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有机金属化合物中二级化学键的理论研究(Ⅴ)──二级化学键生成的分子力学研究

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高等学校化学学报 2001年第1期22卷 55-58页

作者：姜萍石静孙宏伟袁满雪赖城明南开大学化学系天津300071

用分子力学方法对一些金属汞化合物进行了探讨和研究 .通过与参考体系对比以及内旋转势垒计算的方式 ,说明了在诸如 cis-Cl Hg CHCHCl( ) ,o-C6 H4Hg Cl2 ( ) ,Cl_ Hg _ CH2 _ CH2 _ CN ( a) ,Cl_ Hg_ CH2 _ CH2 _ C6 H5 ( a)分子... 详细信息

用分子力学方法对一些金属汞化合物进行了探讨和研究 .通过与参考体系对比以及内旋转势垒计算的方式 ,说明了在诸如 cis-Cl Hg CHCHCl( ) ,o-C6 H4Hg Cl2 ( ) ,Cl_ Hg _ CH2 _ CH2 _ CN ( a) ,Cl_ Hg_ CH2 _ CH2 _ C6 H5 ( a)分子中 ,非相邻的 Cl,Hg原子间存在着弱相互作用 .

关键词：二级化学键分子力学有机汞化合物

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吡唑衍生物与碘甲烷反应的密度泛函理论研究

高等学校化学学报 2006年第11期27卷 2175-2178页

作者：沈福刚段文勇孙宏伟陈兰陈沛全赖城明李正名南开大学化学学院天津300071

采用密度泛函方法对3-甲硫基-4氰-基-5-氨基吡唑与碘甲烷反应的机理进行了研究.提出了两种可能的反应途径:反应途径Ⅰ为反应物先脱去吡唑上的质子,生成阴离子中间物,然后碘甲烷分别进攻中间物吡唑环上的2个氮原子,生成两种异构产物;反... 详细信息

采用密度泛函方法对3-甲硫基-4氰-基-5-氨基吡唑与碘甲烷反应的机理进行了研究.提出了两种可能的反应途径:反应途径Ⅰ为反应物先脱去吡唑上的质子,生成阴离子中间物,然后碘甲烷分别进攻中间物吡唑环上的2个氮原子,生成两种异构产物;反应途径Ⅱ为反应物通过分子间氢转移存在两种异构体,碘甲烷直接进攻每个异构反应物吡唑上的氮原子,形成中间物,然后脱去碘化氢,生成产物.计算结果表明,途径Ⅱ应为主要反应途径.还找出了两种异构产物间甲基迁移反应的过渡态,得出该反应的活化能为278.5 kJ/mol,在常温下甲基迁移反应不容易进行.

关键词：密度泛函理论过渡态吡唑衍生物反应途径

β-卤素取代对杯[4]吡咯构象及主-客体相互作用的影响(Ⅰ)——分子力学/分子动力学研究

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高等学校化学学报 2004年第10期25卷 1912-1915页

作者：陈沛全孙宏伟陈兰沈荣欣袁满雪赖城明南开大学化学系

通过分子力学 /分子动力学模拟 ,获得 4种游离杯 [4]吡咯以及杯 [4]吡咯 -卤素阴离子主 -客体复合物的稳定构象 ,用偶极子模型解释了β位卤素取代对游离杯 [4]吡咯稳定构象、杯 [4]吡咯 -卤素阴离子复合物的结构及其结合能的影响 ,指出... 详细信息

通过分子力学 /分子动力学模拟 ,获得 4种游离杯 [4]吡咯以及杯 [4]吡咯 -卤素阴离子主 -客体复合物的稳定构象 ,用偶极子模型解释了β位卤素取代对游离杯 [4]吡咯稳定构象、杯 [4]吡咯 -卤素阴离子复合物的结构及其结合能的影响 ,指出造成这些影响的主要因素是不同卤素取代导致杯 [4]吡咯的吡咯环基团偶极大小不同 .计算了不同杯 [4]吡咯与卤素阴离子的结合能 ,当杯 [4]吡咯 β位上的 H原子被卤素阴离子取代后 ,杯

关键词： β-卤素取代杯吡咯构象主-客体相互作用分子力学分子动力学

杯[4]吡咯-阴离子体系相互作用的理论研究——杯[4]吡咯-卤素阴离子体系的密度泛函研究

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高等学校化学学报 2004年第12期25卷 2290-2294页

作者：陈沛全孙宏伟陈兰沈荣欣袁满雪赖城明南开大学化学系

用密度泛函 B3 LYP/LANL2 DZ方法对自由杯 [4]吡咯的最低能量构象和卤素阴离子 -杯 [4]吡咯复合物进行了计算研究 .结果表明 ,杯 [4]吡咯与卤素离子能通过彼此间的相互作用形成复合物 ,并且这种相互作用在本质上应为分子间的氢键相互作... 详细信息

用密度泛函 B3 LYP/LANL2 DZ方法对自由杯 [4]吡咯的最低能量构象和卤素阴离子 -杯 [4]吡咯复合物进行了计算研究 .结果表明 ,杯 [4]吡咯与卤素离子能通过彼此间的相互作用形成复合物 ,并且这种相互作用在本质上应为分子间的氢键相互作用 ;杯 [4]吡咯与卤素阴离子形成的复合物在构型变化、电荷转移、前线轨道及其作用方式、成键布居以及能量和热力学参数等方面均按元素周期律有规律地变化 ,杯

