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上皮性卵巢癌多药耐药相关的ceRNA研究

上皮性卵巢癌多药耐药相关的ceRNA研究

作者：谭芳春广西医科大学

学位级别：硕士

第一章上皮性卵巢癌耐药相关的ceRNA生物信息学分析目的:卵巢癌多药耐药是其治疗的主要障碍,近几年LncRNA在癌症中的研究成为热点,但LncRNA的ceRNA(LncRNA-miRNA-mRNA)调控机制较少,在卵巢癌多药耐药的ceRNA研究还未在其他课题组中报道... 详细信息

第一章上皮性卵巢癌耐药相关的ceRNA生物信息学分析目的:卵巢癌多药耐药是其治疗的主要障碍,近几年LncRNA在癌症中的研究成为热点,但LncRNA的ceRNA(LncRNA-miRNA-mRNA)调控机制较少,在卵巢癌多药耐药的ceRNA研究还未在其他课题组中报道,本研究主要为了通过生物信息学方法挖掘出与上皮性卵巢癌耐药相关相关的可作为竞争性内源RNA(ceRNA)的长链非编码RNA。方法:从PUBMED/MEDLINE数据库检索出上皮性卵巢癌相关的25个LncRNA,综合DIANA-LncBase v2、mi Rcode、miRTarBase、COREMINE、DAVID、miRSponge等相关数据库预测lncRNA-miRNA-mRNA之间可能存在的ceRNA关系。在卵巢癌耐药与敏感组织中通过QRT-PCR验证可作为ceRNA的LncRNA,最后应用Graphpad Prism5与SPSS19.0软件进行统计学分析。结果:25个卵巢癌发生发展相关长链非编码RNA中筛选出9个定位于细胞质中的LncRNA,经过进一步生物信息学分析及文本挖掘,预测GAS5与HOTAIR两个LncRNA可作为竞争性内源RNA(ceRNA),GAS5与miRNA-139-5P、miRNA-24-3P及mRNA(BRCA1、TP53、EGFR、BCL2、FOS、HRAS)组成ceRNA调控网络,HOTAIR与miRNA-30a-5P及mRNA(PIK3R2、TP53、VIM)组成ceRNA调控网络。其中EGFR、BCL2、FOS、HRAS参与MAPK信号通路、粘附、癌症中的通路等上调通路,而BRCA1、TP53、PIK3R2、VIM参与P53信号通路,且通过COREMINE分析,这9个mRNA与GAS5和HOTAIR分别存在较强的关联性。QRT-PCR结果示,相比于敏感组而言,GAS5在耐药组中相对上调2.13±1.55倍,HOTAIR相对上调3.49±1.89倍,差异有统计学意义(P<0.05)。GAS5表达量的ROC曲线下面积(AUC)为0.678,HOTAIR表达量的ROC曲线下面积(AUC)为0.863。采用Logistic二元回归模型分析GAS5与HOTAIR得到联合预测因子ROC曲线下面积为0.871,差异有显著性(P=0.000)。COX风险比例回归模型显示,HOTAIR在组织中的相对表达量是影响上皮性卵巢癌PFS和OS的独立危险因素,GAS5在组织中的相对表达量是影响OS的独立因素。结论:GAS5与HOTAIR也许可作为ceRNA对靶基因进行调控,它们对卵巢癌多药耐药都有一定的诊断效能;HOTAIR的诊断效能优于GAS5的诊断效能。且相比单指标诊断,联合诊断提高了诊断效能,可能为早期诊断卵巢癌提供新的思路,后续研究应对其进行进一步实验和临床双重验证。第二章上皮性卵巢癌多药耐药相关的ce RNA功能预测及验证目的:上皮性卵巢癌是女性生殖系统常见肿瘤之一,严重危害人类的健康,其耐药性向来是众多学者研究的重点和难点。在过去很长时间内,m RNA、mi RNA等在上皮性卵巢癌中的研究已经不计其数,但仍未明显降低其死亡率。近几年,Lnc RNA及其相关的ce RNA调控机制越来越引起研究者们的重视,由第一章及第二章的分析我们发现仅有其中极少一部分的Lnc RNA生物学功能在上皮性卵巢癌中得到相关验证。同时我们通过生物信息学的方法分析出可作为ce RNA的GAS5与HOTAIR对耐药性上皮性卵巢癌有一定的诊断效能。因此在本实验中,我们整合课题组前期的m RNA、mi RNA、Lnc RNA芯片结果,得出上皮性卵巢癌耐药相关的ce RNA网络,期望通过预测其功能及实验验证得出与上皮性卵巢癌耐药相关的可作为竞争性内源RNA(ce RNA)的长链非编码RNA,并构建诊断模型,结合第二章的统计结果,得出诊断效能高的诊断模型。方法:整合前期经芯片技术筛选出在卵巢癌耐药组患者与敏感组患者差异表达的mi RNA、(42个上调,20个下调)、m RNA(678个上调,308个下调)、Lnc RNA(759个上调,345个下调);构建ce RNA网络,筛选与mi R-429、mi R-382-5p、mi R-200b-3p相关的ce RNA网络,通过KEGG通路富集及GO注释预测ce RNA网络中可能存在的调控机制。用选取ce RNA网络中差异表的的Lnc RNA及上调和下调明显的Lnc RNA进行QRT-PCR验证,将与芯片结果一致的Lnc RNA进行大样本QRT-PCR验证,结合患者的临床病理资料进行spearman相关分析、绘制单指标ROC曲线、结合Logistic二元回归模型构建联合预测因子、K-M单因素生存分析、COX多因素回归模型得出影响预后的独立

