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基于线粒体COⅠ和Cytb基因探讨北鲍南养对皱纹盘鲍群体遗传结构的影响

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水产学报 2024年第1期48卷 112-122页

作者：吴宙周丽青迟长凤吴彪孙秀俊刘志鸿赵丹于涛郑言鑫浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心海洋生物种质发掘与利用国家地方联合实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院长岛增殖实验站

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b (Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南... 详细信息

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b (Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南隍城岛)皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示，在259个个体730 bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.586～0.897，核苷酸多样性为0.005 6～0.008 1。259个个体730 bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.605～0.909，核苷酸多样性为0.007 7～0.012 0。基于COⅠ和Cytb基因的群体间Fst值以及AMOVA结果表明，绝大部分群体之间存在显著的遗传分化，并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流，使不同遗传背景的种群二次接触，导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性；而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。

关键词：皱纹盘鲍细胞色素C氧化酶亚基基因细胞色素b基因遗传多样性遗传结构

利用“黄海芯1号”55K SNP芯片评估凡纳滨对虾选育群体的遗传多样性与基因组近交水平

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海洋与湖沼 2024年第2期55卷 479-488页

作者：刘丹阳孔杰王平陈荣坚傅强罗坤陈宝龙隋娟孟宪红代平谭建曹家旺李旭鹏康子仪刘绵宇强光峰迟长凤栾生浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022 中国水产科学研究院黄海水产研究所、青岛海洋科技中心海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室、农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室山东青岛266071 海南中正水产科技有限公司海南东方572633 广东海兴农集团有限公司广东广州511400

凡纳滨对虾的主要选育目标分为两个方面:一是培育具有较强抗病、抗逆性的“高抗系”(GK),二是培育具有快速生长特性的“快大系”(KD)。然而,国内缺少针对这两个选育群体的遗传多样性特别是基因组近交水平的调查分析研究。基于液相芯片... 详细信息

凡纳滨对虾的主要选育目标分为两个方面:一是培育具有较强抗病、抗逆性的“高抗系”(GK),二是培育具有快速生长特性的“快大系”(KD)。然而,国内缺少针对这两个选育群体的遗传多样性特别是基因组近交水平的调查分析研究。基于液相芯片“黄海芯1号”(55 K SNP)的基因分型数据,首次分析了GK(1064尾个体)和KD(564尾个体)选育群体的遗传结构和遗传多样性,调查了连续性纯合片段(ROH)的基因组分布特征,并重点评估了两个群体的基因组近交水平。PCA及进化树分析表明GK及KD群体可明确分层,亲缘关系热图表明KD群体内个体间的亲缘关系比GK群体更近。GK群体包括的家系数量更多,导致其遗传多样性高于KD群体;两群体间的F_(st)为0.09,存在中等遗传分化。GK和KD群体每个ROH的平均长度分别为(1.70±0.34)Mb和(1.65±0.38)Mb,每个样本ROH的平均数量分别为1.98±1.30和2.07±1.37。GK和KD群体0.8~1.25 Mb长度的ROH占比分别为11.41%和19.17%,表明KD群体的选育历史比GK群体更长。两个群体>2.25 Mb长度的ROH片段占比分别为10.26和9.74%,表明两个群体短期内未发生近亲交配。七种基因组近交系数评估结果表明,KD群体的近交水平高于GK群体。不依赖基础群体等位基因频率的F_(ROH)和F_(HOM)方法可准确地评价育种群体的真实近交水平,而F_(VR1)、F_(YA1)和F_(LH1)等依赖基础群体等位基因频率的方法可以用来比较群体及个体间的相对近交水平。上述结果为准确地评估育种群体的近交水平和优化育种方案提供了重要参考依据。

关键词：凡纳滨对虾 “黄海芯1号” 遗传多样性连续性纯合片段基因组近交系数

基于线粒体COI和Cytb基因探讨北鲍南养对皱纹盘鲍群体遗传结构的影响

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水产学报 2022年

作者：吴宙周丽青迟长凤吴彪孙秀俊刘志鸿赵丹于涛郑言鑫浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心海洋生物种质发掘与利用国家地方联合实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所中国水产科学研究院长岛增殖实验站

