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基于Event-B的免疫系统设计与开发

基于Event-B的免疫系统设计与开发

作者：蒋思萍扬州大学

学位级别：硕士

随着计算机软件系统规模的日益庞大,系统的复杂性也在不断提升,设计中存在的潜在问题将会影响到软件系统的安全性和可靠性。传统的软件工程方法已经很难满足目前复杂和安全性都要求极高的需求,迫切需要更适应当前发展需求的方法来开发... 详细信息

随着计算机软件系统规模的日益庞大,系统的复杂性也在不断提升,设计中存在的潜在问题将会影响到软件系统的安全性和可靠性。传统的软件工程方法已经很难满足目前复杂和安全性都要求极高的需求,迫切需要更适应当前发展需求的方法来开发安全性更高的软件和成本较低的大型复杂系统。为了解决上述问题,统一建模语言(UML)在软件开发设计中被广泛应用,UML是一种半形式化的图形建模语言,它使用清晰直观的图形对系统进行描述,得到的图形化软件规约便于沟通和理解,现已在面向对象分析和设计中成为软件业界的标准。但是,UML的语义部分采用的是非形式化的自然语言缺乏精确的语义,导致对复杂的大型软件系统的描述不够精确,容易产生模糊性和二义性,不便于使用者建立严格的需求模型以及不便于使用自动化工具对所描述的规约进行一致性检查、分析和验证。形式化方法和UML二者之间存在很大的互补性,形式化方法严格的数学定义恰好能在语义方面弥补UML的不足,能够对UML建模结果与需求描述进行一致性检查和正确性分析。同时,UML能够降低直接使用形式化方法进行系统开发的难度,增强了形式化方法在系统开发中的实际应用价值。将UML和形式化方法结合起来,对提高软件的可靠性和安全性有着极其重要的意义。为了能够在开发中及时发现错误并改正,降低开发成本,精确、简明地验证和规范软件系统和性质,在分析UML模型图特点的基础上,本文选择Event-B形式化方法作为复杂非线性的免疫系统UML模型图的形式规约方法,主要工作如下:1.简述了 UML的基本概念和常被用于解决面向对象建模问题的应用背景,介绍了 UML便于沟通和支持软件开发整个生命周期的优点,并指出UML缺乏精确的语义定义,对软件结构的描述只能停留在非形式化的层次上。针对这个问题,本文提出将Event-1β形式化方法与UML相结合,Event-B方法以其严谨的数学理论基础弥补UML的非形式化语义定义,并且Event-B方法的Rodin工具自带证明义务自动生成器可以为模型自动生成证明义务弥补了 UML模型图缺少验证工具的问题。2.研究了免疫系统在机体内的运行机制,获取要建立模型的需求,利用UML建立清晰直观的模型图,从系统的静态和动态两方面入手详细描述免疫系统功能。采用Event-B方法对模型进行形式化分析和规约,并制定精化策略为免疫系统添加行为规则和完善功能。通过Event-B形式化方法的模型检测和定理自动证明来保证免疫系统与需求的一致性和正确性,从而提升免疫系统的可靠性。3.根据UML和Event-B模型对系统的建模、分析和验证,利用Java编程语言将经过UML和Event-B形式化方法设计免疫系统转化为可执行代码,并将流感病毒的相关参数设定到免疫系统中。运行所建立的免疫系统后,系统将生成参与细胞的运动和细胞碰撞图,并显示每种细胞的实时数量曲线图。系统运行后所得的实验结果与生物学免疫应答规律进行比较可以发现其规律是一致的,验证了所开发的免疫系统的合理性。

关键词： Event-B 形式化方法统一建模语言免疫模型

藏波罗花根中两个酚苷的分离纯化、结构鉴定和抗氧化活性研究(英文)

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药学学报 2011年第4期46卷 422-427页

作者：潘为高蒋思萍罗彭高平陈彬卜海涛广西中医学院广西南宁530001 西藏高原生物研究所西藏拉萨850000 四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室四川成都610064

利用生物活性跟踪法,通过硅胶吸附柱色谱、反相C18柱色谱和反相制备型HPLC,从藏波罗花的根中筛选到两个化合物。通过ESI-MS、GC-MS、1D-和2D-NMR进行结构鉴定,确定为acteoside(1)和isoacteoside(2)。1和2的-OH清除活性与苯甲酸接近,1和2... 详细信息

