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转录偶联修复基因XAB2遗传变异与胃癌发病风险关系的研究

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转录偶联修复基因XAB2遗传变异与胃癌发病风险关系的研究

作者：谢俞宁华北理工大学

学位级别：硕士

目的XPA结合蛋白2(XAB2)在转录偶联核苷酸切除修复过程中扮演着重要角色。XAB2基因多态可能影响转录偶联修复过程的正常进行,从而促进癌症的发生发展。本研究旨在探索XAB2基因遗传变异与胃癌发病风险的关系,以期为胃癌易感人群的筛选提... 详细信息

目的XPA结合蛋白2(XAB2)在转录偶联核苷酸切除修复过程中扮演着重要角色。XAB2基因多态可能影响转录偶联修复过程的正常进行,从而促进癌症的发生发展。本研究旨在探索XAB2基因遗传变异与胃癌发病风险的关系,以期为胃癌易感人群的筛选提供新的依据。方法本研究为以医院为基础,采用成组设计的病例-对照研究(Case-control study)(500名胃癌病例和500名健康对照)。使用Haploview软件进行TagSNPs筛选,Sequenom MassArray进行基因分型。使用皮尔森卡方检验(Pearson’s chi-squared test)比较病例组与对照组人口特征资料的差异,使用非条件Logistic回归模型(Multivariate logistic regression models)计算比值比(Odds ratio,OR)及其95%置信区间(Confidence interval,CI)以评估其各遗传变异对胃癌发病风险的影响。非参数多因素降维分析(Non-parametric multifactor dimensionality reduction,MDR)用于研究基因-基因相互作用。结果本研究检测了转录偶联修复基因XAB2 rs4134816,rs4134819,rs4134860,rs794078,rs794083 5个标签SNP(TagSNPs)。结果发现,XAB2 rs794078 AA基因型携带者与XAB2 rs794078 GG基因型携带者相比,胃癌的发病风险更低(OR=0.33;95%CI=0.12-0.91),差异具有统计学意义(P=0.032);杂合子XAB2 rs794078 AG基因型与胃癌发病风险无关(OR=1.29;95%CI=0.95-1.76;P=0.105)。其余四个TagSNPs对胃癌的发病风险无影响。非参数多因子降维法(MDR)分析可知,XAB2 rs794078为最佳交互作用模型,其检验平衡精确度为51.68%,交叉检验一致性为9(P=0.055)。对XAB2 rs794078遗传变异与胃癌发病风险的关系进行分层分析,发现与携带XAB2 rs794078 GG基因型的非吸烟者相比,携带XAB2 rs794078 AA基因型的吸烟者患胃癌的风险显著降低(OR=0.11;95%CI=0.01-0.91),差异具有统计学意义(P=0.040)。结论XAB2标签SNP rs794078 AA基因型携带是胃癌发病的保护因素,本研究证明了XAB2在胃癌的发生中起着重要作用。图5幅;表13个;参141篇。

关键词： XAB2 胃癌标签SNP 转录偶联修复

Toll样受体基因组特征与直肠癌临床病理及免疫参数的相关性分析

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解放军医学杂志 2021年第4期46卷 340-347页

作者：李昂仵红娇谢俞宁贾祯贤李佳莹张雪梅华北理工大学公共卫生学院河北唐山063210 华北理工大学生命科学学院河北唐山063210

目的探讨Toll样受体家族成员对直肠癌发生、预后和免疫特征的影响,以及其基因调节区遗传变异与直肠癌发病风险的关系。方法使用GEPIA平台分析Toll样受体3(TLR3)、TLR4、TLR5和TLR7在直肠癌中的表达及其与预后的关系。从TCGA数据库获取... 详细信息

