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大白猪不同脂肪部位脂质代谢相关基因的表达差异分析

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基因组学与应用生物学 2024年第4期43卷 636-645页

作者：王钰滨陈奎蓉王梦影张坤许迪兰干球梁晶广西大学动物科学技术学院广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室南宁530004

脂肪沉积决定于脂肪酸合成、转运和分解代谢的动态平衡。为比较猪(Sus scrofa domesticus)不同脂肪部位脂质代谢差异和不同性别间的差别,筛选与脂肪沉积能力显著关联的相关酶基因,本研究检测大白猪(Large White pigs)脂质代谢相关生化... 详细信息

脂肪沉积决定于脂肪酸合成、转运和分解代谢的动态平衡。为比较猪(Sus scrofa domesticus)不同脂肪部位脂质代谢差异和不同性别间的差别,筛选与脂肪沉积能力显著关联的相关酶基因,本研究检测大白猪(Large White pigs)脂质代谢相关生化指标、肌内脂肪(intramuscular fat)含量,皮下脂肪、腹部脂肪和肾周脂肪组织间脂肪酸合成酶基因ACC,脂肪酸转运酶基因CPT1A和CD36,以及脂肪酸分解酶基因HSL和LPL的转录表达水平,分析目标基因与血清生化指标和肌内脂肪含量的相关性,比较在不同脂肪组织间的基因表达差异。结果表明,血清甘油三酯(triglycerides)、总胆固醇(total cholesterol)和肌内脂肪含量在不同性别大白猪中均无显著性差异(P>0.05)。相关性分析表明,大白猪公猪腹部脂肪中ACC基因表达量与甘油三酯含量呈显著正相关(P0.05)。在大白猪母猪中,ACC基因在腹部脂肪中的表达丰度最高;CPT1A基因和HSL基因在皮下脂肪中的表达量极显著低于腹部脂肪的(P0.05)。本研究初步揭示了不同性别大白猪脂质代谢相关基因在不同脂肪部位的表达差异,提示ACC基因可能正向调控腹部脂肪沉积,HSL基因在大白猪公猪皮下脂肪分解代谢中可能发挥更重要的功能。

关键词：大白猪不同脂肪部位脂肪代谢相关性分析基因差异分析

猪VEGFA基因多态性与窝产仔数的关联分析

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中国猪业 2024年第6期 14-25页

作者：刘巧玲陈奎蓉张琰芳梁靓梁晶兰干球广西大学动物科学技术学院/广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室

母猪的窝产仔数是衡量母猪生产成绩的一项重要指标,对养猪经济效益有重要的影响。血管内皮生长因子A是维持血管正常功能及内皮细胞完整性的一种分子,有研究表明, VEGFA对动物的繁殖性能具有重要的作用。为研究猪VEGFA基因的多态性与窝... 详细信息

母猪的窝产仔数是衡量母猪生产成绩的一项重要指标,对养猪经济效益有重要的影响。血管内皮生长因子A是维持血管正常功能及内皮细胞完整性的一种分子,有研究表明, VEGFA对动物的繁殖性能具有重要的作用。为研究猪VEGFA基因的多态性与窝产仔数的关联,本研究选取485头大白猪和290头巴马香猪,通过PCR扩增和测序对VEGFA基因SNP位点进行分型,并利用关联分析方法筛选与母猪窝产仔数性状关联的SNP位点。结果发现,在巴马香猪和大白猪群体中分别检测到7个和4个SNP位点,巴马香猪群体中VEGFA基因有6个SNP位点与第1、 2、 4、 6胎窝产仔数均显著关联(P<0.05),在大白猪群体中VEGFA基因有4个SNP位点与第2、 3胎窝产仔数显著关联(P<0.05);本研究发现VEGFA基因多态性与巴马香猪、大白猪窝产仔数存在显著关联,为利用分子标记进行猪繁殖性状的遗传改良提供了参考。

关键词：猪 VEGFA基因窝产仔数 SNP 关联分析多态性遗传

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巴马香猪不同生长阶段的肠道菌群特征分析

中国畜牧杂志 2021年第S01期57卷 187-194页

作者：田威龙刘笑笑程锋綦文晶陈奎蓉李月月吕冬玲梁靓兰干球梁晶广西大学动物科学技术学院广西南宁530004

在猪的生长发育过程中,肠道菌群的建立及其均衡结构的维持对猪的健康生长具有重要作用,了解仔猪不同生长阶段肠道菌群的结构和功能可为指导其不同阶段的营养调控和饲养管理提供理论基础。本实验采集巴马香猪0 d(初生)、16 d(哺乳期)和40... 详细信息

