检索结果-南通市图书馆

EHD2负向调控前列腺癌细胞的增殖与转化能力

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中国肿瘤临床 2013年第8期40卷 449-452页

作者：李盼龚玉爱许世磊陈永孜田刚姚欣应国光天津医科大学附属肿瘤医院肿瘤研究所肿瘤细胞生物学实验室天津市肿瘤防治重点实验室天津市300060 天津市公安医院检验科天津市公安医院泌尿肿瘤科

目的:研究EHD2在前列腺癌中的表达以及EHD2表达水平对前列腺癌细胞系增殖与转化能力的影响。方法:免疫组织化学方法检测EHD2在14例前列腺癌组织及7例前列腺增生组织中的表达。用EHD2干扰表达质粒、过表达质粒和对照载体分别转染293T细胞... 详细信息

目的:研究EHD2在前列腺癌中的表达以及EHD2表达水平对前列腺癌细胞系增殖与转化能力的影响。方法:免疫组织化学方法检测EHD2在14例前列腺癌组织及7例前列腺增生组织中的表达。用EHD2干扰表达质粒、过表达质粒和对照载体分别转染293T细胞,制备慢病毒,感染DU145细胞,建立稳定细胞系。用Western blot技术检测EHD2表达情况。采用细胞计数法、二维克隆形成实验、Soft Agar实验分别检测EHD2沉默或过表达对前列腺癌细胞增殖能力、克隆形成能力和转化特性的影响。结果:免疫组织化学显示EHD2在前列腺癌组织中表达量明显低于前列腺增生组织。EHD2干扰表达后DU145细胞的增殖能力、二维克隆形成能力、三维克隆形成能力均明显增强(P<0.01);EHD2过表达后DU145细胞的增殖能力和三维克隆形成能力均减弱(P<0.01和P<0.05)。结论:EHD2的表达水平对DU145前列腺癌细胞的增殖与转化特性具有明显的调节作用,EHD2可能是前列腺癌的新抑癌基因。

关键词：前列腺癌 EHD2 增殖

Prediction of mucin-type O-glycosylation sites in mammalian proteins using the composition of k-spaced amino acid pairs

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Prediction of mucin-type O-glycosylation sites in mammalian ...

基因表达谱芯片及核酸测序技术在癌症研究中的应用现状

第二届全国“跨学科蛋白质研究”学术讨论会

作者：陈永孜 Bioinformatics Center College of Biological SciencesChina Agricultural University

As one of the most common protein post-translational modifications,glycosylation is involved in a variety of important biological processes.Computational identification of glycosylation sites in protein sequences becomes increasingly important in the post-genomic era.A new encoding scheme was employed to improve the prediction of mucin-type O- glycosylation sites in mammalian proteins.

关键词：

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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生物信息学 2019年第1期17卷 18-23页

作者：陈永孜天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市肿瘤防治重点实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060

基因表达谱芯片和核酸序列数据在癌症研究中占有很重要的地位。基因表达谱芯片被广泛的应用在医学研究中,它的主要优势在于灵敏快速成本低,缺点只能对现有基因进行研究,无法进行新基因发现以及变异等方面的研究;而核酸序列数据在这方面... 详细信息

基因表达谱芯片和核酸序列数据在癌症研究中占有很重要的地位。基因表达谱芯片被广泛的应用在医学研究中,它的主要优势在于灵敏快速成本低,缺点只能对现有基因进行研究,无法进行新基因发现以及变异等方面的研究;而核酸序列数据在这方面则具有很大优势。总体来说,二者在癌症研究中都发挥着巨大的作用。随着精准医学的不断发展,对这些高通量数据的深入研究可以有助于人们进一步了解癌症的分子机制,从而加速个体化治疗的进程。

关键词：芯片高通量测序癌症生物信息学

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人STC2蛋白的生物学分析

基因组学与应用生物学 2018年第11期37卷 5138-5145页

作者：李伟周蒙董秋萍魏梅王星宇陈永孜许世磊天津医科大学肿瘤医院国家肿瘤临床医学研究中心天津300060 天津市肿瘤防治重点实验室天津300060 天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060