目的探讨Toll样受体家族成员对直肠癌发生、预后和免疫特征的影响,以及其基因调节区遗传变异与直肠癌发病风险的关系。方法使用GEPIA平台分析Toll样受体3(TLR3)、TLR4、TLR5和TLR7在直肠癌中的表达及其与预后的关系。从TCGA数据库获取直肠癌mRNA转录组数据和临床资料,分析TLR3表达与病理分期的关系。使用PCR-RFLP技术对TLR4 rs1927914、rs7869402多态进行基因分型,使用TaqMan探针法对TLR3 rs5743303、TLR5 rs1640816、TLR7 rs7869402多态进行基因分型。应用非条件logistic回归分析TLRs遗传变异与直肠癌发病风险的关系。使用ESTIMATE对直肠癌样本的免疫细胞进行评分,通过TIMER在线数据平台分析TLR3表达及拷贝数变异(CNV)与免疫细胞浸润的关系。GO功能富集分析TLR3相关差异基因的表达,基因集变异分析(GSVA)预测直肠癌中TLR3的调控网络。结果TLR3在直肠癌组织中呈低表达,且其低表达与预后不良有关。与TLR3 rs5743303 AA基因型相比,AT或TT基因型携带者的直肠癌发病风险明显升高(OR=1.43,95%CI 1.07~1.91)。TLR4 rs1927914、TLR4 rs7869402、TLR5 rs1640816及TLR7 rs3853839多态不影响直肠癌的发病风险。分层分析结果显示,TLR3 rs5743303 AT或TT基因型可增加男性(OR=1.47,95%CI 1.01~2.11)、低年龄者(OR=1.64,95%CI 1.08~2.47)、吸烟者(OR=2.42,95%CI 1.37~4.38)和饮酒者(OR=2.70,95%CI 1.52~4.80)直肠癌的发病风险。ESTIMATE和TIMER分析结果显示,TLR3与免疫细胞浸润具有一定相关性。GO功能富集分析结果显示,TLR3主要与受体配体活性、抗原结合、免疫球蛋白受体结合、生长因子和细胞因子等相关功能的改变有关。GSVA分析结果显示,TLR3可通过调节细胞凋亡、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、磷脂代谢及自噬调节等与代谢或免疫相关的途径而抑制直肠癌的发生发展。结论TLR3与直肠癌的发生及预后相关,TLR3 rs5743303遗传变异可影响直肠癌的遗传易感性。

关键词： Toll样受体单核苷酸多态性免疫直肠癌

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MSH2基因遗传变异影响肺癌易感性及预后

中国临床药理学杂志 2021年第2期37卷 119-123页

作者：贾祯贤付宁李昂仵红娇谢俞宁张雪梅华北理工大学公共卫生学院河北唐山063210 华北理工大学生命科学学院河北唐山063210

目的探讨MSH2基因启动子区遗传变异与肺癌易感性及预后的关系。方法选取700例非小细胞肺癌患者和700例正常受试者进行成组病例对照研究,随访并收集2组人群的一般资料和生存资料。用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术和Taqman探针... 详细信息

目的探讨MSH2基因启动子区遗传变异与肺癌易感性及预后的关系。方法选取700例非小细胞肺癌患者和700例正常受试者进行成组病例对照研究,随访并收集2组人群的一般资料和生存资料。用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术和Taqman探针法分别对rs6757310和rs1863332进行基因型检测。用卡方检验比较分类变量的分布,用非条件Logistic分析各基因型与肺癌遗传易感性的关系。用Kaplan-Meier生存曲线、Log-Rank检验和Cox多因素回归模型评估各基因型患者间的预后差异。结果总人群中rs6757310和rs1863332变异未引起肺癌易感性变化。进一步分层分析显示,MSH2 rs6757310 CC基因型与吸烟者肺癌易感性相关(吸烟,P30包/年,P<0.05),并导致鳞癌易感性增强(P<0.05)。MSH2 rs1863332 GG基因型仅在老年人中引发更高的肺癌易感性(P<0.05)。生存分析显示:MSH2 rs6757310 CC基因型患者中位生存时间(MST)为31个月,均显著低于CG基因型(61个月)和GG基因型(45个月),差异均有统计学意义(均P<0.05);MSH2 rs1863332 GG基因型患者MST为19个月,均显著低于GT基因型(39个月)和TT基因型(48个月),差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论MSH2 rs6757310和rs1863332遗传变异可能影响肺癌易感性及预后。

关键词： MSH2 遗传变异肺癌易感性预后

TNFSF15启动子区-358 T>C遗传变异与肝癌发病风险的相关性研究

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中国临床药理学杂志 2019年第16期35卷 1731-1734页

