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Xpm Ⅲ型效应蛋白XopAG的生物信息学分析及功能验证

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分子植物育种 2023年第11期21卷 3579-3588页

作者：向黎朱寿松耿越贾素行张肖飞李春霞陈银华海南大学海南省热带生物资源可持续利用重点实验室-省部共建国家重点实验室培育基地海口570228 海南大学热带作物学院海口570228 国际热带农业中心哥伦比亚卡利760046

木薯细菌性枯萎病(cassava bacterial blight, CBB)是由菜豆黄单胞菌木薯萎蔫致病变种(Xanthomonas phaseoli pv. manihotis, Xpm)引起的细菌性病害。XopAG是Xpm分泌的一类Ⅲ型效应蛋白,其生化功能和致病分子机制尚不明确。XopAG基因全... 详细信息

木薯细菌性枯萎病(cassava bacterial blight, CBB)是由菜豆黄单胞菌木薯萎蔫致病变种(Xanthomonas phaseoli pv. manihotis, Xpm)引起的细菌性病害。XopAG是Xpm分泌的一类Ⅲ型效应蛋白,其生化功能和致病分子机制尚不明确。XopAG基因全长1 305 bp,编码434个氨基酸。经在线网站预测,XopAG蛋白有48个磷酸化位点,没有信号肽,不存在跨膜结构域,蛋白二级结构由43.32%的α-螺旋、9.91%的延伸链、5.07%的β-折叠和41.71%的无规则卷曲组成。同源序列比对显示,不同细菌属的XopAG蛋白同源性较低,黄单胞菌属中不同致病变种XopAG蛋白相似性较高。保守结构域分析表明,不同病原菌的XopAG蛋白序列中均含有高度保守的cyclophilin-binding基序(GPxL),该基序能结合亲免蛋白CYP,使寄主植物产生抗性。进化树分析表明,黄单胞菌中不同致病变种的XopAG蛋白亲缘关系相对比较接近,Xpm CHN11编码的XopAG与褐色黄单胞菌莱檬亚种(Xanthomonas fuscans ssp. aurantifolii group C, Xfa-C)亲缘关系最近。采用农杆菌沾花法获得转XopAG基因拟南芥,接种丁香假单胞杆菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000, Pst DC3000),发现转XopAG基因拟南芥对Pst DC3000的感病性增强,说明效应蛋白XopAG具有毒性功能。本研究为进一步研究Ⅲ型效应蛋白XopAG的致病机理奠定了基础。

关键词：菜豆黄单胞菌木薯萎蔫致病变种 XopAG Ⅲ型效应蛋白转基因拟南芥

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光激发下水体系的超快动力学

物理学报 2024年第8期73卷 22-44页

作者：贾韫哲孟胜中国科学院物理研究所北京凝聚态物理国家研究中心北京100190 中国科学院大学物理科学学院北京100049 松山湖材料实验室东莞523808

近年来,实验技术和理论计算在实现超快时间尺度的分辨以及对于原子尺度微观细节的解析上都有了突破性进展,对于水体系的超快微观动力学也带来了更多新的认识.本文将视角集中于水分子、水团簇以及液态水在不同强度的光激发下产生的电离... 详细信息

近年来,实验技术和理论计算在实现超快时间尺度的分辨以及对于原子尺度微观细节的解析上都有了突破性进展,对于水体系的超快微观动力学也带来了更多新的认识.本文将视角集中于水分子、水团簇以及液态水在不同强度的光激发下产生的电离、解离甚至等离子体化的过程,总结了人们在前沿工作中获得的有关水体系原子尺度超快动力学的知识.特别地,围绕光电离实验探讨了阿秒尺度的电离延迟以及水分子Feshbach共振理论分析;围绕液态水的解离过程探讨了水合电子产生、空穴的定域化等重要过程,补足了液态水解离完整过程的微观图像;围绕水的等离子体化介绍了通过含时密度泛函等方法计算得到的水在强激光脉冲作用下转变为等离子体状态的过程与机制,总结了在极高电子温度下水的特殊电子结构的相关知识.这些讨论将给出当前人们看待水的激发态的相对全面的视角.

关键词：光激发水超快动力学激发态

典型与非典型案例结合在天气预报实验教学中的应用研究

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黑龙江生态工程职业学院学报 2024年第2期37卷 138-141页

作者：朱素行南京信息工程大学大气科学与环境气象国家级实验教学示范中心江苏南京210044

在天气预报实验教学中,为解决学生自主制作天气预报存在眼高手低或无从下手的现状,提出将典型与非典型案例结合的教学方法,从而顺应天气学学科特点和学生的认知规律。以单站地面风的预报为例,探讨相应的教学设计与实践,并从学生反馈收... 详细信息

在天气预报实验教学中,为解决学生自主制作天气预报存在眼高手低或无从下手的现状,提出将典型与非典型案例结合的教学方法,从而顺应天气学学科特点和学生的认知规律。以单站地面风的预报为例,探讨相应的教学设计与实践,并从学生反馈收获了初步成效。该方法对天气预报实验教学具有普适性。教学中应重视对非典型天气案例的分析和应用,提高学生对预报参量的识别和判定能力,以此提升学生的岗位实践、自主创新以及团队协作能力。