运用生物信息学方法预测分析不同物种问STC2蛋白的理化性质、同源性以及人STC2蛋白亲水性、核定位序列，跨膜区域、信号肽结构、亚细胞定位，二级结构、三级结构、互作蛋白、GO注释分析。STC2蛋白由302个氨基酸组成，理论等电点为6．93... 详细信息

运用生物信息学方法预测分析不同物种问STC2蛋白的理化性质、同源性以及人STC2蛋白亲水性、核定位序列，跨膜区域、信号肽结构、亚细胞定位，二级结构、三级结构、互作蛋白、GO注释分析。STC2蛋白由302个氨基酸组成，理论等电点为6．93，具有较强亲水性，在哺乳动物中较为保守，不存在核定位序列和跨膜结构，含有信号肽，主要集中在细胞内质网或分泌到胞外；STC2蛋白二级结构预测有11个α螺旋区和1个β折叠区，拉曼图表明三级预测结构可靠，互作蛋白及GO注释提示STC2可参与多种细胞生物学过程。通过对人STC2蛋白结构和功能的预测分析，为STC2蛋白的进一步研究提供一定的理论依据，也为STC2相关疾病的诊治提供新的思路。

关键词： STC2蛋白糖蛋白肿瘤生物信息学

肝细胞肝癌NTS的表达与炎症微环境形成和肿瘤上皮间质转化及预后的相关性研究

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中国肿瘤临床 2013年第19期40卷 1150-1154页

作者：刘芃芃陈永孜任秀宝李慧应国光陈可欣于津浦天津医科大学肿瘤医院强生联合实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津医科大学肿瘤医院天津市肿瘤防治重点实验室天津市肿瘤免疫与生物治疗重点实验室天津市075000 天津医科大学肿瘤医院生物技术研究室天津市075000 天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市075000 天津医科大学肿瘤医院流行病学研究室天津市075000

目的:利用免疫组织化学染色法(IHC)检测肝细胞肝癌(HCC)中神经降压素(NTS)的表达,并探讨HCC中NTS/IL-8通路的激活与炎性微环境形成和肿瘤上皮间质转化(EMT)及临床预后的关系。方法:收集本院2007年11月至2009年7月期间进行部分肝切除术... 详细信息

目的:利用免疫组织化学染色法(IHC)检测肝细胞肝癌(HCC)中神经降压素(NTS)的表达,并探讨HCC中NTS/IL-8通路的激活与炎性微环境形成和肿瘤上皮间质转化(EMT)及临床预后的关系。方法:收集本院2007年11月至2009年7月期间进行部分肝切除术后确诊为肝细胞癌(HCC)、随访资料完整的肝癌患者64例。采用IHC法检测肝癌及相应癌旁正常组织中NTS,多种炎症因子和EMT相关蛋白的表达情况,包括IL-8、VEGF、MMP-9、CD68、E-cadherin,β-Catenin和Vimentin的表达水平,并比较不同NTS表达对HCC患者总生存时间(OS)的影响。结果:NTS在HCC中表达率为17.19%(11/64),NTS阳性HCC标本中IL-8阳性率较NTS阴性标本明显增加(90.91%vs.41.17%),二者表达呈正相关(R2=0.298,P=0.006)。NTS和IL-8双阳性(NTS+IL-8+)HCC标本中,VEGF和MMP-9表达显著增加。同时,NTS+IL-8+HCC细胞EMT特征明显,表现为E-Cadherin表达降低和Vi mentin表达升高。在肿瘤中NTS和IL-8共表达与患者的临床疗效呈正相关,术后NTS+IL-8+HCC患者的死亡率比非NTS和IL-8共表达的患者高2.5倍(P=0.022)。NTS+IL-8+HCC患者的OS显著缩短[(24.65±4.45)个月vs.(75.79±16.32)个月,P=0.013)],而死亡风险明显升高,其预期危险比(HR)为3.457。结论:在部分HCC中存在NTS/IL-8炎症通路的异常活化,NTS的高表达与炎症微环境形成和肿瘤EMT与肝癌患者预后较差密切相关。