作者：高慧仵红娇谢俞宁杨振邦张志张雪梅华北理工大学公共卫生学院河北唐山063210 华北理工大学生命科学学院河北唐山063210 华北理工大学基础医学院河北唐山063210 华北理工大学唐山工人医院河北唐山063210

目的探讨肿瘤坏死因子超家族成员15(TNFSF15)启动子区遗传变异与肝癌遗传易感性的关系。方法入选300例肝癌患者和430例健康对照。用聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对TNFSF15-358T>C(rs6478109)和-638A>G(rs7848647)进... 详细信息

目的探讨肿瘤坏死因子超家族成员15(TNFSF15)启动子区遗传变异与肝癌遗传易感性的关系。方法入选300例肝癌患者和430例健康对照。用聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对TNFSF15-358T>C(rs6478109)和-638A>G(rs7848647)进行基因分型。用非条件Logistic回归分析TNFSF15基因遗传变异与肝癌发病风险之间的关系。结果与TNFSF15-358TT基因型携带者相比,CC基因型携带者肝癌的发病风险增加(OR=1.95,95%CI=1.29~2.95,PC变异在不吸烟组与吸烟组均与肝癌的易感性相关,OR(95%CI)分别为1.79(1.02~3.13),2.63(1.02~3.68)。TNFSF15-638A>G遗传变异和肝癌的发病风险无关(P>0.05)。结论TNFSF15-358T>C遗传变异影响肝癌的遗传易感性。

关键词：人肿瘤坏死因子超家族15 肝癌单核苷酸多态性易感性

CD55启动子区多态性与直肠癌发病风险的研究

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实用医学杂志 2019年第18期35卷 2886-2890页

作者：付宁仵红娇谢俞宁李昂贾祯贤张雪梅华北理工大学生命科学学院

目的研究CD55在结直肠癌中的表达情况及CD55 rs2564978多态性对结直肠癌发病风险的影响。方法使用基因表达谱动态分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)分析CD55在结直肠癌的表达差异;采用聚合酶链式反应-限制性... 详细信息

目的研究CD55在结直肠癌中的表达情况及CD55 rs2564978多态性对结直肠癌发病风险的影响。方法使用基因表达谱动态分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)分析CD55在结直肠癌的表达差异;采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法,对410例结肠癌患者和410例正常对照及480例直肠癌患者和480例正常对照的CD55 rs2564978进行基因分型。以非条件Logistic回归计算比值比(odds ratio,OR)和95%置信区间(95%CI),分析CD55 rs2564978多态性与结直肠癌发病风险的关系。结果 CD55在结直肠癌癌组织中表达高于癌旁组织。与CD55 rs2564978TT基因型携带者相比,CC基因型携带者直肠癌发病风险增加0.479倍。年龄分层中,与CD55 rs2564978TT基因型携带者相比,携带CC基因型的高年龄组直肠癌发病风险增加1.116倍。而在性别、年龄、吸烟和饮酒状态分层中,与CD55 rs2564978TT基因型相比,CC基因型与直肠癌发病风险无关。CD55 rs2564978多态性与结肠癌发病风险无关。结论 CD55在结直肠癌中高表达,CD55 rs2564978多态性可能增加直肠癌发病风险但是CD55 rs2564978多态性可能与结肠癌的发病风险无关。

关键词： CD55 单核苷酸多态性遗传变异结直肠癌

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根皮苷对食管癌细胞系表达谱的影响

中草药 2021年第23期52卷 7236-7243页

作者：杨照环胡文倩贾祯贤谢俞宁张志龙月红邢朝斌张雪梅华北理工大学附属唐山市工人医院河北唐山063000 华北理工大学公共卫生学院河北唐山063210 华北理工大学生命科学学院河北唐山063210

目的研究根皮苷对食管癌细胞系表达谱的影响,探索根皮苷作用于食管癌细胞系的信号通路及其潜在功能。方法使用根皮苷处理人食管癌KYSE450细胞,提取总RNA并建立测序文库,进行转录组测序;使用DESeq2程序鉴定差异表达基因,对差异表达基因... 详细信息

