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单倍型分析软件HaploAssistant包的开发与应用

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分子植物育种 2023年

作者：于欢陈伊洁刘康林张帆长江大学生命科学学院

单倍型分析作为遗传分析中的常见内容，是基于遗传变异筛选优异等位变异组合的有效方法，在候选基因筛选以及优异等位基因/单倍型发掘上发挥着十分重要的作用。针对当前基因相关单倍型分析软件缺乏的现状，本研究开发了一款在R语言环境... 详细信息

单倍型分析作为遗传分析中的常见内容，是基于遗传变异筛选优异等位变异组合的有效方法，在候选基因筛选以及优异等位基因/单倍型发掘上发挥着十分重要的作用。针对当前基因相关单倍型分析软件缺乏的现状，本研究开发了一款在R语言环境下操作简易的针对特定基因的单倍型分析软件(HaploAssistant)。该软件首先根据目标样本和对应区间对基因型进行提取，然后对区间内不同SNP标记进行分类和注释，根据不同SNP分类将分别进行单倍型识别与表型关联分析，结合不同分类数据(如种质类型，生态类型等)，对单倍型进行地理分布作图，与PopART软件有效衔接实现单倍型网络绘图，并将不同结果文件可视化。该软件具有开源、跨平台、简易、高效、可延展等多种特点，可应用于不同物种单倍型与表型关联分析、候选基因筛选与挖掘等领域，应用前景广泛。HaploAssistant包可从github下载(https://***/JunWang-yangtzeu/HaploAssistant)。

关键词：单倍型分析 SNP 注释格式转换 R语言

基于本地BLAST的高通量引物设计R包(LightPrimer)及其应用

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中国油料作物学报 2022年第5期44卷 1130-1138页

作者：熊亚俊陈伊洁邹娟张帆长江大学湖北荆州434025 粮食作物种质创新与遗传改良省重点实验室湖北省农业科学院粮食作物研究所湖北武汉430064

引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信... 详细信息

引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列,进行片段化处理,然后将片段与基因组进行本地BLAST比对,通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段,然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3’末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选,得到候选引物列表,并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点,可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载(https://***/YangtzeSoyGDB/***)。

关键词：本地BLAST 高通量引物设计 R语言

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大豆油菜素内酯同源基因与叶柄夹角关联分析

分子植物育种 2023年

作者：高杰于欢陈伊洁陈玲玲宋健邱丽娟长江大学生命科学学院长江大学农学院中国农业科学院作物科学研究所

叶柄夹角是大豆(Glycine max)株型的重要组成成分，与产量密切相关。油菜素内酯是一类植物特有的类固醇激素，在水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、小麦(Triticum aestivum)、油菜(Brassica napus L.)中均发现能够影响叶倾角，而在... 详细信息

叶柄夹角是大豆(Glycine max)株型的重要组成成分，与产量密切相关。油菜素内酯是一类植物特有的类固醇激素，在水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、小麦(Triticum aestivum)、油菜(Brassica napus L.)中均发现能够影响叶倾角，而在大豆中是否影响叶柄夹角还不清楚。本研究根据水稻中已克隆影响叶倾角的19个基因进行Blast分析，在大豆中筛选到33个同源性较高的基因，通过783份大豆种质资源的重测序数据分析同源基因的SNP分布和单倍型，并通过方差分析比较不同单倍型与叶柄夹角的关联。结果发现，33个同源基因编码区在783份种质资源中SNP数目在0～14个不等，其中Glyma.06G147600和Glyma. 04G218300含有SNP最多。33个基因存在单倍型2～79种，其中28个基因主单倍型Hap1与参考基因组相同，4个基因Hap2单倍型与参考基因组相同。不同单倍型和叶柄夹角差异显著分析，发现其中13个基因不同单倍型的叶柄夹角分布差异显著，推测这13个基因可能与叶柄夹角调控相关，为叶柄夹角调控进一步研究提供基因资源。