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基（COI）基因和细胞色素b（Cytb）基因分析了定植漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛（砣矶岛、大钦岛... 详细信息

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基（COI）基因和细胞色素b（Cytb）基因分析了定植漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛（砣矶岛、大钦岛、南隍城岛）皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示，在259个个体730bp的COI序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.586-0.897，核苷酸多样性为0.0056-0.0081；259个个体730bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.605-0.909，核苷酸多样性为0.0077-0.0120。基于COI和Cytb基因的群体间Fst值以及AMOVA结果表明，绝大部分群体之间存在显著的遗传分化，并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流，使不同遗传背景的种群二次接触导致了皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性；而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本文对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。

关键词：皱纹盘鲍细胞色素C氧化酶亚基细胞色素b 遗传多样性遗传结构

曼氏无针乌贼维甲酸X受体(RXR)cDNA的克隆与表达

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中国水产科学 2022年第6期29卷 814-824页

作者：董震宇杨槐郭宝英叶莹莹祁鹏志迟长凤徐开达浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江省海洋水产研究所农业农村部重点渔场渔业资源科学观测实验站浙江省海洋渔业资源可持续利用技术研究重点实验室

维甲酸X受体(retinoid X receptor, RXR)属于配体激活的核受体家族。本研究采用RT-qPCR技术克隆了曼氏无针乌贼RXR (SjRXR)基因的CDS区核酸序列,推导出其氨基酸序列,并对RXR基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行了生物信息学分析,结果如... 详细信息

维甲酸X受体(retinoid X receptor, RXR)属于配体激活的核受体家族。本研究采用RT-qPCR技术克隆了曼氏无针乌贼RXR (SjRXR)基因的CDS区核酸序列,推导出其氨基酸序列,并对RXR基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行了生物信息学分析,结果如下:SjRXR的CDS区核苷酸序列全长1239 bp,编码1个由412个氨基酸组成的蛋白质;序列分析表明,曼氏无针乌贼RXR的CDS区基因编码的蛋白质不含有信号肽,无跨膜结构,推测RXR编码蛋白属于非分泌型、非跨膜蛋白;对蛋白进行疏水性分析,发现亲水性部分大于疏水性部分,预测RXR编码蛋白为亲水性蛋白,包含1个HOLl家族的结构域;利用MEGA 6.0软件以ML法构建了系统进化树,结果表明,曼氏无针乌贼与双斑蛸亲缘关系最近,同属于软体动物门头足纲,最先聚为一支,曼氏无针乌贼RXR基因的分子进化地位与其生物学分类地位大体保持一致。采用RT-qPCR技术分析了该基因在乌贼4个时期11个组织中的表达规律,结果如下:sjRXR基因在各组织中均有表达,且在肝、胰、脑、视叶和视腺中表达量较高; sjRXR基因表达在不同生长周期存在明显变化,在肝、胰中呈一直上升趋势,在脑、视叶、视腺中呈先上升后下降趋势。SjRXR是曼氏无针乌贼神经发育、生殖调节和衰老凋亡的重要调控因子之一,本研究结果可为进一步深入研究头足类动物RXR基因提供重要参考依据。

关键词：曼氏无针乌贼 RXR 生殖表达分析

虎斑乌贼(Sepia pharaonis)FMRFamide G蛋白偶联受体基因的克隆与表达定位研究

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海洋与湖沼 2022年第6期53卷 1548-1557页

作者：郭祖霆朱阳曹慧敏李双周旭迟长凤苗增良浙江海洋大学海洋科学与技术学院海洋生物种质资源发掘利用国家地方联合工程研究中心浙江舟山316022

以FMRFamide为典型代表的FMRFamide相关肽,是目前已知的最大的神经肽家族。FMRFamide广泛参与多种生理过程,包括摄食、心跳、渗透平衡、变态、防御和免疫等。采用同源克隆法与RACE技术获得了虎斑乌贼FMRFamide的G蛋白偶联受体基因cDNA... 详细信息

