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基于影像组学与临床实验室指标构建血吸虫病肝纤维化分级诊断模型

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中国血吸虫病防治杂志 2024年第3期 251-258页

作者：郭照宇邵菊萍邹小青赵琴平钱沛君王文雅黄璐璐薛靖波许静杨坤周晓农李石柱传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室、中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心)、国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、WHO热带病合作中心、科技部国家级热带病国际联合研究中心江西省九江市都昌县第二人民医院武汉大学基础医学院国家卫生健康委员会寄生虫病预防与控制技术重点实验室、江苏省寄生虫与媒介控制技术重点实验室、江苏省血吸虫病防治研究所上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院

目的探索基于B型超声影像与临床实验室指标构建血吸虫病肝纤维化分级诊断模型的可行性。方法收集2018—2022年江西省都昌县第二人民医院血吸虫病患者超声影像及临床实验室数据。以血吸虫病肝纤维化Ⅰ级病例为第1组，Ⅱ级和Ⅲ级病例为... 详细信息

目的探索基于B型超声影像与临床实验室指标构建血吸虫病肝纤维化分级诊断模型的可行性。方法收集2018—2022年江西省都昌县第二人民医院血吸虫病患者超声影像及临床实验室数据。以血吸虫病肝纤维化Ⅰ级病例为第1组，Ⅱ级和Ⅲ级病例为第2组；选取2018—2021年病例数据为训练集、2022年病例数据为验证集，构建机器学习二分类模型。采用ITK-SNAP软件标记影像特征，采用Python 3.7编程语言和PyRadiomics工具包提取影像特征。采用t检验或Mann-Whitney U检验比较两组样本间影像特征差异，并采用套索算法（least absolute shrinkage and selection operator,LASSO）进行关键影像特征筛选。采用Scikit-learn机器学习库进行机器学习建模，包括支持向量机（support vector machine,SVM）、随机森林（random forest,RF）、线性回归（linear regression,LR）和极端梯度提升（extreme gradient boosting,XGBoost）等4种模型。采用受试者工作特征曲线（receiver operating characteristic curve,ROC）进行最优机器学习模型筛选，并使用沙普利加和解释（SHapley Additive exPlanations,SHAP）评估对机器学习模型中超声影像鉴别特征贡献度最高的特征。结果 2019—2022年，累计将491例血吸虫病患者超声影像和临床实验室检查数据纳入研究。累计提取了851项影像组学特征和54项临床实验室指标，经统计学检验（t=-5.98～4.80,U=6 550～20 994,P均<0.05）及LASSO回归特征筛选，纳入44项特征或指标进入下一步研究。临床实验室指标SVM机器学习模型训练集和验证集ROC曲线下面积（area under curve,AUC）分别为0.763和0.611，超声影像组学SVM机器学习模型训练集和验证集AUC分别为0.951和0.892，多模态SVM机器学习模型训练集和验证集AUC分别为0.960和0.913。机器学习模型中贡献度居前10位的特征或指标包括2项临床实验室指标和8项影像组学特征。结论超声影像组学和临床实验室指标相结合的多模态机器学习模型可用于血吸虫病肝纤维化智能识别，并可提升单类数据模型的分类效果。

关键词：血吸虫病肝纤维化超声影像影像组学诊断模型

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迈向血吸虫病消除阶段的钉螺控制策略

中国血吸虫病防治杂志 2022年第4期34卷 337-340,351页

作者：元艺曹淳力黄希宝赵琴平湖北省疾病预防控制中心湖北武汉430000 中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心)、国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室、WHO热带病合作中心、国家级热带病国际联合研究中心上海200025 武汉大学基础医学院

钉螺是日本血吸虫的唯一中间宿主,钉螺控制是血吸虫病防治的重要措施之一。随着防治进程推进,我国血吸虫病呈低水平流行状态,但钉螺孳生和血吸虫病传播风险依然严峻。在新时期血吸虫病防治目标和环境保护等要求下,在钉螺控制中引入精准... 详细信息

钉螺是日本血吸虫的唯一中间宿主,钉螺控制是血吸虫病防治的重要措施之一。随着防治进程推进,我国血吸虫病呈低水平流行状态,但钉螺孳生和血吸虫病传播风险依然严峻。在新时期血吸虫病防治目标和环境保护等要求下,在钉螺控制中引入精准识别、精准干预和精准评价,巩固现有防治成效,将有助于推进我国消除血吸虫病进程。

