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芥蓝AOP基因家族生物信息学分析

应用与环境生物学报 2021年第6期27卷 1653-1661页

作者：赵怡娇唐为玲李尊文赖钟雄郭容芳福建农林大学园艺植物生物工程研究所福州350002 福建农林大学戴尔豪西大学联合实验室福州350002

芥子油苷(GS)是一类植物次生代谢产物,其多样性是由特定氨基酸前体延伸和侧链修饰所致.在侧链修饰过程中,AOP2和AOP3被证明可催化甲基亚磺酰基烷基GS分别形成烯基和羟烷基GS.为了解芥蓝(Brassica alboglabra)AOP基因家族成员编码2-氧化... 详细信息

芥子油苷(GS)是一类植物次生代谢产物,其多样性是由特定氨基酸前体延伸和侧链修饰所致.在侧链修饰过程中,AOP2和AOP3被证明可催化甲基亚磺酰基烷基GS分别形成烯基和羟烷基GS.为了解芥蓝(Brassica alboglabra)AOP基因家族成员编码2-氧化戊二酸双加氧酶的生物学功能,利用鉴定的家族成员进行蛋白质理化性质、蛋白质保守结构、基因结构、染色体定位、共线性关系、系统进化树、启动子顺式作用元件以及编码蛋白互作预测的生物信息学分析.结果显示芥蓝中有17个AOP基因家族成员,蛋白质分子量为34 106.15-51 346.77,属酸性非分泌蛋白质,分布在6条染色体上;系统进化树分析结果显示AOP基因家族可分为两大类;成员均包含DIOX_N和FE2OG_OXY结构域,Motif相对保守;成员启动子可能有多个转录起始位点,包含非生物胁迫应激响应元件及MYB结合位点,推测MYB可能通过调控AOP进而调控芥蓝GS代谢;AOP基因家族编码蛋白间不互作,与MYB、NDUF等蛋白互作;AOP家族成员间有3对共线性关系,与拟南芥基因组和芜菁基因组之间分别存在9对、20对共线性关系.本研究表明芥蓝17个AOP基因家族成员在功能上存在差异,且该家族成员参与光、多种激素信号和MYB转录因子复杂的调控网络,结果可为今后人工调控芥蓝GS组分和含量提供理论依据.

关键词：芥蓝 AOP基因家族成员鉴定功能分析

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芥蓝MAM基因家族成员鉴定、分析及表达

应用与环境生物学报 2022年第2期28卷 491-497页

作者：陈家璇陈泽源赵怡娇 Wang-Pruski Gefu 郭容芳福建农林大学戴尔豪西大学联合实验室福州350002 福建农林大学园艺植物生物工程研究所福州350002 戴尔豪西大学农学院植物食品和环境科学系特鲁罗NS B2N 5E3

在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了10个芥蓝(Brassica alboglabra)MAM家族基因,进行生物信息学分析并利用qRT-PCR检测BoMAM在芥蓝6个部位的表达情况.理化性质分析表明,10个BoMAM蛋白序列长度为191-623 aa,相对分子量为21 385.73-... 详细信息

在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了10个芥蓝(Brassica alboglabra)MAM家族基因,进行生物信息学分析并利用qRT-PCR检测BoMAM在芥蓝6个部位的表达情况.理化性质分析表明,10个BoMAM蛋白序列长度为191-623 aa,相对分子量为21 385.73-67 608.93,理论等电点pI介于5.70-9.43之间;拟南芥(Arabidopsis thaliana)、番茄(Solanum lycopersicum)、芜青(Brassica rapa)、油菜(Brassica napus)和芥蓝的MAM基因家族系统进化树分析显示MAM家族基因可分成2类4个亚家族,物种中MAM基因的亲缘关系符合期望的物种间系统进化关系;MEME分析表明10个BoMAM基因都具有HMGL-like结构域的保守基序结构;染色体定位和进一步分析表明芸薹属全基因组三倍乘事件对BoMAM家族的形成起到重要作用;启动子分析表明BoMAM启动子区域中包含大量光响应、激素响应和逆境响应相关顺式作用元件;qRT-PCR结果表明成员BoMAM1/2/7在种荚中的表达极高,BoMAM8/9在各部位中均有表达;相关性分析结果显示,BoMAM1与BoMAM2、BoMAM1与BoMAM7、BoMAM2与BoMAM7、BoMAM3与BoMAM8、BoMAM8与BoMAM9基因两两之间呈极显著相关(P <0.01),表明MAM基因相互间密切相关,可能存在协同作用.本研究表明全基因组加倍、串联重复和片段丢失可能是BoMAM家族演变的动力,且家族成员可能受到光、激素和逆境调控而参与芥子油苷合成.(图5表3参43)