关键词： HCC NTS 炎症微环境 EMT 预后

基于3D细胞培养系统的肺癌类干细胞的分离和鉴定

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中国肿瘤临床 2014年第16期41卷 1013-1016页

作者：刘芃芃于文文程亚楠韩雷陈永孜魏熙胤李慧任秀宝于津浦天津医科大学肿瘤医院肿瘤分子诊断中心国家肿瘤临床医学研究中心天津市肿瘤防治重点实验室天津市300060 天津医科大学肿瘤医院生物技术研究室天津市肿瘤免疫与生物治疗重点实验室天津市300060 天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市300060 天津医科大学肿瘤医院公共实验室天津市300060

目的:本研究建立三维细胞培养方法(3D)以分离和鉴定肺癌类干细胞,并与二维细胞培养方法(2D)比较,初步探讨该方法在评价肺癌体外增殖、凋亡、侵袭和药物反应性方面的应用。方法:将人肺腺癌细胞系A549以1×104个/孔的细胞与RPMI1640和伊... 详细信息

目的:本研究建立三维细胞培养方法(3D)以分离和鉴定肺癌类干细胞,并与二维细胞培养方法(2D)比较,初步探讨该方法在评价肺癌体外增殖、凋亡、侵袭和药物反应性方面的应用。方法:将人肺腺癌细胞系A549以1×104个/孔的细胞与RPMI1640和伊格尔基础培养基(basal medium of eagle,BME)制成细胞悬液,培养7 d,收集细胞采用流式细胞仪进行类干细胞表型检测,以及体外成球、耐药性、体内成瘤等干细胞功能鉴定,并将3D与2D细胞培养的A549细胞进行比较。结果:细胞表型检测证明3D系统培养的A549细胞中CD44和CD326阳性比例升高,CD24阳性比例下降,细胞体外成球率显著升高(28.50%±1.17%vs.8.67%±0.80%,P<0.01)对顺铂耐药性显著提高。加药后48 h为58.17%±2.19%vs.33.27%±5.76%(P<0.01),加药后72 h为41.70%±5.81%vs.27.30%±4.25%(P<0.01),体内成瘤时间显著缩短[(20.75±0.85)d vs.(60.25±1.49)d,P<0.01]。结论:3D培养的肺癌细胞中获得更高比例的类干细胞样细胞,具有体内成瘤快、体外成克隆团率高、耐药性提高的特征。

关键词：肺癌 3D细胞培养肿瘤干细胞

新一代测序技术在抗癌药物精准治疗中的研究现状

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医药导报 2021年第2期40卷 193-198页

作者：陈永孜杨丽雯李强陈骏王冬园陈秋月王卓智李居怡邓艾平韩勇吕永宁张玉天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市肿瘤防治重点实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060 华中科技大学同济医学院附属协和医院药学部湖北省重大疾病精准用药医学研究中心武汉430022 天津医科大学生物医学工程与技术学院天津300070 武汉市中心医院武汉430024

新一代测序技术的迅猛发展为个性化医学提供前所未有的潜力,生物医学和癌症基因组学在大数据时代也随之发生巨大的变革。随着生物科学技术和计算机处理数据能力的不断提高,高通量测序在多组学生物数据的获取和挖掘中发挥了关键作用。如... 详细信息

新一代测序技术的迅猛发展为个性化医学提供前所未有的潜力,生物医学和癌症基因组学在大数据时代也随之发生巨大的变革。随着生物科学技术和计算机处理数据能力的不断提高,高通量测序在多组学生物数据的获取和挖掘中发挥了关键作用。如今,它已经成为了生物学家进行科学研究不可或缺的工具,并在抗癌药物精准治疗领域做出了重要贡献。该文将针对不同测序方法在抗癌药物精准治疗中的作用进行阐述,探讨新一代测序技术在其中的指导意义。

