检索结果-南通市图书馆

基于温带和热带玉米群体全基因组FST和XP-EHH的选择信号检测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国农业科学 2019年第4期52卷 579-590页

作者：杨宇昕邹枨中国农业科学院作物科学研究所

【目的】玉米起源于热带地区,经过自然和人工选择,广泛的种植于温带地区。开花是玉米生长发育的中心环节,也是热带玉米向温带环境种植的主要适应性性状。鉴定玉米在驯化过程中出现的受选择基因区段,并进一步挖掘开花候选基因,为玉米的... 详细信息

【目的】玉米起源于热带地区,经过自然和人工选择,广泛的种植于温带地区。开花是玉米生长发育的中心环节,也是热带玉米向温带环境种植的主要适应性性状。鉴定玉米在驯化过程中出现的受选择基因区段,并进一步挖掘开花候选基因,为玉米的群体改良、开花遗传机理解析提供数据支撑。【方法】首先单独分析30份温带玉米自交系和21份热带玉米自交系的单倍型数据,通过过滤高缺失和等位基因频率较低的变异位点,得到高质量的SNP(single nucleotide polymorphism)标记,利用SnpEff软件对温带和热带玉米群体的基因组多态性位点进行了功能预测。其次过滤得到同时存在于温带和热带玉米的高质量SNP标记,对温带和热带玉米的基因型数据进行主成分分析(principle component analysis,PCA)以确定其群体结构,之后利用群体分化指数(fixationindex,F)和群体间扩展单倍型纯合度(cross population extended haplotype homozygosity,XP-EHH)法分析温带和热带玉米群体间的选择信号分布情况,选择F和XP-EHH值的top 1%为阈值,筛选得到受选择位点。通过对SNP进行功能注释得到温热带玉米群体受到选择的基因。利用agriGO工具对候选驯化基因进行功能富集分析。利用相关的生物信息学数据库对候选基因进行功能注释,进一步鉴定玉米驯化过程中的开花候选基因。【结果】通过对温热带玉米群体的高测序深度的SNP进行分析,发现热带玉米群体的SNP数目为14 123 408个,温带玉米群体的SNP数目为8 791 673个,鉴定到的SNP主要分布于基因间区。2个群体中均存在的SNP标记数目是204 752个。主成分分析表明温带和热带玉米可以显著的分为两个类群。F选择信号的top 1%是0.3593,共鉴定到557个候选驯化基因,XP-EHH选择信号法的top 1%是3.2681,共鉴定到1 913个候选基因。鉴定到多个候选基因与玉米的开花调控密切相关,包括ZmCCT9、COL1、GRMZM2G387528。如ZmCCT9抑制开花基因ZCN8的表达,导致玉米在长日照环境下出现晚花表型,是一个重要的开花调控基因;COL1与开花促进因子FT蛋白互作,加速玉米开花以适应长日照环境;GRMZM2G387528的功能注释揭示该基因是一个光敏色素互作因子,与光周期基因ZmphyB1互作。【结论】热带玉米群体具有更高的遗传多态性,筛选到一系列参与了热带玉米和温带玉米的分化候选基因,并且重点挖掘了参与其中的玉米开花调控相关基因。

关键词：玉米选择信号群体分化指数群体间扩展单倍型纯合度开花基因

利用WGCNA进行玉米花期基因共表达模块鉴定

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

作物学报 2019年第2期45卷 161-174页

作者：杨宇昕桑志勤许诚代文双邹枨中国农业科学院作物科学研究所北京100081 新疆农垦科学院新疆石河子832000

权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)是系统生物学的一种研究方法,在挖掘生物学数据与特定性状之间的生物学关系方面具有十分重要的作用。本研究利用玉米(Zea mays L.)自交系B73的14份不同发... 详细信息

