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DNA结合蛋白特征提取算法综述

计算生物学 2020年第2期10卷 21-30页

作者：陈鹏丞高雅倪建威张艳萍河北工程大学数理科学与工程学院河北邯郸

DNA结合蛋白的识别与预测对于研究生物体的生命活动,理解生命活动内在机理具有十分重要的作用。随着蛋白质序列数目的快速增加,计算方法比传统实验方法具有更大的优势。本文从蛋白质的序列信息和结构信息入手,对目前DNA结合蛋白特征提... 详细信息

DNA结合蛋白的识别与预测对于研究生物体的生命活动,理解生命活动内在机理具有十分重要的作用。随着蛋白质序列数目的快速增加,计算方法比传统实验方法具有更大的优势。本文从蛋白质的序列信息和结构信息入手,对目前DNA结合蛋白特征提取方法进行归纳总结。在PDB1075和PDB186数据集上,利用XGBoost算法对9种蛋白质序列特征提取方法进行对比分析。结果显示,不同的特征提取方法具有各自的优势与不足,其中,基于蛋白质序列进化信息的Local_DPP方法综合表现最好。

关键词： DNA结合蛋白特征提取序列信息结构信息

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基于熵值法的高校分省招生计划编制研究

应用数学进展 2021年第5期10卷 1487-1495页

作者：高雅倪建威李旭涛陈鹏丞张艳萍河北工程大学数理科学与工程学院河北邯郸

合理分配高校招生计划对提高高校生源质量具有十分重要的作用与影响。本文利用熵值法对某高校2017~2019年分省招生数据进行分析,计算出5个指标值的具体权重值:历年招生计划指标I1 (0.959925),招生最低分与控制线差值指标I2 (0.036203),... 详细信息

合理分配高校招生计划对提高高校生源质量具有十分重要的作用与影响。本文利用熵值法对某高校2017~2019年分省招生数据进行分析,计算出5个指标值的具体权重值:历年招生计划指标I1 (0.959925),招生最低分与控制线差值指标I2 (0.036203),调档线与控制线比值指标I3 (0.000754),志愿意向指标I4 (0.003003),实际招生情况指标I5 (0.000116),并以此给出各省份具体招生计划数,将30个省份分为三大类型,分别给出分配计划调整意见。利用熵值法对招生计划进行分配,具有理论依据,更加客观,为招生部门提供指导意义更具有说服力。

关键词：熵值法招生数据权重招生计划

grDNA-Prot:基于氨基酸物理化学特性和支持向量机的DNA结合蛋白预测

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计算生物学 2021年第1期11卷 1-11页

作者：张艳萍倪建威高雅陈鹏丞李旭涛河北工程大学数理科学与工程学院河北邯郸

DNA结合蛋白在细胞内外的各种活动中起着重要作用。本文提出一种新的DNA结合蛋白预测方法(grDNA-Prot),使用20个氨基酸组成频率和基于AAindex数据库531个氨基酸物理化学性质的图形表示法描述蛋白质序列信息。此外,还采用三种特征选择方... 详细信息

DNA结合蛋白在细胞内外的各种活动中起着重要作用。本文提出一种新的DNA结合蛋白预测方法(grDNA-Prot),使用20个氨基酸组成频率和基于AAindex数据库531个氨基酸物理化学性质的图形表示法描述蛋白质序列信息。此外,还采用三种特征选择方法来选择最优特征,并通过5折交叉验证,建立了基于支持向量机的DNA结合蛋白识别预测模型。为验证该方法的有效性,本文在独立测试数据集上与其他方法进行了比较。这些结果表明,Hydrophobicity (H)、Physicochemical properties (P)和Alpha and turn properties (A)是有效区分DNA结合蛋白和非DNA结合蛋白的主要氨基酸物理化学性质。

关键词： DNA结合蛋白物理化学性质图形表示法特征选择支持向量机

促进实施的上海历史风貌区城市更新动力机制探索

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城市规划学刊 2024年第2期 80-89页

作者：陈鹏上海市城市规划设计研究院名城研究中心

上海目前已经进入了聚焦存量内涵发展的城市发展新阶段，历史风貌保护和城市更新两者在空间范围和对象上高度交叠，如何做好风貌区的城市更新是上海必须回答的时代命题。尽管历史风貌更新项目容易“出彩”“出圈”，但是由于技术要求高... 详细信息

