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蛋白质计算中的机器学习

物理学报 2024年第6期73卷 95-107页

作者：张嘉晖中国科学技术大学生命科学学院合肥230027

蛋白质计算一直以来都是科学领域中的重要课题,而近年来其与机器学习的结合,更是极大地推进了相关学科的发展.本综述主要讨论了机器学习在四个重要的蛋白质计算领域内的研究进展,这四个领域包括:分子动力学模拟、结构预测、性质预测和... 详细信息

蛋白质计算一直以来都是科学领域中的重要课题,而近年来其与机器学习的结合,更是极大地推进了相关学科的发展.本综述主要讨论了机器学习在四个重要的蛋白质计算领域内的研究进展,这四个领域包括:分子动力学模拟、结构预测、性质预测和分子设计.分子动力学模拟依赖于力场参数,准确的力场参数是分子动力学模拟的必需品,而机器学习可以帮助研究者得到更加准确的力场参数.在分子动力学模拟中,机器学习也可以从复杂的体系中以较小的代价计算出所需求解的自由能.结构预测一般是给定蛋白质序列预测其结构.结构预测复杂度高、数据量大,而这恰恰是机器学习所擅长的.在机器学习的协助下,近年来科研人员已经在单个蛋白质三维结构预测上取得了不错的成果.性质预测则是指通过给定的已知蛋白质信息,推断其可能拥有的性质,这对于蛋白质的研究也是至关重要的.更具挑战性的是分子设计,虽然近年来机器学习在蛋白质设计上取得突破,但这一领域还有很大空间值得探索.本综述将针对以上四点分别展开论述,并对蛋白质计算中的机器学习研究进行展望.

关键词：蛋白质机器学习分子动力学模拟结构预测性质预测分子设计

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补中益气汤通过miR-155/Ndfip1/Pten轴调控Th17细胞改善自身免疫性甲状腺炎的作用机制

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中国实验方剂学杂志 2024年

作者：李晓晖赵卓陈怡然曹慧敏陈丝王智民高天舒刘子玉杨潇辽宁中医药大学辽宁中医药大学附属医院辽宁中医药大学附属第二医院辽宁省中医药研究院

目的：探讨补中益气汤通过microRNA-155（miR-155）/Nedd4家族相互作用蛋白1（Ndfip1）/磷酸酯酶与张力蛋白同源物（Pten）轴调控Th17细胞改善自身免疫性甲状腺炎（AIT）的作用机制。方法：将100只SPF级7-8周龄NOD.H-2h4小鼠饲以高碘水... 详细信息

目的：探讨补中益气汤通过microRNA-155（miR-155）/Nedd4家族相互作用蛋白1（Ndfip1）/磷酸酯酶与张力蛋白同源物（Pten）轴调控Th17细胞改善自身免疫性甲状腺炎（AIT）的作用机制。方法：将100只SPF级7-8周龄NOD.H-2h4小鼠饲以高碘水（0.05%NaI）喂养，8周后制成AIT模型，按随机数字表法分为模型组、补中益气汤低剂量组(4.78 g·kg-1·d-1)、补中益气汤中剂量组(9.56 g·kg-1·d-1)、补中益气汤高剂量组(19.12 g·kg-1·d-1)、硒酵母片组(30.33 μg·kg-1·d-1)，每组20只，另设20只正常组小鼠，正常组及模型组灌胃等量蒸馏水。连续给药8周后，采用酶联免疫吸附测定法（ELISA）检测小鼠血清中甲状腺球蛋白抗体（TGAb）、甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）含量；苏木素-伊红（HE）染色法观察甲状腺组织病理形态；实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测小鼠甲状腺组织miR-155-5p、Ndfip1、Pten、蛋白质酪氨酸激酶1（Jak1）、信号传导和转录激活因子3（Stat3）、维甲酸相关孤儿受体γt（RORγt）、白细胞介素-17（IL-17）mRNA的表达；蛋白免疫印迹法（Western blot）实验检测小鼠甲状腺组织Ndfip1、Pten、Jak1、Stat3、RORγt、IL-17蛋白的表达；免疫组织化学法检测小鼠甲状腺组织中Ndfip1、Pten蛋白表达；流式细胞术检测小鼠脾脏Th17细胞比例。结果：与正常组比较，模型组小鼠血清中TGAb、TPOAb含量升高（P＜0.01），光镜下可见甲状腺组织内明显的淋巴细胞浸润现象，Th17细胞比例升高（P＜0.01），miR-155-5p、Jak1、Stat3、RORγt、IL-17的表达显著升高（P＜0.01），Ndfip1、Pten的表达降低（P＜0.01）；与模型组比较，各给药组小鼠血清TGAb、TPOAb含量显著降低（P＜0.01），光镜下甲状腺组织内的淋巴细胞浸润程度减轻，Th17细胞比例降低（P＜0.05，P＜0.01），miR-155-5p、Jak1、Stat3、RORγt、IL-17的表达相对减少（P＜0.05，P＜0.01），Ndfip1、Pten的表达升高（P＜0.05，P＜0.01）。结论：补中益气汤可改善AIT小鼠自身免疫失常，其机制可能通过miR-155调控Ndfip1/Pten轴进而调控Th17细胞分化有关。

