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数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响

生物数学学报 2010年第4期25卷 633-638页

作者：齐记邴志桐杨孔庆集美大学复杂网络研究中心福建厦门361021 中国科学院近代物理研究所甘肃兰州730000

蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)是生命体结构和生命活动的基础和特征,控制着生命活动的各个过程.PPI网络是研究蛋白质相互作用的有效手段.随着高通量实验技术的发展,越来越多的PPI数据得以使用,收录蛋白质相... 详细信息

蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)是生命体结构和生命活动的基础和特征,控制着生命活动的各个过程.PPI网络是研究蛋白质相互作用的有效手段.随着高通量实验技术的发展,越来越多的PPI数据得以使用,收录蛋白质相互作用的数据库数据每年都有变化.本文对DIP数据库从2003年到2008年的PPI网络数据分别计算度分布.为提高可信度,对注释蛋白质数据库交集进行抽样,分别探讨对不同年份的数据和注释数据库抽样对PPI网络度分布的影响.结果表明,从2003年到2008年的数据增长对PPI网络度分布没有明显影响,而且拟合度分布最优的函数并不是以往所认为的幂率分布(power-law),而是广延指数(stretched exponential)函数,数据库交集抽样同样得到广延指数(stretched exponential)函数分布最优且可信度的高低并不影响PPI网络的度分布.

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用度分布数据库交集广延指数函数

Robust H_∞ cluster synchronization analysis of Lurie dynamical networks

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Chinese Physics B 2014年第4期23卷 162-170页

作者：郭凌年晓红潘欢邴志桐 College of Electrical Engineering Northwest University for Nationalities College of Information Science and Engineering Central South University College of Physics Electrical Information Engineering Ningxia University Institute of Modern Physics Chinese Academy of Sciences

The cluster synchronization problem of complex dynamical networks with each node being a Lurie system with exter- nal disturbances and time-varying delay is investigated in this paper. Some criteria for cluster synchronization with desired H∞ performance are presented by using a local linear control scheme. Firstly, sufficient conditions are established to realize cluster synchronization of the Lurie dynamical networks without time delay. Then, the notion of the cluster synchronized region is introduced, and some conditions guaranteeing the cluster synchronized region and unbounded cluster synchro- nized region are derived. Furthermore, the cluster synchronization and cluster synchronized region in the Lurie dynamical networks with time-varying delay are considered. Numerical examples are finally provided to verify and illustrate the theoretical results.

关键词： luster synchronization Lurie dynamics network H∞ performance time-varying delay

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阿特拉津对发育期SD大鼠免疫功能的影响

兰州大学学报（自然科学版） 2009年第1期45卷 56-59页

作者：邴志桐李研超司万童张迎梅兰州大学生命科学学院甘肃兰州730000

研究了除草剂阿特拉津对发育期雌、雄SD大鼠免疫功能的影响.选用雌雄SD大鼠(80±10 g)各32只,分别分为4组,每组8只.根据体重比设置对照、低、中、高剂量处理组(0,25,125,250 mg/kg)进行(阿特拉津)染毒,30 d后测定雌雄大鼠脾脏、胸腺和... 详细信息

研究了除草剂阿特拉津对发育期雌、雄SD大鼠免疫功能的影响.选用雌雄SD大鼠(80±10 g)各32只,分别分为4组,每组8只.根据体重比设置对照、低、中、高剂量处理组(0,25,125,250 mg/kg)进行(阿特拉津)染毒,30 d后测定雌雄大鼠脾脏、胸腺和体重的相对比值.同时取外周血,培养细胞后测定淋巴细胞转化率和半数溶血素值.结果表明:对雌雄大鼠,阿特拉津对脾脏均没有影响,但对胸腺具有显著的损伤作用(P<0.05),使其发生退行性病变;淋巴细胞转化率(刺激指数SI值)在中、高剂量组的雌鼠和雄鼠中均显著下降(P<0.05),且雌雄间差异显著(P<0.05).对半数溶血素值的测定结果表明:中、高剂量组与对照组相比均明显下降(P<0.01).阿特拉津对大鼠的免疫系统具有显著的毒性效应,推测雌雄间的差异与雌激素水平有关.

