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基于生物信息学探讨低剂量镉对人类正常前列腺上皮细胞基因表达谱的影响

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中华男科学杂志 2019年第2期25卷 103-109页

作者：郭亚收徐晓峰李楠孙娜段丽芳咸阳市中心医院泌尿外科陕西咸阳712000 陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 陕西中医药大学病理生理学教研室陕西咸阳712046

目的:分析低剂量镉作用于人正常前列腺上皮细胞后其基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为镉相关的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载19份基因芯片数据,其中经过低剂量镉处理的前列腺... 详细信息

目的:分析低剂量镉作用于人正常前列腺上皮细胞后其基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为镉相关的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载19份基因芯片数据,其中经过低剂量镉处理的前列腺上皮细胞样本9例,对照10例,利用基因云-基因大数据分析(GCBI)实验平台、GenClip 2.0、Sytoscape 3.5.1等分析软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述低剂量镉作用于正常人前列腺上皮细胞后其基因分子网络改变情况,及其可能涉及的分子生物学功能。结果:与正常前列腺上皮细胞相比,共发现差异表达基因1 050(1.92%)个,主要涉及细胞生理过程、MAPK调节、细胞内信号转导的调控、免疫效应等生物学功能。HSP90AB1、BUB3和PRKAR1A基因为蛋白网络核心节点,且表达差异有统计学意义,均与正常细胞的恶性转化有关。结论:低剂量镉作用于正常人前列腺上皮细胞后,能够导致基因改变,差异基因主要涉及细胞生理过程、MAPK调节、细胞内信号转导的调控、免疫效应等生物学过程。

关键词：镉,低剂量前列腺癌前列腺上皮细胞基因表达生物信息学

GSTM5在前列腺癌中的表达及其对前列腺癌进展的潜在机制

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西安交通大学学报（医学版） 2023年第1期44卷 100-106页

作者：张莹孙娜郭亚收史传道刘一笑陕西中医药大学公共卫生学院陕西咸阳712046 咸阳市中心医院泌尿外科陕西咸阳712000

目的基于生物信息学方法探究正常前列腺和前列腺癌(PCa)组织中的差异表达基因,筛选出可能作为PCa潜在生物标志物的基因,为后期临床医学提供科学依据。方法从GEO数据库下载GSE55945、GSE46602和GSE69223三个基因芯片数据集,通过联川生物... 详细信息

目的基于生物信息学方法探究正常前列腺和前列腺癌(PCa)组织中的差异表达基因,筛选出可能作为PCa潜在生物标志物的基因,为后期临床医学提供科学依据。方法从GEO数据库下载GSE55945、GSE46602和GSE69223三个基因芯片数据集,通过联川生物云平台筛选差异表达基因(DEGs),使用STRING构建DEGs的蛋白质-蛋白质互作网络(PPI),导入Cytoscape后利用CytoHubba插件筛选MCC评分前30位的基因作为关键基因(Hub基因),利用DAVID对关键基因进行GO和KEGG富集分析,采用GraphPad Prism软件绘制ROC曲线,利用GEPIA数据库对关键基因进行验证,并进一步进行生存分析,利用UALCAN验证关键基因的表达与PCa Gleason分级是否有相关性。结果GSE55945、GSE46602和GSE69223三个数据集分别得到428、727和1285个差异表达基因。韦恩(Venn)图显示三个数据集中包含的DEGs有105个。105个DEGs对应的PPI网络中筛选MCC评分排名前30位的基因作为Hub基因,其所涉及的生物过程主要包括蛋白激酶B信号的正向调节、细胞分化、转录的正调控、转化生长因子β受体信号通路负调控、细胞迁移的正向调节等,所涉及的通路为粘着斑、雌激素信号通路等。ROC曲线结果显示CAV1、KDR、CAV2、TGFBR1、SLC7A11、GSTM2、GSTM3、GSTM5、MYO6共9个基因同时在3个数据集中的诊断能力有统计学意义。9个Hub基因通过GEPIA网站验证显示,其中CAV1、KDR、CAV2、TGFBR1、GSTM2、GSTM3、GSTM5在PCa中呈低表达,而SLC7A11、MYO6在PCa中呈高表达,生存分析提示GSTM5高表达时PCa患者OS延长。UALCAN结果显示,GSTM5基因的表达与Gleason分级有明显相关性,并且随着Gleason评分的增加,GSTM5基因的表达不断降低。结论9个Hub基因中,CAV1、KDR、CAV2、TGFBR1、GSTM2、GSTM3、GSTM5在PCa中呈低表达,而SLC7A11、MYO6在PCa中呈高表达,其中GSTM5基因与PCa生存率有关,并随着Gleason评分增加,GSTM5基因的表达降低,提示GSTM5可能作为PCa潜在的生物标志物。

