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基于生物信息学分析DARS2基因在膀胱癌及泛癌中的表达和意义

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基于生物信息学分析DARS2基因在膀胱癌及泛癌中的表达和意义

作者：郭诗杰济宁医学院

学位级别：硕士

目的:DARS2是编码天冬氨酰-tRNA合成酶(Asp-tRNA Synthetase,Asp RS)的基因,不仅具有催化蛋白质生物合成的经典功能,而且随着近年来更加深入的研究,已证明其参与部分肿瘤(肝癌、肺腺癌)的演化过程。然而,目前对DARS2在膀胱尿路上皮癌(Bl... 详细信息

目的:DARS2是编码天冬氨酰-tRNA合成酶(Asp-tRNA Synthetase,Asp RS)的基因,不仅具有催化蛋白质生物合成的经典功能,而且随着近年来更加深入的研究,已证明其参与部分肿瘤(肝癌、肺腺癌)的演化过程。然而,目前对DARS2在膀胱尿路上皮癌(Bladder Urothelial Carcinoma,BLCA)中作用的认识是有限的。因此,本研究将基于多个数据库,利用生物信息学技术初步探究DARS2在BLCA患者中表达情况,分析其与多种临床变量和预后的相关性;通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探索DARS2在BLCA发生发展中的潜在调控机制;分析在BLCA中DARS2的表达与肿瘤免疫微环境之间的相关性;进一步评估DARS2在泛癌中的表达情况及其与临床分期、预后的相关性。方法:本研究主要运用R语言及包括GEPIA2、TIMER、cBio Portal、COSMIC在内的多种在线网站对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中BLCA数据和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中GSE7476数据集进行生物信息学分析。首先,利用R语言初步过滤筛选TCGA-BLCA及GSE7476数据集的完整数据;然后,R语言分析DARS2分别在TCGA-BLCA和GSE7476数据集中的差异表达情况,并利用GEPIA2数据库进行验证;分析DARS2与TNM分期、病理分级、性别、年龄、种族等不同临床病理特征间的相关性并利用单基因logistics回归分析评估DARS2和每个临床变量之间的关系程度;绘制受试者工作特征曲线(Receiver operating characteristic curve,ROC),根据曲线下面积(Area under curve,AUC)分析变量DARS2在区分膀胱尿路上皮癌组织和正常膀胱组织间的能力,并确定最佳阈值;使用Cox生存回归分析评估DARS2表达在预后中的作用,单变量Cox回归中具有统计学意义的变量被进一步纳入多变量Cox回归;在c Bio Portal和COSMIC数据库中评估BLCA中DARS2的突变频率及突变类型;为研究潜在机制,对BLCA样本按照DARS2基因的表达值分成高低表达组(模拟类似过表达或者敲低该基因的效果),分析两组中的差异分子,得到与DARS2可能关联的分子后行GSEA分析并可视化;基于ss GSEA算法分析DARS2与BLCA免疫微环境相关性,并利用TIMER数据库验证,揭示其作为免疫治疗靶点的可能性;最后,从UCSC Xena数据库下载包括BLCA在内的33种癌症类型的基因组数据和相应临床数据后利用R语言、GEPIA2及TIMER数据库对DARS2在泛癌中的表达情况,及其与预后、临床分期的相关性进行可视化分析。结果:与正常膀胱组织相比,DARS2基因在BLCA组织中明显高表达,DARS2表达水平的增加与不同的种族、T分期、M分期、临床分期、病理组织学分级、主要治疗结果、总生存期、疾病特异生存期、肿瘤状态均具有显著相关性。诊断性ROC曲线显示在预测BLCA结局上,变量DARS2的预测能力有一定准确性(AUC=0.868,CI=0.798-0.937),最佳诊断临界值为4.065,灵敏度(84.2%)及特异度(81.1%)均较高。Cox生存回归分析显示,在BLCA患者中,DARS2的高表达与预后不良明显相关,多变量Cox回归风险模型显示DARS2表达水平是BLCA患者的独立预后因素。单基因GSEA分析表明DARS2可能通过影响BLCA患者细胞周期检查点、细胞周期、有丝分裂纺锤体检查点、M期、DNA复制等通路发挥作用。基于ss GSEA分析的结果显示,DARS2表达水平与多种免疫细胞的浸润水平显著相关。最后,从泛癌数据中的进一步分析表明,DARS2在各种癌症组织与正常组织中的表达差异显著,同时其与多种癌症的临床分期和预后有关。结论:研究结果表明,DARS2表达水平的增加与BLCA的进展显著相关,有可能通过促进肿瘤细胞周期、改变肿瘤免疫微环境促进BLCA进展,可以作为BLCA患者的一种新的预后生物标志物,并且有可能在多种肿瘤中推广。