关键词：阿特拉津 SD大鼠脏器比重淋巴细胞转化率血清半数溶血素

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随机抽样对蛋白质相互作用网络度分布的影响

生物信息学 2011年第3期9卷 235-237,241页

作者：熊杰邴志桐杨磊中国科学院近代物理研究所甘肃兰州730000 中国科学院研究生院北京100000

蛋白质相互作用(PPI)网络,是目前系统研究蛋白质层面细胞活动的重要工具,PPI网络的度分布是研究复杂网络性质的重要物理量。随着蛋白质相互作用数据量不断的增加,其数据的可靠性是否会对PPI网络的度分布造成影响,并不确定。本文对四种... 详细信息

蛋白质相互作用(PPI)网络,是目前系统研究蛋白质层面细胞活动的重要工具,PPI网络的度分布是研究复杂网络性质的重要物理量。随着蛋白质相互作用数据量不断的增加,其数据的可靠性是否会对PPI网络的度分布造成影响,并不确定。本文对四种模式生物的PPI网络数据,按照5%的增长比率,随机删除PPI网络的边,来检验随机抽样对PPI网络度分布的影响。结果表明,各种实验数据的误差不会对真实PPI网络的度分布造成干扰,且在目前描述网络度分布的五种函数中,广延指数函数拟合程度最优。

关键词：蛋白质相互作用网络度分布随机抽样无标度网络广延指数分布

己烯雌酚对染镉草鱼GSH-Px、SOD和MDA影响的研究

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农业环境科学学报 2008年第1期27卷 350-353页

作者：李瑷伶蓝昕司万童邴志桐黄德军张迎梅兰州大学生命科学学院甘肃兰州730000

通过鱼缸染毒实验,研究了己烯雌酚(DES)对染镉(Cd)草鱼(Ctenopharyngodon idellus)抗氧化能力的影响。将实验草鱼(体长(6.0±1.0)cm,体重(3.0±0.5)g)随机分为5组,Ⅰ为空白组(0.00mg·L-1Cd+0.00mg·L-1DES),Ⅱ为单独Cd处理组(1.46mg·L-1Cd+0.00mg·L-1DES),Ⅲ(1.46mg·L-1Cd+1.00mg·L-1DES)、Ⅳ(1.46mg·L-1Cd+2.00mg·L-1DES)、Ⅴ(1.46mg·L-1Cd+3.00mg·L-1DES)为联合处理组。在染毒24、72和120h时测定草鱼肝胰脏谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性、超氧化物歧化酶(SOD)活性和丙二醛(MDA)的含量。结果表明,Ⅲ组的抗氧化酶活性(GSH-Px,SOD)和抗氧化指数(GSH-Px/MDA)高于Ⅱ组,其中GSH-Px活性达显著(P<0.05),SOD活性在染毒120h时具显著性(P<0.05),抗氧化指数在72h和120h时达极显著(P<0.01);其MDA含量低于Ⅱ组,在72h和120h时差异显著(P<0.05)。表明DES在1.00mg·L-1浓度时对Cd具有显著的拮抗效应,增强了草鱼的抗氧化能力。Ⅳ、Ⅴ组与第Ⅲ组相比,抗氧化酶活性呈下降趋势,GSH-Px/MDA显著降低(P<0.05),MDA含量有所上升。说明随着DES浓度的增加,拮抗效应降低,抗氧化能力减弱。另外,随着染毒时间的延长,Ⅱ组的GSH-Px活性和抗氧化指数下降,MDA含量上升;Ⅲ组的抗氧化酶活性(GSH-Px,SOD)在120h时增强,抗氧化指数上升,MDA含量降低。

关键词：草鱼镉己烯雌酚谷胱甘肽过氧化物酶超氧化物歧化酶丙二醛

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肠粘连引起肠梗阻的基因水平研究

中国普外基础与临床杂志 2013年第12期20卷 1369-1373页

作者：颜禄斌崔鸿斌李斌德李来元李刚邴志桐沈阳兰州大学第二医院普外科甘肃兰州730030 中国科学院近代物理研究所甘肃兰州730000

目的通过分析基因层面的差异表达，以探讨与肠梗阻相关的发病基因和治疗靶基因。方法在基因表达公共数据库（geneexpressionomnibus，GEO）中收集到10个样品的基因表达数据，其中小鼠粘连小肠组织术后1、3、7、和14d时间点的基因芯片数... 详细信息