关键词：补中益气汤自身免疫性甲状腺炎(AIT) Th17细胞 microRNA-155(miR-155) Nedd4家族相互作用蛋白1(Ndfip1) 磷酸酯酶与张力蛋白同源物(Pten)

补中益气汤对自身免疫性甲状腺炎小鼠Fas/FADD/Caspase-8细胞凋亡信号通路的影响

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中国实验方剂学杂志 2024年

目的：探讨补中益气汤对自身免疫性甲状腺炎（AIT）模型小鼠肿瘤坏死因子受体超家族成员6（Fas）/Fas相关死亡结构域蛋白（FADD）/胱天蛋白酶-8（Caspase-8）细胞凋亡信号通路的影响。方法：SPF级7～8周龄NOD.H-2h4小鼠120只，其中100... 详细信息

目的：探讨补中益气汤对自身免疫性甲状腺炎（AIT）模型小鼠肿瘤坏死因子受体超家族成员6（Fas）/Fas相关死亡结构域蛋白（FADD）/胱天蛋白酶-8（Caspase-8）细胞凋亡信号通路的影响。方法：SPF级7～8周龄NOD.H-2h4小鼠120只，其中100只饲以高碘水（0.05% NaI）喂养，8周后制成AIT模型，按随机数字表法分为模型组、补中益气汤低剂量组(4.78 g·kg-1·d-1)、补中益气汤中剂量组(9.56 g·kg-1·d-1)、补中益气汤高剂量组(19.12 g·kg-1·d-1)、硒酵母片组(30.33 μg·kg-1·d-1)，每组20只，另设20只空白组小鼠，空白组及模型组灌胃等体积蒸馏水。连续给药8周后取材，采用酶联免疫吸附测定法（ELISA）检测各组小鼠血清中甲状腺球蛋白抗体（TGAb）、甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）含量；苏木精-伊红（HE）染色法观察小鼠甲状腺组织病理形态；原位末端标记法（TUNEL）检测小鼠甲状腺组织中的细胞凋亡情况，蛋白免疫印迹法（Western blot）检测甲状腺组织Fas、FADD、Caspase-8、胱天蛋白酶-3（Caspase-3）、活化的（cleaved）Caspase-8、cleaved Caspase-3蛋白的表达，实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测甲状腺组织中Fas、FADD、Caspase-8、Caspase-3 mRNA表达水平，免疫组织化学法检测甲状腺组织Fas、Caspase-3蛋白表达。结果：与空白组比较，模型组小鼠血清中TGAb、TPOAb含量明显升高（P＜0.01），光镜下可见甲状腺组织内明显的淋巴细胞浸润现象，荧光显微镜下凋亡细胞阳性表达较多，Fas、FADD、Caspase-8、Caspase-3、cleaved Caspase-8、cleaved Caspase-3的表达升高（P＜0.01或P＜0.05）；与模型组比较，各给药组小鼠血清TGAb、TPOAb含量明显降低（P＜0.05，P＜0.01），光镜下甲状腺组织内的淋巴细胞浸润程度减轻，荧光显微镜下凋亡细胞阳性表达减少，Fas、FADD、Caspase-8、Caspase-3、cleaved Caspase-8、cleaved Caspase-3的表达降低（P＜0.05，P＜0.01）。结论：补中益气汤可有效改善AIT免疫失常，其机制可能与Fas/FADD/Caspase-8细胞凋亡信号通路有关。

关键词：补中益气汤自身免疫性甲状腺炎细胞凋亡肿瘤坏死因子受体超家族成员6(Fas)

基于LESO的MMC-RPC反馈线性化直接功率控制

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控制理论与应用 2024年第1期41卷 109-117页

