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基于高通量测序组装‘赤霞珠’叶绿体基因组及其特征分析

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中国农业科学 2017年第9期50卷 1655-1665页

作者：谢海坤焦健樊秀彩张颖姜建福孙海生刘崇怀中国农业科学院郑州果树研究所

【目的】以欧亚种葡萄‘赤霞珠’(Cabernet Sauvignon)为试材,建立适于葡萄属(Vitis)植物完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法,为研究葡萄属植物的进化和系统发育提供方法指导。【方法】采用Illumina Hi Seq PE150双末端测序策略对... 详细信息

【目的】以欧亚种葡萄‘赤霞珠’(Cabernet Sauvignon)为试材,建立适于葡萄属(Vitis)植物完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法,为研究葡萄属植物的进化和系统发育提供方法指导。【方法】采用Illumina Hi Seq PE150双末端测序策略对其全基因组DNA建库测序,建库类型为350 bp DNA小片段文库,测序深度为10倍。以已发表的拟南芥(Arabidopsis thaliana)和欧亚种葡萄‘黑比诺’(Pinot Noir)的叶绿体基因组序列为参考,通过BLASTN比对提取葡萄叶绿体基因组序列,并用SOAPdenovo软件进行组装,得到‘赤霞珠’完整的叶绿体基因组并对其进行特征分析。【结果】基于高通量Illumina测序,共获得5.2 G的全基因组原始数据,其中,葡萄叶绿体基因组序列为0.42 G,约占全基因组序列的8%。用抽提出来的葡萄叶绿体基因组序列成功组装出‘赤霞珠’完整叶绿体基因组。特征分析表明,叶绿体基因组序列全长160 676 bp,包括大单拷贝区(large single copy,LSC)、小单拷贝区(small single copy,SSC)和2个反向重复序列(inverted repeat,IRA和IRB),长度分别为89 134、19 072和26 235 bp,具有典型被子植物叶绿体基因组环状四分体结构;共注释得到154个基因,包括99个蛋白编码基因、47个t RNA基因和8个r RNA基因;其叶绿体基因组的GC含量为37.43%;共检测到37个串联重复序列(tandem repeat sequence)和53个散在重复序列(dispersed repeats),其中,绝大部分串联重复序列的长度为11—42 bp,占叶绿体基因组序列的0.83%,而散在重复序列占叶绿体基因组序列的5.33%;此外,还检测到50个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,大部分的SSRs均由A或T组成,同时SSRs在‘赤霞珠’叶绿体基因组上的分布是不均匀的,LSC区段含有39个SSRs,而SSC区段和IR区段分别仅有7个和4个SSRs;与蛋白编码基因对应的密码子偏好使用A/T碱基,并且编码亮氨酸(L)的密码子使用频率最高,而编码半胱氨酸(C)的密码子使用频率最低;系统发育分析表明‘赤霞珠’与‘黑比诺’、夏葡萄(Vitis aestivalis)、圆叶葡萄(Vitis rotundifolia)亲缘关系最近。【结论】基于全基因组高通量测序的方法,成功组装出‘赤霞珠’完整的叶绿体基因组,与传统获得叶绿体基因组的方法相比,此方法不需要分离叶绿体和提取cpDNA,缩短了试验时间、降低了劳动强度,并且极大地提高了试验的可行性。‘赤霞珠’叶绿体基因组的基因结构、基因顺序、GC含量和密码子偏好性均与典型的被子植物叶绿体基因组类似。

关键词： ‘赤霞珠’ 叶绿体基因组高通量测序特征分析系统发育分析

加强军事交通运输体系保障能力建设应注意的几个问题

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国防 2011年第1期 60-62页

作者：谢海坤吴学东南京军区国防交通协会

信息化战争对时间与空间概念的全新注释,使交通运输由后方勤务上升为核心军事能力;对力量与能量转换关系的重新定义,要求军事交通运输由专业保障上升为与作战系统集成的军民融合式体系保障。由此,军事交通运输体系保障能力建设要以"集成... 详细信息

信息化战争对时间与空间概念的全新注释,使交通运输由后方勤务上升为核心军事能力;对力量与能量转换关系的重新定义,要求军事交通运输由专业保障上升为与作战系统集成的军民融合式体系保障。由此,军事交通运输体系保障能力建设要以"集成"为抓手、"融合"为基础,注重解决好以下几个方面的问题。

关键词：战时交通保障军交运输国防交通交通运输体系军事信息化战争信息战

中国野生葡萄叶绿体分离及叶绿体DNA提取的研究

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西北植物学报 2016年第7期36卷 1464-1469页

作者：谢海坤焦健樊秀彩张颖姜建福孙海生刘崇怀中国农业科学院郑州果树研究所郑州450009

以中国野生刺葡萄、山葡萄、桑叶葡萄和东南葡萄的成熟叶片为材料,比较柱式植物叶绿体DNAout试剂盒和改良的高盐-低pH法分离叶绿体及提取cpDNA效果。结果显示:(1)2种方法均分离得到了中国野生葡萄的叶绿体,但与柱式植物叶绿体DNAout试... 详细信息

