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复杂疾病中多组学多模态数据的生物信息学研究进展

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科学通报 2024年

作者：刘晓帆鲁志清华大学生命科学学院合成和系统生物学中心教育部生物信息学重点实验室清华大学精准医学研究所

随着高通量测序技术的发展,多组学多模态数据的整合已成为复杂疾病研究的重要趋势,为深入理解疾病的发生发展提供了新视角,为实现复杂疾病的精准诊疗提供了重要支持.本文首先介绍了复杂疾病研究中的不同组学类型,如基因组学、转录组学... 详细信息

随着高通量测序技术的发展,多组学多模态数据的整合已成为复杂疾病研究的重要趋势,为深入理解疾病的发生发展提供了新视角,为实现复杂疾病的精准诊疗提供了重要支持.本文首先介绍了复杂疾病研究中的不同组学类型,如基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学、影像组学等,以及相应的多组学数据库.然后本文对多组学、多模态数据的整合方法进行了系统地分类,详细阐述了基于关联分析和网络的方法,以及基于数据矩阵和机器学习的方法中早期整合、中期整合和后期整合方法.此外,本文还讨论了多组学整合模型在疾病筛查、分型、预后和药物反应预测等方面的应用.最后,本文总结了当前多组学整合面临的挑战,分为样本层面、数据层面和模型层面三类,并展望了未来的发展方向.这篇综述为复杂疾病中多组学、多模态数据整合研究提供了系统的梳理,对该领域的进一步发展具有重要意义.

关键词：多组学数据多模态数据生物信息复杂疾病整合模型

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新疆油田为生产决策提供“智能高参”

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冷冻消融联合卡瑞利珠单抗治疗肝细胞癌的效果及安全性分析

中国石油报

作者：姜晶华谷胜高迎春

本报讯（记者姜晶华通讯员谷胜特约记者高迎春）记者2月26日获悉，新疆油田远程技术决策中心压裂远程实时监测系统自去年4月上线以来，已累计监测产能水平井200余口，远程复杂预警近500次。这是新疆油田加快推进工程技术数智化转... 详细信息

本报讯（记者姜晶华通讯员谷胜特约记者高迎春）记者2月26日获悉，新疆油田远程技术决策中心压裂远程实时监测系统自去年4月上线以来，已累计监测产能水平井200余口，远程复杂预警近500次。这是新疆油田加快推进工程技术数智化转型发展的缩影。目前，新疆油田远程技术......

关键词：远程技术决策中心生产决策

来源： cnki报纸评论

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临床肝胆病杂志 2024年第6期40卷 1169-1174页

作者：张长旺武宁晗王聪郑峥高思铭邹长鹏张素静李娜河北医科大学第一医院肿瘤科石家庄050000

目的探讨分析冷冻消融联合抑制剂卡瑞利珠单抗治疗肝细胞癌(HCC)的有效性和安全性。方法选取2020年6月—2023年6月河北医科大学第一医院收治的HCC患者103例为研究对象,将患者随机分为联合治疗组(53例)和对照组(50例)。对照组患者接受经... 详细信息

