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水稻和拟南芥中几丁质酶的分析(英文)

Journal of Genetics and Genomics 2007年第2期34卷 138-150页

作者：许凤华范成明何月秋云南农业大学植物病理重点试验室昆明650201

几丁质酶(EC3.***.1.14)是一种降解几丁质的糖苷酶,广泛存在于各种生物体中,并在植物中对病原真菌起重要抗性作用。首先通过BLAST在GenBank中对其同源性进行搜索,用SMART分析其结构。基于水稻和拟南芥的基因组注释,借助4个生物学软件(Sign... 详细信息

几丁质酶(EC3.***.1.14)是一种降解几丁质的糖苷酶,广泛存在于各种生物体中,并在植物中对病原真菌起重要抗性作用。首先通过BLAST在GenBank中对其同源性进行搜索,用SMART分析其结构。基于水稻和拟南芥的基因组注释,借助4个生物学软件(SignalP3.0,TMHMM2.0,TargetP1.1andbig-PiPredictor),分析了水稻所有37条和拟南芥所有24条几丁质酶序列,发现有些几丁质酶都分泌到细胞外,有些定位于液泡中,水稻中仅25条和拟南芥中仅16条几丁质酶序列有信号肽,这些信号肽的平均长度为24.8aa。利用ClustalX和MEGA3.1两个生物软件分析了59条几丁质酶序列和25条标准几丁质酶的系统发育关系,这些几丁质酶可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ等6大类。这种聚类结果与几丁质酶传统分为7类有些差异。通过对6大类中各个氨基酸残基的分析,发现丙氨酸、甘氨酸、丝氨酸和亮氨酸的使用频率在每类中都非常高,而蛋氨酸、组氨酸、色氨酸和半胱氨酸均低于20%。各大类中彼此之间的某些氨基酸使用频率明显不同,Ⅰ-Ⅵ分别富含丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、半胱氨酸、丝氨酸和赖氨酸。

关键词：几丁质酶水稻拟南芥分泌特性系统发育

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芽孢杆菌几种重要抗菌脂肽研究进展

生物工程学报 2022年第5期38卷 1768-1783页

作者：李道明王瑛陈超曾明白李倩如贾青云刘秀丽侯勇跃范成明陈宇红胡赞民山东省滨州市滨城区农业农村综合服务中心山东滨州256600 中国科学院遗传与发育生物学研究所中国科学院种子创新研究院北京100101 内蒙古农牧业科学院兽医研究所内蒙古呼和浩特010031 中国科学院大学现代农业科学学院北京101408

多种芽孢杆菌为益生菌,能分泌多种天然抗菌活性物质,其中脂肽是重要的一类。目前已鉴定的脂肽约有90多种,多数为环脂肽。脂肽中表面活性素(surfactin)、伊枯草菌素(iturin)、芬原素(fengycin)、杆菌霉素(bacillomycin)、多粘菌素(polymy... 详细信息

多种芽孢杆菌为益生菌,能分泌多种天然抗菌活性物质,其中脂肽是重要的一类。目前已鉴定的脂肽约有90多种,多数为环脂肽。脂肽中表面活性素(surfactin)、伊枯草菌素(iturin)、芬原素(fengycin)、杆菌霉素(bacillomycin)、多粘菌素(polymyxins)等是研究最广泛的脂肽。其中surfactin、iturin、fengycin由于其具有表面活性剂特性及抗真菌、抗细菌、抗病毒、抗肿瘤、抗炎症等功能,应用潜力巨大。本文对surfactin、iturin及fengycin的结构、功能、合成调控及其分离纯化和生产等方面的研究进展进行了评述。合成生物学是提高脂肽产量的重要手段,未来脂肽可用于种植业、养殖业、食品、医药、石油工业和环保等领域,因此需要在新型脂肽的发现、高产活性脂肽的生产、脂肽低廉生产技术的研发及安全性的评估等方面加强研究。

关键词：枯草芽孢杆菌脂肽结构功能合成调控

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过表达TAF9延迟拟南芥开花时间

分子植物育种 2023年第7期21卷 2220-2229页

作者：韦灯会柳霖坡张新永陈宇红范成明胡赞民云南农业大学农学与生物技术学院昆明650201 中国科学院遗传与发育生物学研究所北京100101

TATA结合蛋白相关因子(TAF)是通用转录因子IID(TFIID)复合体中的一类亚基,它具有识别核心启动区域和激活转录起始的双重功能。拟南芥TAF的部分成员已被证实在光及激素信号转导、形态建成和生殖生长过程中发挥着重要的功能,但TAF9基因功... 详细信息

