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人体肠道病毒组的研究进展

中国微生态学杂志 2023年第9期35卷 1097-1102页

作者：王广洋鄢秋龙孙云亮大连市中心医院病理科辽宁大连116089 大连医科大学生物化学与分子生物学教研室

人体肠道微生物包括细菌、真菌、古细菌和病毒等,肠道病毒组的基因组约占肠道微生物总DNA的5.8%,病毒的数量在所有肠道微生物中排名第二,且多样性高。受高比例细菌基因组的影响,很难直接从宏基因组数据中深入分析肠道病毒组。随着病毒... 详细信息

人体肠道微生物包括细菌、真菌、古细菌和病毒等,肠道病毒组的基因组约占肠道微生物总DNA的5.8%,病毒的数量在所有肠道微生物中排名第二,且多样性高。受高比例细菌基因组的影响,很难直接从宏基因组数据中深入分析肠道病毒组。随着病毒样颗粒(VLPs)富集技术的出现以及高通量测序技术的迅速发展,近年来对肠道病毒组的研究越来越多。基于VLPs,发现真核病毒、植物相关病毒和噬菌体是肠道病毒组的主要组成部分,而且未知病毒序列占比高达81%~93%。现阶段病毒组富集扩增方法主要有超速离心、单引物扩增和多重置换扩增等。疾病特异性研究表明,炎症性肠病、酒精性肝病和2型糖尿病等与饮食及肠道病毒组改变相关。本综述回顾了近十年对人类肠道病毒组的研究,总结归纳了目前肠道病毒组的构成、研究方法及与人体健康的相关性,探讨了未来肠道病毒组的研究方向,力求为后续的研究提供新思路。

关键词：肠道病毒组病毒样颗粒噬菌体病毒组富集

结核分枝杆菌rv3668c基因的原核表达及多抗制备

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中国兽医科学 2013年第6期43卷 594-598页

作者：鄢秋龙陈利苹刘银冰曹俊倪宏波刘思国黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室动物细菌病研究室黑龙江哈尔滨150001

以结核分枝杆菌强毒株H37Rv基因组DNA为模板,扩增rv3668c基因,将其连接于表达载体pET-30a(+),获得重组质粒p30a-68,并将重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),用1mmol/L IPTG诱导表达组氨酸标签融合蛋白His-Rv3668c。用Ni-NTA His-Bind Resin亲和层析树脂纯化目的蛋白,利用抗6His标签抗体验证蛋白的纯化结果;通过Western-blot分析纯化蛋白与牛结核病阳性血清的反应情况。用重组蛋白纯化产物免疫新西兰大白兔,制备多克隆抗体。结果显示,重组质粒的双酶切鉴定和DNA序列测定均完全正确;SDS-PAGE和Western-blot分析结果表明,His-Rv3668c以可溶形式表达,蛋白质分子质量为26ku;纯化的蛋白能与牛结核病阳性血清发生反应,表明其具有很好的免疫原性。所制备的多克隆抗体也具有良好的特异性,可运用于对Rv3668c蛋白的功能特性研究。

关键词：结核分枝杆菌 rv3668c基因原核表达免疫原性

结核分枝杆菌rv3036c基因的原核表达及其多克隆抗体的制备

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中国预防兽医学报 2013年第8期35卷 684-686页

作者：曹俊陈利苹刘银冰鄢秋龙刘思国中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室/动物细菌病研究室黑龙江哈尔滨150001 黑龙江八一农垦大学黑龙江大庆163319

为制备结核分枝杆菌(Mtb)rv3036c基因的多克隆抗体,本研究以Mtb强毒株H37Rv基因组DNA为模板,扩增rv3036c基因,克隆至表达载体pET-28a(+)中,构建重组质粒pET-rv3036c,并转化大肠杆菌BL21(DE3),经1 mmol/L IPTG诱导表达组氨酸标签融合蛋白... 详细信息