关键词：生物信息学 DARS2 泛癌膀胱癌 R语言 TCGA

精准定位穿刺技术在建立经皮肾镜取石术通道中的应用现状

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国际泌尿系统杂志 2022年第1期42卷 113-116页

作者：郭诗杰张永贺(综述) 曹先德(审校) 山东省济宁医学院临床医学院济宁272000

泌尿系结石不仅是一种在世界范围内广泛存在的疾病,还是一种复发性疾病,终生复发的风险高达50%。经皮肾镜取石术(PCNL)已经成为治疗复杂性肾结石的主要手术方式。如何精准的穿刺目标肾盏并安全的建立通道是手术成功与否的关键,本文对经... 详细信息

泌尿系结石不仅是一种在世界范围内广泛存在的疾病,还是一种复发性疾病,终生复发的风险高达50%。经皮肾镜取石术(PCNL)已经成为治疗复杂性肾结石的主要手术方式。如何精准的穿刺目标肾盏并安全的建立通道是手术成功与否的关键,本文对经皮肾穿刺的引导穿刺方式及其优缺点进行了系统的综述。

关键词：肾造口术,经皮穿刺术超声检查

免人工肾积水在超声引导经皮肾镜取石术中的应用

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中华临床医师杂志（电子版） 2023年第7期17卷 798-803页

作者：张曦才曹先德高建萍沈大庆曹现祥郭诗杰李凤岳肖琳济宁医学院临床医学院山东济宁272002 山东省中医药大学附属医院泌尿外科济南250011 济宁医学院附属医院手术室山东济宁272029 济宁医学院附属医院泌尿外科山东济宁272029

目的探讨超声引导经皮肾镜取石术中不制造人工肾积水的安全性及有效性。方法回顾性分析2019年1月至2021年12月济宁医学院附属医院泌尿外科收治的395例行经皮肾镜取石术的患者的临床资料。将395例患者根据术前CT中肾积水的程度分3层(无... 详细信息

目的探讨超声引导经皮肾镜取石术中不制造人工肾积水的安全性及有效性。方法回顾性分析2019年1月至2021年12月济宁医学院附属医院泌尿外科收治的395例行经皮肾镜取石术的患者的临床资料。将395例患者根据术前CT中肾积水的程度分3层(无肾积水层、轻度肾积水层、中重度肾积水层)进行比较,每层按照手术方法分为人工肾积水组与免人工肾积水组,比较2组患者的一针穿刺成功率、手术时间、术中出血、一期结石清除率、术后发热发生率、术后住院时间的差异。结果2组患者一般资料差异无统计学意义(P>0.05)。无肾积水层,人工肾积水组与免人工肾积水组的手术时间分别为[(54.8,95.5)min vs(25.0,56.0)min,P0.05)。结论超声引导经皮肾镜取石术术中不建立人工肾积水是一种治疗不同积水程度的肾结石安全有效的手术方式,具有手术时间短、术后恢复快等优势。

关键词：尿路结石经皮肾镜取石术人工肾积水输尿管导管

超声引导"三针定位穿刺"法精准建立经皮肾通道的临床应用

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中国医师杂志 2021年第1期23卷 101-103页

作者：郭诗杰沈大庆祝海洲曹现祥肖琳孟琳曹先德济宁医学院临床医学院 272002 济宁医学院附属医院泌尿外科 272029

目的探讨超声引导下"三针定位穿刺"法在经皮肾镜手术中精准穿刺目标肾盏的安全性和有效性。方法回顾性分析2015年11月至2016年11月在济宁医学院附属医院泌尿外科诊治的98例复杂性肾结石患者的临床资料,均在静吸复合麻醉下,观察组42例采... 详细信息