关键词：钉螺血吸虫病消除精准控制

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蛋白质组学及其在寄生虫学研究中的应用

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2006年第2期24卷 136-139页

作者：赵琴平蒋明森武汉大学医学院寄生虫学教研室武汉430071

蛋白质组学是研究生命体的一种重要的高通量研究手段,本文介绍了蛋白质组学的研究内容及主要技术,并对现代蛋白质组学在寄生虫领域的发展进行了综述。

关键词：寄生虫学蛋白质组

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血吸虫分子生物学检测技术研究进展

中国血吸虫病防治杂志 2017年第6期29卷 798-801页

作者：张燕董惠芬蒋明森赵琴平武汉大学基础医学院人体寄生虫学教研室武汉430071

血吸虫的诊断是血吸虫病防治工作中的重要环节,早期诊断可有效控制传染源和阻止晚期血吸虫病的发生。目前常用的血吸虫病诊断方法为病原学检测和血清学检测。随着我国血吸虫病防治工作的有效进行,日本血吸虫病在人群中的感染率和感染强... 详细信息

血吸虫的诊断是血吸虫病防治工作中的重要环节,早期诊断可有效控制传染源和阻止晚期血吸虫病的发生。目前常用的血吸虫病诊断方法为病原学检测和血清学检测。随着我国血吸虫病防治工作的有效进行,日本血吸虫病在人群中的感染率和感染强度均显著降低,病原学和血清学检测的敏感性和时效性受到了一定的限制。分子生物学诊断方法以其高特异性、敏感性和时效性等优点,极大地促进了血吸虫病诊断方法和相关检测技术的改进和发展,为日本血吸虫病人群感染率低的流行区中进行早期诊断和微量检测奠定了基础。本文围绕国内外血吸虫分子生物学检测和诊断方法的研究进展进行一概述。

关键词：血吸虫分子生物学诊断方法检测技术

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TGF-β信号传导通路及其生物学功能

中国病原生物学杂志 2014年第1期9卷 77-83页

作者：刘镕赵琴平董惠芬蒋明森武汉大学基础医学院医学寄生虫学教研室湖北武汉430071

TGF-β信号传导通路是一个包含众多成员的多功能细胞因子大家族,根据配体分子激活的不同的下游特异性通路可以分为TGF-β/Activin/Nodal和BMP/GDF/MIS两个亚家族通路。该信号通路的激活首先是TGF-βs配体分子与受体结合,从而使受体TβR... 详细信息

TGF-β信号传导通路是一个包含众多成员的多功能细胞因子大家族,根据配体分子激活的不同的下游特异性通路可以分为TGF-β/Activin/Nodal和BMP/GDF/MIS两个亚家族通路。该信号通路的激活首先是TGF-βs配体分子与受体结合,从而使受体TβRs磷酸化,磷酸化的TβR-I直接作用于底物Smads蛋白,活化的Smads就将配体与受体作用的信号从细胞膜、胞浆传递到细胞核内,再与其他核内因子协同激活或者抑制靶基因的转录。TGF-β信号通路就是通过调节细胞的生长、增殖、分化、迁移和凋亡等过程,在组织与器官的发生和形成(胚胎发育、骨骼等器官形成)、机体的免疫反应等生物过程发挥重要的功能。

关键词： TGF—β信号传导通路生物学功能生殖发育胚胎发育免疫应答综述

关系网络与新农人创业绩效：影响效应及作用机制

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江西财经大学学报 2024年

作者：赵琴朱满德贵州大学经济学院贵州省社会科学院农村发展研究所

新农人是“田野上的创业者”，在推进乡村业态创新和产业融合、促进农业农村发展等方面发挥重要作用。基于中国家庭追踪调查2014年、2016年和2018年三期面板数据，实证考察了关系网络对新农人创业绩效的影响效应及其作用机制。研究表明... 详细信息

新农人是“田野上的创业者”，在推进乡村业态创新和产业融合、促进农业农村发展等方面发挥重要作用。基于中国家庭追踪调查2014年、2016年和2018年三期面板数据，实证考察了关系网络对新农人创业绩效的影响效应及其作用机制。研究表明，关系网络显著提升了新农人创业绩效。机制分析显示，关系网络作为一种资源载体，新农人通过关系网络可获取创业所需的资金、信息等关键资源，进而提高创业绩效；关系网络也作为一种治理机制，网络内的信任与规范会增强网络主体行为的利他性，从而正向影响创业绩效。异质性分析发现，关系网络对新农人创业绩效的促进效应在南方团结型村庄和中部分散型村庄更为显著；较之生存型创业者，机会型创业者更有可能通过关系网络提高创业绩效；与存在“双边”网络脱离的大学生创业型新农人和农民工返乡创业型新农人相比，跨界创业型新农人和本地能人创业型新农人更有可能通过关系网络提高创业绩效。因此，政府通过优化新农人创业培训课程体系、搭建信息交流平台、降低新农人资源获取门槛等措施，更好推动乡村高质量创业与乡村人才振兴。