以中国野生刺葡萄、山葡萄、桑叶葡萄和东南葡萄的成熟叶片为材料,比较柱式植物叶绿体DNAout试剂盒和改良的高盐-低pH法分离叶绿体及提取cpDNA效果。结果显示:(1)2种方法均分离得到了中国野生葡萄的叶绿体,但与柱式植物叶绿体DNAout试剂盒相比,改良的高盐-低pH法得到的叶绿体浓度高、杂质少,更适合中国野生葡萄叶绿体分离。(2)柱式植物叶绿体DNAout试剂盒提取的cpDNA,其OD260/OD280在1.28~1.36之间,质量浓度为4.2~7.8ng·μL^(-1),质量低,不能满足后续测序要求;而改良的高盐-低pH法提取的cpDNA,其OD260/OD280值在1.84~1.90之间,质量浓度为2 514.4~4 133.7ng·μL^(-1),质量高,纯度好,能满足后续测序要求。研究表明,改良的高盐-低pH法能简便、快速获得中国野生葡萄完整叶绿体及高质量cpDNA,并且提取的cpDNA可满足后续测序要求,为葡萄属植物叶绿体基因组的深入研究奠定了基础。

关键词：中国野生葡萄叶绿体分离 cpDNA提取柱式植物叶绿体DNAout 改良的高盐-低pH法

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电解铝工业园区的源荷协同优化配置方法

电力自动化设备 2024年第7期44卷 132-140页

作者：王越谢海鹏祝昊西安交通大学电气工程学院陕西西安710049

随着风电和光伏并网容量的不断增加,其固有的波动性与间歇性特征加剧了火电机组调峰的难度。电解铝负荷具有耗电量大、调节速度快等特点,可作为负荷侧灵活性资源参与系统规划。分析了电解铝负荷的生产原理与供电方式,推导了电解铝负荷... 详细信息

随着风电和光伏并网容量的不断增加,其固有的波动性与间歇性特征加剧了火电机组调峰的难度。电解铝负荷具有耗电量大、调节速度快等特点,可作为负荷侧灵活性资源参与系统规划。分析了电解铝负荷的生产原理与供电方式,推导了电解铝负荷的功率与产量的关系,进而建立了电解铝负荷的多阶段需求响应模型。针对电解铝工业园区,以新能源场站的建设成本与工业园区电力系统的运行成本最小为目标,计及电解铝负荷的调节时间、调节深度等特性,建立了考虑电解铝负荷需求响应的源荷协同优化配置模型,促进电解铝负荷与火电机组、可再生能源的协调互补。在求解时,使用变量替换、大M法对模型中的非线性约束进行线性化,将原问题转化为混合整数二次规划问题,从而实现利用商业求解器快速求解。采用实际算例进行仿真计算,结果表明所提方法可以同时兼顾系统经济性与新能源利用率,实现电力系统经济优质运行的目标。

关键词：电解铝负荷源荷协调新能源消纳优化配置需求响应

CTLA-4基因多态性与膀胱尿路上皮癌遗传易感性及预后的相关性分析

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中华医学遗传学杂志 2024年第8期41卷 988-993页

作者：李俊朋张琳谢海峰葛玉坤王磊新乡市中心医院泌尿外科新乡453000 新乡市中心医院康复医学科新乡453000

目的探讨细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4(CTLA-4)基因的多态性与膀胱尿路上皮癌(BUC)患者预后之间的相关性。方法选取新乡市中心医院2019年2月至2020年10月收治的256例BUC患者作为研究组,另选同期250例健康体检者作为对照组,采用PCR-限制... 详细信息

目的探讨细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4(CTLA-4)基因的多态性与膀胱尿路上皮癌(BUC)患者预后之间的相关性。方法选取新乡市中心医院2019年2月至2020年10月收治的256例BUC患者作为研究组,另选同期250例健康体检者作为对照组,采用PCR-限制性片段长度多态法对rs5742909(-318C/T)、rs231775(+49A/G)、rs4553808(-1661A/G)位点进行基因分型,比较两组的一般资料、CTLA-4基因型、等位基因的分布情况。所有患者均接受手术治疗,术后随访3年,根据结果将患者分为预后良好组(n=166)和预后不良组(n=86),比较两组的等位基因以及基因型的分布,用Kaplan-Meier法分析CTLA-4基因多态性与患者预后的相关性。结果两组在性别、年龄、BMI、吸烟史、饮酒史方面的差异无统计学意义(P>0.05);研究组rs231775(+49A/G)和rs4553808(-1661A/G)位点GG基因型与G等位基因的频率均显著高于对照组(P0.05)。在252例完成随访者中,预后不良86例,良好166例,预后良好组CTLA-4基因rs231775(+49A/G)位点和rs4553808(-1661A/G)位点GG基因型以及G等位基因的频率显著低于预后不良组(P<0.05),Kaplan-Meier生存曲线分析显示rs231775(+49A/G)位点和rs4553808(-1661A/G)位点GG基因型患者生存期显著短于AA+AG基因型(Log Rank 2=13.654、9.974,P<0.001)。结论CTLA-4基因rs231775位点、rs4553808位点的多态性均与BUC的遗传易感性及不良预后相关,其GG基因型可能增加感染以及不良预后的风险。