关键词： GSTM5 前列腺癌关键基因生物信息学

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高脂饮食对小鼠前列腺基因表达的影响

中华男科学杂志 2021年第8期27卷 675-679页

作者：郭亚收徐晓峰李楠孙娜段丽芳咸阳市中心医院泌尿外科陕西咸阳712000 陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 陕西中医药大学基础医学院病理生理学教研室陕西咸阳712046

目的:分析高脂饮食对小鼠前列腺组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为肥胖导致的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载两组C57BL/6J小鼠前列腺组织RNA(正常饮食组5只,高脂肪饮食组4... 详细信息

目的:分析高脂饮食对小鼠前列腺组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为肥胖导致的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载两组C57BL/6J小鼠前列腺组织RNA(正常饮食组5只,高脂肪饮食组4只),利用基因云、基因大数据分析(GCBI)实验平台、GenClip2.0、Sytoscape 3.5.1等分析软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述高脂饮食对于前列腺组织基因分子网络改变情况及其可能涉及的分子生物学功能。结果:共筛选出134个差异表达基因,其中上调130个,下调4个,主要涉及染色体组织、细胞-细胞信号传导、小分子生物合成及白细胞激活等生物学功能。基因网络中Lck、Prkcb和Cd28基因Degree值较大,表明其与蛋白质的合成及其生物学功能有很重要的关系,为该蛋白-蛋白网络的核心节点,基Lck和Cd28预测能力较佳。结论:高脂饮食能够诱导前列腺组织基因发生改变,从而导致肿瘤发生。

关键词：高脂饮食前列腺组织基因表达生物信息学小鼠

基于生物信息学探讨胰腺导管癌患者基因表达谱的变化

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西安交通大学学报（医学版） 2020年第2期41卷 192-196页

作者：孙娜段丽芳张荣强郭亚收李向文刘启玲陕西中医药大学公共卫生学院陕西咸阳712046 陕西中医药大学基础医学院陕西咸阳712046 咸阳市中心医院泌尿外科陕西咸阳712000

目的分析胰腺癌患者癌组织和癌旁组织的差异表达基因特征及其关键调控蛋白,为胰腺癌的预防及治疗提供理论依据。方法从Pubmed基因芯片数据库(GEO Database)中下载胰腺癌患者基因芯片数据,并将数据导入GCBI、networkAnalyst及Genclip等... 详细信息

目的分析胰腺癌患者癌组织和癌旁组织的差异表达基因特征及其关键调控蛋白,为胰腺癌的预防及治疗提供理论依据。方法从Pubmed基因芯片数据库(GEO Database)中下载胰腺癌患者基因芯片数据,并将数据导入GCBI、networkAnalyst及Genclip等分析软件,分析癌组织和癌旁组织的基因表达谱、基因功能、蛋白质相互作用网络等,筛选两组之间的关键节点基因。结果癌组织和癌旁组织的基因表达谱有明显差异;在分析的28869个基因中,癌组织和癌旁组织之间有4447(15.40%)个差异表达基因;前250个差异表达基因蛋白相互作用网络分析发现5个关键蛋白(SMURF1、MET、BCL2L1、RALA和ERBB4),主要与蛋白结合及细胞外区域信号通路密切相关。结论癌组织和癌旁组织的基因表达谱有明显不同,提示基因转录谱在肿瘤的发生中发挥着调节作用;SMURF1及MET基因对胰腺癌的发生均有一定的预测能力,并可能受到蛋白结合和细胞外区域信号通路的调节而发挥生物学作用。