作者：宋平岗陈怡连加巍华东交通大学电气与自动化工程学院江西南昌330013

模块化多电平铁路功率调节器作为一个耦合的多变量非线性系统,传统PI控制的直接功率控制难以实现对系统的精确解耦.本文提出了一种基于线性扩张状态观测器的反馈线性化直接功率控制方法,根据Lie导数构建了模块化多电平铁路功率调节器(MM... 详细信息

模块化多电平铁路功率调节器作为一个耦合的多变量非线性系统,传统PI控制的直接功率控制难以实现对系统的精确解耦.本文提出了一种基于线性扩张状态观测器的反馈线性化直接功率控制方法,根据Lie导数构建了模块化多电平铁路功率调节器(MMC-RPC)两输入/两输出功率仿射模型,设计了精确反馈线性化功率解耦控制器.针对不确定因素等扰动对精确反馈线性化控制效果的影响,设计了线性扩张状态观测器对扰动进行观测和补偿,实现了功率的精确跟踪控制.最后,通过MATLAB/Simulink平台搭建仿真模型对所提控制方法进行了验证.

关键词：模块化多电平铁路功率调节器反馈线性化线性扩张状态观测器直接功率

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高中语文“中国革命传统作品研习”任务群项目化教学研究

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高中语文“中国革命传统作品研习”任务群项目化教学研究

作者：陈怡佳集美大学

学位级别：硕士

《普通高中语文课程标准(2017年版2020年修订)》(以下简称“新课标”)明确提出要继承和弘扬革命文化。“中国革命传统作品研习”这一任务群作为“新课标”提出的任务群之一,成为了“新课标”下语文学科教学的重要内容。为了顺应时代发... 详细信息

《普通高中语文课程标准(2017年版2020年修订)》(以下简称“新课标”)明确提出要继承和弘扬革命文化。“中国革命传统作品研习”这一任务群作为“新课标”提出的任务群之一,成为了“新课标”下语文学科教学的重要内容。为了顺应时代发展的需要,响应“新课标”的号召,语文教学方式需要转变。而项目化学习和学习任务群在理念上有着契合点,运用项目化学习开展“中国革命传统作品研习”任务群教学,能够为革命传统作品教学带来转变。在现有的研究中,关于“中国革命传统作品研习”任务群的教学资源和教学评价的研究较为缺乏。另外,项目化学习应用于革命传统作品中的教学主要分布在基础教育,而高中革命传统作品项目化教学,由于研究时间尚短,还需进一步完善。基于此,本文将项目化学习的模式应用于统编版高中语文“中国革命传统作品研习”任务群教学中,尝试运用项目化学习的模式解决这些问题。为全面了解“项目化学习”与“中国革命传统作品研习”任务群,本文在界定了“中国革命传统作品”核心概念后,对统编版高中语文中国革命传统作品选文进行梳理,并对“中国革命传统作品研习”任务群项目化教学的价值作出分析。同时,利用问卷调查了解和分析“中国革命传统作品研习”任务群的教学现状,发现该任务群存在教师能力素养不达标、教学内容重技巧轻人文、设置驱动性问题意识弱、教学资源利用率较低、忽视合作学习重要性和评价体系不健全等问题。针对这些问题,本文结合项目化学习的理念提出了“中国革命传统作品研习”任务群项目化教学策略。即提升素养,锁定核心知识;联系教材,确立项目任务;深度学习,设置驱动性问题;整合资源,创建学习情境;合作学习,实施项目活动;多元评价,优化评价体系。最后,根据所提出的策略进行“中国革命传统作品研习”任务群项目化教学设计,并作出具体阐释和说明,以解决“中国革命传统作品研习”任务群研究中存在的问题,为学科项目化学习的具体实践提供新的案例,给广大教师在“中国革命传统作品研习”任务群的教学实施提供一些参考。本研究结果表明,项目化学习能够有效地改善高中语文“中国革命传统作品研习”任务群的教学现状。未来研究可进一步深入探究其实用性。

关键词：革命传统作品项目化学习革命文化

同行企业描述性创新信息披露的溢出效应——基于机器学习与文本分析法

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科技进步与对策 2024年

作者：陈怡欣张婷马晨西北大学经济管理学院南京信息工程大学商学院

探讨同行企业描述性创新信息披露能否通过改善目标企业信息环境,产生促进目标企业创新绩效的溢出效应。基于机器学习和文本分析方法构建披露指标,结果发现,同行描述性创新信息披露水平提高能够显著促进目标企业创新产出“数量”与“质... 详细信息