为制备结核分枝杆菌(Mtb)rv3036c基因的多克隆抗体,本研究以Mtb强毒株H37Rv基因组DNA为模板,扩增rv3036c基因,克隆至表达载体pET-28a(+)中,构建重组质粒pET-rv3036c,并转化大肠杆菌BL21(DE3),经1 mmol/L IPTG诱导表达组氨酸标签融合蛋白Rv3036c,采用Ni-NTA His-Bind Resin纯化目的蛋白,经western blot验证纯化蛋白。将Rv3036c蛋白纯化产物免疫新西兰大白兔,制备多克隆抗体。SDS-PAGE和westernblot分析结果表明,Rv3036c以可溶形式表达,蛋白分子量大小为28 ku,并且具有良好的免疫原性。以上结果为进一步研究rv3036c基因在Mtb的致病性作用奠定了基础。

关键词：结核分枝杆菌 rv3036c基因原核表达多克隆抗体

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以结核分枝杆菌为研究模型的自噬免疫学效应

以结核分枝杆菌为研究模型的自噬免疫学效应

须癣毛癣菌烯醇化酶基因的克隆、原核表达与纯化

第三届免疫学博士生论坛

作者：曹俊陈利苹鄢秋龙刘思国中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室动物细菌病研究团队

结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,***)已造成全球超过10亿人的无症状感染,每年新增数百万的活动病例,病死率达到25%0%。***最重要的一个特点是:***能够阻断巨噬细胞中具有降解功能吞噬溶酶体的成熟,从而在感染的细胞内持续存活... 详细信息

结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,***)已造成全球超过10亿人的无症状感染,每年新增数百万的活动病例,病死率达到25%0%。***最重要的一个特点是:***能够阻断巨噬细胞中具有降解功能吞噬溶酶体的成熟,从而在感染的细胞内持续存活。***的这一能力通常被归纳为三种效应结果,即抑制吞噬体和溶酶体的融合、阻断吞噬溶酶体成熟或抑制吞噬溶酶体的生成。事实上,潜伏感染是***的首选,因而在上十亿的病人体内呈现无症状的感染状态。免疫系统的各个成员,尤其是IFN-γ、TNF-α和T细胞的有效协作,控制感染水平,绝大部分病人不会表现出临床症状。参与其中的T细胞包括CD4+T细胞、CD8+T细胞和非常规T细胞。***对很多杀菌作用具有抵抗力,但自噬能有效清除胞内寄生的***。自噬是一个保守的生物过程,胞浆内的物质被双层膜结构包裹,形成自噬体;随后与溶酶体融合,形成自噬溶酶体,其中包裹的物质便会被降解。***等胞内寄生病原体已进化出自己独特的免疫逃避能力,成为生物机体内的漏网之鱼,而自噬可以被看做是机体进化出的查漏补缺之措施。因而,以自噬抵抗***感染为模型,无论是揭示自噬这一生物学过程,还是制定出结核病的有效防治措施都有着重要意义。有实验数据表明,在捕获胞内的泛素、泛素化蛋白或其聚集体之后,自噬通过水解蛋白的反应产生泛素片段,在自噬体发展成熟为自噬溶酶体的过程中,泛素片段直接或间接被运送至细胞内从而增强对***的杀灭作用。脂阿拉伯甘露聚糖(LAM)一直被认为是***的重要毒力因子,Shui等对不同分枝杆菌来源LAM刺激宿主细胞后细胞器蛋白表达的差异进行了分析,发现唯有高毒力菌株来源的LAM会抑制自噬泡的形成与累积,表明LAM干扰自噬是***致病力的一个重要因素。在自噬系统进化的晚期,为了更有效控制胞内病原的感染,细胞因子网络也获得了调控自噬的能力。细胞因子对自噬的调控体现在以下两个方面,Th1型细胞因子正调控自噬,Th2型细胞因子负调控自噬,这与Th1型细胞因子抵抗胞内病原感染的免疫保护效应,以及Th2型细胞因子在抵抗胞内菌感染方面的负面效应相一致。综上所述,在自噬抵抗胞内病原体——***感染的相关领域,已经取得的研究结果和未来可以进一步获得的信息,定会丰富我们对自噬作为天然免疫反应这一生理过程的认识,对严重威胁全球公共卫生事业的结核病的防治提供新的思路和途径。

关键词：结核分枝杆菌自噬结核病

来源： cnki会议评论

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中国皮肤性病学杂志 2016年第6期30卷 574-578页

