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基于特征选择和支持向量机的HIV-1型蛋白酶剪切位点预测

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吉林大学学报（工学版） 2017年第2期47卷 639-646页

作者：袁哲明张弘杨陈渊湖南农业大学湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室长沙410128 湖南农业大学植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室长沙410128

为了提高HIV-1型蛋白酶剪切位点的预测准确性,提出一种基于特征选择和支持向量机的剪切位点预测模型。首先,通过对5830个样本的HIV-1型蛋白酶剪切位点数据集进行分析,根据最小冗余最大相关理念,采用可自动终止法选择剪切位点的特征向量... 详细信息

为了提高HIV-1型蛋白酶剪切位点的预测准确性,提出一种基于特征选择和支持向量机的剪切位点预测模型。首先,通过对5830个样本的HIV-1型蛋白酶剪切位点数据集进行分析,根据最小冗余最大相关理念,采用可自动终止法选择剪切位点的特征向量;然后,将特征向量输入到支持向量机进行学习和训练,建立HIV-1型蛋白酶剪切位点的分类模型;最后,采用Matlab 2014的仿真工具箱进行仿真测试。实验结果表明:本文模型在特征最少的条件下,剪切位点预测精度优于参比模型及文献报道,且所选择的特征向量具有较好的可解释性及生物学意义。

关键词：生物物理学剪切位点预测特征选择最小冗余最大相关支持向量机

运用PDB中的同源信息提高NetTurnP的蛋白质β转角预测精度(英文)

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生物化学与生物物理进展 2012年第5期39卷 472-482页

作者：钱刚王海燕袁哲明湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室长沙410128 湖南省植物病虫害生物学与防控重点实验室长沙410128 Department of Statistics Kansas State UniversityManhattanKansas 66506USA

β转角作为一种蛋白质二级结构类型在蛋白质折叠、蛋白质稳定性、分子识别等方面具有重要作用.现有的β转角预测方法,没有将PDB等结构数据库中先前存在的同源序列的结构信息映射到待预测的蛋白质序列上.PDB存储的结构已超过70 000,因此... 详细信息

β转角作为一种蛋白质二级结构类型在蛋白质折叠、蛋白质稳定性、分子识别等方面具有重要作用.现有的β转角预测方法,没有将PDB等结构数据库中先前存在的同源序列的结构信息映射到待预测的蛋白质序列上.PDB存储的结构已超过70 000,因此对一条新确定的序列,有较大可能性从PDB中找到其同源序列.本文融合PDB中提取的同源结构信息(对每一待测序列,仅使用先于该序列存储于PDB中的同源信息)与NetTurnP预测,提出了一种新的β转角预测方法BTMapping,在经典的BT426数据集和本文构建的数据集EVA937上,以马修斯相关系数表示的预测精度分别为0.56、0.52,而仅使用NetTurnP的为0.50、0.46,以Qtotal表示的预测精度分别为81.4%、80.4%,而仅使用NetTurnP的为78.2%、77.3%.结果证实同源结构信息结合先进的β转角预测器如NetTurnP有助于改进β转角识别.BTMapping程序及相关数据集可从http://***获得.

关键词： β转角预测同源信息 PDB NetTurnP BTMapping

基于统计差表与加权投票的高精度剪接位点预测

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生物化学与生物物理进展 2019年第5期46卷 496-503页

作者：曾莹陈渊袁哲明湖南农业大学湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心长沙410128 湖南农业大学东方科技学院长沙410128

基于机器学习的高精度剪接位点识别是真核生物基因组注释的关键.本文采用卡方测验确定序列窗口长度,构建卡方统计差表提取位置特征,并结合碱基二联体频次表征序列;针对剪接位点正负样本高度不均衡这一情形,构建10个正负样本均衡的支持... 详细信息

基于机器学习的高精度剪接位点识别是真核生物基因组注释的关键.本文采用卡方测验确定序列窗口长度,构建卡方统计差表提取位置特征,并结合碱基二联体频次表征序列;针对剪接位点正负样本高度不均衡这一情形,构建10个正负样本均衡的支持向量机分类器,进行加权投票决策,有效解决了不平衡模式分类问题. HS^3D数据集上的独立测试结果显示,供体、受体位点预测准确率分别达到93.39%、90.46%,明显高于参比方法.基于卡方统计差表的位置特征能有效表征DNA序列,在分子序列信号位点识别中具有应用前景.

