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基于共线性长测序数据单染色体组装方法

南京农业大学学报 2024年

作者：李梦然甘祥超南京农业大学前沿交叉研究院/人工智能学院

[目的]本文旨在提出一种基于长测序数据的单染色体组装方法，能够更加准确高效的组装出完整的基因组。[方法]利用GALA中的染色体分离算法，将初步组装中的contigs按染色体进行聚类，然后提取测序数据中的reads进行单染色体组装。由于受... 详细信息

[目的]本文旨在提出一种基于长测序数据的单染色体组装方法，能够更加准确高效的组装出完整的基因组。[方法]利用GALA中的染色体分离算法，将初步组装中的contigs按染色体进行聚类，然后提取测序数据中的reads进行单染色体组装。由于受到测序数据质量和预组装结果的影响，有时contigs的聚类结果不够完美，导致后续单染色体组装难度增加。为了克服这一问题，提出了一种基于共线性分析辅助聚类的方法。该方法利用同物种或亲缘关系较近物种的参考基因组与GALA聚类生成的scaffolding groups进行共线性分析，根据比对结果将属于同一条染色体的scaffolding groups进行合并，使scaffolding groups中的序列长度与整条染色体相当，再根据合并后的结果提取reads进行单染色体组装。[结果]这套方法被应用在水稻（Oryza sativa）和桃金娘（Rhodomyrtus tomentosa）基因组组装，利用ONT的水稻测序数据组装出了长度379.89 Mb，N50为30.54 Mb，包含12条完整的端粒到端粒的染色体。基于HiFi测序数据组装出了总长度485.54 Mb，包含11条染色体，N50为46.71 Mb，不存在任何gap的桃金娘基因组。[结论]本文提出的组装方法不仅组装出了准确完整的基因组，而且在面对不同种类的测序数据时具有很强的适用性，为后续开展基因组学的相关研究提供了可靠数据资源。

关键词：基因组组装长测序数据单染色体组装无间隙

结合代谢组学和转录组学分析恶臭假单胞菌Y-9主动稳定胞内外pH的机制

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微生物学报 2024年第1期64卷 174-188页

作者：聂铭杨裕然李振轮西南大学资源环境学院土壤多尺度界面过程与调控重庆市重点实验室重庆400716

【目的】揭示恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)Y-9在氨氧化过程中主动调节胞外和胞内pH稳态机制。【方法】在初始pH为7.19和9.40的硝化培养基中培养Y-9生长48 h,利用代谢组学对比分析Y-9氨氧化过程中的显著差异代谢产物并预测解离常数(... 详细信息

【目的】揭示恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)Y-9在氨氧化过程中主动调节胞外和胞内pH稳态机制。【方法】在初始pH为7.19和9.40的硝化培养基中培养Y-9生长48 h,利用代谢组学对比分析Y-9氨氧化过程中的显著差异代谢产物并预测解离常数(pKa);结合转录组学对比分析Y-9氨氧化过程中的显著差异调控基因。【结果】Y-9在初始pH为7.19的相对酸性条件下,产生麦芽糖醇提高胞外pH;通过上调脱氨酶、脱亚胺酶和阳离子转运相关基因在相对酸性环境中的表达来维持细胞内pH稳定性。在初始pH为9.40的碱性条件下,产5-氨基戊酸3和草氨酸等有机酸及酸性物质降低胞外pH;通过调控NADH脱氢酶、细胞色素、ATP合酶和氨基酸转运相关基因的表达来维持细胞内酸度,应对碱性环境。【结论】本研究结果首先发现了Y-9具有稳定胞外pH的能力,探讨了其胞内pH稳态机制,拓展了对微生物与环境相互作用的认知,为进一步认识微生物脱氮过程中系统pH稳定机理提供了理论依据。

关键词：恶臭假单胞菌代谢组学转录组学 pH稳态解离常数

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基于深层神经网络的信道编码类型盲识别

系统工程与电子技术 2024年第5期46卷 1820-1829页

作者：杨宗方张天骐马焜然邹涵重庆邮电大学通信与信息工程学院重庆400065 重庆邮电大学信号与信息处理重庆市重点实验室重庆400065

为了解决当前识别算法只能识别一种或者两种码字类型以及人工提取特征复杂的问题,提出了两种基于深层神经网络模型的信道编码类型识别器,即卷积神经网络(convolutional neural network,CNN)识别器和递归CNN(recursive CNN,RCNN)识别器,... 详细信息