关键词：油菜素内酯同源基因单倍型叶柄夹角

小剂量丙戊酸钠和小剂量安定防治小儿热性惊厥的疗效及安全性比较

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中国医药科学 2018年第2期8卷 36-38页

作者：陈伊洁广东省汕头市潮阳区人民医院广东汕头515100

目的探究小剂量丙戊酸钠和小剂量安定防治小儿热性惊厥的疗效及安全性比较。方法选取我院2015年1月～2017年5月儿科收治的80例小儿热性惊厥患儿,随机分为观察组及对照组,每组各40例。对照组患儿给予小剂量安定治疗,观察组患儿给予小剂... 详细信息

目的探究小剂量丙戊酸钠和小剂量安定防治小儿热性惊厥的疗效及安全性比较。方法选取我院2015年1月～2017年5月儿科收治的80例小儿热性惊厥患儿,随机分为观察组及对照组,每组各40例。对照组患儿给予小剂量安定治疗,观察组患儿给予小剂量丙戊酸钠治疗,比较两组患儿治疗效果及安全性。结果经治疗后,观察组和对照组患儿的治疗有效率分别为92.5%和70.0%,观察组明显高于对照组,差异有统计学意义(χ2=6.646,P<0.05);观察组患儿止惊时间(12.51±3.45)min和退热时间(11.56±2.47)h均较对照组患儿明显缩短[(17.28±4.12)min,(16.41±3.65)h],差异均有统计学意义(t=5.614,6.960,P<0.05);观察组患儿不良反应发生率(7.5%)和复发率(5.0%)明显低于对照组(30.0%,20.0%),差异均有统计学意义(χ2=6.646,4.114,P<0.05)。结论作为小儿热性惊厥的治疗药物,丙戊酸钠较安定临床疗效显著,可快速缓解患儿症状,促进恢复,显著减少不良反应发生,复发率低,安全可靠,值得临床推广采用。

关键词：丙戊酸钠安定热性惊厥安全性

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左乙拉西坦治疗儿童癫痫疗效、生活质量观察

中国继续医学教育 2019年第9期11卷 129-131页

作者：陈伊洁吴名展广东省汕头市潮阳区人民医院儿科广东汕头515100 广东省汕头市汕头潮南民生医院神经内科广东汕头515144

目的探讨比较左乙拉西坦及丙戊酸钠治疗儿童癫痫的临床疗效、生活质量。方法选取我院2017年2月—2018年2月收治的60例儿童癫痫患者作为研究对象,一组采用丙戊酸钠治疗(对照组),另一组采用左乙拉西坦治疗(观察组),对两组患者的治疗总有... 详细信息

目的探讨比较左乙拉西坦及丙戊酸钠治疗儿童癫痫的临床疗效、生活质量。方法选取我院2017年2月—2018年2月收治的60例儿童癫痫患者作为研究对象,一组采用丙戊酸钠治疗(对照组),另一组采用左乙拉西坦治疗(观察组),对两组患者的治疗总有效率、生活质量改善情况与并发症发生率进行比较。结果两组患者的治疗总有效率比较,差异无统计学意义(χ~2=0.564,P> 0.05);观察组患者的SF-36评分优于对照组,差异具有统计学意义(P <0.05),观察组患者的并发症发生率低于对照组,差异具有统计学意义(χ~2=6.464,P<0.05)。结论丙戊酸钠和左乙拉西坦治疗儿童癫痫均具有较高的临床疗效,但左乙拉西坦并发症更少,同时可改善患儿生活质量。

关键词：丙戊酸钠左乙拉西坦儿童癫痫临床疗效并发症生活质量

脂肪酸去饱和酶FAD3蛋白特征及其在大豆中的遗传演化分析

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大豆科学 2023年第4期42卷 396-405页

作者：李战王影于莉莉陈伊洁于欢王俊邱丽娟长江大学农学院/农业农村部长江中游作物绿色高效生产重点实验室(部省共建) 湖北荆州434025 中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程北京100081

微体ω-3脂肪酸去饱和酶(Fatty Acid Desaturase 3,FAD3)是植物种子α-亚麻酸生物合成的关键酶。尽管很多FAD3基因被分离和鉴定,植物FAD3蛋白结构特征及遗传演化研究较少。为了探究脂肪酸去饱和酶FAD3蛋白特征及其在大豆中的遗传演化情... 详细信息