在猪的生长发育过程中,肠道菌群的建立及其均衡结构的维持对猪的健康生长具有重要作用,了解仔猪不同生长阶段肠道菌群的结构和功能可为指导其不同阶段的营养调控和饲养管理提供理论基础。本实验采集巴马香猪0 d(初生)、16 d(哺乳期)和40 d(保育期)3个生长阶段的粪便样品,采用16S rRNA基因高通量测序方法,分析巴马香猪不同生长阶段肠道菌群的纵向变化。Alpha多样性指数表明,随着仔猪的生长发育,肠道菌群多样性显著增加,并在保育期多样性达到最高水平;在门水平,作为优势门的厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)在不同生长阶段呈逐渐升高的趋势,而变形菌门(Proteobacteria)呈下降趋势;在属水平,不同生长阶段的优势菌属不同,LEfSe分析发现克雷伯菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)和球链菌属(Globicatella)等好氧菌和兼性厌氧菌为出生0 d(初生)的特异性菌属,随着肠道中氧气的消耗,消化链球菌属(Peptostreptococcus)和消化球菌属(Peptococcus)等专性厌氧菌为16 d(哺乳期)的特征性菌属,饮食的改变使得与消化纤维密切相关的瘤胃球菌属(Ruminococcus)和普氏菌属(Prevotella)成为出生40 d(保育期)时的特异菌属;KEGG功能预测分析发现,随着仔猪的生长发育巴马香猪肠道菌群功能呈动态变化。

关键词：巴马香猪肠道菌群 16S rRNA基因测序

大白猪胆汁酸代谢基因FXR的克隆及其在各肠道中的表达

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中国畜牧杂志 2023年第10期59卷 148-152页

作者：张帅江山张坤陈奎蓉颜港王梦影许迪王钰滨邢天琦梁晶兰干球广西大学动物科学技术学院广西南宁530004

为了探究胆汁酸代谢途径关键基因FXR在大白猪中的结构和功能,本研究利用3头大白猪十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠组织,分别提取RNA,将RNA反转录成cDNA后做混池通过PCR扩增FXR基因的CDS区域,对测序结果进行比对确认,利用多种生... 详细信息

为了探究胆汁酸代谢途径关键基因FXR在大白猪中的结构和功能,本研究利用3头大白猪十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠组织,分别提取RNA,将RNA反转录成cDNA后做混池通过PCR扩增FXR基因的CDS区域,对测序结果进行比对确认,利用多种生物信息学软件对大白猪FXR基因的CDS区域进行了一系列分析。结果显示,FXR基因CDS全长1 461 bp,编码486个氨基酸,预测FXR蛋白二级和三级结构,该蛋白的二级结构有23个α螺旋、28个β折叠、30个T转角、20个无规卷曲,为亲水性膜外蛋白;并且有多个磷酸化位点;荧光定量PCR结果显示,FXR基因在大白猪回肠中表达量极显著高于其他肠道组织。本实验成功克隆了大白猪FXR基因的CDS区域,为进一步探究FXR基因在猪胆汁酸代谢途径中的调控机制提供了研究基础,也为利用胆汁酸代谢调控挖掘提高猪生长性能的分子标记提供了一定参考。

关键词：胆汁酸代谢 FXR基因生物信息学分析

基于RNA-Seq分析大白猪和巴马香猪背最长肌组织基因表达差异

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中国畜牧杂志 2024年第2期60卷 208-214页

作者：韦茜尹雷国凤陈奎蓉黄志威蒋昱雯陈晓榕容宁陈钊徐玉培梁晶兰干球广西大学动物科学技术学院广西南宁530004 广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室广西南宁530004 广西农业职业技术大学畜牧研究院广西南宁530010

以180日龄的大白猪(n=6)与巴马香猪(n=6)为研究对象,屠宰后测定肌内脂肪、肉色、嫩度、pH、滴水损失等肉质性状,采集背最长肌组织提取总RNA,利用RNA-Seq技术鉴定大白猪和巴马香猪背最长肌组织中的表达差异基因及其功能富集通路。结果发... 详细信息

以180日龄的大白猪(n=6)与巴马香猪(n=6)为研究对象,屠宰后测定肌内脂肪、肉色、嫩度、pH、滴水损失等肉质性状,采集背最长肌组织提取总RNA,利用RNA-Seq技术鉴定大白猪和巴马香猪背最长肌组织中的表达差异基因及其功能富集通路。结果发现,以大白猪为对照组,在巴马香猪和大白猪背最长肌组织中共鉴定到5 037个差异表达基因,其中有3 326个上调表达基因,1 711个下调表达基因。经过KEGG富集通路分析,发现巴马香猪和大白猪一共有168条显著富集通路,其中上调DEGs有92条富集路径,下调DEGs有76条富集路径;GO功能分析中上调表达基因富集到BP有3 058条、CC有413条、MF有559条,下调表达基因富集到BP有3 050条、CC有415条、MF有557条。大白猪与巴马香猪肉色的亮度L在45min时呈极显著差异;大白猪与巴马香猪之间的肌内脂肪、水分均呈现显著差异。本文对大白猪与巴马香猪肌内脂肪含量进行转录组测序分析,初步认为CAPN3、MTM1、TMOD4等基因在巴马香猪肉质中发挥重要作用。