权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)是系统生物学的一种研究方法,在挖掘生物学数据与特定性状之间的生物学关系方面具有十分重要的作用。本研究利用玉米(Zea mays L.)自交系B73的14份不同发育阶段的转录组数据,筛选掉低表达丰度的基因,最终得到了22,426个高表达的基因用于创建基因表达矩阵;利用不同组织作为性状,创建表型矩阵。然后利用R软件中的WGCNA包建立了共表达网络,共得到20个模块。本研究将与组织相关性高于0.65的模块定义为组织特异性模块,最终鉴定到14个组织特异性模块。利用在线网站Agrigo对组织特异性模块中的基因进行GO (gene ontology)富集分析,发现14个模块中均可以得到富集种类。开花作为玉米生育周期中的一个重要生理过程,不仅代表着植物从营养生长到生殖生长的转变,也关系到产量、株高和抗逆性等农艺性状。本研究发现8个组织特异性模块中的基因可以富集到与开花调控的代谢通路。此外,有17个已经报道过的开花时间调控基因存在于共表达模块中,并且主要分布在Blue模块和Darkmagenta模块,因此本研究重点关注了这2个模块内部的基因调控网络。本研究通过计算不同组织中的基因表达丰度,并联合权重基因共表达网络分析的方法,鉴定到了具有生物学意义的共表达基因模块,挖掘到了数个开花相关的模块,有助于揭示玉米开花调控的遗传机制。

关键词：玉米权重基因共表达网络发育调控开花转录组

组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACi)对小麦基因编辑效率的影响及转录组学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物技术通报 2021年第1期37卷 2-14页

作者：代文双刘会云杜庆国邹枨王轲中国农业科学院作物科学研究所北京100081

主要研究组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACi)与染色质状态以及CRISPR/Cas9的编辑效率之间的关系。利用不同浓度的尼克酰胺(0,2.5和5 mmol/L)和丁酸钠(0,5和10 mmol/L)对小麦幼苗处理7 d和14 d,结果显示丁酸钠处理会抑制幼苗的生长,而尼克酰... 详细信息

主要研究组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACi)与染色质状态以及CRISPR/Cas9的编辑效率之间的关系。利用不同浓度的尼克酰胺(0,2.5和5 mmol/L)和丁酸钠(0,5和10 mmol/L)对小麦幼苗处理7 d和14 d,结果显示丁酸钠处理会抑制幼苗的生长,而尼克酰胺对幼苗影响较小。对尼克酰胺处理的小麦幼苗进行转录组测序,发现了一些有利于促进染色质状态开放的基因:6个甲基转移酶合成通路基因。此外对未发生编辑的TaAGO4a基因编辑转基因小麦材料的T2代进行尼克酰胺处理,结果显示5 mmol/L处理14 d时检测到1株3A和3B基因组均杂合编辑的植株,编辑效率从0提高到8.3%,其它处理组和对照组均没有检测到编辑。本研究证明尼克酰胺确实可以提高小麦基因编辑效率,为提高小麦基因编辑效率提供了一种新策略。

关键词：小麦组蛋白去乙酰化酶抑制剂染色质状态 CRISPR/cas9 转录组

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于元分析的抗玉米灰斑病QTL比较定位

玉米科学 2014年第1期22卷 56-61,66页

作者：王平喜简银巧张红伟谢传晓邹枨 f中国农业科学院作物科学研究所北京100081

以玉米遗传连锁图谱IBM2 2008 Neighbors为参考图谱,整合65个抗玉米灰斑病QTL,构建QTL综合图谱。采用元分析方法优化65个QTL,获得11个"一致性"QTL区间,分别位于染色体bin区的1.05、1.06、2.03、2.07、3.02、4.05、5.03、5.05、7.02、8.0... 详细信息

以玉米遗传连锁图谱IBM2 2008 Neighbors为参考图谱,整合65个抗玉米灰斑病QTL,构建QTL综合图谱。采用元分析方法优化65个QTL,获得11个"一致性"QTL区间,分别位于染色体bin区的1.05、1.06、2.03、2.07、3.02、4.05、5.03、5.05、7.02、8.07、9.03位置,其在遗传连锁图谱上对应的位置分别为442.21、528.27、228.10、478.00、74.65、311.59、169.62、302.35、252.19、422.70、257.93 cM。对两个具有较多报道和较高表型贡献的"一致性"QTL区间bin1.05和bin1.06,从MaizeGDB网站搜索得到324个基因。因抗病基因在结构上具有高度保守性,将324个基因分别与水稻和拟南芥基因组进行同源比对,在bin1.05和bin1.06内分别确定了7个和3个基因作为玉米抗灰斑病候选基因。

关键词：玉米灰斑病 “一致性”QTL 元分析基因比较定位

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于混池测序的抗玉米灰斑病QTL定位

生物技术进展 2018年第4期8卷 317-323页

作者：崔凤超王平喜刘小刚邹枨中国农业科学院作物科学研究所北京100081

玉米灰斑病是由玉米尾孢菌(Cercospora zeine)和玉蜀黍尾孢菌(Cercospora zeae-maydis)引起的真菌性病害,是世界范围内重要的玉米叶部病害之一。以玉米灰斑病抗病自交系Suwan1和感病自交系HM01构建的BC1F1群体为研究材料,在自然发病条... 详细信息