关键词：芥蓝 MAM基因家族芥子油苷生物信息学表达分析

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网络考试在教学改革中的应用及思考

园艺与种苗 2019年第7期39卷 60-62页

作者：郭容芳福建农林大学园艺学院

随着计算机和网络技术的普及,教师的授课方式、学生获取知识的途径等都发生了很大的变化,传统意义上的考试不仅费时费力,而且很难全面而准确地反映学生的真实水平。因此,考试制度的改革势在必行。以园艺专业本科生专业核心课程蔬菜栽培... 详细信息

随着计算机和网络技术的普及,教师的授课方式、学生获取知识的途径等都发生了很大的变化,传统意义上的考试不仅费时费力,而且很难全面而准确地反映学生的真实水平。因此,考试制度的改革势在必行。以园艺专业本科生专业核心课程蔬菜栽培学为例,论述网络考试应用的必要性及其在实施过程中的一些思考。

关键词：网络考试蔬菜栽培学网络题库

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基于转录组的芥蓝NAC家族成员鉴定与分析

分子植物育种 2022年第22期20卷 7332-7341页

作者：刘涛陈家璇 Gefu Wang-Pruski 郭容芳福建农林大学园艺学院戴尔豪西大学联合实验室福州350002 福建农林大学园艺学院园艺植物生物工程研究所福州350002 戴尔豪西大学农学院特鲁罗NSB2N5E3加拿大

本研究运用生物信息学方法,基于转录组数据在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了28个芥蓝(Brassica alboglabra)NAC家族基因,对该家族成员蛋白基本理化信息、内含子、蛋白保守结构域、MOTIF基序、系统进化树、启动子顺式作用元件和... 详细信息

本研究运用生物信息学方法,基于转录组数据在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了28个芥蓝(Brassica alboglabra)NAC家族基因,对该家族成员蛋白基本理化信息、内含子、蛋白保守结构域、MOTIF基序、系统进化树、启动子顺式作用元件和转录组表达量等进行分析。理化性质分析表明,28个BoNAC蛋白序列长度为139~556 aa,16.64~62.27 kD,等电点(pI)在4.5~10.06;拟南芥(Arabidopsis thaliana)和芥蓝的NAC转录因子家族系统发育树分析显示芥蓝和拟南芥NAC基因可分为17个亚族;MEME和保守结构域分析表明28个BoNAC基因都具有NAM结构域的保守基序结构;启动子分析表明BoNAC家族成员受到多种植物激素、胁迫和光的调控;BoNAC家族28个基因在高温处理下转录组中的表达量表明高温上调了大部分BoNAC家族基因的表达量。研究结果对BoNAC家族的后续研究具有一定的意义。

关键词：芥蓝 NAC 生物信息学表达分析

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蕹菜耐受长时间高温后的miRNA分析

园艺学报 2019年第3期46卷 486-498页

作者：王杏茹李文静陈冰星刘涛尚维赖钟雄郭容芳福建农林大学戴尔豪西大学联合实验室福州350002 福建农林大学园艺植物生物工程研究所福州350002

miRNA是广泛存在于真核生物体内的一类长度为20～24 nt的小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境适应过程中发挥重要作用。蕹菜(Ipomoea aquatica)可以耐受长时间高温,而其miRNA还未被鉴定,其在耐受长时间高温后的作用还未知。以蕹菜耐... 详细信息

miRNA是广泛存在于真核生物体内的一类长度为20～24 nt的小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境适应过程中发挥重要作用。蕹菜(Ipomoea aquatica)可以耐受长时间高温,而其miRNA还未被鉴定,其在耐受长时间高温后的作用还未知。以蕹菜耐热性强的品种‘泰国三叉’和耐热性差的品种‘柳叶’为材料,经42℃高温处理15d后分别构建两个高质量sRNA库,经检测两个库中碱基质量值大于或等于30的序列数量均超过17.3Mb,且‘泰国三叉’中24nt的序列数量远远高于‘柳叶’。与蕹菜转录组比对分析后,分别得到1 363 258和1 629 209条序列,两个库共有的序列仅有1 047 133条(11.36%),说明耐热性不同的蕹菜中s RNA有很大差别。共鉴定出蕹菜中存在71个miRNA,其中差异表达的有22个,通过TargetFinder预测其靶基因,共得到233个靶基因。进一步以耐热性强的品种‘本地三叉’和耐热性弱的品种‘竹叶’为材料研究其在长时间高温后miR160、miR166、miR172、miR393和miR3627前体的差异表达量,结果表明,高温后两品种中pre-miR160-2的表达都显著上调,但是不耐热的‘竹叶’中上调的倍数更多;mi R166在耐热性强的‘本地三叉’中表达量下降,在耐热性较差的‘竹叶’中表达量显著上升;miR172可以被长时间高温诱导,但在耐热性不同的两个品种蕹菜中并没有差异;miR3627的表达量在耐热蕹菜‘本地三叉’中下降,在不耐热蕹菜‘竹叶’中没有明显变化。miRNA前体表达模式的差异说明其在蕹菜耐受长时间高温过程中的作用机制不同。

