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运用翻译起始区结构优化实现广谱抗病毒蛋白PA在大肠杆菌中的高效表达

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中国生物工程杂志 2024年

作者：李秋烨谢德健史姝蔡秀怡谭志霞张彦沈文龙叶湘漓赵志虎湖南师范大学医学院长沙市第九医院军事医学科学院生物工程研究所

大肠杆菌是重要的生物工程宿主系统，约1/3的上市蛋白类生物技术药物由大肠杆菌重组生产。但是，密码子偏性所致目的蛋白表达水平较低、不具备真核生物部分翻译后修饰等多种因素，限制了大肠杆菌系统的广泛应用。广谱抗病毒蛋白，对于... 详细信息

大肠杆菌是重要的生物工程宿主系统，约1/3的上市蛋白类生物技术药物由大肠杆菌重组生产。但是，密码子偏性所致目的蛋白表达水平较低、不具备真核生物部分翻译后修饰等多种因素，限制了大肠杆菌系统的广泛应用。广谱抗病毒蛋白，对于类似新冠的新突发再发传染性疾病的高效防控，具有重要意义。为了实现广谱抗病毒蛋白PA在大肠杆菌中的高效表达、拓展其应用潜能，本研究通过密码子优化、结合mRNA翻译起始区TIR（translation initiation region）二级结构最小自由能MFE（minimum free energy）预测等，对PA在大肠杆菌中的表达水平进行了研究，结果发现：密码子的优化，可以实现PA在大肠杆菌中的表达，但是总体表达水平并不是十分理想。TIR的二级结构MFE的大小与表达水平的高低密切相关，通过密码子的同义突变进而改变TIR局部二级结构、MFE大小，可以进一步提高、或降低PA的表达水平，从而从正反两个方面，证实全局密码子的优化结合TIR局部二级结构驱动的MFE调整，是实现PA在大肠杆菌中高效表达的一种现实、有效策略，对于蛋白类生物技术药物在原核系统中的高效表达与规模化生产，具有重要的应用价值。

关键词：大肠杆菌原核表达翻译起始区 mRNA二级结构密码子优化

基于历史事故案例的瓦斯爆炸情景要素提取及情景构建方法研究

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矿业安全与环保 2024年第3期51卷 43-49页

作者：国汉君赵伟宋亚楠郭小芳赵志虎周爱桃王凯国家能源集团北京100011 中国矿业大学应急管理与安全工程学院北京100083

为深入探究煤矿瓦斯爆炸事故发展规律,提出一种基于中文分词技术对瓦斯爆炸事故情景要素进行分析和提取的方法。通过煤矿安全网等途径搜集统计了1978—2020年间的733起瓦斯爆炸事故报告,在此基础上进行数据预处理,剔除不完整的事故报告... 详细信息

为深入探究煤矿瓦斯爆炸事故发展规律,提出一种基于中文分词技术对瓦斯爆炸事故情景要素进行分析和提取的方法。通过煤矿安全网等途径搜集统计了1978—2020年间的733起瓦斯爆炸事故报告,在此基础上进行数据预处理,剔除不完整的事故报告,最终选取255起瓦斯爆炸事故报告进行要素分析与提取;将事故等级、事故经过、事故原因等内容进行整理储存,形成待挖掘文本语料库;基于Jieba分词算法提取瓦斯爆炸事故情景关键词,并采用TF-IDF算法进行权重计算,将情景划分为事故体、致灾体、承灾体、抗灾体4个维度和24个要素,为后续瓦斯爆炸事故的情景表示和事故未来的可能性组合提供了参考依据。

关键词：安全工程瓦斯爆炸情景分析中文分词 Jieba分词技术

大鼠周围神经损伤后外周血内皮祖细胞动员及相关因子含量变化

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天津医药 2024年第5期52卷 459-462页

作者：赵斌赵志虎骆巍马剑雄马信龙天津市天津医院数字骨科技术临床应用中心 300211

目的探讨大鼠周围神经损伤(PNI)后外周血内皮祖细胞(EPCs)、碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)、血管内皮生长因子(VEGF)及基质金属蛋白酶-9(MMP-9)水平变化及EPCs与其他指标的相关性。方法42只SD大鼠按随机数字表法分为对照组、PNI 1 d组、... 详细信息