上海目前已经进入了聚焦存量内涵发展的城市发展新阶段，历史风貌保护和城市更新两者在空间范围和对象上高度交叠，如何做好风貌区的城市更新是上海必须回答的时代命题。尽管历史风貌更新项目容易“出彩”“出圈”，但是由于技术要求高、实施推进难度大、运营不可持续等情况导致主体参与积极性不高、类型单一、项目数量少，主体缺乏动力成为困扰后续更新推进的核心难题。通过案例分析提出制约风貌更新的技术方法、管理政策和运营测算等三类核心“惰性因子”；强调需要建立更新的“单元观”，引领思维变化，合理认识历史风貌的资源属性，从单元空间协同更新的视角、关注综合价值的提升，通过优化保护规划编制方法和技术要求、完善政策体系、寻找空间资源、创新激励机制、打通流程堵点等措施，为更新实施提供理念技术、空间资源、机制效率等三方面的“动力因子”，形成可以促进更新项目的实施推进，实现城市高质量发展的目标的动力机制。

关键词：历史风貌区城市更新项目实施动力机制

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RNA结合蛋白的组学解析与功能探索

化学学报 2024年第1期82卷 53-61页

作者：曾如馨陈鹏北京大学化学与分子工程学院化学生物学系、北京大学合成与功能生物分子中心北京100871

转录后调控在生理过程中占据十分重要的地位,其分子机制包含大量的核糖核酸(RNA)与蛋白质之间的相互作用.在RNA的整个生命周期中,RNA结合蛋白(RBPs)是相当关键的参与者和执行者,影响了细胞生理过程的运行及机体稳态的维持.研究RNA结合... 详细信息

转录后调控在生理过程中占据十分重要的地位,其分子机制包含大量的核糖核酸(RNA)与蛋白质之间的相互作用.在RNA的整个生命周期中,RNA结合蛋白(RBPs)是相当关键的参与者和执行者,影响了细胞生理过程的运行及机体稳态的维持.研究RNA结合蛋白质组,可以为发掘生物标志物、寻找疾病治疗的靶标提供重要信息.近年来,捕捉RBPs的手段推陈出新,从只能富集特定RNA的结合蛋白发展至可以实现全局性的RBPs鉴定,并对RBP的性质如空间分布、翻译后修饰所产生的影响进行了探索.聚焦于RBPs的组学解析手段以及功能蛋白质组探索,介绍现有的技术,总结技术特点并分析其所存在的问题,最后展望RBP组学研究技术改进的方向和应用前景.

关键词：核糖核酸(RNA)结合蛋白 RNA结合蛋白质组相分离空间分布翻译后修饰

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TiO_2非晶含量计算及非晶对催化的影响

物理实验 2017年第8期37卷 1-5页

作者：张俊陈赛楠石勤芳何祥陈鹏丞淮阴工学院数理学院江苏淮安223003

根据XRD图谱,利用参比强度比方法确定TiO_2样品中的非晶含量,并通过快速退火消除非晶以探讨非晶对催化的影响.结果显示:非晶虽然对比表面积有较大贡献,但并没有催化活性,去除非晶含量能够有效提高催化活性.

关键词： TiO2 光催化非晶 XRD

裁判说理视角下的犯罪论体系：争议解构与理念重构

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清华法学 2024年第3期18卷 36-57页

作者：潘星丞广东外语外贸大学法学院

我国刑法知识转型的核心在于犯罪论体系的转型，即从四要件转向三阶层；但三阶层一直难以进入司法实践，刑法教义学有沦为理论空谈的危险。以裁判说理为研究视角，有利于实现研究范式的语言哲学转向，从而获得新的结论。裁判说理表明，... 详细信息