TATA结合蛋白相关因子(TAF)是通用转录因子IID(TFIID)复合体中的一类亚基,它具有识别核心启动区域和激活转录起始的双重功能。拟南芥TAF的部分成员已被证实在光及激素信号转导、形态建成和生殖生长过程中发挥着重要的功能,但TAF9基因功能研究较少。本研究克隆了拟南芥TAF9的CDS及启动子,并对其基因功能和启动子活性进行了分析。结果发现:TAF9定位于细胞质和细胞核中;在长日照条件下该基因过表达显著延迟拟南芥的开花时间,且在TAF9过表达株系中,参与开花调控的关键基因CO、SPL3和FT的表达被抑制,而GA20ox1的表达被激活;从其启动子(-1500 bp)活性来看,TAF9主要在非种子组织中表达。本研究为TAF9的功能解析分析提供了重要参考。

关键词： TAF9 拟南芥基因过表达开花抑制

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工业化建筑节能减排效益测算分析

工业化建筑节能减排效益测算分析

作者：范成明大连理工大学

学位级别：硕士

进入21世纪以来,我国经济社会发展持续进步,城镇化建设也已进入加速阶段,日益发展的建筑技术、密集的资本以及广阔的建筑市场将中国的建筑业推向了一个新的高度。但建筑业资源消耗、能源消耗巨大的问题仍未得到解决,并且建筑业物质排放... 详细信息

进入21世纪以来,我国经济社会发展持续进步,城镇化建设也已进入加速阶段,日益发展的建筑技术、密集的资本以及广阔的建筑市场将中国的建筑业推向了一个新的高度。但建筑业资源消耗、能源消耗巨大的问题仍未得到解决,并且建筑业物质排放对环境造成的压力日益提升。因此,如何实现建筑业的节能减排已成为当今我国建筑业-个重要的课题。我国在20世纪90年代开始尝试采用工业化建筑这一全新的建筑生产方式,以期尽可能地减少建筑在建造和使用阶段的资源消耗、能源消耗和物质排放,缓解目前建筑业面临的环境压力。工业化建筑的特点一是机械化程度高,施工过程以吊装为主,二是建筑构件的生产由现场转移到工厂内,三是建筑构件标准化程度高,这使得工业化建筑能集约利用资源和能源,更好地控制物质排放。虽然工业化建筑在我国已经引进多年,但其生产方式在建筑建造过程中使用比例仍然较低。究其原因,一是在现阶段我国工业化建筑生产方式对资源消耗、能源消耗的节约以及物质排放的减少未能实现量化;二是工业化建筑在生产过程中的成本仍然较高,相比于传统建筑尚不具有优势;三是我国制定的工业化建筑相关政策和标准还未完善。因此,为了明确工业化建筑相对于传统建筑在节能减排方面的效益,缓解我国建筑业面临的环境压力,为我国制定有关工业化建筑的政策和标准提供参考,本文从以下两个方面对工业化建筑节能减排效益进行计算和分析：一是通过调研,以钢材、混凝土、木材、水资源、标准煤、固体废弃物等为指标,收集典型项目案例数据,并将其进一步细分为矿石资源、气体排放、原木、标准煤等原材料的消耗和排放指标进行计算分析,借以量化工业化建筑的资源消耗、能源消耗和物质排放情况;二是以标准煤为能源消耗指标,CO2排放为物质排放指标,基于脱钩理论分析应用工业化建筑对于能源消耗、物质排放与建筑业经济发展脱钩的促进作用。

关键词：工业化建筑节能减排脱钩理论效益测算分析

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兰花组织培养及分子生物学研究进展

园艺学报 2003年第4期30卷 487-491页

作者：范成明李枝林何月秋云南农业大学植物保护学院昆明650201 云南农业大学园林园艺学院昆明650201

就兰花的根、茎、叶、花和种子等方面的组织培养效率及外界条件的影响作简要综述 ,介绍分子生物学技术用于兰花遗传多样性、分类。

关键词：兰花组织培养分子生物学遗传多样性品种类型基因克隆遗传改造

根癌土壤杆菌C58 Cereon中分泌蛋白信号肽分析

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微生物学报 2005年第4期45卷 561-566页

作者：范成明李成云赵明富何月秋云南农业大学植物保护学院昆明650201

利用SignalP3.0、LipoP1.0、TMHMM2.0和TargetP1.014种蛋白分析软件预测了AgrobacteriumtumefaciensC58Cereon菌株全部基因组的4554个ORF编码的蛋白信号肽,共发现203个信号肽,且它们的氨基酸残基相对保守。其中158条具分泌型信号肽,9条具RR-motif型信号肽,28条具信号肽酶Ⅱ型信号肽,8条具细菌素-信息素型信号肽,但只有分泌蛋白AGR-C-1878p和AGR-C-1880p的信号肽氨基酸残基完全相同,表明信号肽是高度变异的。

