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肺纤维化微环境中肺泡巨噬细胞的蛋白质组学分析

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生物化学与生物物理进展 2024年

作者：伍霞艳柳迪刘禹辰汲淑慧付斌刘莹唐丽安徽医科大学基础医学院免疫学教研室军事医学研究院生命组学研究所国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心医学蛋白质组全国重点实验室

目的肺泡巨噬细胞（alveolarmacrophages，AMs）能够处理表面活性物质来维持肺泡膨胀开放，并充当防御病原体入侵的第一道免疫防线，对肺部微环境稳态的维持至关重要。已有研究表明，肺纤维化过程中，单核来源的AMs持续释放促炎因子和... 详细信息

目的肺泡巨噬细胞（alveolarmacrophages，AMs）能够处理表面活性物质来维持肺泡膨胀开放，并充当防御病原体入侵的第一道免疫防线，对肺部微环境稳态的维持至关重要。已有研究表明，肺纤维化过程中，单核来源的AMs持续释放促炎因子和趋化因子，招募更多免疫细胞到受损区域，维持并加剧炎症，从而发挥负面作用。目前，大多数研究聚焦于肺纤维化微环境AMs的基因表达水平，而在蛋白质功能和调控方面的报道较少。本研究旨在探讨正常生理条件下与肺纤维化后AMs的差异表达蛋白（differentiallyexpressedproteins，DEPs），以便更全面地理解AMs在肺纤维化发展过程中的作用。方法本研究建立博来霉素诱导肺纤维化小鼠模型，利用流式细胞分选技术收集来自生理盐水对照组和肺纤维化模型的AMs(每个样本2.5×105个细胞)，通过无标记蛋白质组学方法获得蛋白质表达谱。结果通过将生理盐水组与已公开的生理AMs蛋白质组数据比对，发现本研究产出的蛋白质组数据质量较高，能够满足研究需求。综合分析结果显示，与对照组相比，博来霉素组AMs有778种蛋白质表达上调。此外，上调的DEPs中富集通路包括I-κB/NF-κB通路、炎症反应调节通路、吞噬调节通路、TGF-β通路和HIF-1通路，表明肺纤维化微环境中的AMs具有促炎和促纤维化功能。对DEPs的蛋白质-蛋白质相互作用网络分析表明，Tlr2和Pycard之间的相互作用是AMs促炎表型的控制节点，从而导致肺纤维化进展。结论本研究探讨了AMs在肺纤维化微环境中蛋白质表达谱的变化。结果发现，AMs显著上调多条与炎症和纤维化关联的通路蛋白，并提示Tlr2和Pycard的相互作用是AMs表现出高度促炎活性的控制节点。

关键词：蛋白质组学肺泡巨噬细胞博来霉素诱导肺纤维化

利用脉冲星计时阵列限制标量诱导的随机引力波背景

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科学通报 2024年第12期69卷 1517-1519页

作者：周柄辰宇宙线教育部重点实验室(西藏大学) 拉萨850000 西藏大学理学院物理系拉萨850000 中国科学技术大学天文与空间科学学院合肥230026 中国科学技术大学物理学院深空探测实验室/天文学系合肥230026

引力波是由爱因斯坦广义相对论预言的一种天文现象,已经在双脉冲星系统和黑洞合并事件中被观测到,也是我们研究早期宇宙的一种特殊探针.与受各种天体物理过程影响的电磁波不同,引力波可以捕捉到原初宇宙的纯净信息.在针对原初宇宙的研究... 详细信息

引力波是由爱因斯坦广义相对论预言的一种天文现象,已经在双脉冲星系统和黑洞合并事件中被观测到,也是我们研究早期宇宙的一种特殊探针.与受各种天体物理过程影响的电磁波不同,引力波可以捕捉到原初宇宙的纯净信息.在针对原初宇宙的研究中,暴胀宇宙学[1]是一种被广泛接受的理论,解释了宇宙微波背景辐射中观察到的各向异性.在暴胀期间,量子涨落通过时空的膨胀迅速延伸到宇宙尺度,随后缓慢演化,最终形成了我们今天看到的大尺度结构.这些扰动的统计性质可以提供关于宇宙膨胀早期阶段的信息,涵盖了大约e 7倍的开始阶段.然而,为了解释我们今天所看到的宇宙,需要大约e 60倍的膨胀过程,其中仍然有约e 50倍的阶段是不确定的.在暴胀后期阶段,退出哈勃半径的涨落对我们宇宙中的小尺度各向异性贡献至关重要,这些涨落会受到非线性天体物理过程的影响.另一方面,在热大爆炸阶段之前产生的引力波信号可以为我们提供关于小尺度的现象学信息.