关键词：剪接位点位置特征卡方统计差表加权投票支持向量机

二化螟种群空间格局的经典分析与地统计学比较研究

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应用生态学报 2004年第4期15卷 610-614页

作者：袁哲明付威李方一湖南农业大学植物保护学院长沙410128

为揭示二化螟幼虫空间格局特征并阐明经典格局分析的局限性与地统计分析的优越性 ,从 2个原始样本出发 ,另构建了一系列格栅样本、随机样本和顺序样本并进行了比较研究 .结果表明 ,经典格局分析不能有效区分频次分布相同但分布型或聚集... 详细信息

为揭示二化螟幼虫空间格局特征并阐明经典格局分析的局限性与地统计分析的优越性 ,从 2个原始样本出发 ,另构建了一系列格栅样本、随机样本和顺序样本并进行了比较研究 .结果表明 ,经典格局分析不能有效区分频次分布相同但分布型或聚集程度不同的样本 ,存在受样方大小、格栅初始点位置和样本容量大小影响等许多局限性 ,其中受格栅初始点位置影响是首次报道 ;而地统计学半变异函数能有效刻划二化螟种群空间分布格局 ,表征其聚集强度和空间异质性 ,且受样方大小、格栅初始点位置和样本容量大小的影响较小 .二化螟种群在低密度下呈随机分布 ;在高密度下呈聚集分布 ,聚集强度为 0 .10 5 6 ,空间依赖范围为 193cm .在高密度下二化螟种群空间分布存在几何异向性 ,行方向上的聚集强度 (0 .2 716 )明显高于列方向 (0 .0 86 7) ,但行方向上的空间依赖范围 (115cm)小于列方向 (2 6 4cm) .

关键词：二化螟空间分布型经典分析地统计学

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二化螟种群密度的克力格估值及其模拟抽样

应用生态学报 2004年第7期15卷 1166-1170页

作者：袁哲明柏连阳王奎武胡湘粤湖南农业大学植物保护学院长沙410128

为设计可靠合理的二化螟幼虫种群密度抽样方案 ,从二化螟幼虫空间分布原始总体出发 ,另构建了一个随机总体和一个顺序总体 ,采用无放回随机抽样、间隔变程以上无放回随机抽样和基于克力格估值且初始点随机的顺序抽样对 3总体进行了模拟... 详细信息

为设计可靠合理的二化螟幼虫种群密度抽样方案 ,从二化螟幼虫空间分布原始总体出发 ,另构建了一个随机总体和一个顺序总体 ,采用无放回随机抽样、间隔变程以上无放回随机抽样和基于克力格估值且初始点随机的顺序抽样对 3总体进行了模拟抽样比较 .结果表明 ,间隔变程以上随机抽样对原始总体平均数的估计优于随机抽样 ,且随总体聚集程度增加 ,间隔变程以上随机抽样愈优 ;正确识别种群空间格局极为重要 ,对聚集分布总体采用随机抽样和对随机分布总体采用间隔变程以上随机抽样均将降低抽样估计精度 .针对随机抽样在应用上的局限性 ,提出了一种基于地统计学克力格估值、初始点随机的顺序抽样方案 :它以初始点随机保证随机性 ,以顺序抽样保证可操作性 ,以二化螟种群空间分布的区域变量属性保证克力格样本较调查样本对局域样本和总体的平均数估计为优 ;且聚集范围一定时 ,总体聚集强度愈大 ,克力格样本局域估计和全局估计愈优于调查样本 ;取样间隔 (以变程为标准 )极为重要 ,样方的空间布局要平衡考虑相互独立的样方对数和变程范围内的样方对数 .