目的探讨分析冷冻消融联合抑制剂卡瑞利珠单抗治疗肝细胞癌(HCC)的有效性和安全性。方法选取2020年6月—2023年6月河北医科大学第一医院收治的HCC患者103例为研究对象,将患者随机分为联合治疗组(53例)和对照组(50例)。对照组患者接受经皮氩氦刀冷冻消融术治疗,联合治疗组患者接受经皮氩氦刀冷冻消融术联合卡瑞利珠单抗治疗。比较两组患者近期疗效、治疗前后T淋巴细胞亚群变化、肝功能及AFP变化、随访无进展生存期及总体生存期。符合正态分布的计量资料两组间比较采用成组t检验;计数资料两组间比较采用χ^(2)检验。Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Logrank检验比较两组生存时间差异。结果联合治疗组患者总缓解率、疾病控制率均明显高于对照组(χ^(2)值分别为4.156、4.348,P值分别为0.042、0.037)。联合治疗组患者治疗后CD3^(+)、CD4^(+)T淋巴细胞百分比及CD4^(+)/CD8^(+)值较治疗前均明显升高(P0.05),且治疗后联合治疗组CD3^(+)、CD4^(+)T淋巴细胞百分比及CD4^(+)/CD8^(+)值均明显高于对照组(P值均0.05)。联合治疗组患者无进展生存中位时间(21.32个月vs 15.31个月)、总体生存中位时间(28.36个月vs 20.75个月)均明显优于对照组(χ^(2)值分别为4.689、5.030,P值分别为0.030、0.025)。结论氩氦刀冷冻消融联合卡瑞利珠单抗可有效提升近期疗效,改善机体免疫功能,延长生存时间,且治疗安全性良好。

关键词：癌,肝细胞冷冻外科手术免疫检查点抑制剂

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基于改进YOLOv8的地铁列车焊缝缺陷轻量化检测方法

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广西大学学报（自然科学版） 2024年第3期49卷 540-552页

作者：李先旺贺岁球贺德强孙海猛吴金鑫单晟广西大学机械工程学院广西南宁530004 中车株洲电力机车研究所有限公司湖南株洲412001

针对现有的地铁列车车体焊接质量检测技术存在检测模型较大、检测精度和效率较低的问题,提出一种基于改进YOLOv8的焊缝缺陷轻量化检测方法。首先,利用相控阵超声波检测仪采集对接焊缝内部缺陷图像,通过图像预处理制作成焊缝缺陷数据集... 详细信息

针对现有的地铁列车车体焊接质量检测技术存在检测模型较大、检测精度和效率较低的问题,提出一种基于改进YOLOv8的焊缝缺陷轻量化检测方法。首先,利用相控阵超声波检测仪采集对接焊缝内部缺陷图像,通过图像预处理制作成焊缝缺陷数据集。然后,在YOLOv8模型基础上,利用Inner-SIoU优化原有损失函数、采用C2f-PConv替换C2f模块、引入大型可分离核注意力(LSKA)模块和挤压激励(SE)注意力机制,建立了基于改进YOLOv8的地铁列车车体焊缝缺陷质量检测模型,以提高焊缝缺陷特征提取和多尺度特征融合的能力。最后,利用改进的YOLOv8模型对焊缝缺陷数据集进行训练和测试。结果表明,改进的YOLOv8模型大小为7.91 M,对于焊缝缺陷的检测精度达到98.30%,检测速度达到138.9帧/s,与YOLOv8原始模型相比,模型更小,检测精度更高。

关键词：地铁列车焊缝缺陷检测 YOLOv8 轻量化相控阵超声波检测

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安罗替尼联合特瑞普利单抗二线治疗晚期食管鳞癌的疗效

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西北药学杂志 2024年第2期39卷 170-175页

作者：谷锦锦任铁军王定祎新乡医学院研究生院新乡453000 洛阳市中心医院肿瘤科洛阳471000

目的观察安罗替尼联合特瑞普利单抗二线治疗晚期食管鳞癌患者的疗效和安全性。方法回顾性收集一线治疗失败后接受安罗替尼联合特瑞普利单抗治疗的晚期食管鳞癌患者35例,观察无进展生存期、疾病缓解率、疾病控制率和不良反应,并观察疗效... 详细信息