为了解决当前识别算法只能识别一种或者两种码字类型以及人工提取特征复杂的问题,提出了两种基于深层神经网络模型的信道编码类型识别器,即卷积神经网络(convolutional neural network,CNN)识别器和递归CNN(recursive CNN,RCNN)识别器,用于识别接收数据中不同类型的信道码字。将待识别的软解调序列作为自然语言处理中文本分类问题的句子向量进行处理,输入到预先训练好的深层神经网络识别器中进行识别,并分析了字长度对识别准确率的影响,得出了最合适的字长度。实验结果表明,两种识别器都能够有效识别接收数据中多种类型的信道编码,且在信噪比为3 dB时CNN识别器的识别准确率能够达到99%以上,而RCNN识别器在1 dB时就能够达到99%以上的识别准确率。

关键词：深层神经网络信道编码识别器盲识别字长度

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职业教育社会认同的理论模型与提升策略

教育研究 2024年第7期45卷 108-121页

作者：祁占勇冯啸然陕西师范大学教育学部西安710062 陕西高校新型智库陕西基础教育质量监测与评估研究中心

提升职业教育社会认同是职业教育高质量发展的“命脉点”。基于扎根理论的质性研究方法,通过随机抽样方法聚焦职业院校学生、教师、家长和行业企业、社会公众等利益相关者群体,形成访谈资料并进行严格程序编码,构建了职业教育社会认同... 详细信息

提升职业教育社会认同是职业教育高质量发展的“命脉点”。基于扎根理论的质性研究方法,通过随机抽样方法聚焦职业院校学生、教师、家长和行业企业、社会公众等利益相关者群体,形成访谈资料并进行严格程序编码,构建了职业教育社会认同的理论模型,包括职业教育文化认同、效能认同、制度认同、组织认同、模式认同、身份认同和供给认同等“七大认同”。“七大认同”强势发力并融合聚力,落脚于职业教育社会认同。在教育强国建设目标导向下,要通过沉淀深厚的职业教育文化认同、形塑强大的职业教育效能认同、形成健全的职业教育组织认同、厚植丰富的职业教育身份认同、实现丰厚的职业教育供给认同来合力提振职业教育社会认同,摩画现代职业教育高质量发展蓝图。

关键词：老扎根理论职业教育社会认同职业教育吸引力理论模型

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基于编码矩阵估计的极化码参数盲识别算法

系统工程与电子技术 2024年第9期46卷 3221-3230页

作者：张天骐杨宗方邹涵马焜然重庆邮电大学通信与信息工程学院重庆400065

针对当前极化码参数识别算法缺少对码字起点的识别以及识别信息位算法计算复杂的问题,提出一种基于编码矩阵估计的极化码参数盲识别算法。所提算法首先将截获的码字矩阵、相应码长下的克罗内克矩阵以及逆向重排矩阵相乘得到编码矩阵估计... 详细信息

针对当前极化码参数识别算法缺少对码字起点的识别以及识别信息位算法计算复杂的问题,提出一种基于编码矩阵估计的极化码参数盲识别算法。所提算法首先将截获的码字矩阵、相应码长下的克罗内克矩阵以及逆向重排矩阵相乘得到编码矩阵估计,然后通过编码矩阵的分布特征识别出码长和码字起点,最后使用训练好的卷积神经网络对极化码信息位以及冻结位进行识别。实验结果表明,所提方法不仅完成了码字起点的识别,而且在未知码字起点的情况下完成了对码长的识别,且码长的识别准确率优于现有算法,误比特率在0.19时,参数为(32,12)的极化码码长识别率仍然可以达到90%以上。

关键词：极化码参数盲识别编码估计矩阵神经网络

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羊肚菌硒化多糖结构表征及抗运动疲劳作用

食品工业科技 2024年第6期45卷 110-120页

作者：赵伟科杨逍然王美华中国矿业大学(北京)体育教研部北京100083 北京中医药大学中药学院北京100029

目的:研究羊肚菌硒多糖的结构特征及其对运动疲劳大鼠的改善作用。方法:采用超声波辅助热水提取羊肚菌子实体多糖,经DEAE纤维素柱层析和葡聚糖凝胶G-100柱层析洗脱得到纯化多糖(Msp-1),采用硝酸-亚硒酸钠法处理纯化多糖得到羊肚菌硒化多... 详细信息