目的研究根皮苷对食管癌细胞系表达谱的影响,探索根皮苷作用于食管癌细胞系的信号通路及其潜在功能。方法使用根皮苷处理人食管癌KYSE450细胞,提取总RNA并建立测序文库,进行转录组测序;使用DESeq2程序鉴定差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;使用MCODE进行差异基因核心模块筛选,使用GEPIA数据库分析核心模块中的基因对食管癌生存的影响;使用TIMER在线分析根皮苷对食管癌组织免疫细胞浸润的影响。结果转录组测序结果显示,根皮苷处理后的食管癌细胞具有4602个差异表达基因,其中2407个为上调基因,2195个为下调基因。通路富集分析显示,根皮苷对蛋白质加工、胰岛素抵抗、基因复制和细胞周期等信号通路产生影响。在差异表达基因核心模块中,E3泛素蛋白连接酶2(E3 ubiquitin ligase mind bomb 2,MIB2)高表达可降低食管癌患者的总体生存率;环指蛋白19B(ring finger protein19B,RNF19B)、三重基序蛋白69(tripartite motif-containing protein 69,TRIM69)、泛素连接酶(ubiquitin conjugating enzyme,UBC)和克隆E3泛素连接酶(homologous to the E6-associated protein carboxyl terminus domain containing 2,HECTD2)的表达水平可影响食管癌癌组织的纯度以及免疫细胞浸润的类型。结论根皮苷可影响食管癌细胞的转录谱,其差异表达基因主要集中在细胞生长相关的信号通路。

关键词：根皮苷食管癌转录组测序免疫浸润 E3泛素蛋白连接酶2 环指蛋白19B 三重基序蛋白69 泛素连接酶克隆E3泛素连接酶

补体因子CD55启动子区多态影响食管癌发病的相关性

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中华预防医学杂志 2018年第8期52卷 822-826页

作者：仵红娇高慧谢俞宁张艳艳杨振邦张雪梅华北理工大学生命科学学院河北063000

目的探讨补体因子CD55启动子遗传变异与食管癌发病风险的相关性。方法以2008年4月至2012年12月在华北理工大学附属唐山市工人医院和唐山市人民医院就诊的700例食管癌患者作为病例组，健康对照来自同期健康体检个体，以无肿瘤病史和... 详细信息

目的探讨补体因子CD55启动子遗传变异与食管癌发病风险的相关性。方法以2008年4月至2012年12月在华北理工大学附属唐山市工人医院和唐山市人民医院就诊的700例食管癌患者作为病例组，健康对照来自同期健康体检个体，以无肿瘤病史和体征者作为对照组，共700名。采用PCR-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法，对700例食管癌患者和700名正常对照者进行CD55 rs2564978基因分型。采用非条件logistic回归模型比较CD55 rs2564978变异与食管癌发病风险的关系。结果病例组和对照组的年龄分别为（60.04±9.19）、（59.21±9.98）岁。与CD55 rs2564978 TT基因型携带者相比，CC基因型携带者患食管癌OR（95%CI）为1.94（1.42~2.66）；不同性别分析显示，携带CC基因型的男、女性与食管癌发病的OR（95%CI）分别为1.92（1.37~2.70）、2.34（1.04~5.27）；不同年龄组中，≤60、〉60岁CC基因型携带者与食管癌发病的OR（95%CI）分别为1.79（1.19~2.68）、2.32（1.41~3.83）。同时，在调整了其他变量后，饮酒、不饮酒的CC基因型携带者与食管癌发病的OR（95%CI）分别为1.93（1.03~3.63）、1.95（1.36~2.80）。吸烟状况分层分析显示，与CD55 rs2564978 TT基因型相比，CC基因型中的非吸烟人群、累计吸烟量≤30包/年、累计吸烟量〉30包/年的人群食管癌发病的OR（95%CI）分别为1.79（1.13~2.83）、1.86（1.31~2.64）和2.67（1.28~5.57）。吸烟和CD55 rs2564978通过交互作用影响食管癌发病风险（P=0.001）。结论 CD55启动子区rs2564978遗传变异可能与食管癌发病相关。