关键词：基因组,信号肽,蛋白分析

水稻稻瘟病菌基因组中疏水蛋白的分布与聚类分析

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分子植物育种 2009年第5期7卷 978-984页

作者：吴毅歆范成明何月秋云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室昆明650201 云南省农业科学院经济作物研究所昆明650205 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

病原菌中的疏水蛋白在病原菌与寄主植物互作的过程中起着重要的作用。本研究利用BLAST工具从NCBI数据库公布的58个疏水蛋白序列中筛选得到18条稻瘟病病原菌基因组中具有潜在疏水蛋白功能的ORF,选取其中的11条ORF设计特异引物,检测其在1... 详细信息

病原菌中的疏水蛋白在病原菌与寄主植物互作的过程中起着重要的作用。本研究利用BLAST工具从NCBI数据库公布的58个疏水蛋白序列中筛选得到18条稻瘟病病原菌基因组中具有潜在疏水蛋白功能的ORF,选取其中的11条ORF设计特异引物,检测其在17个稻瘟病病原菌中的分布状况。同时,利用序列比对工具ClustalX和Mega3.0软件的邻接法,对筛选的58条已知疏水蛋白序列构建疏水蛋白的系统进化树。研究结果表明:经PCR检测,在11对引物中有4对引物高度专一且所得片断与预期大小基本一致,6对引物扩增不特异,1对引物扩增无特异条带。通过系统进化树分析得知,疏水蛋白间的平均分离度为0.62,筛选的58条疏水蛋白可分为两大类:ClusterⅠ和ClusterⅡ,分别与真菌疏水蛋白Ⅰ型和Ⅱ型相对应;所有的担子菌、稻瘟菌和绿僵菌中的疏水蛋白构成ClusterⅠ,其它真菌的疏水蛋白构成ClusterⅡ。本试验的研究将为进一步明确稻瘟病病原菌中的疏水蛋白分布状况,以及相关基因的功能验证奠定基础。

关键词：稻瘟病菌疏水蛋白系统进化特异PCR 聚类分析

2株枯草芽孢杆菌对太子参4种病原真菌的抑菌效果研究

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中国植保导刊 2017年第3期37卷 18-23页

作者：张国辉范成明佀胜利凯里学院环境与生命科学分院贵州凯里556011 中国科学院遗传与发育生物学研究所北京100101

采用枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)菌株GH18和GH19对贵州省黔东南州太子参(Pseudostellaria heterophylla)的病原真菌互隔交链孢霉菌(Alternaria alternata)、博宁刺盘孢(Colletotrichum boninense)、胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)和立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)进行了抑菌效果研究。结果表明,菌株GH18和GH19对4种病原真菌都有抑菌效果,菌株GH18无细胞滤液对互隔交链孢菌孢子的抑菌效果优于GH19。菌株GH18高温杀死菌体发酵液在浓度为2.0×10~8 cfu/L和2.0×10~7 cfu/L分别处理,对互隔交链孢霉菌、博宁刺盘孢抑菌率相近。处理3d的抑菌效果优于4 d;其发酵液的抑菌率高于无细胞滤液。菌株GH18高温杀死菌体发酵液在浓度为2.0×10~8cfu/L对互隔交链孢霉菌、博宁刺盘孢抑菌效果较好,胶孢炭疽菌效果次之。因立枯丝核菌气生菌丝生长旺盛,抑菌率较低,故不适合采用生防菌GH18和GH19进行生防。

关键词：太子参生防菌互隔交链孢霉菌博宁刺盘孢胶孢炭疽菌立枯丝核菌抑菌率

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单倍型分析技术研究进展

生物工程学报 2018年第6期34卷 852-861页

作者：李双双张迎新范成明陈宇红邓传良胡赞民河南师范大学生命科学学院河南新乡453007 中国科学院遗传与发育生物学研究所北京100101 中国科学院大学北京100049

单倍型是指共存于单条染色体上的一系列遗传变异位点的组合,每条染色体都有自己独特的单倍型。单倍型分析技术作为一种常用的数据分析方法,是寻找单染色体上杂合SNP变异位点的有效方法,也对挖掘致病基因、寻找疾病治疗新方法有重要作用... 详细信息

单倍型是指共存于单条染色体上的一系列遗传变异位点的组合,每条染色体都有自己独特的单倍型。单倍型分析技术作为一种常用的数据分析方法,是寻找单染色体上杂合SNP变异位点的有效方法,也对挖掘致病基因、寻找疾病治疗新方法有重要作用。它主要包括间接推断法和直接实验法。文中介绍了各种单倍型分析方法及应用,尤其详细介绍了单分子稀释法和保留邻近性的转座酶测序法,同时对单倍型分析技术的应用前景进行了展望。

关键词：单倍型单倍型分析技术间接推断法直接实验法单倍型组装