目的观察安罗替尼联合特瑞普利单抗二线治疗晚期食管鳞癌患者的疗效和安全性。方法回顾性收集一线治疗失败后接受安罗替尼联合特瑞普利单抗治疗的晚期食管鳞癌患者35例,观察无进展生存期、疾病缓解率、疾病控制率和不良反应,并观察疗效相关指标。结果①35例患者的客观缓解率(objective response rate,ORR)为34.28%,疾病控制率(disease control rate,DCR)为71.43%,中位无进展生存期(middle progress-free survival,mPFS)为4.2个月。②单因素分析结果显示,手术史、肝转移、粒淋比(neutrophil to lymphocyte ratio,NLR)值、ECOG(eastern cooperative oncology group)评分、CD4^(+)/CD8^(+)值是影响PFS的相关因素;多因素Cox回归分析结果显示,肝转移、ECOG评分、NLR是影响PFS的独立危险因素。③血清乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)降低人群的ORR高于LDH升高人群。④不良反应以1~2级为主,未出现治疗相关性死亡。结论安罗替尼联合特瑞普利单抗在晚期食管鳞癌二线治疗中显示出较好的疗效且安全性较好,基线肝转移、ECOG评分以及NLR值可能是疗效的预测指标。

关键词：特瑞普利单抗安罗替尼晚期食管癌疗效预测因素

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实体器官移植术后谵妄的研究进展

器官移植 2024年

作者：梁欣欧志宇苗芸南方医科大学南方医院器官移植科南方医科大学第一临床医学院

实体器官移植术后谵妄作为影响器官移植受者预后的重要因素，目前缺乏足够的临床关注。其病理生理机制尚不明确，与移植器官的种类、受者年龄、血糖变异、大剂量糖皮质激素冲击治疗等有着紧密的联系。明确实体器官移植术后谵妄发生的危... 详细信息

实体器官移植术后谵妄作为影响器官移植受者预后的重要因素，目前缺乏足够的临床关注。其病理生理机制尚不明确，与移植器官的种类、受者年龄、血糖变异、大剂量糖皮质激素冲击治疗等有着紧密的联系。明确实体器官移植术后谵妄发生的危险因素并及早进行干预，对改善患者预后至关重要。本文通过综述国内外近年实体器官移植术后谵妄相关文献，明确术后谵妄的定义、分类、临床表现和诊断标准，汇总实体器官移植术后谵妄的危险因素，着重突出实体器官移植受者区别于其他患者的特点，并总结其预后和防治方法，旨在提升临床对实体器官移植术后谵妄的关注度，改善受者预后。

关键词：器官移植术后谵妄神经系统并发症糖皮质激素血糖变异右美托咪定苯二氮?类

响应面法优化微波降解表没食子儿茶素没食子酸酯制备表没食子儿茶素工艺

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食品安全质量检测学报 2024年第5期15卷 281-288页

作者：谷家佑陈婕肖文军湖南农业大学茶学教育部重点实验室长沙410128 湖南农业大学国家植物功能成分利用工程技术研究中心长沙410128

目的响应面法优化微波降解表没食子儿茶素没食子酸酯(epigallocatechin gallate, EGCG)制备表没食子儿茶素(epigallocatechin, EGC)工艺。方法本研究以EGCG溶液为原料,运用微波加热降解EGCG制备EGC,通过梯度设置EGCG浓度、微波处理时... 详细信息

目的响应面法优化微波降解表没食子儿茶素没食子酸酯(epigallocatechin gallate, EGCG)制备表没食子儿茶素(epigallocatechin, EGC)工艺。方法本研究以EGCG溶液为原料,运用微波加热降解EGCG制备EGC,通过梯度设置EGCG浓度、微波处理时长、微波强度3个工艺参数,进行单因素实验、响应面分析及最佳工艺组合验证实验,优化确定EGCG微波降解制备EGC的最佳工艺参数。结果综合单因素实验及响应面分析,得到的最佳微波降解参数为:EGCG质量浓度6.25 mg/mL、微波处理时长3.5 min、微波强度为400 W,且运用响应面法建立了EGC得率与EGCG质量浓度、微波处理时长、微波强度的二次多元方程模型,模型中EGC得率最高可达62.08%。对最佳微波降解工艺参数进行验证实验,EGC得率为63.54%,与模型预测值接近。结论微波降解EGCG制备EGC的方法具有操作简单、EGC得率稳定性高的优势,具备投入工业生产的可能。

