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刺激下拟南芥基因逻辑网络构建与分析

刺激下拟南芥基因逻辑网络构建与分析

作者：苏延森山东科技大学

学位级别：硕士

复杂系统的结构决定系统的整体功能,对复杂系统建立复杂网络的数学模型是研究复杂系统功能的一种重要的理论方法。依照系统生物学观点,建立基因组的网络模型,特别是建立含高阶逻辑的逻辑网络,通过逻辑因果性分析阐述拟南芥生理反应的机... 详细信息

复杂系统的结构决定系统的整体功能,对复杂系统建立复杂网络的数学模型是研究复杂系统功能的一种重要的理论方法。依照系统生物学观点,建立基因组的网络模型,特别是建立含高阶逻辑的逻辑网络,通过逻辑因果性分析阐述拟南芥生理反应的机理有重要的意义。本文从NCBI、EBI基因表达数据库中搜集拟南芥在正常条件下(对照组)和在短光照、长光照、病菌、盐四种刺激条件下(实验组Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ)的数据,整合同一生长条件下的拟南芥基因组表达数据,并基于这些数据得到抽象基因。利用系统发生谱的逻辑分析方法逆向构建抽象基因组网络模型,特别是建立含高阶逻辑的逻辑网络,通过对网络结构进行比对和分析,发现实验组与对照组网络的二阶逻辑类型分布和社团化结构都有显著差异：对照组逻辑网络只存在第3类二阶逻辑,而实验组存在除第7、8类以外的所有二阶逻辑类型;对照组逻辑网络的社团结构较实验组明显。进而构建文中定义的纲领基因逻辑网络并进行动力学模拟,通过比对动力学模型的状态稳定性发现实验组与对照组网络存在明显差异：对照组吸引子总数少于各实验组,对照组中具有较大规模吸引域的一周期吸子数目远远高于各实验组。上述网络建模与模型分析方法用于其他植物刺激下的数据表达谱时,对于理解基因组应对刺激的内在机理研究应该具有普遍的意义。

关键词：系统生物学基因网络高阶逻辑网络动力字

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水下爬行机器人多目标路径规划的研究

合肥工业大学学报（自然科学版） 2019年第2期42卷 178-183,229页

作者：于晖苏延森中国电子科技集团公司第三十八研究所安徽合肥230088 安徽大学计算机科学与技术学院安徽合肥230039

文章提出使用一种基于三角网格的fast marching(TFM)算法解决水下爬行机器人在2.5维水底地表环境下的路径规划问题,在制定规划算法的费用函数时,考虑了地形特征因素、水下爬行机器人的运动限制、任务本身要求等多个目标的决策和限制。... 详细信息

文章提出使用一种基于三角网格的fast marching(TFM)算法解决水下爬行机器人在2.5维水底地表环境下的路径规划问题,在制定规划算法的费用函数时,考虑了地形特征因素、水下爬行机器人的运动限制、任务本身要求等多个目标的决策和限制。通过仿真实验,验证了该算法在2.5维复杂水底地表环境下可以生成一条连续、平滑、最优的路径,并且可以根据不同的任务目标规划出满足任务要求的最优路径。蒙特卡罗实验表明,该算法运行速度非常快,可以进行在线规划。

关键词：水下爬行机器人路径规划快速步进法三角网格多目标

政府投入类高校科研项目绩效评价指标体系构建及应用

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科技进步与对策 2016年第5期33卷 117-121页

作者：陈小锋毛羽苏延森华中科技大学公共管理学院湖北武汉430074 安徽大学计算机科学与技术学院安徽合肥230601

以高等院校为研究对象,构建了政府投入类科研项目绩效评价指标体系,并采用主客观综合赋权法对指标赋权。通过湖北省高校的实际应用,发现科研基础和科研产出在高校科研绩效评价中占有重要地位。