探讨同行企业描述性创新信息披露能否通过改善目标企业信息环境,产生促进目标企业创新绩效的溢出效应。基于机器学习和文本分析方法构建披露指标,结果发现,同行描述性创新信息披露水平提高能够显著促进目标企业创新产出“数量”与“质量”提升。信息披露语调越积极、可读性和前瞻性越强,信息披露溢出效应越显著。机制检验发现,拓展目标企业信息获取渠道、加强管理层机会主义行为治理是信息披露溢出效应产生的主要机制。进一步研究发现,相较于“言行不符”的信息披露,“言行一致”的信息披露更能促进目标企业创新绩效提升。通过提高企业创新绩效,同行描述性创新信息披露有助于目标企业长期经营业绩提升。

关键词：同行企业描述性创新信息溢出效应企业创新机器学习

《1844年经济学哲学手稿》中的共生思想研究

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《1844年经济学哲学手稿》中的共生思想研究

作者：陈怡丹曲阜师范大学

学位级别：硕士

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加入WTO后中国对外贸易政策演进轨迹研究

加入WTO后中国对外贸易政策演进轨迹研究

作者：陈怡瑾内蒙古财经大学

学位级别：硕士

中国对外贸易起源较早,随着对外贸易的发展,对外贸易政策也经历了长期的演变过程。特别是加入WTO后中国对外贸易及外贸政策进入到全新的历史阶段,然而,面对“逆全球化”潮流涌动、贸易保护主义等因素限制,中国对外贸易发展受阻,需要积... 详细信息

中国对外贸易起源较早,随着对外贸易的发展,对外贸易政策也经历了长期的演变过程。特别是加入WTO后中国对外贸易及外贸政策进入到全新的历史阶段,然而,面对“逆全球化”潮流涌动、贸易保护主义等因素限制,中国对外贸易发展受阻,需要积极探索和调整对外贸易政策。基于此,本文研究加入WTO后中国对外贸易政策演进轨迹,旨在为中国对外贸易政策调整提供决策依据。本文运用历史比较法、定性与定量分析法等研究方法深入探讨了中国加入WTO后对外贸易政策演进轨迹,全文共6章,可分为4个部分:第1部分为导论。主要从研究背景及意义、国内外研究现状、理论基础、研究内容与方法、创新点及不足之处进行阐述;第2部分对加入WTO后中国对外贸易政策演进分阶段研究。主要分为三大历史阶段:对外贸易政策发展期(2001—2008)、对外贸易政策调整期(2009—2017)、对外贸易政策变化期(2018至今)。本部分重点从历史背景、进出口贸易政策、政策阶段特征方面对每一历史阶段对外贸易政策的演进过程进行系统研究,理清加入WTO后中国对外贸易政策全阶段发展脉络;第3部分对未来中国对外贸易政策发展趋势进行模拟及预测。运用动态GTAP模型进行实证分析,导出反映模拟变量对中国宏观经济以及各产业进出口的影响结果,进而通过模型结果分析中国对外贸易政策调整所产生的经济效应;第4部分为结论。根据上述研究得出的结论:(1)对外贸易政策及体制改革与时俱进。中国加入WTO后一直严格按照世界贸易规则开展国际贸易,始终与时俱进,积极调整贸易政策。(2)贸易政策以进出口两方面为主线,税率与管理措施相互协调。加入WTO后中国对外贸易政策坚持进口和出口两条主线,逐步发挥关税职能作用,与此同时,逐渐放宽贸易管制等管理措施促进对外贸易发展。(3)适度保护与高水平对外开放相结合。在复杂多变的环境中,作为发展中国家,中国积极面对外部威胁和挑战,坚决维护自身的发展利益,适当的贸易保护至关重要,并且近年来,中国持续深化自贸区的实验和推广工作,同时也在“一带一路”框架下深入实施改革措施。(4)未来外贸政策注重提质促稳。当前,逆全球化的潮流涌现,使得全球贸易政策的不稳定性和不可预测性变得更加明显,因此,未来中国将出台更多稳外贸的新政策促进对外贸易发展。

关键词：中国对外贸易政策进出口关税 GTAP模型

科创板上市公司IPO超募融资及其影响研究 ——以Z公司为例

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科创板上市公司IPO超募融资及其影响研究 ——以Z公司为例

作者：陈怡瑾重庆理工大学

学位级别：硕士