关键词：巴马香猪大白猪 RNA-Seq 肉质性状

基于16S rRNA测序探究杜洛克猪饲料利用率与肠道菌群的关系

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中国畜牧杂志 2021年第6期57卷 146-153页

作者：田威龙司景磊莫家远刘笑笑程锋吕冬玲李月月陈奎蓉梁靓兰干球梁晶广西大学动物科学技术学院广西南宁530004

为探究杜洛克猪饲料利用率与肠道菌群的关系,本研究计算了91头杜洛克公猪30~100 kg的校正饲料转化率(FCR),选择FCR数值最高和最低各10头猪分别作为HFCR组和LFCR组,采用微生物16S rRNA基因测序技术分析两组间肠道微生物多样性、组成与结... 详细信息

为探究杜洛克猪饲料利用率与肠道菌群的关系,本研究计算了91头杜洛克公猪30~100 kg的校正饲料转化率(FCR),选择FCR数值最高和最低各10头猪分别作为HFCR组和LFCR组,采用微生物16S rRNA基因测序技术分析两组间肠道微生物多样性、组成与结构差异,并对差异微生物功能进行预测。结果显示:两组间肠道微生物在总体Alpha多样性指标上无显著性差异,但在微生物组成上存在多个显著差异的菌属;Fimicutes和Bacteroidetes为杜洛克猪的优势菌门,Prevotella、norank_f_Ruminococcaceae和Lactobacillus是主要的优势菌属;在门水平上,HFCR组WPS-2的丰度显著高于LFCR组;在属水平上,HFCR组个体中unclassified_f_Ruminococcaceae、unclassified_o_Bacteroidales、norank_p_WPS-2和rc4-4的丰度显著高于LFCR组,Collinsella、norank_f_Enterobacteriaceae、Staphylococcus、1-68和norank_o__Streptophyta的丰度显著低于LFCR组。KEGG分析发现,LFCR组和HFCR组肠道菌群基因主要富集在Amino sugar and nucleotide sugar metabolism、Purine metabolism、Glycolysis/Gluconeogenesis和Pyrimidine metabolism等功能通路,但在两组间并无显著差异。本研究结果为利用肠道微生物提高猪的饲料利用率提供了一定的参考和数据基础。

关键词：杜洛克饲料利用率肠道微生物

广西地方猪群体遗传结构、选择信号分析和ROH检测

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中国畜牧杂志 2021年第S01期57卷 206-213页

作者：莫家远李月月路玉洁史良玉刘笑笑陈奎蓉綦文晶朱思燃奉玲丽梁晶兰干球广西大学动物科学技术学院广西南宁530004 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所农业部动物遗传育种与繁殖(家禽)重点实验室北京100193

为深入挖掘广西地方猪种的种质特性相关基因,用50K芯片对巴马香猪和隆林猪进行了基因分型,并下载了陆川猪、东山猪、杜洛克、长白猪和大白猪的60K芯片数据,将数据整合后通过多种软件进行群体遗传结构分析、选择信号分析和ROH检测,并对... 详细信息

为深入挖掘广西地方猪种的种质特性相关基因,用50K芯片对巴马香猪和隆林猪进行了基因分型,并下载了陆川猪、东山猪、杜洛克、长白猪和大白猪的60K芯片数据,将数据整合后通过多种软件进行群体遗传结构分析、选择信号分析和ROH检测,并对相关位点和区域进行了基因定位与富集分析。结果显示:隆林猪近交程度最低但可能已经受西方商业猪种血液入侵,血统不纯;陆川猪近交程度最高,且与东山猪在遗传距离和亲缘关系上都比较近;去除隆林猪后,共有435个位点受到了选择,以50 kb作为受选择区域共定位到了175个基因,参与了31条信号通路,其中分别有5、9、7、9、1个基因与脂肪、糖尿病或胰岛功能、免疫、繁殖、热应激相关;广西地方猪种共检测到4491个ROH区域,高频ROH区域主要位于1、4、7、14号染色体,共定位到了48个基因,参与8条信号通路,其中4、3、2个基因分别与免疫、繁殖和肉质相关,4号染色体还存在一个区域被7个品种同时定位,包含的DECR1基因可能与广西地方猪种的独特肉质性状有关。本研究结论为广西地方品种中有DECR1、TNNC1和MTCH2等基因与肉质相关;IL12A、BCL11B和TLR9等基因与免疫功能相关;GNRHR、RBBP4和ALAS1等基因与繁殖性状相关;该结论为广西地方猪种种质资源开发、利用提供了重要理论依据。