关键词：精准医疗抗癌药物新一代测序技术癌症

生物信息学共表达外推法初构食管癌精准化疗生物标志物模型

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中国医院药学杂志 2020年第23期40卷 2440-2444页

作者：陈秋月王卓智韩勇陈永孜张琪琳徐双兵刘亚妮吕永宁张玉华中科技大学同济医学院附属协和医院药学部湖北省重大疾病精准用药医学研究中心湖北武汉430022 天津医科大学生物医学工程与技术学院天津300070 天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市肿瘤防治重点实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060 华中科技大学同济医学院附属协和医院肿瘤科湖北武汉430022

目的:用生物信息学共表达外推(以下简称生信COXEN)法初步构建食管癌精准化疗药物(5-氟尿嘧啶、紫杉醇和顺铂)生物标志物模型。方法:本研究使用5种统计学方法(Pearson相关分析、Spearman相关分析、Welch’s t-test、ANCOVA和rank-based A... 详细信息

目的:用生物信息学共表达外推(以下简称生信COXEN)法初步构建食管癌精准化疗药物(5-氟尿嘧啶、紫杉醇和顺铂)生物标志物模型。方法:本研究使用5种统计学方法(Pearson相关分析、Spearman相关分析、Welch’s t-test、ANCOVA和rank-based ANCOVA)从NCI-60数据库筛选药物敏感性基因,通过COXEN筛选食管鳞状细胞癌患者化疗药物敏感性的生物标志物。利用在线数据库DAVID进行KEGG通路富集分析。结果:筛选出可应用于预测人类食管鳞状细胞癌化疗药物敏感性的生物标志物:5-氟尿嘧啶的生物标志物主要富集在细胞周期G1期和S期(RNA和核糖体的合成、DNA复制)中;顺铂的生物标志物主要与蛋白聚糖、细菌侵袭上皮细胞和白细胞跨内皮迁移有关;紫杉醇的生物标志物主要与局部黏附、小细胞肺癌和HTLV-I感染通路有关。结论:生信COXEN法筛选出可应用于预测人类食管鳞状细胞癌单个化疗药物敏感性的基因,能为将来构建更有转化应用价值的多组合化疗方案预测模型提供研究基础。

关键词：食管鳞状细胞癌生物标志物化疗药物生物信息学共表达外推法

肺鳞癌中miR-144靶基因预测及其生物信息学分析

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天津医科大学学报 2018年第4期24卷 287-290页

作者：李伟王兆松董秋萍徐玥陈永孜许世磊天津医科大学肿瘤医院国家肿瘤临床医学研究中心天津市“肿瘤防治”重点实验室天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060

目的:分析miR-144靶基因在肺鳞癌中参与的信号通路生物过程。方法:分析The Cancer Genome Atlas网站中肺鳞癌患者的miR-144的表达量及生存曲线;预测miR-144靶基因并通过表达数据筛选影响肺鳞癌进展基因;BinGo软件对候选靶基因进行GO注... 详细信息

目的:分析miR-144靶基因在肺鳞癌中参与的信号通路生物过程。方法:分析The Cancer Genome Atlas网站中肺鳞癌患者的miR-144的表达量及生存曲线;预测miR-144靶基因并通过表达数据筛选影响肺鳞癌进展基因;BinGo软件对候选靶基因进行GO注释分析,利用DAVID网站预测其信号通路。结果:miR-144表达量高有利于延长肺鳞癌患者生存时间。综合4个靶基因数据库发现miR-144有72个预测结果,其中45个在肺鳞癌患者癌与癌旁组织间表达存在差异。其中部分候选靶基因参与胞核及星形微管的组成,参与上皮细胞增生、RNA合成。通路分析显示部分候选靶基因参与Ras、Wnt、Hippo等信号通路。结论:45个miR-144候选靶基因通过多条信号通路及生物过程调节细胞生命活动,影响肿瘤患者生存预期。

关键词： miR-144 肺鳞状细胞癌生物信息学基因本体论