关键词：大尺度结构天文现象暴胀宇宙宇宙膨胀引力波哈勃早期宇宙量子涨落

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指向交际功能的写作清单应用路径

语文世界（上旬刊） 2024年第6期 74-75页

作者：郝秀艳山东省临沂市沂水县高庄镇中心小学

写作是语言表达的重要形式之一,交际是其重要的功能。写作可看成一种社会活动,要突出作者和读者之间的双向互动功能。传统的小学写话、写作过程更加看重目的,忽视其交际功能。在写作的过程中,学生要明确写作主题,明晰写作思路。学生利... 详细信息

写作是语言表达的重要形式之一,交际是其重要的功能。写作可看成一种社会活动,要突出作者和读者之间的双向互动功能。传统的小学写话、写作过程更加看重目的,忽视其交际功能。在写作的过程中,学生要明确写作主题,明晰写作思路。学生利用写作清单,可产生写作“内驱力”,快速梳理写作主题、思路,完成写作过程。写作清单伴随写作的所有环节,学生将写作过程外显于清单,内化于思维,进而顺畅地完成整个写作过程。

关键词：写作过程写作思路写话内驱力交际功能应用路径双向互动写作主题

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“双减”背景下优化初中英语作业设计的研究

中学生英语 2024年第12期 113-114页

作者：郝怀艳江苏省泰州市励才实验学校

引言。作业是教师检验教学效果、优化教学策略、查漏补缺的重要手段,也是学生巩固拓展学习的重要方式。在全面深化教育改革的背景下,“双减”政策的提出为义务教育阶段各学科的教学改革提出了新的要求,其中关于作业的优化设计成为教学... 详细信息

引言。作业是教师检验教学效果、优化教学策略、查漏补缺的重要手段,也是学生巩固拓展学习的重要方式。在全面深化教育改革的背景下,“双减”政策的提出为义务教育阶段各学科的教学改革提出了新的要求,其中关于作业的优化设计成为教学研究的重点。

关键词：义务教育阶段查漏补缺优化教学策略巩固拓展教学改革教学效果全面深化教育改革初中英语作业设计

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指向交际功能的写作清单应用路径

语文世界 2024年第16期 74-75页

作者：郝秀艳山东省临沂市沂水县高庄镇中心小学

写作是语言表达的重要形式之一，交际是其重要的功能。写作可看成一种社会活动，要突出作者和读者之间的双向互动功能。传统的小学写话、写作过程更加看重目的，忽视其交际功能。在写作的过程中，学生要明确写作主题，明晰写作思路。学...

写作是语言表达的重要形式之一，交际是其重要的功能。写作可看成一种社会活动，要突出作者和读者之间的双向互动功能。传统的小学写话、写作过程更加看重目的，忽视其交际功能。在写作的过程中，学生要明确写作主题，明晰写作思路。学生利用写作清单，可产生写作“内驱力”，快速梳理写作主题、思路，完成写作过程。写作清单伴随写作的所有环节，学生将写作过程外显于清单，内化于思维，进而顺畅地完成整个写作过程。

关键词：

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自循环发酵过程周期性开关操控的设计和分析

高校化学工程学报 2024年第3期38卷 475-482页

作者：吴思辰翟持昆明理工大学化学工程学院云南昆明650500

针对乙醇间歇发酵生产速率低、劳动强度大,连续发酵会带来基质损失,甚至可能导致系统失稳的问题,探讨了一种能自动进行周期开关操控的自循环发酵(SCF)方案,并期望通过理论分析与设计来提高发酵过程的生产强度,同时消除产物抑制诱导系统... 详细信息

针对乙醇间歇发酵生产速率低、劳动强度大,连续发酵会带来基质损失,甚至可能导致系统失稳的问题,探讨了一种能自动进行周期开关操控的自循环发酵(SCF)方案,并期望通过理论分析与设计来提高发酵过程的生产强度,同时消除产物抑制诱导系统失稳。具体地,从连续发酵模型稳定性分析出发,借助最优周期控制(OPC)理论给出SCF强化生产速率的必要性判据;进一步研究发现乙醇产物抑制作用会导致连续发酵系统失稳,并可有效缓解产物抑制作用,消除产物诱导失稳问题。模拟结果表明,生物乙醇的SCF生产模式可以缩短批次发酵时间、避免系统失稳。

