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南方番茄病毒在海南省的发生分布及全基因组序列分析

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热带作物学报 2024年第1期45卷 30-40页

作者：车海彦林雅婷罗大全龙海波中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业农村部热带作物有害生物综合治理重点实验室/海南省热带农业有害生物监测与控制重点实验室海南海口571101

病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发... 详细信息

病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发生分布情况,利用RT-PCR技术,对2015—2021年采自海南省的987份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测,结果表明:在9个市(县)的142份样品中检测到STV,早在2015年STV就已经在海南番茄上存在,检出率从2015年(8.82%)到2021年(22.45%)呈逐年上升趋势。同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到4个STV海南分离物的全长基因组,长度均为3446 nt,包含2个部分重叠的ORFs,ORF1(147~1280 nt)和ORF2(1048~3336 nt)分别编码p42蛋白(377 aa)和RdRp蛋白(762 aa),5′UTR和3′UTR的长度分别为146 nt和110 nt。序列一致性分析表明,4个STV海南分离物间基因组序列一致性为99.86%~100.00%,与目前GenBank公布的所有STV分离物基因组间序列一致性为98.45%~99.94%。基于全基因组序列构建的系统发育树显示,80个STV分离物被明显分为2个组(组Ⅰ和组Ⅱ),组Ⅰ包括亚洲、美洲、欧洲和非洲分离物;组Ⅱ中除1个亚洲分离物外,其他均为欧洲分离物;4个海南分离物被分在组Ⅰ,STV分离物的分组与地域呈一定的相关性,而与寄主无相关性。4个海南分离物与组Ⅰ分离物基因组序列变异度较高的区域位于881~1061 nt和1521~1721 nt,与组Ⅱ分离物基因组序列变异度较高的区域位于2041~2241 nt和2761~2921 nt。STV分离物基因组间未发现重组事件。这是在海南省首次报道发现STV。本研究结果有助于了解STV在海南省的分布、发生趋势及遗传多样性,为病害防控提供科学依据。

关键词：南方番茄病毒小RNA深度测序 RT-PCR检测基因组

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槟榔黄化病研究进展

中国热带农业 2022年第2期 36-42页

作者：车海彦罗大全中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业农村部热带作物有害生物综合治理重点实验室/海南省热带农业有害生物监测与控制重点实验室海南海口571101

黄化病是1种严重危害海南槟榔产业的毁灭性传染病害,在海南槟榔主产区均有发生,给槟榔产业造成了严重的经济损失。概述了槟榔黄化病的发生危害、地理分布、病原的鉴定和检测、综合防控措施及存在的问题等,以期为黄化病的深入研究和持久... 详细信息

黄化病是1种严重危害海南槟榔产业的毁灭性传染病害,在海南槟榔主产区均有发生,给槟榔产业造成了严重的经济损失。概述了槟榔黄化病的发生危害、地理分布、病原的鉴定和检测、综合防控措施及存在的问题等,以期为黄化病的深入研究和持久防控提供参考。

关键词：槟榔黄化病植原体综合防控

植物源抗病毒物质WCT-Ⅱ作用机理及应用研究

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植物源抗病毒物质WCT-Ⅱ作用机理及应用研究

作者：车海彦西北农林科技大学

学位级别：硕士

本实验利用萃取，重结晶的方法从植物中提取出一种天然抗病毒物质，命名为WCT-Ⅱ。并对该物质的部分理化性质进行了测定，以烟草和烟草花叶病毒(TMV)组成的系统及西葫芦和西瓜花叶病毒2号(WWMV-2)组成的系统为研究对象，测定了WCT-Ⅱ的... 详细信息