目的探讨超声引导下"三针定位穿刺"法在经皮肾镜手术中精准穿刺目标肾盏的安全性和有效性。方法回顾性分析2015年11月至2016年11月在济宁医学院附属医院泌尿外科诊治的98例复杂性肾结石患者的临床资料,均在静吸复合麻醉下,观察组42例采取俯卧位超声引导下"三针定位穿刺"法精准穿刺目标肾盏而建立经皮肾镜工作通道,对照组56例在超声引导下行常规定位穿刺,两组均建立18~20 F通道,采用钬激光和(或)气压弹道碎石取石,收集围手术期相关资料。比较两组患者手术效果及术后并发症情况。结果98例均一期成功建立穿刺通道。观察组与对照组二期手术者分别为3例和8例,两组间患者的年龄、BMI、结石类型、结石最长径、结石CT值、肾积水程度、术后并发症、手术次数、一期结石清除率以及最终结石清除率比较差异无统计学意义(P>0.05)。但观察组穿刺针数、穿刺时间、手术时间、术中出血量、术后住院时间、住院总费用均小于对照组,组间差异均有统计学意义(P<0.05)。观察组中1例出现明显肾周积液,对症处理后痊愈;对照组中1例术后出现严重血尿,经介入栓塞后治愈。两组均无肾周器官损伤等严重并发症和死亡病例。结论超声引导下"三针定位穿刺"法在经皮肾镜手术中具有较好的临床应用价值,可以作为经皮肾镜取石术定位方法之一。

关键词：肾结石超声检查肾造口术,经皮肾盏

基于转移概率分布的组合信用转移风险参数估计与压力测试

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系统工程理论与实践 2024年第3期44卷 893-911页

作者：史若诗何寅杰赵延龙包莹中国工商银行博士后科研工作站北京100140 中国科学院数学与系统科学研究院系统控制重点实验室北京100190 中国科学院大学数学科学学院北京100049 中国工商银行总行风险管理部北京100140

近年来,压力测试因其衡量金融危机等极端环境下风险的特性在现代银行风险管理中发挥着越来越重要的作用.准确衡量组合风险受系统性因素的驱动作用,是有效控制金融风险,防范金融危机的关键.本文研究了组合信用风险参数估计与压力测试问题... 详细信息

近年来,压力测试因其衡量金融危机等极端环境下风险的特性在现代银行风险管理中发挥着越来越重要的作用.准确衡量组合风险受系统性因素的驱动作用,是有效控制金融风险,防范金融危机的关键.本文研究了组合信用风险参数估计与压力测试问题,建立了包含系统性因子和多级相关性系数的Vasicek信用转移模型,分析了相关性系数对各评级间信用转移概率的影响,给出了使得评级单调一致的相关性系数条件,保证了信用评级转移概率的单调一致性;构造了基于降级概率分布的参数估计方法,利用转移概率矩阵推导出市场均衡状态下的评级寿命分布,进而给出了相关性系数和系统性因子的估计算法.与已有算法相比,本文提出的方法减弱了系统性因子固定偏差的影响,克服了算法对系统性因子分布的依赖,在降低计算代价的同时提高了估计的精确度.仿真实验结果表明,本文提出的方法有效提高了计算速度,对系统性因子、相关系数及组合损失的估计效果都显著优于已有方法;利用该方法估计的极端损失可以更充分地覆盖样本外组合损失,使得在压力测试中能够更好地预判和防范金融风险,维护金融市场稳定.

关键词：组合信用风险 Vasicek模型信用转移概率矩阵压力测试

登州文会馆音乐声学教育及其教科书《声学揭要》研究

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中国音乐学 2024年第2期 85-91,110页

作者：郭登杰上海音乐学院

登州文会馆的音乐教育具有鲜明的办学特色,尤为注重将音乐与科学合二为一地体现在教学及其教学法之中,不仅开设了唱歌、乐理课程,还开设了音乐声学等科学课程,并编译出版了最早引入西方现代音乐声学理论的教科书《声学揭要》,展现出近... 详细信息

登州文会馆的音乐教育具有鲜明的办学特色,尤为注重将音乐与科学合二为一地体现在教学及其教学法之中,不仅开设了唱歌、乐理课程,还开设了音乐声学等科学课程,并编译出版了最早引入西方现代音乐声学理论的教科书《声学揭要》,展现出近代中国音乐声学教育启蒙时期的探索。本文首先对登州文会馆音乐声学教育的发展历程进行梳理,以便把握其演进的脉络与特点,其次对《声学揭要》的生产制作和内容特征进行考证、分析,补正以往研究中的不足或失实之误,进而探究这部教科书的译介策略,为理解全球音乐教育史上的关键维度和事件提供一种观察路径。

关键词：登州文会馆音乐声学教育《声学揭要》

秦诏版书风探源及与秦刻石之比较 ——兼论其在当代展览中的接受

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秦诏版书风探源及与秦刻石之比较 ——兼论其在当代展览中的接受

作者：郭誉杰成都大学

学位级别：硕士

诏版铭文上承西周钟鼎,下开汉金文之先河,保留着甲骨余韵,体势完备。在小篆体系中,其篆文风格与秦刻石圆转匀称的流美相比,充满了自由活泼、奇崛生动的古拙气息,其方折化的笔意独具特色,由秦系文字发展演变而来,既与秦代刻石小篆有着区... 详细信息