微体ω-3脂肪酸去饱和酶(Fatty Acid Desaturase 3,FAD3)是植物种子α-亚麻酸生物合成的关键酶。尽管很多FAD3基因被分离和鉴定,植物FAD3蛋白结构特征及遗传演化研究较少。为了探究脂肪酸去饱和酶FAD3蛋白特征及其在大豆中的遗传演化情况,本研究分析了37个物种(包括33种植物、2种蓝藻和2种真菌)的51个FAD3蛋白的序列特征和进化关系,并分析了大豆3个GmFAD3(GmFAD3A、GmFAD3B和GmFAD3C)基因在598份材料中的单倍型及其编码蛋白构象。结果发现,植物FAD3蛋白序列和结构较为保守,其进化关系与植物分化进程一致。GmFAD3A、GmFAD3B和GmFAD3C分别包含14,4和4种单倍型。GmFAD3A-1(Hap1/2)在各大豆种植区域均有分布,Hap3/4/5除华南和西北地区外,其他地区均有分布。虽然GmFAD3A-1(Hap1/2/4)和GmFAD3A-1(Hap3/5)编码蛋白构象差异较大,但可能与地理分布并无关联。而GmFAD3A-2(Hap1~5)编码蛋白构象基本相同,表明GmFAD3A-2可能并未受到选择。GmFAD3B(Hap1/2/4)中地方品种占比较高,其中Hap1/2在我国各大豆主要产区均有分布,而Hap3中改良品种占比较高(78.57%),仅分布在东北、华北和华东地区,表明GmFAD3B(Hap1/2/4)和GmFAD3B(Hap3)编码蛋白构象差异可能受地理因素影响的同时受到人工选择。GmFAD3C中Hap1占比极高(98.66%),在我国各大豆种植区域均有分布,说明该基因比较保守,可能在大豆脂肪酸去饱和过程中起到非常重要的作用。本研究为GmFAD3在大豆α-亚麻酸积累中的作用机制解析和高α-亚麻酸育种提供参考。

关键词： GmFAD3 α-亚麻酸大豆蛋白结构单倍型分析

吸入性糖皮质激素与白三烯受体拮抗剂治疗儿童支气管哮喘的依从性和临床效果观察

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中国基层医药 2018年第15期25卷 1987-1989页

作者：陈伊洁陈润济林泽军汕头市潮阳区人民医院儿科广东省汕头515100

目的探讨使用吸入性糖皮质激素（ICS）和白三烯受体拮抗剂（LTRA）治疗儿童支气管哮喘的依从性和临床效果,为科学选择治疗方案提供参考依据.方法回顾性分析汕头市潮阳区人民医院2015-2016年已确诊支气管哮喘、年龄14岁以下的140例患... 详细信息

目的探讨使用吸入性糖皮质激素（ICS）和白三烯受体拮抗剂（LTRA）治疗儿童支气管哮喘的依从性和临床效果,为科学选择治疗方案提供参考依据.方法回顾性分析汕头市潮阳区人民医院2015-2016年已确诊支气管哮喘、年龄14岁以下的140例患者资料,根据治疗方法不同分为吸入性糖皮质激素（ICS）组和白三烯受体拮抗剂（LTRA）组各70例. ICS组布地奈德1 mg加入0.9%氯化钠溶液3 mL中雾化吸入,每天2次,症状缓解后可改为吸入0.5 mg/次,2次/d. LTRA组孟鲁司特咀嚼片口服4 mg/次,睡前服用,每天1次,疗程3个月.根据MARS-A依从性评定法对治疗过程中患者的依从性进行等级评定,并对治疗效果进行分析.结果 ICS组和LTRA组的样本数均为70例,在依从性相同下,ICS组病情得到有效治疗样本（包括良好控制和部分控制）为62例,未控制8例,有效率为98.36%;LTRA组病情得到有效治疗样本（包括良好控制和部分控制）为54例,未控制16例,有效率为89.09%.两组有效率差异有统计学意义（ χ2＝6.152,P＜0.05）;在治疗效果基本相同情况下（ICS组51例有效治疗,LTRA组54例有效治疗）,ICS组依从性好50例,LTRA组依从性好62例,差异有统计学意义（χ2＝7.012,P＜0.05）.结论 ICS组LTRA组对儿童哮喘均能有效控制,在依从性较好条件下,ICS组从治疗率以及控制水平上都优于LTRA组;在治疗效果基本相同情况下,LTRA组依从性较ICS组好.