目的探讨大鼠周围神经损伤(PNI)后外周血内皮祖细胞(EPCs)、碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)、血管内皮生长因子(VEGF)及基质金属蛋白酶-9(MMP-9)水平变化及EPCs与其他指标的相关性。方法42只SD大鼠按随机数字表法分为对照组、PNI 1 d组、PNI 3 d组、PNI 5 d组、PNI 7 d组及PNI 14 d组,每组7只,除对照组外其余组均采用钳夹法建立坐骨神经损伤模型。对每组在预定时间点采用活体心脏穿刺法采血;采用Ficoll密度梯度离心法提取单个核细胞,CD34和CD133双阳性细胞标记EPCs,应用流式细胞仪检测各组EPCs数量。采用酶联免疫吸附试验检测各组外周血bFGF、VEGF及MMP-9含量,分析EPCs数量与bFGF、VEGF、MMP-9水平的相关性。结果与对照组相比,PNI 3 d组、PNI 5 d组、PNI 7 d组外周血EPCs数量升高,PNI 3 d组、PNI 5 d组、PNI 7 d组及PNI 14 d组外周血bFGF含量升高,其余各组外周血VEGF含量升高,PNI 5 d组、PNI 7 d组及PNI 14 d组外周血MMP-9含量升高(P<0.05)。PNI 5 d组和PNI 7 d组外周血EPCs数量与血清bFGF水平呈正相关(r分别为0.784和0.788,P<0.05),与血清VEGF水平呈正相关(r分别为0.889和0.852,P<0.05);PNI 5 d组、PNI 7 d组和PNI 14 d组外周血EPCs数量与血清MMP-9水平呈正相关(r分别为0.788、0.852和0.873,P<0.05)。结论EPCs与bFGF、VEGF和MMP-9共同参与了PNI后血供修复的病理生理过程。

关键词：周围神经损伤坐骨神经内皮祖细胞基质金属蛋白酶9 血管内皮生长因子碱性成纤维细胞生长因子

碱熔酸化-电感耦合等离子体原子发射光谱法测定铜精矿中二氧化硅、铝含量

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金川科技 2024年第2期 34-37页

作者：栾雪枫任利华赵志虎白灵郭亚梅金川集团镍钻有限公司检测中心

本文建立了用氢氧化钠熔融铜精矿样品,盐酸酸化后在电感耦合等离子体原子发射光谱仪上测定其二氧化硅、铝含量的分析方法,二氧化硅、铝的测定范围分别为0.5%~50.0%、0.05%~20.0%。试验了二氧化硅、铝的检出限和测定下限,样品经熔融、酸... 详细信息

本文建立了用氢氧化钠熔融铜精矿样品,盐酸酸化后在电感耦合等离子体原子发射光谱仪上测定其二氧化硅、铝含量的分析方法,二氧化硅、铝的测定范围分别为0.5%~50.0%、0.05%~20.0%。试验了二氧化硅、铝的检出限和测定下限,样品经熔融、酸化后引人盐分对测定的影响通过同步在标准溶液中加人空白试液的方法得以消除。试验后,共存元素不干扰二氧化硅和铝含量的测定,二氧化硅、铝的相对标准偏差在0.10%~3.38%之间,回收率在97.7%~105.0%之间。

关键词：二氧化硅铝碱熔电感耦合等离子体原子发射光谱

大鼠周围神经损伤后外周血内皮祖细胞动员及相关因子含量变化

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天津医药 2023年

作者：赵斌赵志虎骆巍马剑雄马信龙天津市天津医院数字骨科技术临床应用中心

目的探讨大鼠周围神经损伤（PNI）后外周血内皮祖细胞（EPCs）、碱性成纤维细胞生长因子（bFGF）、血管内皮生长因子（VEGF）及基质金属蛋白酶-9(MMP-9)水平变化及相关性。方法 42只SD大鼠按随机数字表法分为对照组、PNI 1 d组、PNI 3 ... 详细信息

目的探讨大鼠周围神经损伤（PNI）后外周血内皮祖细胞（EPCs）、碱性成纤维细胞生长因子（bFGF）、血管内皮生长因子（VEGF）及基质金属蛋白酶-9(MMP-9)水平变化及相关性。方法 42只SD大鼠按随机数字表法分为对照组、PNI 1 d组、PNI 3 d组、PNI 5 d组、PNI 7 d组及PNI 14 d组，每组7只，除对照组外其余组均采用钳夹法建立坐骨神经损伤模型。对每组在预定时间点采用活体心脏穿刺法采血；采用Ficoll密度梯度离心法提取单个核细胞，CD34和CD133双阳性细胞标记EPCs，应用流式细胞仪检测各组EPCs数量。采用酶联免疫吸附试验检测各组外周血bFGF、VEGF及MMP-9含量，分析EPCs数量与bFGF、VEGF、MMP-9相关性。结果与对照组相比，PNI 3 d组、PNI 5 d组、PNI 7 d组外周血EPCs数量升高，PNI 3 d组、PNI 5 d组、PNI 7 d组及PNI 14 d组外周血bFGF含量升高，其余各组外周血VEGF含量升高，PNI 5 d组、PNI 7 d组及PNI 14 d组外周血MMP-9含量升高（P<0.05）。PNI 5 d组和PNI 7 d组外周血EPCs数量与血清b FGF水平呈正相关（r分别为0.784和0.788,P<0.05），与血清VEGF水平呈正相关（r分别为0.889和0.852,P<0.05）;PNI 5 d组、PNI 7 d组和PNI 14 d组外周血EPCs数量与血清MMP-9水平呈正相关（r分别为0.788、0.852和0.873,P<0.05）。结论 EPCs与bFGF、VEGF和MMP-9共同参与了PNI后血供修复的病理生理过程。