关键词：胰腺癌差异表达基因转录谱生物信息学

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高血压患者中医体质与饮食习惯的相关性研究

陕西中医药大学学报 2017年第6期40卷 41-44页

作者：孙娜辛宝郭亚收钱文文陕西中医药大学陕西咸阳712046 咸阳市中心医院陕西咸阳712000

目的研究老年高血压患者中医体质与饮食习惯的关系,为防治该病提供依据。方法采用现况调查方法对符合高血压诊断标准的500例研究对象进行体质、一般情况及饮食习惯调查。结果平和质占45.4%,偏颇体质中以气虚质、阴虚质和气郁质为主;偏... 详细信息

目的研究老年高血压患者中医体质与饮食习惯的关系,为防治该病提供依据。方法采用现况调查方法对符合高血压诊断标准的500例研究对象进行体质、一般情况及饮食习惯调查。结果平和质占45.4%,偏颇体质中以气虚质、阴虚质和气郁质为主;偏颇体质在吸烟及饮酒人群中所占的比例较高;食盐、蛋奶、肉类及饮食口味与高血压患者体质类型有关(P<0.05),而食盐及肉类与体质类型为负相关。结论老年高血压病患者的偏颇体质以气虚质、阴虚质和气郁质为主,吸烟、饮酒、饮食习惯是影响体质状况的主要因素。

关键词：中医体质饮食习惯影响因素

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中国艾滋病性病 2019年第1期25卷 9-13页

作者：孙娜范颂郭亚收刘启玲李向文张荣强陕西中医药大学陕西咸阳712046 西南医科大学四川泸州646000 咸阳市中心医院陕西咸阳712000

目的分析抗病毒治疗(ART)对艾滋病病毒(HIV)相关神经认知障碍病人脑组织基因表达谱的改变及关键蛋白作用,为临床预防、早期诊断及治疗提供一定的理论参考依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)基因芯片公共数据库中下载一组来自... 详细信息

目的分析抗病毒治疗(ART)对艾滋病病毒(HIV)相关神经认知障碍病人脑组织基因表达谱的改变及关键蛋白作用,为临床预防、早期诊断及治疗提供一定的理论参考依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)基因芯片公共数据库中下载一组来自美国纽约的HIV相关神经认知障碍(HAND)病人治疗组(11人)、未治疗组(12人)和非病人(7人)尸检脑组织基因芯片数据,将数据导入分析软件GCBI、GenClip 2.0、NetworkAnalyst、GATHER等,分析基因表达谱、蛋白-蛋白相互作用网络、分子生物学过程及基因功能,寻找ART病人的关键节点基因。结果共发现242(0.44%)个差异表达基因,其中表达上调5个,下调237个。这些差异表达基因主要涉及神经元信号传递、突触传递、细胞信号传导等生物学功能,参与钙信号通路、Wnt信号通路、牛磺酸和牛磺酸代谢、谷氨酸代谢、MAPK信号通路,基因GSK3B和PAK1对于HAND治疗效果有一定预测能力,主要参与神经系统的调节作用。结论 242个差异表达基因能简单反映出ART对病人的治疗机制,差异表达基因主要参与神经元信号传递、突触传递、细胞信号传导等生物学功能,关键基因GSK3B、PAK1对HAND的治疗有一定的预测能力,并可能受到Wnt和MAPK信号通路的调节而发挥生物学功能。

关键词：抗反转录病毒治疗艾滋病病毒相关神经认知障碍基因生物信息学

HDACi对TCC和前列腺癌治疗作用的研究进展

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国际泌尿系统杂志 2010年第3期30卷 323-327页

作者：郭亚收(综述) 王志平(审校) 兰州大学第二医院泌尿研究所甘肃730050

移行细胞癌（Tmnsitional cell carcinoma（TCC））和前列腺癌是泌尿系统最常见的两类恶性肿瘤。后天抑癌基因的沉默是现在肿瘤研究的一个新的领域。组蛋白去乙酰化酶抑制剂（Histone deacetylase ***）如richostatinA、Vorinostat／Zol... 详细信息

移行细胞癌（Tmnsitional cell carcinoma（TCC））和前列腺癌是泌尿系统最常见的两类恶性肿瘤。后天抑癌基因的沉默是现在肿瘤研究的一个新的领域。组蛋白去乙酰化酶抑制剂（Histone deacetylase ***）如richostatinA、Vorinostat／Zolinza等可以逆转基因的沉默和改变肿瘤的恶性表型。这为TCC和前列腺癌的治疗提供了一个新的途径。本文就现在HDACi对TCC和前列腺癌的作用的研究予以综述。