玉米灰斑病是由玉米尾孢菌(Cercospora zeine)和玉蜀黍尾孢菌(Cercospora zeae-maydis)引起的真菌性病害,是世界范围内重要的玉米叶部病害之一。以玉米灰斑病抗病自交系Suwan1和感病自交系HM01构建的BC1F1群体为研究材料,在自然发病条件下通过对BC1F1群体中玉米灰斑病的抗性鉴定,选择30株抗病材料和30株感病材料分别构建DNA抗、感混池。在对两个混池进行高通量测序后,通过质量控制和数据分析得到两个极端混池中的变异信息。利用高质量SNP标记对应的两个混池中测序深度差异进行统计检验,成功鉴定了29个玉米灰斑病抗性QTL(quantitative trait loci)。利用Maize GDB网站在29个抗病QTL内共搜索到2 768个基因,通过Phytozome网站与拟南芥和水稻基因组进行同源比对,在1号、5号和10号染色体上分别确定了1个基因作为抗玉米灰斑病的候选基因。

关键词：玉米玉米灰斑病混池测序候选基因

Missing pieces from B73 contribute to maize pan-genome

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Missing pieces from B73 contribute to maize pan-genome

小麦D基因组供体种粗山羊草基因组精细图谱绘制与分析

第一届全国玉米生物学学术研讨会

作者： Yinqiao Jian Xiaoran Huang Yunbi Xu 邹枨 Institute of Crop Science National Key Facility of Crop Gene Resources and Genetic ImprovementChinese Academy of Agricultural Sciences Departmment of Computer Science South China Agriculture University International Maize and Wheat Improvement Center(CIMMYT)

Building maize pan-genome is of major importance because there are more variable between maize individuals than human and apes *** we integrated next generation sequencing data of 79 maize inbred lines within wide genetic background with each material 10 *** error reads and reads from the repeat region,we identified 870Mb novel contigs from joint ***

关键词：

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

小麦D基因组供体种粗山羊草基因组精细图谱绘制与分析

第八届全国小麦基因组学及分子育种大会

作者：赵光耀邹枨李奎王凯李天豹高丽锋张晓霞杨足君江文恺毛龙孔秀英焦远年贾继增农业部农作物基因资源与种质创制重点实验室/国家农作物基因资源与基因改良重大科学工程/中国农业科学院作物科学研究所北京诺禾致源生物信息科技有限公司河南农业大学农学院/河南粮食作物协同创新中心植物系统与进化国家重点实验室/中国科学院植物研究所生物信息学中心/电子科技大学生命科学与技术学院

基因组测序的完成是一个物种进入基因组时代的重要标志。参考基因组序列是开展遗传学和基因组学的重要资源,对于新基因发掘、多样性与单倍型作图、作物育种、比较基因组与多倍体研究具有重要研究意义。目前很多作物基因组已经测序完成... 详细信息

基因组测序的完成是一个物种进入基因组时代的重要标志。参考基因组序列是开展遗传学和基因组学的重要资源,对于新基因发掘、多样性与单倍型作图、作物育种、比较基因组与多倍体研究具有重要研究意义。目前很多作物基因组已经测序完成。小麦基因组的超大基因组、多倍体特性和重复序列多等特性使得全基因组测序工作滞后于其它物种。英国科学家利用454技术对中国春小麦进行了全基因组测序对小麦基因进行了分析;国际小麦基因组测序协作组(IWGSC)开展了中国春小麦探查序列分析,之后进行了基因组测序与注释工作;我国科学家完成了小麦A基因组和D基因组祖先种基因组草图的绘制;法国科学家对中国春小麦3B染色体进行了测序和分析;以色列科学家完成了野生二粒小麦基因组测序。本研究组重新对小麦D基因组供体种粗山羊草进行了全基因组鸟枪法测序,利用新一代测序技术和组装算法获得了高精度的参照基因组图谱。结果表明,scaffold N50长度达到14.1 Mb,相比2013年第一版提升了240多倍。该成果也表明利用全基因组鸟枪法测序可以获得高质量基因组参考序列。进一步分析表明,粗山羊草基因组重复序列比例高达86%。项目组对组装获得的染色体级别组装序列进行了详细的基因组注释分析。