关键词：广西地方品种商业猪种群体遗传结构选择信号 ROH

不同饲料利用效率大白猪肉质性状及候选基因的差异分析

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中国畜牧杂志 2023年第12期59卷 150-154页

作者：王梦影陈奎蓉王钰滨张帅张坤邢天琦许迪颜港江山韦茜尹梁晶兰干球广西大学动物科学技术学院广西南宁530004

本文对不同饲料利用效率大白猪的肉质性状进行测定,同时利用实时荧光定量PCR检测背最长肌和皮下脂肪中与肉质、脂肪沉积性状相关基因的转录水平,分析FASN和PPARγ基因表达量与肉质性状的相关性,结果表明:不同饲料利用效率大白猪肉品质中... 详细信息

本文对不同饲料利用效率大白猪的肉质性状进行测定,同时利用实时荧光定量PCR检测背最长肌和皮下脂肪中与肉质、脂肪沉积性状相关基因的转录水平,分析FASN和PPARγ基因表达量与肉质性状的相关性,结果表明:不同饲料利用效率大白猪肉品质中pH24h值为5.63~5.81;L_(24h)值为48.43~50.02;b_(24h)值为6.90~7.82;48h滴水损失为3.62~3.99;肌内脂肪为1.59~2.21。实时荧光定量PCR测定结果显示,在不同饲料利用效率大白猪背最长肌中,PPARγ和FASN基因的mRNA表达水平分别为差异显著和极显著,二者与肌内脂肪含量呈正相关;肉质性状相关性分析及肉质性状与基因表达量相关性分析中,高饲料利用效率(High Feed Efficiency,HFE)大白猪的肉色L值与pH值呈显著负相关;HFE大白猪背最长肌中FASN基因mRNA表达量与L值呈显著正相关,在低饲料利用效率(Low Feed Efficiency,LFE)大白猪背最长肌中PPARγ基因mRNA表达量与L值呈极显著正相关。

关键词：饲料利用效率大白猪肉质性状相关性分析

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利用16SrRNA基因测序探究杜洛克猪眼肌厚与粪便微生物的关系

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基因组学与应用生物学 2022年第1期41卷 1-11页

作者：程锋司景磊梁靓陈奎蓉田威龙莫家远吕冬玲刘笑笑李月月兰干球梁晶广西大学动物科学技术学院南宁530004

为了探究猪眼肌厚(loin muscle thickness,LMT)与宿主粪便微生物之间的关系,本研究测定了91头杜洛克猪的校正100 kg眼肌厚。根据LMT排序并选择其中最极端的20头个体,包括最高眼肌厚(highest-loin muscle thickness,H_LMT)10头和最低眼肌... 详细信息

为了探究猪眼肌厚(loin muscle thickness,LMT)与宿主粪便微生物之间的关系,本研究测定了91头杜洛克猪的校正100 kg眼肌厚。根据LMT排序并选择其中最极端的20头个体,包括最高眼肌厚(highest-loin muscle thickness,H_LMT)10头和最低眼肌厚(lowest-loin muscle thickness,L_LMT)10头,应用16S rRNA基因高通量测序技术,分析高低组个体粪便中微生物的物种组成、多样性及预测功能的差异。结果表明:杜洛克猪粪便微生物中存在2个优势菌门分别为Firmicutes、Bacteroidetes;存在4个优势菌属分别为Prevotella、Lactobacillus、norank_f_Ruminococcaceae和norank_f_Lachnospiraceae。两组间粪便微生物组成的α多样性差异不显著,门和属水平的微生物主坐标分析(principal coordinate analysis,PCoA)也未能依据眼肌厚差异有明显区分,但两组间在微生物组成上存在显著差异的菌属。属水平上,H_LMT组个体粪便中norank_f_Enterobacteriaceae、Enterococcus和Coprobacillus的相对丰度较高,而norank_f_S24_7、norank_o_Bacteroidales、norank_f_Mogibacteriaceae、YRC22、norank_f_Peptostreptococcaceae、norank_f_Leuconostocaceae、02d06和Corynebacterium相对丰度显著低于L_LMT组个体。通过KEGG和COG功能预测分析,发现H_LMT和L_LMT组粪便微生物在碳水化合物运输和代谢、氨基酸转运和代谢、转录、核糖体结构和生物发生等功能上高度富集。本研究为探究猪粪便微生物的组成与眼肌厚性状间的关联提供一定的基础,也为进一步深入研究肠道菌群与动物生长性能的关联提供理论依据。

关键词： 16S rRNA基因测序肠道微生物眼肌厚杜洛克猪