关键词：卵巢癌耐药长链非编码RNA ceRNA 生物信息学上皮性卵巢癌耐药 LncRNA ceRNA miRNA 基因芯片长链非编码RNA(lncRNAs) 卵巢癌研究进展

卵巢上皮性癌耐药相关ceRNA的生物信息学分析及临床验证

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中华妇产科杂志 2021年第2期56卷 121-130页

作者：潘忠勉谭芳春陈昌贤张玮李力广西医科大学附属肿瘤医院妇瘤科暨区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室南宁530021

目的通过生物信息学方法挖掘与卵巢上皮性癌(卵巢癌)耐药相关的可作为竞争性内源RNA(ceRNA)的长链非编码RNA(lncRNA),并进行临床验证。方法(1)挖掘与卵巢癌相关的lncRNA并构建ceRNA调控网络:综合应用文本挖掘、数据预测和网络构建等生... 详细信息

目的通过生物信息学方法挖掘与卵巢上皮性癌(卵巢癌)耐药相关的可作为竞争性内源RNA(ceRNA)的长链非编码RNA(lncRNA),并进行临床验证。方法(1)挖掘与卵巢癌相关的lncRNA并构建ceRNA调控网络:综合应用文本挖掘、数据预测和网络构建等生物信息学方法,建立与卵巢癌耐药相关的潜在ceRNA调控网络,即lncRNA-微小RNA(miRNA)-mRNA调控网络。(2)临床验证:收集2008年6月至2016年10月在广西医科大学附属肿瘤医院行肿瘤细胞减灭术的卵巢癌患者共95例,其中铂类药物耐药患者54例(耐药组),铂类药物敏感患者41例(敏感组),采用实时荧光定量PCR技术检测两组卵巢癌组织中lncRNA的表达,分析lncRNA表达对卵巢癌患者预后的影响,并分析lncRNA表达对卵巢癌耐药的诊断效能。结果(1)文本挖掘初步筛选出25个与卵巢癌发生、发展相关的差异表达lncRNA;亚细胞定位分析发现,有8个lncRNA存在于细胞质中;通过进一步数据挖掘、共线文献分析,预测其中的两个lncRNA分子[即生长阻滞特异性转录因子5(GAS5)和HOXC基因座转录因子(HOTAIR)]可作为关键ceRNA分子;构建ceRNA调控网络,GAS5与miRNA(即miR139-5p、miR-24-3p)及mRNA[即乳腺癌易感基因1(BRCA1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、表皮生长因子受体(EGFR)、B细胞淋巴瘤2基因(BCL-2)、细胞癌基因(FOS)、H-Ras蛋白(HRAS)]组成ceRNA调控网络,HOTAIR与miRNA(即miR-30a-5p)及mRNA[即磷酸肌醇3激酶调控亚基2(PIK3R2)、TP53、丝蛋白(VIM)]组成ceRNA调控网络。(2)实时荧光定量PCR技术检测显示,与敏感组(设为1.0)比较,耐药组卵巢癌组织中GAS5的表达水平为2.1±1.6,HOTAIR的表达水平为3.5±1.9,两组分别比较,差异均有统计学意义(P=0.011,P<0.01);Cox回归模型多因素分析显示,GAS5、HOTAIR表达为影响卵巢癌患者无病进展生存率和总生存率的独立危险因素(P<0.05)。GAS5与HOTAIR联合检测诊断卵巢癌的受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)为0.871,显著高于GAS5单独检测和HOTAIR单独检测(AUC分别为0.678、0.863),分别比较,差异均有统计学意义(P均<0.05)。结论GAS5与HOTAIR高表达与卵巢癌耐药密切相关,可作为卵巢癌化疗反应的潜在预测指标;GAS5与HOTAIR联合检测对卵巢癌患者具有一定的诊断效能。这种利用ceRNA调控网络预测关键分子的方法,为卵巢癌的诊断和治疗提供了新的思路。