关键词：小麦粗山羊草基因组测序

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

小麦太谷核不育基因Ms2的克隆与解析

小麦太谷核不育基因Ms2的克隆与解析

结合Udwadia-Kalaba控制理论的下肢外骨骼步态轨迹跟踪控制

第八届全国小麦基因组学及分子育种大会

作者：夏川张立超邹枨顾永强段佳磊赵光耀吴佳洁刘越方晓华高丽锋焦远年孙加强潘映红刘旭贾继增孔秀英中国农业科学院作物科学研究所农业部作物基因资源与种质创制重点实验室美国农业部西部研究中心中国科学院遗传与发育生物学研究所中国科学院植物研究所

太谷核不育小麦是我国科技人员高忠丽于1972年在山西太谷发现的世界上第一个显性核不育小麦,是我国严禁对外交换的宝贵基因资源。该突变体的性状由位于4DS上的一个显性核基因Ms2控制,其雄性败育稳定彻底,异交结实率高,是进行小麦轮回选... 详细信息

太谷核不育小麦是我国科技人员高忠丽于1972年在山西太谷发现的世界上第一个显性核不育小麦,是我国严禁对外交换的宝贵基因资源。该突变体的性状由位于4DS上的一个显性核基因Ms2控制,其雄性败育稳定彻底,异交结实率高,是进行小麦轮回选择的理想材料,已被广泛地应用于我国小麦的育种工作中,并产生了巨大的经济效益。太谷核不育小麦从发现至今已有四十多年的历史,但控制其不育性状的基因却一直未被克隆。我们经过二十年坚持不懈的努力,成功地利用图位克隆的方法克隆了Ms2。研究发现,该基因没有保守功能结构域,是仅存在于小麦族物种中的"孤儿"堪因;Ms2基因经历了一个比较复杂的进化过程;一个新的非自主型的TRIM反转录转座子插入到原本沉默的Ms2启动子区,激活了Ms2并使其在花药中特异表达,导致不育表型的产生;Ms2-TRIM的插入只影响基因表达,这与我们以前克隆的大拇指矮中的矮秆基因Rht3中的CAAS-TRIM插入引起基因结构改变不同,表明TRIM插入到基因附近后以多种方式增加了基因新功能和表型可塑性;并且D基因组上的Ms2-TRIM可能来自于B基因组;以上结果表明小麦多倍体化和富含转座子的特点为产生新的表型提供了丰富的遗传变异基础。

关键词：太谷核不育小麦图位克隆 TRIM 转录激活

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

西安交通大学学报 2025年第1期59卷 148-158页

作者：肖志毅沙连森邹学坤黄锟李永斌刘斌中国科学技术大学生物医学工程学院(苏州) 江苏苏州215000 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所江苏苏州215000

针对现有轨迹跟踪控制方法较难兼顾控制精度与稳定性的问题,提出一种基于Udwadia-Kalaba(U-K)控制理论的鲁棒控制方法。基于拉格朗日法建立机器人动力学模型,将动力学参数分为确定的名义部分与不确定部分;结合U-K理论与系统名义部分参... 详细信息

针对现有轨迹跟踪控制方法较难兼顾控制精度与稳定性的问题,提出一种基于Udwadia-Kalaba(U-K)控制理论的鲁棒控制方法。基于拉格朗日法建立机器人动力学模型,将动力学参数分为确定的名义部分与不确定部分;结合U-K理论与系统名义部分参数确定外骨骼机器人系统理想运动轨迹约束下的名义部分控制力矩;为消除机器人系统不确定部分的影响,引入鲁棒控制器,通过划分不确定性边界确定其应输出的额外控制力矩。仿真结果表明:相较于传统PID算法,基于U-K控制理论的鲁棒控制的外骨骼机器人髋关节、膝关节角度的轨迹跟踪控制精度分别提高了76.4%和96.8%。基于设计的下肢外骨骼机器人样机进行轨迹跟踪对比实验,实验结果表明:基于该方法的下肢外骨骼髋关节、膝关节角度的轨迹跟踪精度为0.467 0°和0.114 1°,相比作为对照的PID算法,分别提高了82.6%和86.8%,同时系统整体控制周期缩短了56.6%,该控制方法具有更高的同步性、控制精度与稳定性。

关键词：下肢外骨骼机器人 Udwadia-Kalaba控制理论鲁棒控制轨迹跟踪控制

同方期刊数据库