关键词：表没食子儿茶素没食子酸酯表没食子儿茶素微波降解响应面法得率

基于转录组分析的禾谷镰孢菌对SDHIs杀菌剂的胁迫响应机制

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植物病理学报 2024年第1期54卷 170-179页

作者：李新蕾朱孟坤李伟曹淑琳邓清超方守国陈怀谷孙海燕长江大学农学院荆州434025 江苏省农业科学院植物保护研究所南京210014

在植物病害化学防治研究中,杀菌剂的作用机制和病原菌的抗药性机制是关注的重点,而病原菌如何响应并减轻化学药剂胁迫的机制往往被忽略。本研究利用转录组测序技术研究了禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)对琥珀酸脱氢酶抑制剂类(SDHIs... 详细信息

在植物病害化学防治研究中,杀菌剂的作用机制和病原菌的抗药性机制是关注的重点,而病原菌如何响应并减轻化学药剂胁迫的机制往往被忽略。本研究利用转录组测序技术研究了禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)对琥珀酸脱氢酶抑制剂类(SDHIs)杀菌剂的胁迫响应机制。分析结果表明:与对照样品相比,氟唑菌酰羟胺和苯并烯氟菌唑处理后病原菌共同上调表达的差异基因有1180个,共同下调表达的差异基因有937个。已知SDHIs杀菌剂作用于病原菌线粒体电子传递链复合物II,本研究重点分析了与线粒体电子传递链相关基因的表达,发现***通过上调表达琥珀酸脱氢酶、泛醇-细胞色素C还原酶、延胡索酰乙酰乙酸水解酶(FAH)、ABC、MFS转运蛋白等基因,下调表达SWI/SNF复合物等基因来响应SDHIs杀菌剂的胁迫。其中,FgFAH基因在SDHIs杀菌剂胁迫后被诱导表达,其敲除突变体对SDHIs杀菌剂的敏感性增强,表明该基因介导了***对SDHIs杀菌剂胁迫的响应调控。研究结果将为研究病原菌对化学药剂胁迫的响应机制奠定基础,并为将来开发杀菌剂的协同增效药剂提供研究思路。

关键词：禾谷镰孢菌琥珀酸脱氢酶杀菌剂线粒体电子传递链转录组分析

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一种基于EKF的DDEV主动容错控制方法

机械设计与制造 2024年第5期399卷 301-306页

作者：刘平刘阳罗洪波万志松西南交通大学机械工程学院四川成都610031 贵州省公路工程集团有限公司黔贵投资公司贵州贵阳550001

分布式驱动电动汽车(DDEV)的行驶稳定性和动力性受电机故障的影响会变差,而驱动系统的容错控制则能够有效改善车辆的行驶稳定性和动力性。为此,针对分布式驱动电动汽车驱动电机,提出了一种主动容错控制方法。首先在Simulink中搭建了包... 详细信息

分布式驱动电动汽车(DDEV)的行驶稳定性和动力性受电机故障的影响会变差,而驱动系统的容错控制则能够有效改善车辆的行驶稳定性和动力性。为此,针对分布式驱动电动汽车驱动电机,提出了一种主动容错控制方法。首先在Simulink中搭建了包含七个自由度的车辆动力学模型,接着搭建了基于扩展卡尔曼滤波(EKF)的故障观测器,为后文建立的主动容错方法提供故障信息。然后基于滑模控制,搭建了主动容错控制模型,根据故障信息对驱动力矩进行重新分配。最后搭建了Carsim/Simulink联合仿真平台,结果表明,提出的主动容错控制方法能够有效改善车辆在故障状态下的行驶稳定性和动力性。

关键词：分布式驱动电动汽车故障观测容错控制滑模控制转矩分配

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