本实验利用萃取，重结晶的方法从植物中提取出一种天然抗病毒物质，命名为WCT-Ⅱ。并对该物质的部分理化性质进行了测定，以烟草和烟草花叶病毒(TMV)组成的系统及西葫芦和西瓜花叶病毒2号(WWMV-2)组成的系统为研究对象，测定了WCT-Ⅱ的室内生物学防效，并对其抗病毒机制进行了深入研究。 WCT-Ⅱ纯晶是一种橘红色结晶，可溶于丙酮、乙醚和正丁醇，微溶于氯仿和乙醇，不溶于水和石油醚。红外、质谱及核磁共振图谱的分析确定该化合物为：Lanost-8-en-26-oic,3-alpha，12-alpha,-dihydroxy-24-methylene-，methylester。药效实验表明，该物质对病毒病害有较好的防治效果。烟草在喷施浓度为120ppm时防效可以达到73.6％，西葫芦在喷施浓度为100ppm时防效可以达到52.6％。直接用WCT-Ⅱ处理病毒，采用枯斑半叶法和电镜检测发现，处理后的病毒致病力明显下降，病毒粒体大量发生断裂。 WCT-Ⅱ处理后，植物体内发生了一系列的生理生化变化。与对照相比，处理叶片叶绿素含量明显提高，表现为花叶症状减轻;过氧化氢酶活性明显受到抑制。烟草和西葫芦叶片匀浆和胞间液的几丁质酶和β-1，3—葡聚糖酶和对照相比，酶活性都明显增加;对叶片匀浆和胞间液的蛋白经SDS-PAGE不连续电泳发现，处理后的烟草叶片胞间在第5—9天和第7天分别存在1条酸溶性蛋白和1条碱溶性蛋白;西葫芦叶片匀浆中在第3-9天存在1条特异酸溶性蛋白条带。上述结果说明，WCT-Ⅱ具有诱导植物产生抗病性的能力。 WCT-Ⅱ作为一种天然的抗病毒物质，对植物病毒病的防治是多方面作用的综合结果。它的防病机理主要表现在体外钝化病毒，诱导植物产生抗病性(提高叶绿素含量、抑制过氧化氢酶活性、提高几丁质酶和β-1，3葡聚糖酶活性、诱导产生PR(蛋白)等方面。该物质具有生物活性高，对动植物无毒，安全性高的特点，相信会有较好的应用前景。

关键词： WCT-Ⅱ 烟草花叶病毒西瓜花叶病毒2号酶活性病程相关蛋白

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海南西番莲主要病毒种类的分子检测与鉴定

园艺学报 2022年第8期49卷 1785-1794页

作者：陈礼浪杨天章蔡儒平林小漫邓南康车海彦林雅婷孔祥义三亚市热带农业科学研究院海南三亚572000 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所海口571101

2020年5—7月,在海南三亚市和五指山市采集表现花叶、皱缩、畸形等疑似病毒病的西番莲叶片样品176份,通过PCR和RT-PCR检测发现:侵染西番莲的病毒主要为黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、南瓜蚜传黄化病毒(cucurbit aphid-borne... 详细信息

2020年5—7月,在海南三亚市和五指山市采集表现花叶、皱缩、畸形等疑似病毒病的西番莲叶片样品176份,通过PCR和RT-PCR检测发现:侵染西番莲的病毒主要为黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、南瓜蚜传黄化病毒(cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)、东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)、夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)、西番莲木质化病毒(passion fruit woodiness virus,PWV)、西番莲斑驳病毒(Passiflora mottle virus,PaMV)和番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)。TeMV的检出率最高,为52.27%;其次为PaMV,43.75%;CMV和EAPV均为28.98%;PWV为22.73%;TYLCV为9.09%;CABYV为4.55%。TeMV、PaMV、CMV、EAPV和PWV可能是三亚和五指山西番莲的主要病毒,样品病毒复合侵染率为78.91%,存在32种复合侵染类型,以2~4种病毒复合侵染为主。3个TYLCV西番莲分离物的基因组全长均为2781 bp,含6个ORF。序列相似性和系统进化分析结果表明:3个分离物均属于TYLCV-Israel株系,序列相似性为98.85%~99.14%,与海南已报道的4个其他作物上的分离物聚在同一进化分支上。这是TYLCV侵染西番莲的首次报道。

关键词：西番莲病毒病病原检测番茄黄化曲叶病毒

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植原体基因组学研究进展

植物保护 2014年第6期40卷 1-6,24页

作者：杨毅车海彦曹学仁罗大全中国热带农业科学院环境与植物保护研究所、农业部热带作物有害生物综合治理重点实验室、海南省热带农业有害生物监测与控制重点实验室海口571101

植原体(phytoplasma)是一类重要的植物病原细菌,可经叶蝉、飞虱等昆虫介体传播,感染1 000多种植物,产生丛枝、黄化、韧皮部黑斑坏死等症状,给农业、林业生产带来巨大的损失。本文对植原体基因组学研究的历史、现状及当前植原体效应蛋白... 详细信息

植原体(phytoplasma)是一类重要的植物病原细菌,可经叶蝉、飞虱等昆虫介体传播,感染1 000多种植物,产生丛枝、黄化、韧皮部黑斑坏死等症状,给农业、林业生产带来巨大的损失。本文对植原体基因组学研究的历史、现状及当前植原体效应蛋白等方面的研究进展进行了综述。

关键词：植原体基因组效应蛋白病原寄主互作

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海南橡胶树白粉菌的群体遗传结构研究

植物保护 2019年第2期45卷 121-124页

作者：曹学仁车海彦罗大全中国热带农业科学院环境与植物保护研究所农业农村部热带作物有害生物综合治理重点实验室海口571101

白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)... 详细信息

白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)均有分布;三亚种群的单倍型多样性和核苷酸多样性最高。总体和各地理群体的中性检验结果显示,群体扩张遵循中性进化,群体大小保持相对稳定。遗传分化指数(Fst)表明三亚种群与白沙、儋州、海口和琼中等四市(县)种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的89.66%。因此海南橡胶树白粉菌菌株间虽存在一定的遗传分化,但整体遗传多样性偏低。