关键词：卵巢肿瘤抗药性,肿瘤 RNA,长链非编码微RNA 基因表达调控,肿瘤计算生物学

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水泥路面改造加铺沥青面层的施工技术刍议

水泥路面改造加铺沥青面层的施工技术刍议

学术视域下的2015全国两会热点解读——决策论坛

作者：谭芳春贵港公路管理局

本文主要基于水泥路面的改造工作出发,对水泥路面常见的病害进行处理,并对加铺沥青面层的施工技术进行浅论,以期能为相关施工工作提供一份浅陋的参考资料。

关键词：路面改造水泥道路沥青面层加铺施工技术

来源： cnki会议评论

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卵巢癌中相关长链非编码RNA的研究进展

国际妇产科学杂志 2020年第1期47卷 24-27页

作者：谭芳春李力广西医科大学附属肿瘤医院妇瘤科暨区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室

卵巢癌是女性生殖系统第二常见的恶性肿瘤,其发生发展涉及多种遗传学和环境因素,其生存率低及易复发性已成为研究的重点和难点。基因组计划近年的研究显示,在基因组序列中仅有不到2%的核酸序列可用于编码蛋白质,其余98%以上的序列不编... 详细信息

卵巢癌是女性生殖系统第二常见的恶性肿瘤,其发生发展涉及多种遗传学和环境因素,其生存率低及易复发性已成为研究的重点和难点。基因组计划近年的研究显示,在基因组序列中仅有不到2%的核酸序列可用于编码蛋白质,其余98%以上的序列不编码任何蛋白质,这些基因序列一度被认为是"无功能序列",但是近年来的研究却表明这些无功能序列蕴含着丰富的信息和功能。这些"无功能序列"中大多数为长度超过200个碱基的长链非编码RNA(lncRNA)。LncRNA是由哺乳动物基因组编码的长度超过200 bp的一组内源性细胞RNA,近年来学者们己经发现了许多与恶性肿瘤有关的lncRNA,并认为它们可能在调控肿瘤发生、发展及侵袭过程中发挥作用。本文概述了lncRNA在卵巢癌中的研究进展。

关键词：长链非编码RNA 卵巢肿瘤癌综述

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灌注式路面用水泥胶浆的性能研究

西部交通科技 2011年第9期 12-14,40页

作者：农卓松黎刚谭芳春广西壮族自治区贵港公路管理局广西贵港537100

文章对水泥胶浆的性能影响因素进行研究,分析不同水灰比、掺加不同渗透剂、聚合物材料对水泥胶浆流动性、强度特性等的影响,确定性能优良的水泥胶浆配比,为工程应用提供参考。

关键词：灌注式水泥-沥青混合料水泥胶浆流动度聚合物改性

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上市公司之间供应链战略联盟与企业创新绩效

财会通讯 2024年第19期 74-79页

作者：谭芳碧沈烈湖北第二师范学院经济与管理学院中南财经政法大学会计学院

文章以2016—2021年我国A股595家上市公司披露的1707份供应链战略联盟公告为基础，检验供应链战略联盟对企业创新绩效的影响效果。研究表明：缔结供应链战略联盟确能提升企业的研发强度和专利产出，且这一积极作用具有显著的可持续性及... 详细信息

文章以2016—2021年我国A股595家上市公司披露的1707份供应链战略联盟公告为基础，检验供应链战略联盟对企业创新绩效的影响效果。研究表明：缔结供应链战略联盟确能提升企业的研发强度和专利产出，且这一积极作用具有显著的可持续性及滞后效应；不同类型的供应链战略联盟对企业创新绩效的影响呈现差异性。进一步研究发现：企业技术多样性是供应链战略联盟影响企业创新绩效的传导路径；不同企业特征条件下，供应链战略联盟对创新绩效的影响不同。

