内生真菌奠定基础。[方法]利用PDA培养基进行羊蹄内生真菌的分离、纯化和初步鉴定,并对其进行多样性分析。[结果]从羊蹄中共分离到45株内生真菌,其中根部21株,占46.67%。从茎部和叶部分别分离到14株... 详细信息

[目的]为从羊蹄中寻找具有药用价值的内生真菌奠定基础。[方法]利用PDA培养基进行羊蹄内生真菌的分离、纯化和初步鉴定,并对其进行多样性分析。[结果]从羊蹄中共分离到45株内生真菌,其中根部21株,占46.67%。从茎部和叶部分别分离到14株和10株。这说明羊蹄根部的内生真菌资源比茎部和叶部更为丰富。羊蹄根部的内生真菌比茎中和叶中生长得快。形态学鉴定结果表明分离菌株中共有青霉属8株,木霉属4株,镰孢霉属3株,拟茎点霉属、黑霉属和曲霉属各1株,无孢类群27株(占整个内生真菌类群的60%)。[结论]青霉属、木霉属和镰孢霉属为羊蹄内生真菌的优势种属,而无孢类群为其绝对优势类群。

关键词：羊蹄内生真菌分离鉴定多样性