关键词：周围神经损伤坐骨神经内皮祖细胞基质金属蛋白酶9 血管内皮生长因子碱性成纤维细胞生长因子

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人类高原适应的研究进展

军事医学 2023年第10期47卷 778-782页

作者：郭枫赵志虎张彦法云智军事科学院军事医学研究院科研计划处北京100850 军事科学院军事医学研究院生物工程研究所北京100850

高原在医学上指海拔2500 m以上的地区,能够引起人体强烈的应激并带来多种高原疾病。目前对于高原适应的研究已确定了诸多影响因素,并在高原人群之中发现了大量的遗传改变与非遗传改变,但相关机制还未充分探讨清楚。该文从人群的遗传水... 详细信息

高原在医学上指海拔2500 m以上的地区,能够引起人体强烈的应激并带来多种高原疾病。目前对于高原适应的研究已确定了诸多影响因素,并在高原人群之中发现了大量的遗传改变与非遗传改变,但相关机制还未充分探讨清楚。该文从人群的遗传水平、转录水平、蛋白质水平和生理变化4个方面进行归纳总结,对高原适应的研究进展进行了综述。

关键词：高原低氧高原适应

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人类基因组中的保守非编码元件

遗传 2009年第11期31卷 1067-1076页

作者：田靖赵志虎陈惠鹏军事医学科学院生物工程研究所北京100071

比较基因组学的研究发现:人类基因组中约5%的序列受到选择压力的限制,但编码序列只占其中很小一部分,约3.5%是保守、非编码序列。这些保守非编码元件具有重要功能。可能在染色质构型(高级结构)、DNA转录和RNA加工等不同水平参与了基因... 详细信息

比较基因组学的研究发现:人类基因组中约5%的序列受到选择压力的限制,但编码序列只占其中很小一部分,约3.5%是保守、非编码序列。这些保守非编码元件具有重要功能。可能在染色质构型(高级结构)、DNA转录和RNA加工等不同水平参与了基因的表达调控,与哺乳动物的形态发生和人类疾病相关。文章简要综述了保守非编码元件的识别、功能及验证、起源演化以及与人类疾病的关系。

关键词：保守非编码元件比较基因组学基因调节

全自动石墨消解-火焰原子吸收光谱法测定矿石中银的含量

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理化检验（化学分册） 2022年第1期58卷 110-112页

作者：杨红玉赵志虎段爱霞文占杰张鑫张玉桂金川集团股份有限公司金昌737100

银是8种贵金属元素之一,在电子工业、照相等领域应用广泛。研究矿石中银的分析方法,对于矿石的开采利用和贸易结算具有重要意义。目前,测定矿石中银含量的方法有火试金法、硫氰酸钾滴定法、火焰原子吸收光谱法等[1]。其中,火试金法对于... 详细信息

银是8种贵金属元素之一,在电子工业、照相等领域应用广泛。研究矿石中银的分析方法,对于矿石的开采利用和贸易结算具有重要意义。目前,测定矿石中银含量的方法有火试金法、硫氰酸钾滴定法、火焰原子吸收光谱法等[1]。其中,火试金法对于铅、铋、碲含量高的样品需要采用减杂法得出银的含量,操作繁琐;硫氰酸钾滴定法通常需要与火试金技术结合使用,准确度高、精密度好,但对于钯含量较高的样品需要先消除钯干扰后,才能进行滴定;而火焰原子吸收光谱法具有操作简便、准确度高等优势[2-3]。另外,国家标准GB/T 3884.2-2012《铜精矿化学分析方法第2部分:金和银量的测定火焰原子吸收光谱法和火试金法》中以硝酸、高氯酸为酸体系,并根据样品中硅含量的高低,加入适量的氟化氢铵,采用电热板对样品进行消解,火焰原子吸收光谱法测定矿石中银的含量,但该方法存在样品一次分析量少、酸挥发导致环境污染、危害实验人员身体健康等缺点。

关键词：火焰原子吸收光谱法火试金法硫氰酸钾滴定法贵金属元素化学分析方法氟化氢铵电热板银含量

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4C-克隆筛选过程中的质量控制

遗传 2011年第4期33卷 404-410页

作者：田靖陈娜赵志虎陈惠鹏军事医学科学院生物工程研究所北京100071

环形染色体构象俘获(Circular chromosome conformation capture,4C)是一种高通量研究细胞染色体相互作用、空间构象的技术。文章通过模拟的4C样品,优化反向PCR条件,建立了高效、特异的扩增方法,对4C克隆筛选等后续步骤进行严格的质量... 详细信息

环形染色体构象俘获(Circular chromosome conformation capture,4C)是一种高通量研究细胞染色体相互作用、空间构象的技术。文章通过模拟的4C样品,优化反向PCR条件,建立了高效、特异的扩增方法,对4C克隆筛选等后续步骤进行严格的质量控制并对该方法的可行性进行了实例验证。该4C-克隆筛选方法作为4C方法的质量控制标准,具有重要的指导和监测作用。

关键词：环形染色体构象俘获染色体相互作用质量控制 SOX2 PCR扩增