目的:研究羊肚菌硒多糖的结构特征及其对运动疲劳大鼠的改善作用。方法:采用超声波辅助热水提取羊肚菌子实体多糖,经DEAE纤维素柱层析和葡聚糖凝胶G-100柱层析洗脱得到纯化多糖(Msp-1),采用硝酸-亚硒酸钠法处理纯化多糖得到羊肚菌硒化多糖(Se-Msp1),分别对Msp-1和Se-Msp1结构表征;通过力竭游泳试验测定大鼠的游泳时间,同时建立大鼠负重游泳模型,设置安静对照组、运动疲劳对照组、阳性对照组(红景天苷,100 mg/kg)、普通多糖组(Msp-1,100 mg/kg)、硒多糖低、中、高剂量组(Se-Msp1,剂量依次为50、100和200 mg/kg),灌胃体积0.1 mL/(10 g·bw),连续灌胃5周,检测大鼠体内血乳酸(blood lactic acid,BLA)、血尿素氮(blood urea nitrogen,BUN)、肝糖原(hepatic glycogen,HG)、肌糖原(muscle glycogen,MG)含量和骨骼肌线粒体中丙二醛(MDA)含量以及超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)、过氧化氢酶(catalase,CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxidase,GSH-Px)活性,评价Se-Msp1的抗运动疲劳作用。结果:羊肚菌多糖经分离纯化得到的最大组分为Msp-1,占比达到85.25%,红外光谱显示Se-Msp1的异头碳为α构型,且存在Se的特征吸收峰,表明Se-Msp1硒化成功,测得Se-Msp1硒含量为9.56 mg/g,多糖含量为56.34%,糖醛酸含量为36.82%,重均分子量3.482×10^(5) Da,粒径为384.71 nm,电位为-45.78 mV,说明Se-Msp1中硒含量较高且稳定性好,其由甘露糖、葡萄糖醛酸、半乳糖、半乳糖醛酸、半乳糖组成,摩尔比为1:0.42:3.57:3.34:1.86。抗疲劳结果显示,与空白对照组相比,Msp-1和Se-Msp1均极显著提高了大鼠力竭游泳时间(P<0.01),表现出较好的抗疲劳效果;运动疲劳模型结果显示,与运动疲劳对照组相比,Se-Msp1低、中、高剂量组大鼠HG和MG含量均极显著提高(P<0.01),BLA、BUN含量则极显著降低(P<0.01),骨骼肌线粒体中MDA含量同样极显著降低(P<0.01),抗氧化酶活性(SOD、CAT、GSH-Px)则极显著升高(P<0.01),且相比Msp-1,Se-Msp1具有更高的抗氧化活性。结论:制得的羊肚菌硒化多糖(Se-Msp1)结构稳定且具有较高的抗氧化和抗运动疲劳活性,为羊肚菌富硒多糖产品开发提供理论依据。

关键词：羊肚菌硒多糖结构特性抗运动疲劳骨骼肌线粒体抗氧化活性

东北秧歌中手持道具舞蹈的创作实践研究 ——以原创作品《指尖方寸》为例

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东北秧歌中手持道具舞蹈的创作实践研究 ——以原创作品《指尖方...

作者：单鹭然山东师范大学

学位级别：硕士

进入新的历史时期,“文化自信”不断被强调,中国舞蹈事业也将传统文化与时代精神相结合作为创作的大趋势。习总书记在不同场合多次强调中华优秀传统文化创造性转化和创新性发展的重要意义。这就要求创作者要立足当代,激活传统,在文化碰... 详细信息

进入新的历史时期,“文化自信”不断被强调,中国舞蹈事业也将传统文化与时代精神相结合作为创作的大趋势。习总书记在不同场合多次强调中华优秀传统文化创造性转化和创新性发展的重要意义。这就要求创作者要立足当代,激活传统,在文化碰撞交融中创作更多舞蹈精品。东北地区文化自身就暗藏着无限的潜能,这一区域性艺术与人民群众的文化始终交织在一起。东北秧歌作为多民族融合下的民间艺术,思考其创作发展路径,把握其创作价值内涵,有利于东北秧歌健康发展。该文第一章以手持道具为切入点进行探索,阐释了当代东北秧歌创新创作的现状及途径,并通过分析优秀舞蹈作品,从使用价值、表现形式两方面剖析手持道具在东北秧歌创作中的流变,为实践创作提供理论支撑。第二章将前文所析出理论运用于笔者原创毕业作品《指尖方寸》中,以地域文化特点以及传统文化内因为元素创作,从题材选择、结构手法、舞台呈现等几方面进行分析。第三章结合笔者实践经历中存在的问题,反思实践并提出对当代东北秧歌创作发展的展望与思考。

关键词：东北秧歌手持道具舞蹈创作传统文化

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燕山红玉肉鸡屠宰性能分子标记研究

燕山红玉肉鸡屠宰性能分子标记研究

作者：贺兆然河北科技师范学院

学位级别：硕士

本研究对燕山红玉肉鸡进行生长体重曲线拟合,通过转录组测序和一代测序技术挖掘影响其屠宰性状的基因及其多态位点,旨在寻找到与该肉鸡屠宰性状相关的分子标记,以便对其进行后续的基因和性能改良提供一定的理论和试验基础,为更全面地利... 详细信息