作者：张芳芳刘金鹏鄢秋龙戴安安杨国玲大连医科大学附属一院皮肤科辽宁大连116011 大连医科大学辽宁大连116044 大连医科大学附属一院消化内镜科辽宁大连116011

目的克隆须癣毛癣菌烯醇化酶(Enolase)基因全长c DNA,制备具有高免疫原性的须癣毛癣菌烯醇化酶重组蛋白。方法选用须癣毛癣菌肉芽肿株(774),提取总RNA,采用c DNA快速末端扩增法(RACE)克隆Enolase基因的全长序列,并对该片段进行序列测定... 详细信息

目的克隆须癣毛癣菌烯醇化酶(Enolase)基因全长c DNA,制备具有高免疫原性的须癣毛癣菌烯醇化酶重组蛋白。方法选用须癣毛癣菌肉芽肿株(774),提取总RNA,采用c DNA快速末端扩增法(RACE)克隆Enolase基因的全长序列,并对该片段进行序列测定和分析。同时对该片段进行了克隆、原核表达及纯化。结果获得须癣毛癣菌Enolase基因全长序列1 491bp,拥有一个1 317bp的开放阅读框,编码438个氨基酸,5'非编码区为106bp,3'非编码区为68bp;同源比对与断发毛癣菌Enolase同源性达100%,与红色毛癣菌同源性达98%。构建了p ET-16b-Enolase表达质粒,重组质粒都经过测序鉴定正确,p ET-16b-Enolase诱导表达后能抑制宿主菌生长,但经过条件优化后表达质粒能在BL21(DE3)菌中经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导大量表达和纯化,Western blot证实了表达的结果。结论克隆出须癣毛癣菌Enolase基因c DNA全长序列,原核表达和纯化成功,为进一步研究重组须癣毛癣菌Enolase的作用奠定了基础。

关键词：须癣毛癣菌烯醇化酶基因序列原核表达蛋白纯化

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哺乳仔猪断奶前后肠道微生物培养组学研究

动物营养学报 2021年第1期33卷 175-189页

作者：董博王志林魏文康井晓欢刘石鄢秋龙蒋宗勇刘文华胡译尹陈庄广东省农业科学院农业生物基因研究中心广东省农作物种质资源保存与利用重点实验室广州510640 广东省畜禽疫病防治研究重点实验室农业农村部兽用药物与诊断技术广东科学观测实验站广州510640 岭南现代农业科学与技术广东省实验室茂名分中心茂名525000 深圳国家基因库深圳510083 大连医科大学微生物教研室大连116044 广东省农业科学院广州510640

近年来国内外研究人员通过下一代测序和分离培养技术,结合宏基因组学相关的生物信息学手段证实了猪肠道微生物的组成及其代谢物活性对宿主的健康具有重要作用。受限于传统培养方法,猪肠道中大多数细菌仍无法培养,因此,为了突破研究人员... 详细信息

近年来国内外研究人员通过下一代测序和分离培养技术,结合宏基因组学相关的生物信息学手段证实了猪肠道微生物的组成及其代谢物活性对宿主的健康具有重要作用。受限于传统培养方法,猪肠道中大多数细菌仍无法培养,因此,为了突破研究人员研究宿主-菌株相互关系及益生菌株开发应用的限制,本研究对仔猪断奶前后回肠和结肠内容物微生物进行高通量培养组学研究。结合需氧和厌氧条件、不同培养时间以及25种不同培养基,共筛选获得1385株厌氧、好氧和兼性厌氧菌株,并全部进行了16S rRNA全长测序鉴定和菌株保存,共计获得5个门、29个属和86个种菌,其中包含梭杆菌、拟杆菌等在以前的研究中较难分离获得的菌株,以及一些如乳酸菌等具有潜在应用价值的益生菌,更为重要的是其中包含116株疑似新菌种。本研究获得的菌株信息可以进一步完善猪肠道微生物物种数据库,为后续宿主-菌株相互关系研究垫定了基础,对猪饲用益生菌相关产品开发研究具有重要意义。

关键词：培养组学仔猪断奶肠道菌株鉴定

副结核分枝杆菌MAP1588C蛋白的原核表达与抗原性分析

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中国动物传染病学报 2012年第6期20卷 36-39页