关键词：非典型天气案例典型天气案例实验教学短期天气预报地面风的预报

基于PLUS-InVEST-Geodector模型的三江源国家公园碳储量时空变化及驱动力

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环境科学 2024年第10期45卷 5931-5942页

作者：贾天朝胡西武青海民族大学经济与管理学院天津大学-青海民族大学双碳研究院

探究三江源国家公园生态系统固碳服务功能时空变化、驱动力及其未来发展趋势，对实现区域生态保护与可持续发展具有重要意义.以5 a为间隔选取三江源国家公园1990～2020年间7期历史土地利用数据，基于PLUS-InVEST-Geodector模型，分析三... 详细信息

探究三江源国家公园生态系统固碳服务功能时空变化、驱动力及其未来发展趋势，对实现区域生态保护与可持续发展具有重要意义.以5 a为间隔选取三江源国家公园1990～2020年间7期历史土地利用数据，基于PLUS-InVEST-Geodector模型，分析三江源国家公园历史碳储量时空变化情况，结合多方面因子对其历史碳储量时空分异驱动力进行探析，并在自然发展和生态保护情景下对2030年三江源国家公园碳储量进行预测.结果表明：(1) 1990～2020年三江源国家公园碳储量呈“增加-减少-增加-减少”波动型变化特征，总体上碳储量增加41.85×10～6 t，草地是贡献度最大的地类.(2)1990～2020年三江源国家公园碳储量空间分布总体特征变化不大，空间分布演化状态较为平稳，长江源园区∶澜沧江源园区∶黄河源园区多年平均碳储量贡献率为7∶1∶2，这与其园区面积比例大致相当.(3)1990～2020年三江源国家公园碳储量时空分异的主要驱动因子为FVC、土壤类型和年降水量，各驱动因子交互探测均呈现双因子增强和非线性增强作用.(4)2020～2030年，自然发展情景和生态保护情景下三江源国家公园碳储量分别下降4.87%和3.98%，生态保护情景下的碳储量减少抑制作用明显.研究结果可为三江源国家公园未来国土空间规划，提升陆地生态系统碳储量提供数据支撑.

关键词：碳储量时空分异 PLUS模型 InVEST模型三江源国家公园

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基于局部路径图的自动化漏洞成因分析方法

软件学报 2024年第10期35卷 4555-4572页

作者：余媛萍苏璞睿贾相堃黄桦烽中国科学院软件研究所可信计算与信息保障实验室中国科学院大学计算机科学与技术学院

快速的漏洞成因分析是漏洞修复中的关键一环,也一直是学术界和工业界关注的热点.现有基于大量测试样本执行记录进行统计特征分析的漏洞成因分析方法,存在随机性噪声、重要逻辑关联指令缺失等问题,其中根据测试集测量,现有统计方法中的... 详细信息

快速的漏洞成因分析是漏洞修复中的关键一环,也一直是学术界和工业界关注的热点.现有基于大量测试样本执行记录进行统计特征分析的漏洞成因分析方法,存在随机性噪声、重要逻辑关联指令缺失等问题,其中根据测试集测量,现有统计方法中的随机性噪声占比达到了61%以上.针对上述问题,提出一种基于局部路径图的漏洞成因分析方法,其从执行路径中,提取函数间调用图和函数内控制流转移图等漏洞关联信息.并以此为基础筛除漏洞成因无关指令(即噪声指令),构建成因点逻辑关系并补充缺失的重要指令,实现一个面向二进制软件的自动化漏洞成因分析系统LGBRoot.系统在20个公开的CVE内存破坏漏洞数据集上进行验证.单个样本成因分析平均耗时12.4 s,实验数据表明,系统可以自动剔除56.2%噪声指令和补充并联结20个可视化漏洞成因相关点指令间的逻辑结构,加快分析人员的漏洞分析速度.

关键词：漏洞分析成因分析函数间调用图函数内控制流转移图统计分析

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相对论体系下卫星原时及星间钟差机理建模

宇航学报 2024年第3期45卷 366-375页

作者：贾前李青刘磊西北工业大学航天学院西安710072 陕西省空天飞行器设计重点实验室西安710072 清华大学航天航空学院北京100084

面向新一代导航卫星对高精度自主时间基准的需求,针对皮秒级星间钟差机理不清晰问题,在广义相对论体系下提出一种卫星原时以及星间皮秒钟差模型,该模型可基于卫星状态计算星载原子钟相对参考时钟的偏差以及星间钟差。首先从地心参考坐... 详细信息

