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水牛ApoB基因多态性与泌乳性状关联分析

基因组学与应用生物学 2022年第6期41卷 1180-1192页

作者：林雨昕曹家瑄孙晖李俊李华钊吴祺鹏邓廷贤杨利国滑国华华中农业大学动物科技学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 华中农业大学深圳营养与健康研究院中国农业科学院深圳农业基因组研究所和岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心深圳518000 遵义医科大学基础医学院免疫教研室遵义563000 中国农业科学院广西水牛研究所广西水牛遗传繁育重点实验室南宁530000 国家动物遗传育种与繁殖国际联合研究中心农业农村部智慧养殖技术重点实验室武汉430070

本研究旨在探究水牛(Bubalus bubalis)载脂蛋白B基因(ApoB)在地中海水牛群体中的遗传多态性,并与地中海水牛泌乳性状进行关联分析,筛选水牛产奶性状分子标记。本研究以350头地中海纯种奶水牛为研究对象,利用直接测序法和基质辅助激光解... 详细信息

本研究旨在探究水牛(Bubalus bubalis)载脂蛋白B基因(ApoB)在地中海水牛群体中的遗传多态性,并与地中海水牛泌乳性状进行关联分析,筛选水牛产奶性状分子标记。本研究以350头地中海纯种奶水牛为研究对象,利用直接测序法和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)法筛选基因多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与基因分型,并进一步分析单倍型与泌乳性状的相关性。结果显示,在地中海水牛群体ApoB基因中筛选到10个SNPs,分别位于启动子(g.-1718A>G、g.-1823G>C和g.-2063A>C)、第7内含子(g.8105G>A)、第26内含子(g.30643G>A)、第5外显子(g.5903G>A)、第26外显子(g.30879T>C、g.33638A>C和g.37375G>A)和第29外显子(g.40787A>G)区域。10个SNPs位点多态信息含量均大于0.25且小于0.5,属于中度多态。其中g.-1718A>G、g.-1823G>C、g.-2063A>C、g.37375G>A和g.40787A>G突变位点与地中海水牛乳蛋白率显著相关,g.5903G>A和g.40787A>G位点与地中海水牛乳脂率显著相关,g.37375G>A与地中海水牛270天乳蛋白量和乳脂量显著相关。单倍型Block1(g.-1718A>G、g.-1823G>C和g.-2063A>C)与270天乳蛋白量和乳蛋白率显著相关;单倍型Block2(g.30643G>A和g.33638A>C)与270天乳脂含量、乳脂率、270天乳蛋白量以及乳蛋白率显著相关;单倍型Block3(g.37375G>A和g.40787A>G)与乳蛋白率显著相关;g.33638A>C、g.37375G>A、g.40787A>G以及单倍型Block2和Block3突变型蛋白质理化性质和二级结构发生改变。本研究共筛选到6个SNPs和3个单倍型Block与水牛泌乳性状显著相关,其中单倍型Block2的H3H3为最优单倍型,可作为水牛产奶性状潜在分子标记。

关键词：水牛 ApoB 泌乳性状性状关联分析基因多态性

水牛DDR1基因生物信息学及细胞学功能分析

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黑龙江畜牧兽医 2023年第9期 48-53,130,131页

作者：陆杏蓉段安琴邓廷贤马小娅杨春艳郑海英冯超黄晨茜尚江华中国农业科学院广西水牛研究所农业农村部水牛遗传繁育技术重点实验室/广西水牛遗传繁育重点实验室南宁530001

为了了解水牛DDR1蛋白的生物信息学和细胞学功能,试验采用ProtParam、ProtScale、SOPMA、SWISS-MODEL、PSORTⅡPredictio、NetPhos 3.1在线软件对水牛DDR1蛋白进行生物信息学分析,采用基因干扰的方法研究水牛DDR1基因对水牛乳腺上皮细... 详细信息