利用生物活性跟踪法,通过硅胶吸附柱色谱、反相C18柱色谱和反相制备型HPLC,从藏波罗花的根中筛选到两个化合物。通过ESI-MS、GC-MS、1D-和2D-NMR进行结构鉴定,确定为acteoside(1)和isoacteoside(2)。1和2的-OH清除活性与苯甲酸接近,1和2的-OH及O-2-清除活性均远远高于维生素C,1和2的肝组织LPO抑制活性也高于BHT或维生素C,1和2在保护红细胞免受氧化损伤的活性也高于维生素C。在0.015 6至0.500 0 mg·mL-1浓度范围,1和2的-OH清除活性与浓度成正相关关系。在0.001 9至0.250 0 mg·mL-1浓度范围,随着浓度的增大,1和2的肝组织LPO抑制活性不断增强;但在0.250 0至1.000 0 mg·mL-1浓度范围,随着浓度的增大,LPO抑制活性反而有轻微的下降。

关键词：藏波罗花生物活性跟踪法抗氧化剂

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西藏对红景天的研究与应用

植物杂志 1993年第6期20卷 6-7页

作者：倪志诚陈金瑞蒋思萍西藏自治区高原生物研究所

素有高原人参之称的红景天,含有100种左右的化学成分,是一类具有天然配方的保健药物。它类似人参,但又优于人参,具有抗缺氧、抗辐射、抗毒、抗癌、抗疲劳、强身壮体等功效。为此,我国许多植物学家都认为,红景天植物资源是继人参、刺五... 详细信息

素有高原人参之称的红景天,含有100种左右的化学成分,是一类具有天然配方的保健药物。它类似人参,但又优于人参,具有抗缺氧、抗辐射、抗毒、抗癌、抗疲劳、强身壮体等功效。为此,我国许多植物学家都认为,红景天植物资源是继人参、刺五加之后发现的我国第三种重要的保健药物资源。

关键词：红景天景天属利用西藏

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藏波罗花化学成分的研究

天然产物研究与开发 2012年第9期24卷 1210-1213页

作者：沈岚蒋思萍朱华结中国科学院昆明植物研究所植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室昆明650204 中国科学院研究生院北京100049 西藏高原生物研究所拉萨850001

从藏波罗花95%乙醇提取物分离得到11个化合物,通过理化性质及波谱方法分别鉴定为β-咔啉(1),6,7-二甲氧基-2-萘乙醇(2),6,7-二甲氧基-2-萘乙酸(3),9-hydroxy-δ-skytanthine(4),异角蒿素(5),二丁醇对苯二酯(6),(+)-连翘环乙酮(7),对羟... 详细信息

从藏波罗花95%乙醇提取物分离得到11个化合物,通过理化性质及波谱方法分别鉴定为β-咔啉(1),6,7-二甲氧基-2-萘乙醇(2),6,7-二甲氧基-2-萘乙酸(3),9-hydroxy-δ-skytanthine(4),异角蒿素(5),二丁醇对苯二酯(6),(+)-连翘环乙酮(7),对羟基苯乙(8),cleroindicin D(9),4-甲氧基肉桂酸(10)和β-谷甾醇(11)。以上化合物均首次从该植物中分离得到。

关键词：藏波罗花化学成分

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西藏红景天根中红景天苷及酪醇定量分析

中药材 2013年第11期36卷 1803-1805页

作者：陈彬徐爱国刘岚王立辉蒋思萍西藏自治区高原生物研究所西藏拉萨850001 西藏自治区藏医药与高原生物重点实验室西藏拉萨850001 中山大学化学与化学工程学院广东广州510275

目的:对西藏地区不同种类红景天根中的红景天苷和酪醇含量进行测定。方法:采用HPLC法和外标法,计算不同种类红景天根中红景天苷及酪醇的含量。结果:采集的西藏地区圆齿红景天和长鞭红景天根中红景天苷的含量,不受采收季节影响,均符合中... 详细信息