以FMRFamide为典型代表的FMRFamide相关肽,是目前已知的最大的神经肽家族。FMRFamide广泛参与多种生理过程,包括摄食、心跳、渗透平衡、变态、防御和免疫等。采用同源克隆法与RACE技术获得了虎斑乌贼FMRFamide的G蛋白偶联受体基因cDNA全长序列(命名为SpFaGPCR,OL765295),SpFaGPCR cDNA全长1514 bp,包括222 bp的5′-非编码区(5′-UTR)、35 bp的3′-UTR以及1257 bp的开放阅读框(ORF),共编码418个氨基酸。预测相对分子量(MW)为49.8 kDa,等电点(pI)为9.76,具有7个跨膜结构域、糖基化位点7个、磷酸化位点36个。同源序列比对分析表明,SpFaGPCR与曼氏无针乌贼的FaGPCR氨基酸序列相似度最高,达98%。系统发育分析显示SpFaGPCR与双壳纲的FaGPCR聚为姐妹支。荧光定量结果显示SpFaGPCR在视叶、视腺、脑、缠卵腺中表达量相对较高(P<0.05)。进一步利用原位杂交技术检测到虎斑乌贼视叶的髓质区、视网膜的感光细胞和缠卵腺的瓣叶外层具有明显的阳性杂交信号。实验结果为进一步探讨FMRFamide通过FaGPCR的介导参与虎斑乌贼生理代谢功能奠定了前期基础。

关键词：虎斑乌贼头足类 FMRFamide G蛋白偶联受体表达定位

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烟草低头黑病菌毒素钝化物及其机理研究

烟草低头黑病菌毒素钝化物及其机理研究

作者：迟长凤山东农业大学

学位级别：硕士

烟草低头黑病(Tobacco Black Death Disease)是发生在山东烟区的主要病害之一。1995年张广民首次证实了烟草低头黑病致病菌(Colletotr ichum capsici ***)能产生使烟草幼苗快速致萎，并引发叶片萎蔫、叶缘干缩的致萎症状的毒性物质，对... 详细信息

烟草低头黑病(Tobacco Black Death Disease)是发生在山东烟区的主要病害之一。1995年张广民首次证实了烟草低头黑病致病菌(Colletotr ichum capsici ***)能产生使烟草幼苗快速致萎，并引发叶片萎蔫、叶缘干缩的致萎症状的毒性物质，对烟草低头黑病菌毒素进行钝化及其作用机理的研究为烟草低头黑病的无公害防治提供一条新的思路，具有重要意义。本文分别对烟草低头黑病菌毒素钝化物的筛选、供试化合物对菌丝生长和分生孢子萌发的影响、毒素处理体系对烟草叶片膜透性、五种防御酶活性和叶片组织超微结构的影响，以及钝比物盆栽试验钝化效果测定进行了研究。研究结果表明： 1．钝化物的筛选从16种供试化合物中采用离体叶片针刺法，筛选出对烟草低头黑病菌粗毒素具有较强钝化作用的高锰酸钾、氢氧化钠、碘化钾和碳酸氢钠四种化合物。 2．供试化合物对低头黑病菌菌丝生长的影响从17种供试化合物中采用平板抑制法测定菌丝生长抑制率，筛选出对烟草低头黑病菌菌丝生长具有较强抑制作用的氢氧化钠、碳酸氢钠、甲基托布津(70％)和硫酸铜四种化合物。 3．供试化合物对烟草低头黑病菌分生孢子萌发的影响从8种供试化合物中采用载玻片悬滴法筛选出对烟草低头黑病菌分生孢子萌发具有较强抑制作用的硫酸铜、氢氧化钠和碳酸氢钠三种化合物。试验发现，麦芽糖和葡萄糖对烟草低头黑病菌分生孢子的萌发具明显促进作用。 4．毒素处理体系对烟草叶片细胞膜透性的影响烟草低头黑病菌毒素能增加烟草叶片的透性，造成电解质外渗。试验结果表明，NaOH 2000ug／ml和NaOH5000ug／ml对毒素具有较强的钝化作用，从而降低膜的电解质渗漏。 5．毒素处理体系对五种防御酶活性的动态影响 5．1 毒素处理体系对CAT(过氧化氢酶)活性的动态影响 T+NaOH2000ug／ml处理后CAT活性于24h前处于上升趋势，而24h后烟草低头黑病菌毒素钝化物及其机理研究以T活性处于下降趋势，CAT活性总体水平低于清水对照和毒素处理;T+N a0H5000ug/m1处理后，48h前CAT活性处于上升趋势，而48h后CAT活性处于下降趋势。 5.2毒素处理体系对POD(过氧化物酶)活性的动态影响 T+N a0HZoooug/m1处理后，POD活性一直呈缓慢上升趋势至60h达最大值;T+N aOH500Oug/m1处理后，POD活性一直呈上升趋势，POD活性高于毒素处理和清水对照。 5.3毒素处理体系对PAL(苯丙氨酸解氨酶)活性的动态影响 T+Na0H2000ug/m1处理后，PAL活性初期(1 Zh一48h)缓慢上升并于48h达最大值，而后迅速下降于60h达最低点，PAL活性整体高于毒素处理和清水对照;T+N a0HSOO0ug/m1处理后，PAL活性初期(12h一36h)缓慢上升并于36h达最大值，而后平缓下降，PAL活性整体高于毒素处理和清水对照。 5.4毒素处理体系对PPO(多酚氧化酶)活性的动态影响 T+NaOH2000ug/ml处理后，初期(6h一12h)PPO活性缓慢下降，于12h一24h范围内迅速上升并达最大值，即O活性整体高于清水对照和毒素处理;T+N a0HSO00ug/m1处理后，于6h一60h范围内PPO活性缓慢上升并达最高峰，即O活性整体高于清水对照和毒素处理。 5.5毒素处理体系对SOD(超氧化物岐化酶)活性的动态影响 T+Na0H2000ug/m1处理后，SOD活性变化趋势与对照相似，SOD活性明显高于对照，整体高于毒素处理;T+N a0H500Oug加1处理后，s0D活性整体高于对照，但低于毒素处理;T+KMn045000ug/m1和T+KMn04 200Oug/ml处理后，初期(12h一24h)SOD活性受到强烈抑制，24h一36h迅速上升，SOD活性整体高于清水对照和毒素处理。综合以上五种防御酶的动态变化说明