作者：刘银冰陈利苹鄢秋龙曹俊刘思国黑龙江八一农垦大学动物科技学院大庆163319 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室动物细菌病研究室哈尔滨150001

从副结核分支杆菌K-10菌株基因组中扩增出516 bp的MAP1588C基因片段,插入原核表达载体pET-28b(+),转化至大肠杆菌BL21(DE3),在0.5 mmol/L的IPTG诱导下进行表达;利用融合蛋白的组氨酸标签进行亲和层析纯化重组蛋白;通过抗6 His标签抗体的... 详细信息

从副结核分支杆菌K-10菌株基因组中扩增出516 bp的MAP1588C基因片段,插入原核表达载体pET-28b(+),转化至大肠杆菌BL21(DE3),在0.5 mmol/L的IPTG诱导下进行表达;利用融合蛋白的组氨酸标签进行亲和层析纯化重组蛋白;通过抗6 His标签抗体的Western blot验证了纯化蛋白产物;另外,副结核阳性牛血清可检测到该蛋白条带。结果表明,表达的重组蛋白MAP1588C的蛋白分子量为21 kDa,具有良好抗原性,有望将此抗原用于建立副结核的ELISA诊断方法。

关键词：副结核分支杆菌 MAP1588C蛋白重组表达免疫性

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)CysE的酶学特性研究及抑制剂筛选

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耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)CysE的酶学特性研究及抑制剂筛选

中国生物化学与分子生物学会2016年全国学术会议

作者：陈昌明鄢秋龙韩秀艳赵立哲马郁芳大连医科大学基础医学院

目的:耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MRSA从发现至今感染几乎遍及全球,已成为院内和社区感染的重要病原菌之一。目前,MRSA已和乙肝、艾滋病一起成为世界三大最难解决的感染性疾病。MRSA临床菌株显示对所有β-内酰胺类抗生素抵抗并且对万古霉... 详细信息

目的:耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MRSA从发现至今感染几乎遍及全球,已成为院内和社区感染的重要病原菌之一。目前,MRSA已和乙肝、艾滋病一起成为世界三大最难解决的感染性疾病。MRSA临床菌株显示对所有β-内酰胺类抗生素抵抗并且对万古霉素和达托霉素的敏感性下降,迫切需要我们寻找新的药物靶点并进一步研发新型的

关键词：耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 MRSA 丝氨酸乙酰转移酶 CysE 抑制剂筛选分子对接

来源： cnki会议评论

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基于培养组学的健康人口腔细菌分离鉴定初探

中国微生态学杂志 2022年第2期34卷 175-178页

作者：王冰孙媛媛马郁芳鄢秋龙大连公共卫生临床中心(大连市第六人民医院) 辽宁116000 大连医科大学生物化学与分子生物学教研室大连医科大学微生物教研室

目的通过对口腔的不同部位进行细菌分离,扩展对口腔微生物多样性的认识,以期为后续的口腔菌群研究提供参考。方法通过培养组学方法分离口腔不同部位的细菌,采集2个健康人扁桃体、唾液、牙菌斑3个部位的样本,使用13种培养基并于需氧和... 详细信息

目的通过对口腔的不同部位进行细菌分离,扩展对口腔微生物多样性的认识,以期为后续的口腔菌群研究提供参考。方法通过培养组学方法分离口腔不同部位的细菌,采集2个健康人扁桃体、唾液、牙菌斑3个部位的样本,使用13种培养基并于需氧和厌氧条件下进行培养,采用16S rRNA基因全长测序分析。结果总计获得144株菌,分属36个种,10个科,3个门。其中,链球菌属细菌种类最多。基于16S rRNA基因全长相似度98.65%的阈值判定,获得5种潜在全新细菌。3个部位中,扁桃体分离的细菌种类多样性最丰富。结论 13种培养基中,BHI培养基获得的口腔细菌多样性最好;BAB培养基与TSA培养基更适合口腔链球菌生长,链球菌的比例更高;LBB培养基上只有较单一的口腔细菌生长,不适于广谱分离口腔细菌。

关键词：口腔菌群培养组学细菌分离