本研究对燕山红玉肉鸡进行生长体重曲线拟合,通过转录组测序和一代测序技术挖掘影响其屠宰性状的基因及其多态位点,旨在寻找到与该肉鸡屠宰性状相关的分子标记,以便对其进行后续的基因和性能改良提供一定的理论和试验基础,为更全面地利用这一遗传资源提供可靠的理论依据。研究结果如下:1.公鸡在8-12周龄之间增重最快,增加了1159.23克体重,母鸡在16-20周龄之间增重最快,增加了938.75克体重;在20周龄后公母鸡体重生长已趋于稳定,20周龄时公鸡平均体重3955.00克,母鸡3581.25克。Gompertz模型在拟合估计燕山红玉肉鸡体重生长时效果最佳,拟合公鸡拐点周龄为9.22周,拐点体重为1680.29克,最大周增重为268.84克,拟合优度为0.998;拟合母鸡拐点周龄为8.95周,拐点体重为1464.83克,最大周增重为219.72克,拟合优度为0.994。采集最快生长期母鸡的胸肌组织进行下一步研究。2.胸肌组织转录组测序共筛选出229个差异显著表达的基因,其中有189个上调基因,40个下调基因。对上调基因集进行功能富集,GO富集和KEGG富集分析后筛选出PLIN1基因、FABP5基因与其对应的gga03320 RRAR信号通路影响机体骨骼肌和肝脏的脂质发育。最终确定PLIN1和FABP5基因作为影响燕山红玉肉鸡屠宰性状的候选基因,进行下一步生信分析和多态位点分析。***1基因具有8个外显子,编码517个氨基酸。PLIN1蛋白是一种不稳定的亲水性蛋白,且不属于膜蛋白或分泌蛋白,二级结构主要构成为α螺旋,与ABHD4具有较高的互作性。FABP5基因具有4个外显子,编码134个氨基酸。FABP5蛋白是一种不稳定的亲水性蛋白,且不属于膜蛋白或分泌蛋白,二级结构主要构成为延伸链和α螺旋,与PPARD具有较高的互作性,共同参与PPAR信号通路。4.燕山红玉肉鸡PLIN1基因第8外显子有一处与屠宰性状显著相关的多态位点c.258G>A,产生GG、AG、AA三种基因型,公鸡群体中可以将AG基因型视为有利基因型,母鸡群体中可以将AA基因型视为有利基因型。燕山红玉肉鸡FABP5基因第2内含子有一处与屠宰性状显著相关的多态位点g.3769G>A,产生GG、AG、AA三种基因型,在母鸡群体中可以将AA基因型视为有利基因型。上述位点可作为改良燕山红玉肉鸡屠宰性状的分子遗传标记位点。

关键词：燕山红玉肉鸡生长曲线转录组测序多态位点屠宰性状

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宁夏人口结构与城镇化发展关系研究

宁夏人口结构与城镇化发展关系研究

作者：单一然北方民族大学

学位级别：硕士

人口结构是城镇化推进过程中需要关注的问题,又是影响城镇化发展水平的重要因素之一。宁夏是西部多民族聚居的地区,经济基础相对薄弱、城乡发展较不均衡。基于以上背景,本文结合宁夏自身发展实际探讨宁夏人口结构与城镇化发展关系。本... 详细信息

人口结构是城镇化推进过程中需要关注的问题,又是影响城镇化发展水平的重要因素之一。宁夏是西部多民族聚居的地区,经济基础相对薄弱、城乡发展较不均衡。基于以上背景,本文结合宁夏自身发展实际探讨宁夏人口结构与城镇化发展关系。本文在梳理相关文献基础上,首先构建宁夏人口结构与城镇化的综合评价指标体系,使用熵值赋权法和综合指数法对2001-2020年宁夏人口结构与城镇化两个系统的发展水平进行测度评价;其次运用耦合协调度模型分析宁夏人口结构与城镇化的耦合协调发展状况及变化趋势,并借助障碍度模型识别影响两个系统协调发展的因素;然后建立向量自回归模型探究两个系统的动态关系和因果关系;最后基于实证分析结果提出对策建议。研究结果表明:2001-2020年宁夏人口结构与城镇化两个系统的发展水平整体提升;宁夏人口结构与城镇化的耦合协调度呈上升趋势,从2001年的0.3127上升到2020年的0.9522,宁夏人口结构与城镇化两个系统良性互动逐渐增强;宁夏人口结构与城镇化的协调发展过程中不同时期存在着不同方面、不同程度的矛盾,影响着两个系统的协调发展;宁夏人口结构与城镇化两个系统存在相互促进、互为因果的关系,但两个系统内部相互影响程度存在明显差异。因此,提高宁夏人口结构发展水平与城镇化发展水平的同时要保持两个系统的优质协调发展,要继续优化人口结构、推动城镇化高质量发展、适当优化产业结构、补齐城镇化建设对人口结构优化的短板等。

关键词：人口结构城镇化耦合协调度障碍因素向量自回归模型