关键词：蕹菜长时间高温 miR160 miR166 miR393

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新型网络资源在蔬菜栽培学教学中的应用

园艺与种苗 2016年第7期36卷 33-35页

作者：郭容芳赖钟雄福建农林大学园艺学院福建福州350002 福建农林大学园艺植物生物工程研究所福建福州350002

介绍了蔬菜栽培学教学中用到的新型网络资源,如数据库、微信平台、应用软件APP、网络教学平台等,并分析了在蔬菜栽培学教学中有关这些新型网络资源的应用情况。

关键词：网络资源微信网络教学平台蔬菜栽培学教学

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无土栽培番茄果实中亚硝酸盐积累的规律

园艺与种苗 2017年第4期37卷 3-5页

作者：李莹陈冰星郭容芳福建农林大学园艺学院福州福建350002

总结了无土栽培番茄的优缺点以及番茄果实中亚硝酸盐积累的规律。指出无土栽培番茄生长速度快,污染少,然而无土栽培下番茄的品质,特别是亚硝酸盐积累规律的研究还较少。番茄是喜硝作物,优先吸收硝态氮,具有较高的硝酸还原酶活性,硝酸还... 详细信息

总结了无土栽培番茄的优缺点以及番茄果实中亚硝酸盐积累的规律。指出无土栽培番茄生长速度快,污染少,然而无土栽培下番茄的品质,特别是亚硝酸盐积累规律的研究还较少。番茄是喜硝作物,优先吸收硝态氮,具有较高的硝酸还原酶活性,硝酸还原酶在促进硝酸盐向亚硝酸盐的转化过程中起着重要作用。无土栽培条件下的番茄根系易于吸收养分,更容易积累亚硝酸盐,造成亚硝酸盐含量超标。

关键词：番茄无土栽培亚硝酸盐硝酸盐硝酸还原酶

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浅谈家庭蔬菜创新栽培

现代园艺 2016年第23期39卷 60-61页

作者：黄静雯郭容芳福建农林大学福建福州350002

通过颜色搭配原则、个人喜好、不同的环境利用、发展前景等方面简要介绍了新型的家庭美化栽培设计及其基本形式,根据不同的环境要求来选择适宜的家庭栽培的蔬菜品种,创新栽培方式,并对适用于大多数家庭种植蔬菜的种植模式等进行了简要叙... 详细信息

通过颜色搭配原则、个人喜好、不同的环境利用、发展前景等方面简要介绍了新型的家庭美化栽培设计及其基本形式,根据不同的环境要求来选择适宜的家庭栽培的蔬菜品种,创新栽培方式,并对适用于大多数家庭种植蔬菜的种植模式等进行了简要叙述,为家庭小范围种植蔬菜提供建议。

关键词：家庭美化蔬菜栽培创新栽培管理技术

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不同品种花椰菜的芽菜营养品质分析

福建农业学报 2017年第6期32卷 607-612页

作者：郭容芳黄忠凯邓延平赖钟雄福建农林大学园艺学院福建福州350002 福建农林大学园艺植物生物工程研究所福建福州350002

选择雪盈、雪皇2个系列4个品种花椰菜,研究不同成熟期对花椰菜芽菜营养品质的影响。结果表明:同一系列不同成熟期花椰菜的芽菜在总芥子油苷的积累上没有明显趋势,但在三碳和四碳类脂肪类芥子油苷的比例上规律明显。2个系列中,三碳类芥... 详细信息

选择雪盈、雪皇2个系列4个品种花椰菜,研究不同成熟期对花椰菜芽菜营养品质的影响。结果表明:同一系列不同成熟期花椰菜的芽菜在总芥子油苷的积累上没有明显趋势,但在三碳和四碳类脂肪类芥子油苷的比例上规律明显。2个系列中,三碳类芥子油苷(3-甲基硫氧丙基芥子油苷)均在早熟型花椰菜的芽菜中的比例更高,四碳类芥子油苷(烯丙基芥子油苷等)的含量均表现为在晚熟型花椰菜的芽菜中含量更高。不同成熟期花椰菜的芽菜中多酚、抗坏血酸含量和抗氧化能力的分析表明,晚熟型花椰菜的芽菜中生物量和多酚含量更高,抗氧化性更强,早熟型花椰菜的芽菜中抗坏血酸含量更高。

关键词：花椰菜芽菜芥子油苷成熟期抗氧化能力