我国刑法知识转型的核心在于犯罪论体系的转型，即从四要件转向三阶层；但三阶层一直难以进入司法实践，刑法教义学有沦为理论空谈的危险。以裁判说理为研究视角，有利于实现研究范式的语言哲学转向，从而获得新的结论。裁判说理表明，两大体系均能解决犯罪成立问题，体系论战源于误解。语言哲学揭示，四要件是犯罪成立条件体系，三阶层是刑罚正当条件体系，以“犯罪成立”为标准进行论战，混淆了两种不同语境，也使得三阶层被放到“犯罪成立”的语境下解读，成为“中国式三阶层”,还原语境才能澄清误解。二者都是裁判说理的思维工具，应根据裁判说理的标准进行选择。裁判说理应当证明“刑罚正当”,而非“犯罪成立”,三阶层更为合适；但我国裁判说理重在证明“犯罪成立”,无法产生三阶层的实践需求；只有将刑法理念由惩罚犯罪转向限制刑罚，才能激活我国裁判说理证立“刑罚正当”的需求，催生三阶层的实践土壤，从而消除理论与实践的隔阂，促进刑法教义学自主话语体系的构建。

关键词：裁判说理语言哲学犯罪论体系三阶层四要件

面向抓取检测的位姿估计数据集自动采集标注系统

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工程科学学报 2024年第8期46卷 1458-1468页

作者：陈鹏白勇孙翰翔河北工业大学人工智能与数据科学学院天津300401

机器人抓取在物流分拣、自动装配和医疗手术等领域中具有广泛的应用.抓取检测是机器人抓取中的重要步骤之一,随着三维传感器的成本逐渐降低,抓取检测任务中越来越多地使用深度相机采集彩色图像和深度图像对(RGB-D),并采用基于位姿估计... 详细信息

机器人抓取在物流分拣、自动装配和医疗手术等领域中具有广泛的应用.抓取检测是机器人抓取中的重要步骤之一,随着三维传感器的成本逐渐降低,抓取检测任务中越来越多地使用深度相机采集彩色图像和深度图像对(RGB-D),并采用基于位姿估计的方法实现机器人抓取.然而,目前已经公开的基于RGB-D图像的位姿估计数据集,大多需要借助价格昂贵的三维激光扫描仪获得目标物体的三维模型,而且标注过程依赖人工操作,费时费力,不利于大规模数据集的制作.为此,本文设计并实现了一个面向位姿估计的数据集自动采集标注系统.该系统无需使用三维激光扫描仪,只通过采集、分析由深度相机获得的RGB-D图像序列即可重建出目标物体的三维模型,并自动标注目标物体的位姿信息,生成二维图像中的分割掩码.实验中,使用该系统制作了包含84个物体、8400张RGB-D图像的位姿估计数据集,并将自动标注数据与手动标注数据进行了对比,发现两者分割掩码重合率可以达到98%,并且自动标注的位姿信息能够使模型点云与场景点云的对齐率达到100%,充分说明了所提系统自动标注结果的准确性与可靠性.

关键词：抓取检测自动标注三维重建位姿估计分割掩码

投资游戏化及其监管——金融法中“严肃投资原则”的提出

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现代经济探讨 2024年第8期 118-131页

作者：王怡丞武汉大学法学院武汉430072

货币政策宽松、传播方式演进与社会思潮变迁构成了投资游戏化的社会底色,而证券经营机构的竞争与特定市场结构驱动下的经营模式构成了投资游戏化的市场底色。投资游戏化通过一系列的行为科学和心理学设计,在原本由交易结果提供的反馈之... 详细信息

货币政策宽松、传播方式演进与社会思潮变迁构成了投资游戏化的社会底色,而证券经营机构的竞争与特定市场结构驱动下的经营模式构成了投资游戏化的市场底色。投资游戏化通过一系列的行为科学和心理学设计,在原本由交易结果提供的反馈之外衍生非金钱元素为基础的动机,并通过平滑交易、降低交易难度来提升投资者交易能力,最终提供触发因素刺激金融风险承担,“推动”交易行为实施。投资游戏化存在损害金融安全、金融效率与金融公平的现实风险,带来风险监管的结构性挑战、行为监管的失据风险与竞争监管的示范性问题。域外基于利益冲突的规制范式存在加剧垄断、损害市场健康发展与监管视野受限等问题,应归咎于严肃投资原则的缺失。严肃投资原则以盈利性目标为核心,以理性审慎决策为依托,以长期主义理念为导向,具有合法性、正当性与适用性。严肃投资原则的内化适用需以思维对思维的原理为依托,以风险的恰当分配为进路,以疏堵结合的制度环境建构为支撑。

关键词：游戏化严肃投资原则行为科学注意力应用程序