关键词：前列腺肿瘤

1990—2019年全球及中国男性不育症疾病负担分析比较与预测

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现代预防医学 2023年第22期50卷 4212-4218页

作者：刘一笑张莹受梦媛郭亚收孙娜陕西中医药大学公共卫生学院咸阳市中心医院泌尿外科

目的探讨1990—2019年全球及中国男性不育症的流行趋势和疾病负担，为疾病防治提供一定的参考依据。方法基于全球疾病负担数据库(Global Burden of Disease Study 2019),利用患病率、伤残调整寿命年及其标化率来描述男性不育的疾病负... 详细信息

目的探讨1990—2019年全球及中国男性不育症的流行趋势和疾病负担，为疾病防治提供一定的参考依据。方法基于全球疾病负担数据库(Global Burden of Disease Study 2019),利用患病率、伤残调整寿命年及其标化率来描述男性不育的疾病负担变化趋势，使用Joinpoint回归模型对男性不育的疾病负担指标进行时间趋势分析；利用灰色预测模型预测2020—2025年全球男性不育疾病负担状况。结果 2019年全球患男性不育症人数约为5 653.04万人，中国男性不育症患病人数约占全球男性不育患者总数的25.79%。1990—2019年全球男性不育症的标化患病率从2 876.00/10万增长至3 393.67/10万，标化DALYs率从16.30/10万升至19.34/10万，中国男性不育症的标化患病率自4 433.84/10万增长至4 533.14/10万，标化DALYs率由23.34/10万升至24.27/10万，中国男性不育疾病标化患病率与DALYs率均明显高于全球水平。Joinpoint回归模型显示，1990—2019年全球男性不育症患病率(AAPC=0.66%,P<0.05)与DALYs率(AAPC=0.67%,P<0.05)均处于持续增长趋势，25～29岁年龄组患病率与DALYs率增长速度最快；1990—2019年中国男性不育患病率与DALYs率整体增幅趋势变化不明显，但患病率仍高居不下，20～24岁年龄组患病率与DALYs率增幅速度最快。预测模型表明2020—2025年全球男性不育疾病负担仍处于上升趋势。结论全球与中国男性不育疾病负担较重，各项指标总体呈上升趋势且疾病状况逐渐年轻化。应尽早进行男性不育疾病的初步筛查并加强早期健康教育，依据男性不育的疾病负担特征，制定相关的有效预防措施。

关键词：男性不育疾病负担回归模型预测

HIV相关神经认知障碍患者脑组织基因表达谱的变化及生物信息学分析

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中华疾病控制杂志 2017年第12期21卷 1277-1281页

作者：孙娜范颂郭亚收刘启玲李星慧张荣强陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 西南医科大学公共卫生学院预防医学专业四川泸州646000 咸阳市中心医院泌尿外科陕西咸阳712000

目的分析人类免疫缺陷病毒相关神经认知障碍(human immunodeficiency virus-related neurocognitive disorder,HAND)患者脑组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为后期HAND预防及治疗提供新的理论依据。方法从基因芯片公共... 详细信息

目的分析人类免疫缺陷病毒相关神经认知障碍(human immunodeficiency virus-related neurocognitive disorder,HAND)患者脑组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为后期HAND预防及治疗提供新的理论依据。方法从基因芯片公共数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载美国纽约HAND患者(14例)和非患者(7例)脑组织基因芯片数据,利用基因云,基因大数据分析(gene-cloud of biotechnology informs,GCBI)实验平台、Gen Clip 2.0和Sytoscape 3.5.1软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述HAND发展的分子机制。结果与对照组相比,HAND组共有780个(1.43%)差异表达基因;主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒、细胞信号传导及突触传递等功能。LYN和RPS4Y1基因为蛋白-蛋白交互作用网络的核心节点;DNM1、FLT1、NOTCH3、LYN、ISG15和RPS4Y1为关键表达基因,其中,DNM1、FLT1和NOTCH3基因在HAND组低表达,而LYN、ISG15和RPS4Y1基因为高表达,差异均具有统计学意义(均有P<0.05)。结论 HAND组和对照组有780个差异表达基因,LYN和RPS4Y1基因为蛋白网络核心节点,在HAND组中高表达,其功能主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒等生物学功能。

关键词： HIV 基因表达计算生物学