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基于基因表达数据的miRNA与靶基因调控关系的研究

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基于基因表达数据的miRNA与靶基因调控关系的研究

作者：陈焕阳西安电子科技大学

学位级别：硕士

miRNA（microRNA）是一种在癌症和肿瘤等生命过程发挥非常重要调控作用的长度约为19-24nt小分子非编码RNA,它的作用原理是通过碱基互补配对靶向靶基因mRNA,抑制mRNA的表达或者将mRNA降解。目前miRNA在癌症或肿瘤等疾病中的调控机理已经... 详细信息

miRNA（microRNA）是一种在癌症和肿瘤等生命过程发挥非常重要调控作用的长度约为19-24nt小分子非编码RNA,它的作用原理是通过碱基互补配对靶向靶基因mRNA,抑制mRNA的表达或者将mRNA降解。目前miRNA在癌症或肿瘤等疾病中的调控机理已经在生物学研究领域受到了科研人员的广泛关注,但是现阶段对miRNA与疾病调控关系的研究主要是通过基因碱基序列比对以及生物学特征统计的方法,而这些方法都有着相同的缺点即需要花费大量的时间和资金。因此,为了克服这些缺点,我们转换思路,尽可能减少花费资金和时间都较多的生物学实验环节,转而从已有的基因表达数据中分析出miRNA与疾病以及靶基因的调控关系。本文结合TCGA数据库提供的肾细胞癌（RCC）中miRNA和mRNA表达数据,分别从展开三个方面的工作。（1）用统计学的方法对肾细胞癌的miRNA与mRNA进行相关性分析,并比较其相关性在健康人（control组）和肾细胞癌患者（case组）之间的差异来预测可能调控肾细胞癌的miRNA。（2）新近研究表明多种miRNA如mir-155,mir-21,mir-106a,mir-106b,mir-200b,mir-210,mir-141,mir-182,mir-200c和mir-192[4-9]等都参与了肾脏疾病的病理生理过程,本文将这些miRNA分成参与调控肾细胞癌（RCC）和不参与调控肾细胞癌两类,从表达数据选择一定的特征并通过SVM的方法进行训练、建模和交叉检验以预测miRNA对RCC是否具有调控作用。（3）本文还依据TargetScan网站所提供的特定miRNA靶基因数据,根据mRNA是否为miRNA的靶基因将miRNA和mRNA之间的关系分成两类,从miRNA和mRNA表达量数据中选择三个特征即miRNA表达量均值与mRNA表达量均值之差、miRNA表达量均值与mRNA表达量均值之比和miRNA表达量的方差与mRNA表达量的方差之比,同样用SVM方法进行训练、建模和交叉检验以预测miRNA和mRNA是否具有靶向关系。实验结果表明,通过相关性分析预测出miRNA与肾细胞癌之间的调控关系具有较高的参考价值,同时特征选择SVM方法对miRNA和肾细胞癌的调控关系以及对miRNA靶基因的预测上都有很高的预测正确率。以上结果都预示着基于基因表达数据分析在miRNA与疾病以及靶基因关系的研究中有着很好的前景,不仅具有较高预测正确率,而且克服了生物学实验方法的周期长、花费高以及可控性差的缺点。同时随着miRNA和mRNA数据的不断补充,基于表达数据分析的方法不仅能够快速预测miRNA与其靶基因mRNA的调控关系,同时还能为生物信息学的研究提供更多的可能性。

关键词：肾细胞癌 RCC miRNA mRNA 相关性分析特征选择 SVM

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Morse lens[Invited]

Chinese Optics Letters 2020年第6期18卷 71-74页

作者： Huanyang Chen Wen Xiao Institute of Electromagnetics and Acoustics and Key Laboratory of Electromagnetic Science and Detection Technology Xiamen UniversityXiamen 361005China Department of Electrical and Electronics Engineering Xiamen University Malaysia43900 SepangSelangorMalaysia

In this Letter,we find that Morse potential(proposed about 90 years ago)could be connected to Coulomb potential(or Newton potential)and harmonic potential(or Hooke potential)by conformal *** thereby design a new conformal lens from Morse potential,Eaton lens,and Luneburg lens and propose a series of generalized Eaton/Luneburg *** find that this Morse lens is a perfect self-focusing asymmetric lens that differs from a Mikaelian *** theory provides a new insight to Morse potential and other traditional potentials,and revisits their classical applications on designing lenses.

关键词： Morse lens generalized Eaton/Luneburg lenses asymmetric self-focusing

Vortex localization and OAM selective conversion via cylindrical metagratings

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Chinese Optics Letters 2024年第3期22卷 137-141页

作者：郝占磊朱杉仇成伟徐亚东陈焕阳 Institute of Electromagnetics and Acoustics and Department of Physics College of Physical Science and TechnologyXiamen UniversityXiamen 361005China Department of Electrical and Computer Engineering National University of SingaporeSingapore 117583Singapore School of Physical Science and Technology and Jiangsu Key Laboratory of Thin Films Soochow UniversitySuzhou 215006China

Vortex waves with orbital angular momentum(OAM)are a highly active research topic in various *** this paper,we design and investigate cylindrical metagratings(CMs)with an even number of unit cells that can efficiently achieve vortex localization and specific OAM selective *** multifunctional manipulation of vortex waves and the new OAM conservation law have further been confirmed through analytical calculations and numerical *** addition,we qualitatively and quantitatively determine the OAM range for vortex localization and the OAM value of vortex selective conversion and also explore the stability for performance and potential applications of the designed *** work holds potential applications in particle manipulation and optical communication.

