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基于扩增子捕获测序去除引物软件的设计

基于扩增子捕获测序去除引物软件的设计

作者：邵言言大连医科大学

学位级别：硕士

癌症是由控制细胞功能的基因发生某些突变而引起的,尤其是控制细胞生长和分裂的基因发生变化。特定类型突变的检测有助于癌症诊断,诊断后也可利用突变来追踪患者对治疗的反应。基因突变检测方法有全基因组测序、全外显子组测序、杂交捕... 详细信息

癌症是由控制细胞功能的基因发生某些突变而引起的,尤其是控制细胞生长和分裂的基因发生变化。特定类型突变的检测有助于癌症诊断,诊断后也可利用突变来追踪患者对治疗的反应。基因突变检测方法有全基因组测序、全外显子组测序、杂交捕获以及扩增子捕获技术。扩增子技术是利用特异性引物对感兴趣区域进行扩增形成富集的DNA文库,该技术实验流程的简化极大的降低了操作人员的专业门槛,彻底解放人手不足的风险。和扩增子测序技术相比,全基因组和全外显子组测序费用高,杂交捕获的实验过于复杂,过多的人工干预步骤可能会给实验结果带来很多的不可控因素,这对于临床而言是非常致命和不允许的。目前,扩增子捕获技术已被证明是一个快速、有效的技术,并在新一代高通量测序中发挥独特之处,已经产生了许多令人兴奋的发现。随着多扩增子测序（Multi-Amplicon Sequence,MAS）在遗传变异检测中的广泛应用,需要一种有效的工具来去除reads的引物序列,以确保下游分析的可靠性。虽然目前有一些工具如cur Primers,cutadapt,Alientrimmer,但是它们在去除大规模的引物在高通量目标基因组测序中的效率和准确性需要提高。考虑到MAS在处理病人样本方面的潜在临床应用,这一问题变得越来越紧迫。所以我们基于C语言开发了批量处理大规模靶向测序引物的高性能软件Ptrimmer。Ptrimmer结合了k-mers和Needleman-Wunsch两种算法,可以同时处理“测穿”和“未测穿”两种情况下reads上的引物序列。k-mers模型允许引物上出现错配,哈希表提高搜索引物的速度,Needleman-Wunsch算法允许引物上出现indel。在查找的过程中先用k-mer模型查找引物,如果查找失败则切换到动态规划模型寻找最优的引物。所以,即使引物上存在测序误差和插入删除也能保证其准确性。与同类工具相比,灵敏度提高了28.59%,准确度提高了11.87%。模拟数据结果表明,与cut Primers（灵敏度为70.85%,准确度为58.73%）相比,此软件灵敏度为99.96%,准确度为97.38%。性能也明显提高,比cut Primers快370倍,甚至比单个线程的cutadapt快1.7万倍。从1100万条reads（Illumina PE 150bp）中去除2157对引物只需要37秒,内存消耗不超过100MB。我们同时开发了linux版和Windows版,方便非生信人员使用。Linux版本依赖少安装简单,用于从多重扩增子测序和目标测序中去除引物序列。与其他三种同类工具相比,具有较高的敏感性和特异性,可以帮助用户获得更可靠的突变信息,用于下游分析。

关键词：引物靶向测序 C语言 k-mers 工具软件

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文学地理学空间视角下苏轼广东贬谪诗作探析

作家天地 2019年第15期 11-12,19页

作者：邵言言中山大学新华学院

从文学地理学的空间视角来看,苏轼的南贬之路,既有长时段的动态分布,又有短时段的动态分布。苏轼广东贬谪诗作中岭南的特色风物、地方景观、贬谪意蕴等要素构成了独特的地理空间,蕴含着丰富的地域和空间美感。

关键词：文学地理学空间苏轼贬谪

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《振南日报》所载粤剧班本研究

新纪实 2021年第19期 88-90页

作者：邵言言广州新华学院

本文以早期华文报刊《振南日报》为研究对象,梳理该报早期约34篇班本,主要类别为粤剧班本。这些班本题材内容丰富,来源于民国初年广东地区有影响力的历史事件、社会问题与地方风情。主要有时事政治剧、社会问题剧、爱情婚姻剧三大类型... 详细信息

本文以早期华文报刊《振南日报》为研究对象,梳理该报早期约34篇班本,主要类别为粤剧班本。这些班本题材内容丰富,来源于民国初年广东地区有影响力的历史事件、社会问题与地方风情。主要有时事政治剧、社会问题剧、爱情婚姻剧三大类型。这些班本具有明显的现实主义特征,世俗化与通俗化的特点,也具有浓郁的广东地方风情特色。

关键词：振南日报粤剧班本

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宋代赞文的文体与变体

赤峰学院学报（哲学社会科学版） 2014年第10期35卷 150-152页

作者：邵言言中山大学新华学院广东广州510520

中国古代赞体一直以篇幅短小、语言清典、风格古雅为文体特征,但是宋人不断突破,变体纷呈,为赞这一古老文体注入了新的活力。

关键词：赞体文体变体

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古代文学课程地域性教学的改革与创新

文学教育(上) 2020年第11期 80-81页

作者：邵言言中山大学新华学院

中国古代文学课程传统上普遍采用"王朝分期法"或者"三古七段"式结构,结合作家作品风格流派进行讲授。随着古代文学地域性研究的深入,教师在授课过程中融入地域因素有了更多的条件和可能。地域性教学的开展要考虑地方文化、院校自身优势... 详细信息

中国古代文学课程传统上普遍采用"王朝分期法"或者"三古七段"式结构,结合作家作品风格流派进行讲授。随着古代文学地域性研究的深入,教师在授课过程中融入地域因素有了更多的条件和可能。地域性教学的开展要考虑地方文化、院校自身优势等诸多条件。在设计过程中要灵活多变,既要体现地方文化主题,也要构建学生积极参与的课堂环境、鼓励课外调研,还要能够做到多学科交叉互渗。

关键词：古代文学地域性教学广东贬谪文化