关键词：杯吡咯卤素阴离子相互作用氢键

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能的关系(Ⅲ)——一种获得有机分子优势构象的简单方法

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高等学校化学学报 1992年第12期13卷 1555-1557页

作者：严波赖城明林少凡李正名南开大学元素有机化学国家重点实验室化学系天津300071 南开大学中心实验室南开大学元素有机化学研究所

通常可采用分子力学计算来得到有机分子的优势构象,但平常使用分子力学程序,由优化分子的构象得到的优化能,往往并不是分子的最低能量,而与分子的最初输入构象有关,是分子的初始输入构象附近的极小值,这给实际应用带来了困难.目前较为... 详细信息

通常可采用分子力学计算来得到有机分子的优势构象,但平常使用分子力学程序,由优化分子的构象得到的优化能,往往并不是分子的最低能量,而与分子的最初输入构象有关,是分子的初始输入构象附近的极小值,这给实际应用带来了困难.目前较为常规的求分子最优几何构象的方法是统计方法(Monte Carlo方法),通过模拟退火(The Simulated Annealing)来处理.开始“温度”较高的分子位于能量较高的位置上。

关键词：分子力学构象优势构象农药

应用分子力学、分子图形学以及量子化学方法研究有机试剂结构及作用机理(Ⅱ)——吡啶偶氮试剂与金属离子螯合的GP理论

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高等学校化学学报 1993年第5期14卷 634-637页

作者：赖城明牛树强张东瑞林少凡南开大学化学系天津300071 南开大学中心实验室

本文首先应用MMX分子力学方法讨论了一系列吡啶偶氮试剂的构象特征;用MINDO/3方法计算了各分子的基态性质;应用广义微扰理论研究了试剂分子与金属离子的螯合机制,指出此二者相互作用可为电荷或轨道控制反应,因而呈现出不同的配位位置。... 详细信息

本文首先应用MMX分子力学方法讨论了一系列吡啶偶氮试剂的构象特征;用MINDO/3方法计算了各分子的基态性质;应用广义微扰理论研究了试剂分子与金属离子的螯合机制,指出此二者相互作用可为电荷或轨道控制反应,因而呈现出不同的配位位置。还讨论了轨道电负性、微扰作用及形成多元络合物的意义。从分子静电势图进一步印证了所述结论的合理性。

关键词：有机试剂作用机理 GP理论

3-芳胺甲烯基-5,6-二氢-二氢吡喃-2,4-二酮类化合物催化氢化反应选择性的理论研究

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高等学校化学学报 2002年第6期23卷 1056-1059页

作者：方亚寅沈荣欣孙宏伟袁满雪刘洁李正名赖城明徐州师范大学化学系徐州221009 南开大学化学学院天津300071

用分子力学方法、 AM1半经验方法以及从头算密度泛函 B3 LYP/ 6-3 1 1 G**方法研究了 3 -芳胺甲烯基-5 ,6-二氢 -二氢吡喃 -2 ,4-二酮类化合物在催化氢化反应中影响反应选择性的因素 ,结果表明。

关键词：反应选择性催化氢化 3-芳胺甲烯基-5,6-二氢-二氢吡喃-2,4-二酮密度泛涵 AM1 农药

金属有机化合物中二级化学键的理论研究(Ⅱ) ——苯环共轭π键与Hg形成的二级化学键

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高等学校化学学报 1995年第7期16卷 1044-1046页

作者：赖城明唐珺袁满雪骆辉红南开大学化学系天津300071

根据实验数据分析,指出在芳基取代烷基汞分子中存在着Hg的空6p_x轨道与苯环共轭π键形成的弱二级化学键。应用分子力学以及MNDO方法对分子进行计算,从理论上证明了上述结论的正确性。

关键词：二级化学键分子力学 MNDO 汞苯环共轭π键

拟南芥TIR1与生长素IAA相互作用的分子对接及分子动力学研究

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高等学校化学学报 2009年第9期30卷 1835-1838页

作者：王腾孙宏伟陈兰沈荣欣赖城明南开大学化学学院天津300071

基于最新得到的拟南芥运输抑制剂响应蛋白质1(TIR1)与吲哚乙酸(IAA)复合物的晶体结构,使用分子对接方法和分子动力学方法对TIR1与生长素IAA相互作用的方式进行了研究.分子对接结果表明,通过逐级考察辅酶InsP6和中心水分子的影响,发现辅... 详细信息

基于最新得到的拟南芥运输抑制剂响应蛋白质1(TIR1)与吲哚乙酸(IAA)复合物的晶体结构,使用分子对接方法和分子动力学方法对TIR1与生长素IAA相互作用的方式进行了研究.分子对接结果表明,通过逐级考察辅酶InsP6和中心水分子的影响,发现辅酶InsP6和中心水分子对生长素IAA正确结合到活性位点有重要作用.分子动力学结果表明,复合物体系在整个模拟过程中较为稳定,2个水分子相继作为中心水分子与生长素IAA形成了稳定的氢键作用,IAA与活性位点处残基的相互作用与晶体结构相比略有差异.

关键词：拟南芥TIR1 吲哚乙酸(IAA) 辅酶InsP6 分子对接分子动力学模拟