关键词：抗原遗传变异食管癌单核苷酸多态补体因子

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食管鳞癌预后生物标志物的挖掘及其通路分析

实用医学杂志 2022年第1期38卷 73-78页

作者：田琴琴李昂李佳莹谢俞宁仵红娇张雪梅华北理工大学生命科学学院河北唐山063210 华北理工大学公共卫生学院河北唐山063210

目的分析食管鳞癌(ESCC)组织中的差异表达基因(DEGs)与预后的关系,并探索影响食管鳞癌发生的关键通路。方法R语言limma程序对基因表达数据库(GEO)与癌症基因图谱(TCGA)数据库的食管鳞癌转录组数据进行差异表达基因进行分析。Cox回归模... 详细信息

目的分析食管鳞癌(ESCC)组织中的差异表达基因(DEGs)与预后的关系,并探索影响食管鳞癌发生的关键通路。方法R语言limma程序对基因表达数据库(GEO)与癌症基因图谱(TCGA)数据库的食管鳞癌转录组数据进行差异表达基因进行分析。Cox回归模型筛选食管鳞癌独立预后基因。TIMER数据库进行独立预后基因与免疫浸润细胞之间的相关性分析。基因集富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA)预测差异基因的调控网络。结果分析三个GEO数据集(GSE17351、GSE20347和GSE100942)和TCGA的差异表达基因结果,得到55个共同差异表达基因(40个上调和15个下调基因)。对55个基因进行单因素Cox回归分析,发现TTK、CHEK1、FEN1、KIF14、NUP155、KIF23和CENPE与食管鳞癌患者总体生存时间相关。对7个预后相关基因进行多因素Cox回归分析,发现TTK可作为食管鳞癌的独立预后因素。GSEA和GSVA结果显示TTK可能通过调节细胞周期、DNA损伤修复等通路影响食管鳞癌的发生发展。结论TTK高表达是一种预后不良因素,可能作为食管鳞癌的潜在预后标志物。

关键词： TCGA数据库 GEO数据库食管鳞癌差异表达基因预后

CD55启动子区rs2564978多态性影响肝癌遗传易感性

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现代预防医学 2020年第9期47卷 1651-1655页

作者：贾祯贤仵红娇谢俞宁李泽付宁张雪梅华北理工大学公共卫生学院华北理工大学生命科学学院

目的探讨CD55在肝癌中表达及预后影响,并分析CD55 rs2564978遗传变异对肝癌遗传易感性的影响。方法通过数据库GEO和Kaplan-Meier plotter分析CD55在肝癌中表达及预后影响;随机抽取中国北方汉族334例肝癌患者和940例健康对照进行成组设... 详细信息

目的探讨CD55在肝癌中表达及预后影响,并分析CD55 rs2564978遗传变异对肝癌遗传易感性的影响。方法通过数据库GEO和Kaplan-Meier plotter分析CD55在肝癌中表达及预后影响;随机抽取中国北方汉族334例肝癌患者和940例健康对照进行成组设计病例对照研究。PCR-RFLP法进行基因多态检测,卡方检验比较分类变量的分布,非条件logistic校正混杂因素,OR及其95%CI评价各基因型与肝癌易感性的关系。结果 CD55在肝癌组织中表达上调(t=-3.130,P=0.003)且CD55高表达与携带肝炎病毒的肝癌患者不良预后相关(HR=2.28,95%CI:1.10～4.72,P=0.022)。与TT基因型携带者相比,CT基因型(OR=1.45,95%CI:1.08～1.96,P=0.014)与CC基因型(OR=1.55,95%CI:1.08～2.22,P=0.018)携带者肝癌易感性均上升。分层分析显示,rs2564978 T>C变异增加男性肝癌易感性(OR=1.58,95%CI:1.03～2.41,P=0.036);高年龄组(>60岁)CC携带者具有更高的肝癌易感性(OR=2.46,95%CI:1.35～4.47,P=0.003);吸烟人群和饮酒人群中,CC携带者肝癌易感性上升(吸烟:OR=1.91,95%CI:1.02～3.58,P=0.042;饮酒:OR=2.37,95%CI:1.20～4.67,P=0.013)。结论 CD55在肝癌组织中表达上调并导致肝癌患者预后不良;CD55启动子区rs2564978遗传变异可能与肝癌易感性相关。

关键词： CD55 启动子遗传变异肝癌