关键词：产物抑制失稳最优周期控制自循环发酵提质增效

簸箕柳×三蕊柳种特异性KASP标记开发及种间杂交子代鉴别

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林业科学 2024年第4期60卷 119-126页

作者：戴晓港魏铭辰林木遗传育种全国重点实验室、南方现代林业协同创新中心、林木遗传与生物技术教育部重点实验室、江苏省林木遗传和高效培育重点实验室、南京林业大学林学院南京210037

【目的】开发簸箕柳和三蕊柳种特异性KASP引物,为开展簸箕柳和三蕊柳杂交选育速生、抗虫新种质的真实性鉴定提供参考。【方法】利用簸箕柳和三蕊柳重测序数据,开展全基因组SNP位点分析,筛选出种特异性的SNP位点并设计KASP引物,利用SeqHu... 详细信息

【目的】开发簸箕柳和三蕊柳种特异性KASP引物,为开展簸箕柳和三蕊柳杂交选育速生、抗虫新种质的真实性鉴定提供参考。【方法】利用簸箕柳和三蕊柳重测序数据,开展全基因组SNP位点分析,筛选出种特异性的SNP位点并设计KASP引物,利用SeqHunter2检测设计引物在簸箕柳中的通用性,并利用簸箕柳和三蕊柳自然群体材料对合成的引物进行实验验证,筛选出簸箕柳和三蕊柳种特异性KASP引物,并对它们的杂交子代进行真实性鉴别。【结果】将三蕊柳和簸箕柳重测序的数据比对到三蕊柳基因组,共获得个6598144个SNPs。经过筛选,最终在簸箕柳中检测到674144个和三蕊柳相比为纯合突变的位点。从每条染色体上随机选取100个位点用于KASP引物设计,在1900个SNPs位点中,750个SNP位点可以成功设计出KASP引物。从每条染色体上选取2组,共选取38组引物,通过SeqHunter2检测得到11组引物在簸箕柳中是通用的。利用簸箕柳和三蕊柳自然群体DNA对合成的10组通用引物进行种内保守和种间差异性检测,获得4组在簸箕柳、三蕊柳和种间杂交子代中聚类明显的引物。引物Stri08_82809、Stri14_11602、Stri14_12274和Stri17_10731在簸箕柳自然群体中分别扩增出纯合G/G、T/T、A/A和T/T位点,在三蕊柳自然群体分别扩增出纯合A/A、C/C、G/G和C/C位点,而在真实杂交子代中分别扩增出G/A、T/C、A/G和T/C杂合位点。利用上述4组引物对簸箕柳×三蕊柳的杂交子代进行鉴定,发现在31个杂交子代中,29个个体扩增出杂合位点,说明同时遗传了2个亲本的特征位点,为真实的种间杂交子代。有2个个体扩增的位点为纯合且和母本相同,说明这2个子代为簸箕柳花粉污染的子代。【结论】本研究获得了簸箕柳和三蕊柳种间特异性KASP标记4组,可以准确快速的开展簸箕柳和三蕊柳种间杂交子代的真实性鉴别,为进一步簸箕柳和三蕊柳种间杂交及回交创制抗虫新品种提供了技术支持。

关键词：簸箕柳三蕊柳种间杂交物种特异性KASP引物种间杂交分子鉴别

骨关节炎内质网应激关键基因的生物信息学筛选及实验验证

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中国组织工程研究 2024年

作者：郝茂辰马超刘凯柳可心孟令婷王杏如王建忠内蒙古医科大学内蒙古医科大学第二附属医院

背景：内质网应激和骨关节炎的发生、发展密切相关，但其关键基因及调控机制尚不明确。目的：基于生物信息学筛选骨关节炎内质网应激关键基因，并加以细胞模型实验验证，以期从内质网应激角度为防治骨关节炎提供新策略。方法：从GEO数... 详细信息