关键词：烟草低头黑病,烟草低头黑病菌,毒素,钝化,膜透性,防御酶,超微结构

虎斑乌贼FMRFamide的表达定位及其Na^(+)通道受体基因的克隆鉴定、表达分析

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海洋与湖沼 2023年第1期54卷 233-245页

作者：曹慧敏朱阳郭祖霆李双周旭迟长凤郑利兵浙江海洋大学海洋科学与技术学院、海洋生物种质资源发掘利用国家地方联合工程研究中心浙江舟山316022

FMRFamide是神经肽家族的一类重要代表成员,参与无脊椎动物的多种生理调控过程。利用同源克隆和RACE技术获得了虎斑乌贼神经肽FMRFamide的Na^(+)通道受体(Sp FaNaC)的cDNA全长共2090 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)1782 bp,编... 详细信息

FMRFamide是神经肽家族的一类重要代表成员,参与无脊椎动物的多种生理调控过程。利用同源克隆和RACE技术获得了虎斑乌贼神经肽FMRFamide的Na^(+)通道受体(Sp FaNaC)的cDNA全长共2090 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)1782 bp,编码一个由593个氨基酸残基组成的多肽链,N端无信号肽,具有2个跨膜区;序列分析显示其与头足纲、腹足纲和双壳纲相似性较高,聚类为姐妹支。荧光定量PCR(qRT-PCR)检测到SpFaNaC主要分布在中枢神经系统的视叶、脑,其次是心脏和副缠卵腺。SpFaNaC原位杂交结果显示其阳性信号存在于视网膜感光细胞的细胞体、视叶深层视网膜的内颗粒细胞层和外细胞颗粒层、食道上神经团的各亚叶,尤以交界区最为集中。同时,原位杂交和免疫组化观察到神经肽FMRFamide主要分布在视叶的中央髓质区、边缘髓质区、内细胞颗粒层和外细胞颗粒层;食道上神经团的阳性信号较少,主要集中为亚叶交界处。实验结果为研究虎斑乌贼FMRFamide及Sp FaNaC的生理功能研究奠定一定的理论基础。

关键词：虎斑乌贼 FMRFamide FaNaC 表达定位原位杂交免疫组化

微波消解ICP-MS法测定曼氏无针乌贼肉和海螵蛸中八种微量元素

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光谱学与光谱分析 2009年第12期29卷 3395-3398页