为了了解水牛DDR1蛋白的生物信息学和细胞学功能,试验采用ProtParam、ProtScale、SOPMA、SWISS-MODEL、PSORTⅡPredictio、NetPhos 3.1在线软件对水牛DDR1蛋白进行生物信息学分析,采用基因干扰的方法研究水牛DDR1基因对水牛乳腺上皮细胞增殖、凋亡、基因表达和迁移的影响。结果表明:水牛DDR1蛋白由915个氨基酸组成,分子式为C_(4538)H_(7029)N_(1261)O_(1287)S_(43),分子量为101222.99 u,半衰期为30 h,理论等电点为6.22,属于酸性、不稳定、可溶性蛋白质。DDR1蛋白的二级结构由256个α-螺旋(27.98%)、175个延伸链(19.13%)、55个β-折叠(6.01%)、429个无规则卷曲(46.89%)构成。亚细胞定位于内质网(44.4%)、高尔基体(33.3%)和质膜中(22.2%)中。DDR1蛋白共含有65个磷酸化位点,其中丝氨酸磷酸化位点35个,苏氨酸磷酸化位点18个,酪氨酸磷酸化位点12个。DDR1基因的最佳干扰片段为siDDR1-1,最佳干扰时间为48 h。DDR1基因干扰72小时时可极显著抑制水牛乳腺上皮细胞的增殖(P0.05)的表达,但对细胞凋亡率的影响不显著(P>0.05)。此外,DDR1基因干扰可极显著降低水牛乳腺上皮细胞的迁移率(P<0.01)。说明DDR1基因干扰可极显著影响水牛乳腺上皮细胞的增殖和迁移。

关键词： DDR1基因生物信息学分析乳腺上皮细胞增殖凋亡迁移

水牛MFSD2A基因多态性及其与产奶性状的关联分析

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中国畜牧兽医 2022年第10期49卷 3856-3865页

作者：梁莎莎庞春英邓廷贤陆杏蓉段安琴马小娅方艳艳梁贤威中国农业科学院广西水牛研究所广西水牛遗传繁育重点实验室南宁530001

【目的】研究水牛主要促进因子超家族成员2a(major facilitator superfamily domain containing 2a,MFSD2A)基因多态性,并筛选与水牛产奶性状相关联的SNP。【方法】采集383头健康水牛血液DNA,利用PCR扩增和Sequenom MassARRAY飞行时间... 详细信息

【目的】研究水牛主要促进因子超家族成员2a(major facilitator superfamily domain containing 2a,MFSD2A)基因多态性,并筛选与水牛产奶性状相关联的SNP。【方法】采集383头健康水牛血液DNA,利用PCR扩增和Sequenom MassARRAY飞行时间质谱技术对SNP位点进行筛选及基因型检测,并进行遗传多样性、连锁不平衡(LD)和单倍型分析,以及对不同基因型和单倍型与水牛产奶性状进行关联分析。【结果】在水牛MFSD2A基因中检出7个SNPs位点,多态信息含量(PIC)均在0.25~0.40之间,属于中度多态,除g.8290 T>C位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);关联分析结果表明,这7个SNPs位点与305 d产奶量均显著关联(PG和g.701 A>G位点与乳脂率显著关联(P野生纯合子>突变杂合子,g.568 C>G、g.3326 G>A、g.8290 T>C和g.8523 C>G位点与乳蛋白率显著关联(P0.05);连锁不平衡和单倍型分析结果明,g.568 C>G、g.701 A>G和g.3203 T>G位点可组成一个单倍型模块(Block 1),g.8523 C>G和g.9138 G>T位点可组成另一个单倍型模块(Block 2)。其中g.568 C>G和g.701 A>G、g.568 C>G和g.3326 G>A、g.8523 C>G和g.9138 G>T位点的r~2分别为0.87、0.37和0.48,处于强连锁不平衡状态。Block 1中的H1(CAG)单倍型乳蛋白率显著高于H2(CAT)和H3(GCT)(PG和g.701 A>G位点与乳脂率显著关联,g.568 C>G、g.701 A>G、g.3326 G>A、g.8290 T>C和g.8523 C>G位点与乳蛋白率显著关联,这7个SNPs位点与乳尿素氮均无显著关联。纯合子的基因型在高305 d产奶量和乳脂率的选择上更有优势,H1(CAG)和D3(GG)单倍型是提高水牛305 d产奶量和乳蛋白率的有利单倍型。

关键词：水牛 MFSD2A基因连锁不平衡产奶性状关联分析

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荧光素酶基因报告载体的构建

中国兽医学报 2013年第8期33卷 1263-1266页

作者：邓廷贤王建杨炳壮梁贤威庞春英中国农业科学院广西水牛研究所农业部(广西)水牛遗传繁育重点实验室广西南宁530001

为筛选和验证人工锌指核酸酶的活性,本研究基于SSA原理,采用LA-PCR法和基因工程操作技术构建了1个荧光素酶基因报告载体。经菌落PCR、限制性内切酶鉴定及DNA测序验证表明,锌指核酸酶筛选验证的报告载体构建成功,为进一步开展锌指核酸酶... 详细信息

为筛选和验证人工锌指核酸酶的活性,本研究基于SSA原理,采用LA-PCR法和基因工程操作技术构建了1个荧光素酶基因报告载体。经菌落PCR、限制性内切酶鉴定及DNA测序验证表明,锌指核酸酶筛选验证的报告载体构建成功,为进一步开展锌指核酸酶技术研究提供了试验平台。