关键词：哮喘药物治疗依从性治疗结果布地奈德孟鲁司特儿童

大豆叶型调控基因Ln及其同源基因单倍型分析

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作物学报 2023年第8期49卷 2051-2063页

作者：李刚周彦辰熊亚俊陈伊洁郭庆元高杰宋健王俊李英慧邱丽娟长江大学农学院湖北荆州434025 长江大学生命科学学院湖北荆州434025 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

大豆叶型是理想株型的重要构成部分,对大豆品种选育具有重要意义。本研究通过对来自中国不同地区的598份材料进行Ln及其同源基因(Glyma.10G273800)单倍型分析发现,Ln基因和同源基因均分别包含3种单倍型(Hap1~Hap3)。Ln基因3种单倍型之... 详细信息

大豆叶型是理想株型的重要构成部分,对大豆品种选育具有重要意义。本研究通过对来自中国不同地区的598份材料进行Ln及其同源基因(Glyma.10G273800)单倍型分析发现,Ln基因和同源基因均分别包含3种单倍型(Hap1~Hap3)。Ln基因3种单倍型之间除了叶长没有显著差异外,Hap2在叶宽、叶面积和叶长宽比中均与Hap1/Hap3差异显著。Ln同源基因的Hap3与Hap2在不同叶型表型中均有显著差异,Hap1和Hap2之间的叶长宽比没有差异,叶宽在第4节叶位点没有显著差异,第5节叶位点Hap1显著低于Hap2。叶长、叶面积、叶周长Hap1均显著低于Hap2。从地理分布来看,Ln基因的Hap2主要分布在高纬度和高海拔地区,其同源基因的3种单倍型分布未发现明显地域倾向性。遗传分析表明仅Ln基因中Hap2的D9H存在人工选择的信号,Ln基因中的另外2个突变位点和同源基因中的2个突变位点则没有人工选择的信号。本研究为大豆叶型育种提供理论依据,同时对提高大豆产量具有积极意义。

关键词：大豆叶型单倍型 Ln基因

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左乙拉西坦治疗儿童及青少年癫痫临床分析

中国基层医药 2019年第3期26卷 310-314页

作者：吴名展陈伊洁郭晓成何素丽马兰香汕头潮南民生医院神经内科广东省515144 汕头潮南民生医院儿科广东省515144 汕头潮南民生医院脑电图室广东省515144 汕头市潮阳区人民医院儿科广东省515100

目的探讨以及比较左乙拉西坦片及丙戊酸钠缓释片对儿童及青少年癫痫患者的临床疗效。方法选择2017年4月至2018年4月汕头潮南民生医院收治的儿童及青少年癫痫患者80例,按抽签分组方式分为两组,每组40例。观察组采用左乙拉西坦片治疗,对... 详细信息

目的探讨以及比较左乙拉西坦片及丙戊酸钠缓释片对儿童及青少年癫痫患者的临床疗效。方法选择2017年4月至2018年4月汕头潮南民生医院收治的儿童及青少年癫痫患者80例,按抽签分组方式分为两组,每组40例。观察组采用左乙拉西坦片治疗,对照组采用丙戊酸钠缓释片治疗。比较两组患者治疗前后脑电图改善情况、治疗总有效率与不良反应发生率。结果观察组治疗6个月后脑电图改善率为41.17%,而对照组为45.71%,两组差异无统计学意义(χ^2=0.508,P>0.05);观察组治疗9个月脑电图改善率为70.58%,对照组为74.28%,两组差异无统计学意义(χ^2=0.225,P>0.05)。观察组治疗总有效率(92.50%)与对照组治疗总有效率(95.00%)相比,差异无统计学意义(χ^2=0.354,P>0.05);观察组总不良反应发生率为22.50%,明显低于对照组的45.00%,差异有统计学意义(χ^2=6.864,P<0.05)。结论丙戊酸钠缓释片和左乙拉西坦片治疗儿童及青少年癫痫均具有较高的有效性和安全性,但左乙拉西坦不良反应更少,值得在临床单药治疗儿童及青少年癫痫方面进行推广。

关键词：癫痫脑电描记术治疗结果药物副反应报告系统丙戊酸钠左乙拉西坦儿童青少年