目的:对西藏地区不同种类红景天根中的红景天苷和酪醇含量进行测定。方法:采用HPLC法和外标法,计算不同种类红景天根中红景天苷及酪醇的含量。结果:采集的西藏地区圆齿红景天和长鞭红景天根中红景天苷的含量,不受采收季节影响,均符合中国药典标准。结论:秋季采集的桑日县和墨竹工卡县米拉山的圆齿红景天样品品质更为优良。

关键词：红景天 HPLC 定量分析红景天苷酪醇

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二十味沉香丸质量控制标准优化

基因组学与应用生物学 2019年第9期38卷 4154-4159页

作者：嵇筱邓小宽蒋思萍曲梅高平四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610065 西藏自治区高原生物研究所拉萨850001 西藏藏医学院拉萨850000

本研究通过建立藏药二十味沉香丸的新型质量控制标准体系,为生产企业质量控制与临床安全使用提供参考。用单因素实验优化没食子酸提取工艺,以高效液相色谱法对其进行定量检测并以薄层色谱法对制剂没食子酸成分进行定性分析。结果显示,... 详细信息

本研究通过建立藏药二十味沉香丸的新型质量控制标准体系,为生产企业质量控制与临床安全使用提供参考。用单因素实验优化没食子酸提取工艺,以高效液相色谱法对其进行定量检测并以薄层色谱法对制剂没食子酸成分进行定性分析。结果显示,薄层色谱所得斑点清晰,分离度好;提取工艺和HPLC色谱条件优化后,在0.1~0.5mg/mL浓度区间内,没食子酸浓度与HPLC峰面积值呈现y=5979576x+27982的稳定线性关系,r^2值为0.999;方法学实验误差在允许范围内,没食子酸成分在24h内无明显变化。此方法作为二十味沉香丸质量控制标准,专属性强,定量准确。

关键词：二十味沉香丸广枣余甘子诃子没食子酸

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一个新的藏药臭蚤草二萜苷

高等学校化学学报 2011年第2期32卷 292-295页

作者：范华芳黄圣卓蒋思萍汪秋安朱华结湖南大学化学化工学院长沙410082 中国科学院昆明植物研究所植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室昆明650204 中国科学院研究生院北京100049 西藏高原生物研究所拉萨850001

从藏药臭蚤草的95%甲醇提取物中分离得到了2个二萜苷类化合物,采用IR,MS,1H NMR,13C NMR,ESI及HR-ESI等方法鉴定其结构分别为2-O-(2-O-Isovaleryl-β-D-glucopyranosyl)atractyligenin(1)和2-O-[2-O-Isovaleryl-3-β-D-apiofuranosyl-(1... 详细信息

关键词：藏药二萜苷臭蚤草

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西藏羊八井废弃地热热井的细菌多样性

微生物学报 2009年第2期49卷 217-226页

作者：陈彬马超周世宁卜海涛蒋思萍李晖尼珍西藏高原生物研究所拉萨850001 中山大学生命科学学院有害生物控制与资源利用国家重点实验室广州510275

【目的】旨在研究羊八井热田两废弃地热热井沉积物及热水中的细菌多样性。【方法】采用非培养分子分析技术分别构建了热井A沉积物A样、水样A以及热井B沉积物B样总DNA的16S rRNA基因文库,并对每个文库中随机挑选的克隆子进行扩增rDNA限... 详细信息