背景：内质网应激和骨关节炎的发生、发展密切相关，但其关键基因及调控机制尚不明确。目的：基于生物信息学筛选骨关节炎内质网应激关键基因，并加以细胞模型实验验证，以期从内质网应激角度为防治骨关节炎提供新策略。方法：从GEO数据库下载骨关节炎相关数据集GSE55235，运用生物信息学分析方法筛选获取骨关节炎滑膜差异基因，与GeneCard数据库中内质网应激基因取交集得到骨关节炎内质网应激差异基因，随后对其进行GO/KEGG富集分析；构建蛋白-蛋白互作网络；在外部数据集验证其疾病预测效能。构建人原代关节滑膜成纤维细胞骨关节炎模型，对照组不作处理，实验组接受20 ng/mL脂多糖模拟骨关节炎滑膜细胞造模后进行实时荧光定量PCR实验验证各差异基因表达水平并进行免疫浸润分析。结果与结论：(1)共获得骨关节炎内质网应激关键基因27个。(2)GO富集分析结果显示其主要富集在胶原蛋白代谢过程、趋化因子、抗原结合及免疫球蛋白受体结合等过程中。(3)KEGG分析表明其主要富集在类风湿性关节炎、松弛肽信号通路等通路中。(4)构建蛋白-蛋白互作网络，使用Cytoscape软件中Degree算法筛选得分最高的5个基因，包括基质金属蛋白酶1、肿瘤坏死因子配体超家族成员11(tumor necrosis factor ligand superfamily member 11,TNFSF11)、基质金属蛋白酶9、Ⅰ型胶原α1重组蛋白(collagen type I alpha 1,COL1A1)和趋化因子配体12(chemokine C-X-C motif ligand 12,CXCL12)。(5)免疫浸润分析结果显示，免疫细胞主要分布于M2型巨噬细胞，CXCL12与静息的肥大细胞呈显著正相关(r=0.70,P <0.001)，与静息的记忆CD4+T细胞呈显著负相关(r=-0.72,P <0.001)；基质金属蛋白酶9与M0巨噬细胞呈显著正相关(r=0.94,P <0.001);COL1A1与静息的NK细胞(r=0.77,P <0.001)和M0巨噬细胞(r=0.76,P <0.001)呈显著正相关。(6)外部数据集GSE77298和GSE1919中进行受试者工作曲线分析表明5个关键基因具有较好的疾病预测价值。(7)体外细胞实验证明，骨关节炎细胞模型组中基质金属蛋白酶1,TNFSF11,CXCL12及基质金属蛋白酶9表达水平相比于对照组有显著差异。(8)结果显示，骨关节炎内质网应激关键基因基质金属蛋白酶1,TNFSF11,CXCL12及基质金属蛋白酶9通过胶原蛋白降解和免疫调控等环节影响着骨关节炎的发生发展，有望为骨关节炎的靶向治疗提供新见解。

关键词：骨关节炎内质网应激 WGCNA 机器学习人滑膜细胞免疫浸润分析生物标志物实验验证细胞实验差异基因

羧甲基壳聚糖对风化壳淋积型稀土矿的抑膨性能及机理

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中国稀土学报 2024年

作者：何正艳常丽嘉汤宇辰崔文倩徐志高吴明瞿军池汝安武汉工程大学绿色化工过程教育部重点实验室中南民族大学资源转化与污染控制国家民委重点实验室

在风化壳淋积型稀土矿（WCE-DREO）的稀土浸取过程中，易发生山体滑坡等地质灾害。为此，本文考察了羧甲基壳聚糖（CMCS）对蒙脱土（MMT）和WCE-DREO的抑膨性能，并通过现代分析测试技术对CMCS的抑膨机理进行了分析。结果表明，CMCS对MM... 详细信息

在风化壳淋积型稀土矿（WCE-DREO）的稀土浸取过程中，易发生山体滑坡等地质灾害。为此，本文考察了羧甲基壳聚糖（CMCS）对蒙脱土（MMT）和WCE-DREO的抑膨性能，并通过现代分析测试技术对CMCS的抑膨机理进行了分析。结果表明，CMCS对MMT和WCE-DREO均具有较强的抑膨性能，且随CMCS浓度的增加，抑膨效果增强。但随CMCS分子量的增加，CMCS的抑膨性能变化并不明显。CMCS通过静电作用和氢键作用吸附在矿物表面，并在矿粒的表面形成连续的聚合物膜，提高其表面疏水性，从而防止水分子的侵入；而相互缠绕的CMCS可桥联和捕获细小的矿粒，使其团聚变成大颗粒，阻止矿粒的水化分散。此外，CMCS骨架还可插入黏土矿物的层间，排挤出层间水，减小层间间距。将CMCS与常规浸取剂硫酸铵复配作为新型浸取剂，有望应用于WCE-DREO的原地浸出中，防止山体滑坡等地质灾害的发生。

关键词：羧甲基壳聚糖风化壳淋积型稀土矿抑膨浸出