关键词：细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4 膀胱尿路上皮癌基因多态性预后

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西汉时期公羊灾异说的历史流变

江汉论坛 2024年第9期 123-128页

作者：谢海金中共中央党校(国家行政学院)哲学教研部北京100091

《春秋》记载了大量的灾异现象,《公羊传》明确区分了“灾”与“异”,并作了或简或详的注解。西汉公羊家推说阴阳五行,大谈天人感应,对公羊灾异说进行了改造与发展。董仲舒与公孙弘分别论述了负面的灾异谴告说与正面的太平祥瑞说,逐渐... 详细信息

《春秋》记载了大量的灾异现象,《公羊传》明确区分了“灾”与“异”,并作了或简或详的注解。西汉公羊家推说阴阳五行,大谈天人感应,对公羊灾异说进行了改造与发展。董仲舒与公孙弘分别论述了负面的灾异谴告说与正面的太平祥瑞说,逐渐扩大了公羊灾异说的影响。昭宣之际的眭弘以灾异推说禅让,重提“汉家尧后”之说,最终“坐说灾异诛”,但间接关涉到汉宣帝的即位。自汉宣帝开始,灾异祥瑞之说盛行于朝堂,并在哀平之世流变为谶纬之学的主要内容。

关键词：董仲舒公孙弘眭弘公羊灾异说

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北宋科技与政治的互动关系——以医政改革为例

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科学技术哲学研究 2024年第4期41卷 108-114页

作者：谢海金中共中央党校(国家行政学院)哲学教研部北京100091

北宋的医政改革主要涉及政令、人才与机构三个方面。首先,北宋长期坚持扬医抑巫的政策,表现出京师与地方同步、惩治与改造并举等特点。其次,北宋在明确医官阶衔、确定磨勘办法、分离医政与医学、研制教材与教具等方面完善了医药人才制... 详细信息

北宋的医政改革主要涉及政令、人才与机构三个方面。首先,北宋长期坚持扬医抑巫的政策,表现出京师与地方同步、惩治与改造并举等特点。其次,北宋在明确医官阶衔、确定磨勘办法、分离医政与医学、研制教材与教具等方面完善了医药人才制度。最后,北宋革新了太医局、福田院、安济坊、官办药局等机构,推动了社会医疗水平的发展。不过,北宋医政仍存在贪腐成风、朝令夕改等问题,启示我们在改革医政时要兼顾现实性与前瞻性、延续性与针对性、原则性与灵活性。

关键词：北宋科技政治医政改革

董事高管责任保险与会计信息质量——基于党组织参与治理的替代或互补效应

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南京审计大学学报 2024年第3期21卷 76-87页

作者：谢海娟王江烜王成龙栗念坤桂林电子科技大学商学院广西桂林541004

以国务院在2020年10月出台的《关于进一步提高上市公司质量的意见》政策为研究契机,选取我国2010—2021年A股上市公司为样本,采用双向固定效应模型,在研究董事高管责任保险对会计信息质量治理作用的基础上,研究党组织参与公司治理是替... 详细信息

以国务院在2020年10月出台的《关于进一步提高上市公司质量的意见》政策为研究契机,选取我国2010—2021年A股上市公司为样本,采用双向固定效应模型,在研究董事高管责任保险对会计信息质量治理作用的基础上,研究党组织参与公司治理是替代还是互补董事高管责任保险发挥这一治理效应,以及剖析其传导效应和企业异质性效应。研究结果表明:董事高管责任保险对企业会计信息质量有治理效应,且“双向进入”式党组织参与治理会提升董事高管责任保险对会计信息质量的治理效应,即存在互补效应;而“交叉任职”式党组织参与治理抑制董事高管责任保险对会计信息质量的治理效应,即替代效应。进一步分析研究表明:董事高管责任保险会通过促进企业创新和提高内部控制质量对会计信息质量发挥治理效应,并在媒体关注度或盈利能力越高的企业中这种治理效应更好。上述研究结果不仅从新视角拓展会计信息质量影响因素的研究,而且丰富董事高管责任保险和党组织参与公司治理的单独及联合治理效果,并为政府、企业等相关利益者在实践中发掘董事高管责任保险的积极作用和提高会计信息质量提供了有益的实践启示。

关键词：董事高管责任保险会计信息质量党组织参与治理双向进入交叉任职企业创新内部控制

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改性竹筋材料创新制备及其应用

改性竹筋材料创新制备及其应用

作者：谢海南昌大学

学位级别：硕士