关键词： SSA 锌指核酸酶荧光素酶基因

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人工锌指核酸酶的设计与应用

畜牧与兽医 2012年第9期44卷 91-96页

作者：邓廷贤庞春英杨炳壮梁贤威中国农业科学院广西水牛研究所农业部(广西)水牛遗传繁育重点实验室广西南宁530001

锌指核酸酶是一种人工合成的融合蛋白,由特异性识别靶DNA的锌指蛋白结构域连接非特异性的Fok I切割结构域构造而成,能够在预定的DNA靶位点引起DNA双链中断,随后依靠非同源末端连接和同源重组修复两种途径修饰该位点。近些年来,该技术已... 详细信息

锌指核酸酶是一种人工合成的融合蛋白,由特异性识别靶DNA的锌指蛋白结构域连接非特异性的Fok I切割结构域构造而成,能够在预定的DNA靶位点引起DNA双链中断,随后依靠非同源末端连接和同源重组修复两种途径修饰该位点。近些年来,该技术已广泛的应用于基因转变、基因修饰和基因治疗等方面的研究。本文将简要介绍锌指核酸酶结构与原理,重点对锌指核酸酶的设计和应用进行了回顾与展望。

关键词：锌指蛋白锌指核酸酶基因修饰基因治疗

牛星状病毒及牛环曲病毒双重RT-PCR检测方法的建立及初步应用

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中国兽医科学 2020年第7期50卷 840-844页

作者：王文佳邓廷贤赵丽师志海河南牧业经济学院动物医药学院河南郑州450046 中国农业科学院水牛研究所河南郑州450002 河南省农业科学院畜牧兽医研究所广西南宁530001

为建立能同时快速检测牛星状病毒(bovine astrovirus,BAstV)和牛环曲病毒(bovine torovirus,BToV)的方法,本研究根据BAstV的ORF1a和BToV的S基因的保守区域分别设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了能够同时检测BAstV和BToV的双... 详细信息

为建立能同时快速检测牛星状病毒(bovine astrovirus,BAstV)和牛环曲病毒(bovine torovirus,BToV)的方法,本研究根据BAstV的ORF1a和BToV的S基因的保守区域分别设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了能够同时检测BAstV和BToV的双重RT-PCR方法。特异性结果显示,该方法与牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRo V)、牛诺如病毒(bovine norovirus,BNoV)、牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)、牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)和牛嵴病毒(bovine kobuvirus,BKoV)无交叉反应;敏感性试验结果显示,该方法对BAstV和BToV质粒标准品的最低检出下限分别为1.12×10~4copies/μL和1.0×10~3copies/μL。应用该方法和各病原RT-PCR方法同时对221份河南省犊牛腹泻粪便样品进行检测,结果显示BAstV的阳性率为18.1%,BToV的阳性率为19%,其中BAstV和BToV共感染的阳性率为6.79%,双重RT-PCR方法和各病原RT-PCR方法的符合率为100%。结果表明,本研究建立的双重RT-PCR方法可用于BAstV和BToV的病原监测及流行病学调查。

关键词：牛星状病毒牛环曲病毒犊牛腹泻双重RT-PCR

抑制BMP/Smad信号通路对水牛卵巢颗粒细胞生长和类固醇激素合成的影响

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中国畜牧兽医 2023年第6期50卷 2354-2362页

作者：徐媛媛郑海英杨春艳邓廷贤黄晨茜冯超陆杏蓉段安琴莫霞马小娅尚江华中国农业科学院广西水牛研究所广西水牛遗传繁育重点实验室南宁530001 农业农村部水牛遗传繁育技术重点实验室南宁530001

【目的】探究BMP/Smad信号通路对水牛卵巢颗粒细胞生长和类固醇激素合成的影响。【方法】利用脂质体转染的方法将合成的Smad 4基因的3对siRNAs(Smad4-siRNA1、Smad4-siRNA2和Smad4-siRNA3)和NC-siRNA(对照组)分别转染水牛颗粒细胞,通过... 详细信息