诏版铭文上承西周钟鼎,下开汉金文之先河,保留着甲骨余韵,体势完备。在小篆体系中,其篆文风格与秦刻石圆转匀称的流美相比,充满了自由活泼、奇崛生动的古拙气息,其方折化的笔意独具特色,由秦系文字发展演变而来,既与秦代刻石小篆有着区别,但也存在着内在的联系,是秦代篆书的另外一种面貌,呈现出与秦小篆截然不同的书法趣味。秦诏版在当时作为秦始皇及二世下令颁布统一度量衡的铭文诏书,进一步促进了国家和民族的统一,宣示了皇权威严,在政治经济文化等方面都产生了重要的社会影响,具有重大的历史意义。同时,诏书文字在书法艺术领域也有着巨大的研究价值。自清代乾嘉学派朴学兴起,金石考据盛行,碑学大兴,深受书家们的喜爱,被多方书家珍爱收藏,张廷济、吴大澄、陈介祺、吴云、吴昌硕、赵之谦、黄牧甫、齐白石等都受到秦诏铭文书风的影响。近些年来,对于秦诏版的书法创作,随着书法的蓬勃繁荣发展也出现了一批取法诏版的作品,特别是在近几年的大型国展中,取法秦诏版的作品在篆书作品中还占有一定的分量和比例,这在以往的展览和平常的创作中是比较少见的。这也给当代的篆书发展,在吸收传统篆书营养的基础上提供了小篆创作熔古铸今的新思路。本文采用文献研究法、图像搜集整理法、对比分析法,分别从秦诏版概述、秦诏版对秦系文字书风的承递、秦诏版与秦刻石书风之比较、秦诏版书风在当代展览中的接受四个章节进行展开。旨在梳理秦诏版与所处秦系文字的书风关系脉络,追溯秦诏版艺术风格成形的起源,区分秦诏版文字书体,同时将秦诏版与秦石刻书风比较,旁涉秦印文字作为对比,探求秦诏版小篆方峻古朴、自由活泼的艺术风格,兼论其书风审美接受的艺术思潮,以及在当代展览中的应用与融合,为当代的小篆创作提供一定的借鉴和启示。

关键词：秦诏版秦系文字秦刻石书法风格当代展览审美接受

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含双腐蚀缺陷管道的氢浓度分布模拟

中国腐蚀与防护学报 2024年第2期44卷 335-344页

作者：郭诗雯吴浩志董绍华陈林程玉峰中国石油大学(北京)安全与海洋工程学院北京102249 中国石油大学(北京)应急管理部油气生产安全与应急技术重点实验室北京102249 Schulich School of Engineering University of CalgaryCalgary T2N 1N4

为了研究含双腐蚀缺陷管道上的氢浓度分布规律,本文建立了应力场和氢扩散场耦合的有限元模型,针对双腐蚀缺陷间的应力耦合行为,探究了腐蚀缺陷长度、缺陷间距以及管道所受拉伸应变对管材中氢扩散富集行为的影响机制。结果表明,腐蚀缺陷... 详细信息

为了研究含双腐蚀缺陷管道上的氢浓度分布规律,本文建立了应力场和氢扩散场耦合的有限元模型,针对双腐蚀缺陷间的应力耦合行为,探究了腐蚀缺陷长度、缺陷间距以及管道所受拉伸应变对管材中氢扩散富集行为的影响机制。结果表明,腐蚀缺陷的存在导致氢原子在管道内发生局部富集,富集区最大氢浓度数值随拉伸应变的增大和缺陷长度的减小而升高,同时,最大氢浓度位置发生改变。而双缺陷在间距足够大时不再对氢扩散和富集产生叠加影响,可看作两个独立的缺陷。研究成果为含双腐蚀缺陷管道在输氢环境中的安全评价提供了理论支撑。

关键词：双腐蚀缺陷氢分布有限元模拟 X52 管线钢

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朝鲜半岛农乐舞巫戏构造与演绎程式

北京舞蹈学院学报 2024年第1期 100-109页

作者：韩贤杰郭罗乐北京舞蹈学院北京100081 南京艺术学院南京210013

农乐舞是朝鲜半岛古老的舞蹈形态,是农耕文化的产物。文章列举农耕仪礼中的祝愿仪礼、播种仪礼、成长仪礼、收获,分析农乐舞巫戏演绎程式与角色构造,阐述其蕴含的审美特征,体现执器而舞的审美传统,阐释朝鲜半岛传统舞蹈的文化价值。

关键词：传统农乐巫戏构造演绎程式