关键词：二化螟地统计学局域估计全局估计抽样

冰核细菌Erwinia ananas 110冰核基因iceA的原核表达及冰核活性分析

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湖南农业大学学报（自然科学版） 2013年第4期39卷 354-358页

作者：姚润贤袁哲明湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室湖南长沙410128 湖南省植物病虫害生物学与防控重点实验室湖南长沙410128

为获得具有高冰核活性的基因工程菌,从冰核细菌Erwinia ananas 110扩增冰核基因iceA,将其克隆到pMD19–T载体上,转化大肠杆菌DH5α,单、双酶切鉴定并测序;阳性克隆目的片段亚克隆到表达载体pET–23a(+)上,转化大肠杆菌DH5α,单、双酶切... 详细信息

为获得具有高冰核活性的基因工程菌,从冰核细菌Erwinia ananas 110扩增冰核基因iceA,将其克隆到pMD19–T载体上,转化大肠杆菌DH5α,单、双酶切鉴定并测序;阳性克隆目的片段亚克隆到表达载体pET–23a(+)上,转化大肠杆菌DH5α,单、双酶切鉴定重组质粒;阳性重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)pLysS,并经IPTG诱导表达。SDS–PAGE电泳检测表明,冰核基因iceA能够并以包涵体形式表达,相对分子质量约为180 000。冰核活性测定结果表明,重组菌BL21(DE3)pLysS/pET–ice的冰核活性与野生冰核细菌Erwinia ananas 110在–5、–4、–3、–2℃下无明显差别。

关键词：冰核细菌原核表达冰核蛋白冰核活性

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基于三类特征融合的O-糖基化位点预测

生物化学与生物物理进展 2016年第7期43卷 691-698页

作者：向妍陈渊谭泗桥袁哲明湖南农业大学植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室长沙410128 湖南农业大学信息科学技术学院长沙410128 湖南农业大学湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室长沙410128

糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信... 详细信息

糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ^2pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.

关键词： O-糖基化位点预测卡方差表特征伪氨基酸序列进化信息无方向的k间隔氨基酸对组分加权投票

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对高校学科带头人队伍建设的思考

学位与研究生教育 2006年第7期 21-23页

作者：张立袁哲明湖南农业大学对外联络处湖南农业大学生物安全科学技术学院

论述了培养和建设一批业务素质和思想素质高、组织协调能力强、办事公正的学科带头人队伍,对高校学科发展和教育事业发展至关重要。指出在学科带头人队伍建设中,要注意正确处理好学科带头人与梯队成员间的关系,学科带头人责、权、利的关... 详细信息

论述了培养和建设一批业务素质和思想素质高、组织协调能力强、办事公正的学科带头人队伍,对高校学科发展和教育事业发展至关重要。指出在学科带头人队伍建设中,要注意正确处理好学科带头人与梯队成员间的关系,学科带头人责、权、利的关系,学科带头人本人从事的研究方向与学科其他研究方向资源配置的关系,从而既充分调动学科带头人的积极性和创造性,又能集中学科队伍的集体智慧,使学科建设沿着正确的轨道快速健康发展。

关键词：高校学科带头人队伍建设业务素质组织协调能力

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公平的名额分配

科学 2005年第2期57卷 50-53页

作者：袁哲明湖南农业大学生物安全科技学院

名额分配问题是政治学社会选择理论中的世界难题之一,它以浅显的数学知识得出了深刻的政治结论却又一直未获根本解决而著称于世.本文在评述前人各种分配方法的基础上,从机会公平的原则出发,提出了一种新的分配方法--比例随机法.它具有... 详细信息

名额分配问题是政治学社会选择理论中的世界难题之一,它以浅显的数学知识得出了深刻的政治结论却又一直未获根本解决而著称于世.本文在评述前人各种分配方法的基础上,从机会公平的原则出发,提出了一种新的分配方法--比例随机法.它具有按比例分配、符合定额、机会公平和逻辑自洽等特点.

关键词：政治学社会选择理论名额分配选举汉密尔顿法除子法公平