关键词：橡胶树白粉病橡胶树粉孢 ITS序列群体遗传结构

番木瓜环斑病毒海南南瓜分离物全基因组序列分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2019年第3期47卷 38-43,51页

作者：车海彦曹学仁罗大全中国热带农业科学院环境与植物保护研究所海南海口571101

【目的】研究海南南瓜上番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)的全基因组特征及系统进化情况,为南瓜病毒病的综合防控提供依据。【方法】通过DAS-ELISA和RT-PCR等方法,检测采自海南澄迈桥头镇疑似感染PRSV的南瓜叶片中是否存在PR... 详细信息

【目的】研究海南南瓜上番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)的全基因组特征及系统进化情况,为南瓜病毒病的综合防控提供依据。【方法】通过DAS-ELISA和RT-PCR等方法,检测采自海南澄迈桥头镇疑似感染PRSV的南瓜叶片中是否存在PRSV,采用分段扩增测序方法拼接获得PRSV-HnPumpkin基因组,利用NC-BI中的BLAST工具、DNAStar和MEGA 6.06软件进行序列分析及系统关系树构建。【结果】DAS-ELISA和RT-PCR检测结果表明,采自海南澄迈桥头镇疑似感染PRSV的南瓜叶片中存在PRSV(PRSV-HnPumpkin)。PRSV-HnPumpkin基因组全长为10 327nt,具有典型的PRSV基因组结构特征,含有1个开放阅读框,编码1个含有3 345个氨基酸的多聚蛋白。PRSV-HnPumpkin与已报道的其他PRSV分离物核苷酸和氨基酸之间的相似性分别为80.6%～95.1%和90.7%～97.9%。系统关系分析表明,PRSV-HnPumpkin与亚洲分离物处于同一组中,且与我国台湾分离物亲缘关系较近。【结论】获得了PRSV-HnPumpkin全序列,但其进化来源有待进一步探讨。

关键词：番木瓜环斑病毒南瓜病毒病基因序列分析

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海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析

植物保护 2018年第4期44卷 70-73,86页

作者：曹学仁车海彦罗大全中国热带农业科学院环境与植物保护研究所农业部热带作物有害生物综合治理重点实验室海口571101

暹罗刺盘孢菌Colletotrichum siamense是引起海南橡胶树炭疽病的重要病原之一,为了明确海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体的遗传结构,本研究对海南5个市(县)的橡胶树暹罗刺盘孢菌的ITS序列进行分析。结果表明,58个病菌样品可推导出11种单倍型... 详细信息

暹罗刺盘孢菌Colletotrichum siamense是引起海南橡胶树炭疽病的重要病原之一,为了明确海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体的遗传结构,本研究对海南5个市(县)的橡胶树暹罗刺盘孢菌的ITS序列进行分析。结果表明,58个病菌样品可推导出11种单倍型,其中单倍型H11包含样品数最多且在5个市(县)均有分布,其次为单倍型H4,在4个市(县)有分布。遗传分化指数(Fst)表明保亭种群与其他种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的93.9%。对所有地理种群病原菌ITS序列的核苷酸不配对进行分析,表明病菌未经历过大规模的种群扩张。系统发育分析表明,来自相同地区的病菌单倍型并没有聚在一起。研究结果表明海南橡胶树暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。

关键词：橡胶树炭疽病暹罗刺盘孢菌 ITS序列群体遗传结构

基于Maxent的椰子致死性黄化植原体在中国的适生性分析

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热带作物学报 2014年第11期35卷 2260-2265页

作者：曹学仁车海彦杨毅罗大全中国热带农业科学院环境与植物保护研究所农业部热带作物有害生物综合治理重点实验室海南海口571101

利用Maxent生态位模型和Arc GIS软件,并结合椰子树(以下简称椰树)在中国的种植分布,对椰子致死性黄化植原体在中国及中国椰树种植区的适生性进行了预测。结果表明:中国主要的椰树种植区均为椰子致死性黄化病的潜在适生区,其中华南沿海... 详细信息

利用Maxent生态位模型和Arc GIS软件,并结合椰子树(以下简称椰树)在中国的种植分布,对椰子致死性黄化植原体在中国及中国椰树种植区的适生性进行了预测。结果表明:中国主要的椰树种植区均为椰子致死性黄化病的潜在适生区,其中华南沿海地区及海南大部分地区属于中风险区和高风险区。经ROC曲线分析法验证,Maxent模型的AUC值为0.992,表明预测结果具有较高的可信度。

关键词：椰子致死性黄化植原体 Maxent 分布预测