面向新一代导航卫星对高精度自主时间基准的需求,针对皮秒级星间钟差机理不清晰问题,在广义相对论体系下提出一种卫星原时以及星间皮秒钟差模型,该模型可基于卫星状态计算星载原子钟相对参考时钟的偏差以及星间钟差。首先从地心参考坐标系的度规张量出发,利用广义相对论建立了卫星的运动模型;然后,根据时空间隔的不变性,提出考虑地球非球形J2摄动项的卫星原时模型,并进一步给出了包含J2项修正的星间钟差模型。最后以北斗卫星导航系统和GPS为研究对象对建立的模型进行了仿真分析,为新一代导航系统的时间校准和同步提供了一种可行的建模方法。仿真结果表明,卫星原时模型与星间钟差模型的精度都在皮秒量级,能够准确地计算星载原子钟在引力场中的原时偏差以及星间钟差。

关键词：导航卫星星间钟差时间校准与同步广义相对论北斗卫星导航系统

面向PyPI生态系统的漏洞影响范围细粒度评估方法

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软件学报 2024年第10期35卷 4493-4509页

作者：王梓博贾相堃应凌云苏璞睿中国科学院软件研究所中国科学院大学奇安信技术研究院

Python语言的开放性和易用性使其成为最常用的编程语言之一.其形成的PyPI生态系统在为开发者提供便利的同时,也成为攻击者进行漏洞攻击的重要目标.在发现Python漏洞之后,如何准确、全面地评估漏洞影响范围是应对Python漏洞的关键.然而... 详细信息

Python语言的开放性和易用性使其成为最常用的编程语言之一.其形成的PyPI生态系统在为开发者提供便利的同时,也成为攻击者进行漏洞攻击的重要目标.在发现Python漏洞之后,如何准确、全面地评估漏洞影响范围是应对Python漏洞的关键.然而当前的Python漏洞影响范围评估方法主要依靠包粒度的依赖关系分析,会产生大量误报;现有的函数粒度的Python程序分析方法由于上下文不敏感等导致存在准确性问题,应用于实际的漏洞影响范围评估也会产生误报.提出一种基于静态分析的面向PyPI生态系统的漏洞影响范围评估方法 PyVul++.首先构建PyPI生态系统的索引,然后通过漏洞函数识别发现受漏洞影响的候选包,进一步通过漏洞触发条件验证漏洞包,实现函数粒度的漏洞影响范围评估. PyVul++改进了Python代码函数粒度的调用分析能力,在基于PyCG的测试集上的分析结果优于其他工具(精确率86.71%,召回率83.20%).通过PyVul++对10个Python CVE漏洞进行PyPI生态系统(385 855个包)影响范围评估,相比于pip-audit等工具发现了更多漏洞包且降低了误报.此外,在10个Python CVE漏洞影响范围评估实验中, PyVul++新发现了目前PyPI生态系统中仍有11个包存在引用未修复的漏洞函数的安全问题.

关键词： PyPI生态系统漏洞影响范围函数粒度评估静态分析

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转角双层MoS_(2)莫尔超晶格中接近室温的关联电子态

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科学通报 2024年第14期69卷 1813-1814页

作者：贾童童李听昕上海交通大学物理与天文学院上海200240

通过转角或晶格失配构造二维范德华材料莫尔超晶格为凝聚态物理、材料物理、光学等领域的研究注入了新的活力.过去几年的理论和实验工作表明^([1~5]),二维材料莫尔超晶格系统是研究和调控强关联与拓扑量子物态的理想平台.具体而言,基于... 详细信息

通过转角或晶格失配构造二维范德华材料莫尔超晶格为凝聚态物理、材料物理、光学等领域的研究注入了新的活力.过去几年的理论和实验工作表明^([1~5]),二维材料莫尔超晶格系统是研究和调控强关联与拓扑量子物态的理想平台.具体而言,基于多种二维半导体过渡金属硫族化合物莫尔超晶格,研究者先后实现了包括莫特绝缘体、强关联电子晶体态、近藤晶格、量子自旋霍尔效应、整数与分数量子反常霍尔效应等在内的一系列强关联和拓扑量子物态.

关键词：凝聚态物理过渡金属硫族化合物材料物理超晶格强关联电子态二维半导体二维材料

守正创新推动思政课建设的深刻意涵和实践进路

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中南民族大学学报(人文社会科学版) 2024年

作者：贾钢涛北京化工大学马克思主义学院

学校思想政治理论课教师座谈会以来,思政课建设取得长足进展,有力支撑了党建和思想政治工作,有力保障了实现立德树人根本任务,有力推动了马克思主义理论学科建设。在新的历史起点守正创新推动思政课建设内涵式发展,要从确保党和国家事... 详细信息

学校思想政治理论课教师座谈会以来,思政课建设取得长足进展,有力支撑了党建和思想政治工作,有力保障了实现立德树人根本任务,有力推动了马克思主义理论学科建设。在新的历史起点守正创新推动思政课建设内涵式发展,要从确保党和国家事业发展后继有人的战略高度,以习近平关于思政课建设的重要论述和重要指示为根本遵循,坚持思想引领铸魂、内容为王增效、学科发展筑根、队伍建设提质、长效机制护航,着力营造全党全社会更好办思政课的良好氛围,不断深化思政课建设的规律性认识,形成持续推动思政课建设的磅礴伟力。

关键词：思政课程思政课建设立德树人