关键词：供应链战略联盟创新绩效联盟类型动态效应比较分析

铝处理对香花油茶的生长、生理及养分利用的影响

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铝处理对香花油茶的生长、生理及养分利用的影响

作者：谭芳韵广西大学

学位级别：硕士

基于匀光管的极紫外消相干和光强均匀化仿真研究

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物理学报 2024年第11期73卷 133-144页

作者：李慧谭芳蕊尹皓玉马钺洋吴晓斌中国科学院微电子研究所光电技术研发中心北京100029 中国科学院大学北京100049

自由电子激光光源(free electron laser,FEL)可发出波长为13.5 nm的极紫外(extreme ultra-violet,EUV)辐射,在EUV光刻领域能够发挥重要作用.但FEL自身的高相干特性以及类高斯光强轮廓分布特征,会对成像带来不利影响,无法满足EUV光刻领... 详细信息

自由电子激光光源(free electron laser,FEL)可发出波长为13.5 nm的极紫外(extreme ultra-violet,EUV)辐射,在EUV光刻领域能够发挥重要作用.但FEL自身的高相干特性以及类高斯光强轮廓分布特征,会对成像带来不利影响,无法满足EUV光刻领域成像应用需求.本文通过计算模拟的方法,设计了一种匹配FEL应用的、用于EUV波段去相干和光强均匀化的新型匀光管结构.模拟结果显示,针对波长为13.5 nm、直径200μm、发散度20 mrad的FEL-EUV高斯光束,采用新型匀光管结构,与常规匀光管结构相比,在同等长度和内径时,具有更显著的去相干能力和光场均匀化作用.当新型匀光管内径为1 mm、总长度不低于0.6 m、倾斜角度为10 mrad时,高相干光场完全被扰乱,实现低相干光输出.并可获得均匀照明光场,光强分布不均匀性数值从常规圆柱型匀光管的28.38降低至0.97.同时,相应能量传输效率为37.6%,最大传输效率达到44.58%.结果表明,新型匀光管结构能够满足EUV辐射去相干应用需求,同时可提高照明视场光强分布均匀性,在EUV光刻领域及其他成像应用具有很大应用前景.

关键词：极紫外光源自由电子激光匀光管相位光强均匀性

单孔分体内镜治疗腰椎管狭窄症的临床疗效分析

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中国修复重建外科杂志 2024年

作者：谭芳张锋韩帅宋鑫袁云华王健上海市浦东新区人民医院骨科

目的探讨单孔分体内镜（one-hole split endoscope,OSE）技术治疗单节段腰椎管狭窄症（lumbar spinal stenosis,LSS）的临床疗效。方法回顾分析2022年1月—12月收治且符合选择标准的32例采用OSE技术行单纯椎管减压治疗的单节段LSS患... 详细信息

目的探讨单孔分体内镜（one-hole split endoscope,OSE）技术治疗单节段腰椎管狭窄症（lumbar spinal stenosis,LSS）的临床疗效。方法回顾分析2022年1月—12月收治且符合选择标准的32例采用OSE技术行单纯椎管减压治疗的单节段LSS患者临床资料。男18例，女14例；年龄45～82岁，平均65.1岁。病程9～72个月，平均34.9个月。手术节段：L3、4 3例，L4、5 19例，L5、S1 10例。记录切口长度、手术时间、术中出血量、术中放射暴露次数、术后下床活动时间及术前、术后1个月患者病变节段硬膜囊面积。通过术前，术后3 d、3个月、12个月疼痛视觉模拟评分（VAS）评估腰腿部疼痛情况；术前及术后3、12个月采用Oswestry功能障碍指数（ODI）评价功能恢复情况；末次随访时采用改良MacNab标准评估疗效。结果 32例患者均顺利完成手术，切口长度平均2.05 cm，手术时间平均88.59 min，术中出血量平均46.72 mL，术中放射暴露次数平均3.84次，术后下床活动时间平均11.66 h。所有患者均获随访，随访时间12～16个月，平均13.5个月。1例患者术后出现下肢麻木、疼痛、肌力下降，其余患者未发生硬膜撕裂、重要神经损伤等并发症。术后各时间点患者腰、腿痛VAS评分及ODI均明显优于术前，且随时间延长各指标进一步改善，各时间点间差异均有统计学意义（P<0.05）。术后1个月患者病变节段硬膜囊面积为（123.13±19.66）mm2，较术前（51.25±9.50）mm2明显增大（t=-18.616,P<0.001）。末次随访时，采用改良MacNab标准评估疗效，获优18例、良11例、可3例，优良率90.6%。结论采用OSE技术行单纯椎管减压治疗单节段LSS临床疗效满意，具有手术创伤小、恢复快的优点。

关键词：单孔分体内镜腰椎管狭窄症椎管减压微创手术