作者：吴常文迟长凤何光源徐梅英华中科技大学分子生物物理学教育部重点实验室/中英HUST-RRes基因工程和基因组学联合实验室湖北武汉430074 浙江海洋学院海洋养殖装备与工程技术省重点实验室浙江舟山316004

采用微波消解技术,建立了一种测定头足类食药两用生物曼氏无针乌贼肉和海螵蛸中Cr,Mn,Cu,Zn,As,Cd,Hg和Pb等八种微量元素含量的ICP-MS法。测定元素校正曲线的相关系数都在0.9973以上,样品分析结果的相对标准偏差在2.4%～8.7%之间,加标... 详细信息

采用微波消解技术,建立了一种测定头足类食药两用生物曼氏无针乌贼肉和海螵蛸中Cr,Mn,Cu,Zn,As,Cd,Hg和Pb等八种微量元素含量的ICP-MS法。测定元素校正曲线的相关系数都在0.9973以上,样品分析结果的相对标准偏差在2.4%～8.7%之间,加标回收率在96.5%～106.3%之间,最低检出限在0.002～0.032μg.L-1之间。研究结果表明:曼氏无针乌贼肉和海螵蛸中含有丰富的元素Cu和Zn,但是重金属元素Cd和As含量也超过规定标准,因此曼氏无针乌贼进入市场时,需要对Cd和As含量进行严格的检查。研究结果不仅对曼氏无针乌贼质量控制具有指导意义,而且可为曼氏无针乌贼的养殖、资源利用及产品出口提供科学依据。

关键词：曼氏无针乌贼微量元素电感耦合等离子体质谱微波消解

近江牡蛎SLC13基因家族的全基因组鉴定及急性高盐胁迫下的表达特征

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中国水产科学 2023年第2期30卷 127-137页

作者：葛广玉迟长凤王振原刘志鸿王岩陈夕孙秀俊周丽青吴彪浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室

溶质载体13(solute carrier 13, SLC13)是SLC转运蛋白超家族的重要成员,编码结构相似的跨膜蛋白,在介导转运阴离子和柠檬酸循环代谢中间体中发挥重要作用。近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)基因家族收缩和扩张分析表明,SLC13家族显著扩... 详细信息

溶质载体13(solute carrier 13, SLC13)是SLC转运蛋白超家族的重要成员,编码结构相似的跨膜蛋白,在介导转运阴离子和柠檬酸循环代谢中间体中发挥重要作用。近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)基因家族收缩和扩张分析表明,SLC13家族显著扩张,可能与渗透压调节密切相关。为进一步探讨近江牡蛎SLC13基因家族(CarSLC13)特征及在高盐胁迫下的表达变化,本研究运用生物信息学方法对CarSLC13进行鉴定,并分析了其基因结构、染色体定位、系统进化和在急性高盐胁迫后鳃组织中的表达特征。本研究共鉴定出11个CarSLC13基因,包括1个CarSLC13A1亚家族成员, 6个CarSLC13A2亚家族成员和4个CarSLC13A5亚家族成员,其中7个家族成员蛋白的理化性质较为稳定,不稳定系数均小于40;亚细胞定位预测显示,所有CarSLC13均定位到细胞膜或内膜;染色体定位结果显示, 11个SLC13基因定位在6条染色体上,在第3号染色体上的部分基因发生了串联复制;该基因家族成员都具有钠-硫酸盐共转运蛋白跨膜结构域(PF00939),该结构域与渗透压调节功能相关;盐度为40的人工海水急性胁迫近江牡蛎0 h、6 h和12 h后,鳃组织中的CarSLC13A2和CarSLC13A5亚家族的基因整体上表现为先升高再降低的表达趋势,而CarSLC13A1亚家族基因表达量随胁迫时间的增加而降低。本研究明确了CarSLC13家族的基因特征、系统进化及对急性高盐胁迫的响应规律,丰富了双壳贝类SLC13基因家族的研究资料,为进一步探讨该家族在渗透压调节中的作用提供了参考数据。

关键词：近江牡蛎 SLC13基因家族高盐胁迫表达模式