关键词：关系网络新农人创业绩效资源载体治理机制

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灭螺药物作用下的螺类酶学研究

中国血吸虫病防治杂志 2018年第2期30卷 237-240,243页

作者：熊涛赵琴平刘镕蒋明森董惠芬长沙医学院基础医学院微生物与免疫学教研室长沙410219 武汉大学基础医学院人体寄生虫学教研室

在灭螺药物作用机理的研究中,螺类酶学研究起着非常重要的作用。多种酶在药物作用前后活性的变化在大量文献中被报道,本文对灭螺药物作用下的螺类酶学研究进展作一综述。

关键词：螺类酶学能量代谢转氨酶磷酸酶神经信号转导

湖北钉螺肝胰腺cDNA文库的构建和序列分析

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水生生物学报 2011年第4期35卷 672-680页

作者：朱丹丹赵琴平聂品中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室武汉430072 武汉大学基础医学院武汉430071

以湖北钉螺肝胰腺为材料构建cDNA文库。文库初始滴度为5.6×104 cfu/mL,库容量为6.72×105 cfu/mL,重组率为93%。插入片段长度为400—2700 bp。对其中1728个克隆进行测序,得到1520个序列,其中长度大于100 bp的ESTs为1393条,初步拼接得到... 详细信息

以湖北钉螺肝胰腺为材料构建cDNA文库。文库初始滴度为5.6×104 cfu/mL,库容量为6.72×105 cfu/mL,重组率为93%。插入片段长度为400—2700 bp。对其中1728个克隆进行测序,得到1520个序列,其中长度大于100 bp的ESTs为1393条,初步拼接得到698个单基因簇(Unigene),其中包括234个重叠群(Contig),464个单拷贝(Singleton)EST。使用BLAST软件进行同源性分析,结果显示有111个单基因簇具有不同程度的同源性,约占15.90%;587个单基因簇与所有已发现的蛋白质的基因没有或者有着相当低的同源性,约占84.10%。研究为湖北钉螺的基因学研究提供了重要的基础资料,同时亦为筛选和鉴定湖北钉螺生长发育、免疫等相关的功能基因以及血吸虫与螺之间的相互关系奠定了基础。

关键词：湖北钉螺肝胰腺 cDNA文库 EST

湖北钉螺髓样分化因子88的鉴定及其在抗血吸虫感染固有免疫中的地位

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中国血吸虫病防治杂志 2017年第2期29卷 174-181页

作者：高倩李艳伟黄文铃赵琴平董惠芬武汉大学基础医学院人体寄生虫学教研室武汉430071

目的克隆、鉴定湖北钉螺(Oncomelania hupensis)髓样分化因子88(MyD88)基因,并通过观察感染日本血吸虫前后钉螺各组织中MyD88 m RNA表达水平的变化,探讨其在抗血吸虫感染固有免疫中的地位。方法通过c DNA末端快速扩增技术(Rapid amplifi... 详细信息

目的克隆、鉴定湖北钉螺(Oncomelania hupensis)髓样分化因子88(MyD88)基因,并通过观察感染日本血吸虫前后钉螺各组织中MyD88 m RNA表达水平的变化,探讨其在抗血吸虫感染固有免疫中的地位。方法通过c DNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of c DNA ends,RACE)获取湖北钉螺MyD88全长c DNA序列,预测其蛋白结构域,并进行多序列比对及保守区域分析,构建系统进化树。使用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,RT-q PCR)技术检测MyD88基因在血吸虫感染前后钉螺各组织中的表达变化。结果湖北钉螺MyD88全长c DNA开放阅读框(Open reading frame,ORF)1 406 bp,编码468个氨基酸,蛋白N端和C端分别存在死亡结构域和TIR(Toll/interlrukin-1 receptor,TIR)结构域。与其他软体类MyD88氨基酸序列比对,相似性为38%~52%;系统进化树提示钉螺MyD88和光滑双脐螺MyD88起源于共同的祖先基因。q PCR结果显示,检测的所有组织中均有MyD88 m RNA的表达,其中血淋巴细胞中表达最为丰富。感染日本血吸虫后,除钉螺头足外,MyD88 m RNA在肝脏、生殖腺、血淋巴细胞等组织中均有上调表达,以血淋巴细胞中上调表达最显著。结论湖北钉螺存在依赖MyD88的TLRs(Toll-like receptors,TLRs)信号通路,MyD88分子可能在钉螺对抗日本血吸虫感染的固有免疫中发挥重要作用。

关键词：湖北钉螺日本血吸虫固有免疫 TLR信号通路髓样分化因子88