关键词： vortex waves cylindrical metagratings vortex localization high-efficiency transmission vortex selective conversion

Square Maxwell’s fish-eye lens for near-field broadband achromatic super-resolution imaging

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Chinese Optics Letters 2022年第3期20卷 6-12页

作者： Jue Li Yangyang Zhou Huanyang Chen Institute of Electromagnetics and Acoustics and Department of Physics Xiamen UniversityXiamen 361005China Fujian Engineering Research Center for EDA Fujian Provincial Key Laboratory of Electromagnetic Wave Science and Detection TechnologyXiamen Key Laboratory of Multiphysics Electronic InformationXiamen UniversityXiamen 361005China

Broadband super-resolution imaging is important in the optical *** achieve super-resolution imaging,various lenses from a superlens to a solid immersion lens have been designed and fabricated in recent ***,the imaging is unsatisfactory due to low work efficiency and narrow *** this work,we propose a solid immersion square Maxwell's fish-eye lens,which realizes broadband(7-16 GHz)achromatic super-resolution imaging with full width at half-maximum around 0.2λ based on transformation optics at microwave *** addition,a super-resolution information transmission channel is also designed to realize long-distance multi-source super-resolution information transmission based on the super-resolution *** the development of 3D printing technology,the solid immersion Maxwell's fish-eye lens is expected to be fabricated in the high-frequency band.

关键词： solid immersion square Maxwell's fish-eye lens super-resolution imaging conformal mapping

Exact transformation optics by using electrostatics

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Science Bulletin 2022年第3期67卷 246-255页

作者： Pengfei Zhao Guoxiong Cai Huanyang Chen Institute of Electromagnetics and Acoustics and Department of Physics College of Physical Science and TechnologyXiamen UniversityXiamen 361005China

We present a novel method for designing transformation optical devices based on *** arbi-trary transformation of electrostatic field can lead to a new refractive index distribution,where wave-fronts and energy flux lines correspond to equipotential surfaces and electrostatic flux lines,*** to scalar wave propagating exactly following an eikonal equation,wave optics and geometric optics share the same solutions in the *** method is utilized to design multipole lenses derived from multipoles in *** source and drain in optics are considered as corre-sponding to positive charge and negative charge in the static *** defining winding numbers in vir-tual and physical spaces,we explain the reason for some multipole lenses with illusion ***,we introduce an equipotential absorber to replace the drain to correspond to a negative charge with a grounded ***,it is a very general platform to design intriguing devices based on the combination of electrostatics and transformation optics.

关键词： Transformation optics Electrostatics Multipole lenses Winding number

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武钢公司财务状况之分析

中国总会计师 2011年第5期 96-97页

作者：陈焕阳诸暨市众顺税务师事务所有限公司

武钢拥有世界上最大的硅钢生产厂,是国内唯一掌握成熟生产取向硅钢和高牌号无取向硅钢技术的企业,成为了国内最大热轧板生产厂家。本文将运用水平分析法和比率分析法,对武钢进行财务分析及SWOT分析。

关键词：武钢公司财务状况无取向硅钢 SWOT分析生产厂家比率分析法水平分析法财务分析

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我国企业税收筹划存在的问题及解决措施

财会学习 2019年第3期 126-126,128页

作者：陈焕阳浙江众顺税务师事务所有限公司

我国企业税收筹划工作的开展要基于实际情况,根据税法规定,以实现企业扣除税负的效益最大化。在这一过程中,为了提高税收筹划的水平,就需要总结税收筹划的问题,然后进行有效解决,这样才能实现税收筹划目标,为企业快速发展奠定基础。下... 详细信息

我国企业税收筹划工作的开展要基于实际情况,根据税法规定,以实现企业扣除税负的效益最大化。在这一过程中,为了提高税收筹划的水平,就需要总结税收筹划的问题,然后进行有效解决,这样才能实现税收筹划目标,为企业快速发展奠定基础。下面笔者结合实际工作经验和相关的理论知识,对企业税收筹划的问题进行总结,并制定解决措施,服务于企业税收筹划工作。

关键词：企业税收筹划问题措施

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水波超构材料

物理 2024年第11期53卷 751-760页

作者：陈焕阳韩林康朱杉张宇厦门大学水声通信与海洋信息技术教育部重点实验室厦门361005 厦门大学物理科学与技术学院厦门361005 厦门大学深圳研究院深圳518000

水波是我们生活中常见的一种波,它蕴含着可被利用的绿色能源,也伴随着危险。如何控制水波的传播、减少水波的危害已经成为水波动力学的热门研究课题。但是传统的水波调控方法手段单一、效果有限,由于缺乏简单清晰的物理原理,所以调控设... 详细信息

水波是我们生活中常见的一种波,它蕴含着可被利用的绿色能源,也伴随着危险。如何控制水波的传播、减少水波的危害已经成为水波动力学的热门研究课题。但是传统的水波调控方法手段单一、效果有限,由于缺乏简单清晰的物理原理,所以调控设计相对困难和随机,寻找更加有效的水波调控方法显得尤为重要。在过去十多年间,变换光学迅速发展,基于变换光学设计的超构材料器件物理机制清晰,调控能力强大,因此近年来人们尝试将超构材料引入到水波的调控中。文章着重介绍基于变换光学设计的水波超构材料的发展历程以及利用超构材料调控水波的方法和相关器件,为今后水波调控器件的设计提供了新的思路。

关键词：水波调控变换光学超构材料

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Cloak an illusion

Frontiers of physics 2011年第1期6卷 61-64页

作者：徐亚东高雷陈焕阳 School of Physical Science and Technology Soochow University Suzhou 215006 China

An illusion counter-part displays the same scattering far-field pattern as that of a real object. In this paper, for the first time, we demonstrate that such an unreal illusion can be cloaked by an external cloak. This phenomenon shall be called ＂cloak an illusion＂. Numerical simulations were performed to demonstrate such a phenomenon.

关键词： transformation optics illusion optics external cloak