【目的】旨在研究羊八井热田两废弃地热热井沉积物及热水中的细菌多样性。【方法】采用非培养分子分析技术分别构建了热井A沉积物A样、水样A以及热井B沉积物B样总DNA的16S rRNA基因文库,并对每个文库中随机挑选的克隆子进行扩增rDNA限制性酶切片段分析(amplified ribosomal DNA restriction analysis,ARDRA),分别选取文库中不同分类单元的阳性克隆子进行测序,将所得到的数据与国际基因数据库GenBank的序列进行相似性比较并构建系统发育树。【结果】热井A和热井B的细菌类群大多为典型的栖热细菌,均以变形菌(Proteobacteria)为优势类群(在热井A沉积物A中为41.08%、在水样A中为38.00%,以及在热井B的沉积物B中为42.57%,下同),以恐球菌-栖热菌(Deinococcus-Thermus)为亚优势类群(10.71%、20.00%、21.30%);此外两热井沉积物中均发现热泉中比较少见的且为亚优势类群的酸杆菌(Acidobacteria)(在热井A沉积物A中为16.07%、在热井B的沉积物B中为19.15%),热井A沉积物中第三个亚优势类群为壁厚菌门(Firmicutes)的真杆菌(Eubacterium sp.)(14.28%);水样A中则没有检测到酸杆菌,而以产水菌门(Aquificae)的产氢杆菌属(Hydrogenobacter)为另一亚优势类群(16.00%)。此外两热井中均检测到绿弯菌(Chloroflexi)、蓝藻(Cyanobacteria)以及噬纤维菌-屈挠杆菌-拟杆菌群(Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides,CFB group)等类群的细菌。【结论】通过与文献比较分析,发现羊八井热田中细菌类群大多为典型的栖热细菌,如恐球菌-栖热菌、产水菌、绿弯菌、蓝藻以及candidate division OP类群的微生物等;但是尚有一些不常见的细菌类群如弧菌(Vibrio sp.)、Bacteriovorax sp.、未培养的酸杆菌和Holophaga(uncultured Holophaga/Acidobacterium)和未确定的疣微菌(Unidentified Verrucomicrobium)等,羊八井热田地热的开发变迁和地下冷热水交融可能与细菌类群的复杂性有关。

关键词：热井沉积物 16S rRNA基因文库系统发育分析

民族补益药藏波罗花根几种提取物的抗氧化活性和果蝇延寿作用(英文)

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中国天然药物 2012年第1期10卷 48-52页

作者：潘为高蒋思萍罗彭高平陈彬卜海涛四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064 西藏高原生物研究所拉萨850000 广西中医学院南宁530001

目的:研究藏波罗花的抗氧化、抗衰老活性价值,并探索此类活性强度随提取部位极性差异的变化规律。方法:制备不同极性的五种提取物,通过多酚含量测定、LPO 抑制和自由基清楚实验评价体外抗氧化活性及变化规律;通过果蝇寿命实验评价体内... 详细信息

目的:研究藏波罗花的抗氧化、抗衰老活性价值,并探索此类活性强度随提取部位极性差异的变化规律。方法:制备不同极性的五种提取物,通过多酚含量测定、LPO 抑制和自由基清楚实验评价体外抗氧化活性及变化规律;通过果蝇寿命实验评价体内延寿活性及变化规律。结果:五种提取物的总多酚含量具有溶剂依赖性, 由高到低顺序为:IYS4 > IYS1 >> IYS3 >IYS5 > IYS2. 稍亲脂段(IYS1 和 IYS4)具有优良的 LPO 抑制活性和 O2 -、 OH 清除活性(以维生素 C、苯甲酸、BHT 为对照), 而亲水段(IYS2、IYS3 和 IYS5)的活性不明显。提取物的体外抗氧化活性强弱顺序为:IYS4 > IYS1 > IYS3 > IYS5 ≥ IYS2。用稍亲脂段 IYS1 或 IYS4(饲料中药物终浓度 5.0 mg mL-1)喂养果蝇, 与空白相比, IYS1、IYS4 可分别使雌果蝇的平均寿命延长24.4%和23.0%, 可分别使雄果蝇的平均寿命延长15.3% 和16.9%。IYS1、IYS4可分别使雌果蝇的最高寿命延长8.4% 和11.2%,可分别使雄果蝇的最高寿命延长 9.7%和 15.8%。与空白相比, IYS1 或 IYS4 喂养的雌雄果蝇的生存曲线(15 天后)都非常显著地向右移动。用亲水段 IYS2、IYS3 或 IYS5(5.0 mg mL-1)喂养的果蝇, 延寿作用不明显。各提取物的果蝇体内延寿作用也具有一定的溶剂依赖性, 活性高低顺序为:IYS4 ≥ IYS1 >> IYS3 > IYS2 > IYS5。结论:五种提取物具有优良体外抗氧化活性和显著的果蝇体内延寿活性, 且在体外抗氧化活性与多酚含量之间存在正相关关系,延寿活性与多酚含量(或体外抗氧化活性)间也存在一定的正相关关系。各提取物对雌果蝇的延寿作用一般优于对雄果蝇延寿的作用。

关键词：藏波罗花多酚抗氧化延寿美国黑腹果蝇