【目的】探究BMP/Smad信号通路对水牛卵巢颗粒细胞生长和类固醇激素合成的影响。【方法】利用脂质体转染的方法将合成的Smad 4基因的3对siRNAs(Smad4-siRNA1、Smad4-siRNA2和Smad4-siRNA3)和NC-siRNA(对照组)分别转染水牛颗粒细胞,通过实时荧光定量PCR检测Smad 4基因的表达水平,比较不同siRNA的干扰效率。然后利用筛选的干扰效率最高的siRNA,转染水牛卵巢颗粒细胞,通过CCK-8法检测对照组和干扰组细胞的增殖情况,实时荧光定量PCR检测上述两组细胞凋亡相关基因Bax和Bcl2,细胞周期相关调控基因CyclinD2和CDK4,以及类固醇激素合成相关基因Cyp19A1和Cyp11A1的表达水平,并通过ELISA检测雌二醇(E 2)和孕酮(P 4)的含量。【结果】基因干扰试验结果表明,3对siRNAs对Smad4基因的表达均具有极显著的干扰作用(P<0.01),其中Smad4-siRNA1的干扰效率最高,达到了64%。CCK-8检测结果显示,与对照组相比,干扰组细胞的增殖效率显著降低(P<0.05)。实时荧光定量PCR结果显示,与对照组相比,干扰组Bcl2、CyclinD2、CDK4和Cyp19A1基因的表达量均显著或极显著下调(P<0.05;P<0.01),而Cyp11A1基因的表达极显著上调(P<0.01),Bax基因的表达未受影响。ELISA检测结果表明,与对照组相比,干扰组雌二醇分泌量减少10.2%,孕酮的分泌量增加24.7%,差异均显著(P<0.05)。【结论】通过RNAi介导的Smad 4基因沉默对内源性BMP/Smad信号通路的中断不仅能够显著抑制水牛颗粒细胞的生长,而且能够诱导水牛颗粒细胞的凋亡,还会改变类固醇激素生成。BMP/Smad信号通路在调控水牛颗粒细胞生长和类固醇生成过程中具有重要的作用。

关键词：水牛 BMP/Smad信号通路 Smad 4基因颗粒细胞 RNA干扰类固醇生成

SYBR Green实时定量PCR检测转Fat-1基因水牛体细胞方法的建立

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畜牧与兽医 2013年第7期45卷 36-39页

作者：庞春英杨炳壮王建梁贤威邓廷贤中国农业科学院广西水牛研究所/农业部(广西)水牛遗传繁育重点实验室广西南宁530001

荧光定量PCR是近些年发展起来的一项新技术,可用于检测外源基因的整合拷贝数、临床诊断、食品安全和动物疾病检测等领域,具有广阔的应用前景。本文构建了携带Fat-1基因的标准品质粒,以SYBR Green为荧光染料,进行实时荧光定量PCR反应,建... 详细信息

荧光定量PCR是近些年发展起来的一项新技术,可用于检测外源基因的整合拷贝数、临床诊断、食品安全和动物疾病检测等领域,具有广阔的应用前景。本文构建了携带Fat-1基因的标准品质粒,以SYBR Green为荧光染料,进行实时荧光定量PCR反应,建立标准曲线,并结合绝对定量法检测Fat-1基因在水牛耳缘和肾脏成纤维细胞基因组中的整合拷贝数。结果表明,转Fat-1基因的水牛体细胞的Ct值与起始拷贝数对数的回归方程为:y=-3.43x+31.01,R2为0.998 7,反应效率为99.5%,具有良好的重复性。本文建立的这种高效检测水牛体细胞基因组中外源基因拷贝数的方法,为后期转Fat-1基因水牛的表达分析和检测等研究奠定基础。

关键词：实时荧光定量PCR 水牛 Fat-1基因基因拷贝数

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影响水牛活体采卵效果的因素分析

黑龙江畜牧兽医 2015年第3期 51-53页

作者：黄健邓廷贤梁贤威陈明棠中国农业科学院广西水牛研究所/农业部(广西)水牛遗传繁育重点实验室南宁530001

水牛活体采卵是继水牛体外受精(IVF)、胚胎移植(ET)等技术之后推出的一项良种胚胎产业化生产的关键技术。本文叙述了水牛活体采卵技术在水牛繁殖中的应用概况,并分析了影响水牛活体采卵回收效果和胚胎生产的各项因素。这套技术可以充分... 详细信息

水牛活体采卵是继水牛体外受精(IVF)、胚胎移植(ET)等技术之后推出的一项良种胚胎产业化生产的关键技术。本文叙述了水牛活体采卵技术在水牛繁殖中的应用概况,并分析了影响水牛活体采卵回收效果和胚胎生产的各项因素。这套技术可以充分挖掘优良母水牛的繁殖潜力,缩短世代间隔,加速育种进程,同时也能为水牛的胚胎生物工程、基因工程等研究提供大量的试验材料,从而促进水牛科学研究和相关产业的持续发展。

关键词：水牛活体采卵回收效果因素分析体外受精(IVF) 胚胎移植(ET)