目的通过分析基因层面的差异表达，以探讨与肠梗阻相关的发病基因和治疗靶基因。方法在基因表达公共数据库（geneexpressionomnibus，GEO）中收集到10个样品的基因表达数据，其中小鼠粘连小肠组织术后1、3、7、和14d时间点的基因芯片数据共8个，小鼠正常小肠组织芯片数据2个，应用基因本体论（geneontology，GO）富集分析和微阵列显著性分析（significanceanalysisofmicroarray，SAM）方法，分析10个样品的基因表达情况，并对差异表达的基因进行功能注释和生物学分析。结果肠粘连的发生伴随着大量应答刺激的基因表达上调，且这些基因产物都分布在细胞膜上。分析术后不同时间点的基因表达情况发现，Hmgcs2基因的表达上调出现在术后3～14d，融助5基因的表达上调出现在术后14d。结论粘连的发生可能与应答刺激的基因及其分布于细胞膜上的基因产物有关，Hmgcs2和s抚幼5基因可能与因粘连而导致的其他并发疾病的发生有关。这为发现肠梗阻潜在的治疗靶点提供了依据。

关键词：肠梗阻基因芯片基因本体论分析基因表达数据库

高校学生心理干预的循证国际经验和中国探索：基于CiteSpace的部分热点研究可视化分析

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心理月刊 2022年第23期17卷 1-10页

作者：潘元青梁骋梁海乾田金徽邴志桐申希平蒋辉天津职业技术师范大学北京邮电大学武警特色医学中心兰州大学中国科学院近代物理研究所福建医科大学

运用内容分析法和文献计量法，采用CiteSpace可视化软件，分析在国内外不同数据库发表的部分心理干预研究的现况及特征与内涵差异。直观呈现部分心理干预研究在中英文数据库，热点研究领域的共现与趋势聚类分析情况，并从部分中国常见... 详细信息

运用内容分析法和文献计量法，采用CiteSpace可视化软件，分析在国内外不同数据库发表的部分心理干预研究的现况及特征与内涵差异。直观呈现部分心理干预研究在中英文数据库，热点研究领域的共现与趋势聚类分析情况，并从部分中国常见精神疾病与心理障碍研究能力、不同数据库循证指南制定与利用度、循证方法学特征在发表文献的应用视角，分析心理健康研究的国际经验和中国进展，比较全球部分国家和地区精神卫生和心理干预卫生治理特点，为我国精神卫生与心理健康实践指南的推进、运行与管理提供借鉴。

关键词：心理研究循证指南研究态势知识图谱 CiteSpace

医学生循证医学数据库利用度教学策略与方案研究

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教育现代化 2020年第45期 122-127+161页

作者：潘元青张志勇陈根阳荣华邴志桐蒋辉申希平韦雅婷桂林医学院中国科学院近代物理研究所福建医科大学附属漳州市医院兰州大学公共卫生学院

医学生如何在大数据环境下清洗冗余数据,感知官方科学医学情报信息,挖掘最新循证治疗的指南方案有效知识,进行高效学习,实施可靠学术跟踪,将极大影响医学生对临床诊疗和公共卫生事件的专业响应与学习效率。我们的项目基于国内外循证医... 详细信息

医学生如何在大数据环境下清洗冗余数据,感知官方科学医学情报信息,挖掘最新循证治疗的指南方案有效知识,进行高效学习,实施可靠学术跟踪,将极大影响医学生对临床诊疗和公共卫生事件的专业响应与学习效率。我们的项目基于国内外循证医学数据库,引导本科生针对具体临床诊疗PBL案例,培养本科生具体临床问题PICOS方法学转化技能、数据库特征数据挖掘技能训练,旨在培养学生临床实践指南与专业课知识对接以及未来循证医学证据转化应用能力。

关键词：循证医学数据库利用度转化研究