关键词：绩效评价科研项目综合赋权法高等院校

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基于单步添加团的重叠社团检测算法

华南理工大学学报（自然科学版） 2016年第9期44卷 24-31页

作者：张兴义郑雯王从涛丁转莲苏延森安徽大学计算机科学与技术学院∥生物智能与知识发现研究所安徽合肥230601

基于局部扩充的重叠社团检测算法由单个节点或团出发,不断添加新的节点而获得最终的社团划分,但现有算法均为每次添加一个节点,没有充分考虑所添加节点的局部信息,从而影响了社团检测结果的准确性.为此,文中提出了一种基于单步添加团的... 详细信息

基于局部扩充的重叠社团检测算法由单个节点或团出发,不断添加新的节点而获得最终的社团划分,但现有算法均为每次添加一个节点,没有充分考虑所添加节点的局部信息,从而影响了社团检测结果的准确性.为此,文中提出了一种基于单步添加团的重叠社团检测算法,该算法从一个团开始,通过不断添加此团邻居内适应度增值最大的团,使算法在局部扩充时不仅考虑了所添加节点与已有社团的连接紧密性,而且考虑了所添加节点内部的连接情况.在真实网络和计算机生成网络上的实验结果表明,与现有基于局部扩充的重叠社团检测算法相比,文中算法可以更准确地检测出复杂网络中的重叠社团.

关键词：复杂网络社团检测重叠社团局部扩充

面向健康体检数据的多目标Top-k频繁模式挖掘方法

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控制与决策 2023年第1期38卷 190-200页

作者：邱剑锋武梦雨储建军张兴义苏延森安徽大学计算智能与信号处理教育部重点实验室合肥230039 安徽大学计算机科学与技术学院合肥230039 合肥市第二人民医院合肥230012

为解决现有的模式挖掘方法没有充分利用体检数据中检查项的异常程度与特定疾病之间相关性的问题,提出一种面向健康体检数据的多目标Top-k频繁模式挖掘方法.首先,针对体检数据的特点,提出异常度和覆盖率两个指标,在此基础上,将Top-k频繁... 详细信息

为解决现有的模式挖掘方法没有充分利用体检数据中检查项的异常程度与特定疾病之间相关性的问题,提出一种面向健康体检数据的多目标Top-k频繁模式挖掘方法.首先,针对体检数据的特点,提出异常度和覆盖率两个指标,在此基础上,将Top-k频繁模式挖掘建模为一个多目标优化问题;其次,针对该问题,提出一种基于偏好的种群初始化策略和一个面向模式和项的双层更新策略,并基于此设计一种高效的进化多目标优化算法进行求解.实验结果表明,所提出方法所获得的Top-k个模式不仅能够有效地反映其与特定疾病之间的关联性,而且能够提供多样化的模式,为健康管理提供重要的参考依据.

关键词： Top-k频繁模式健康体检数据多目标进化优化异常度覆盖率基于偏好的初始化策略双层更新策略

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离散数学研究型教学模式的探索

电脑知识与技术 2020年第30期16卷 85-86页

作者：苏延森张磊程凡安徽大学计算机科学与技术学院安徽合肥230601

离散数学是计算机科学中的基础课程。传统教学模式难以培养学生的抽象思维及发散思维,难以调动学生的学习主动性。针对离散数学在计算机专业课程中的基础性地位及其理论概念抽象的特点,从培养创新型研究人才的需求出发,开展基于问题驱... 详细信息

离散数学是计算机科学中的基础课程。传统教学模式难以培养学生的抽象思维及发散思维,难以调动学生的学习主动性。针对离散数学在计算机专业课程中的基础性地位及其理论概念抽象的特点,从培养创新型研究人才的需求出发,开展基于问题驱动的研究性教学示范课程建设是很有必要的。笔者就开展离散数学课程研究型教学的难点进行了分析,并提出了解决方法和措施。

关键词：离散数学研究型教学问题驱动

大范围复杂战场环境下自主式水下机器人多目标路径规划的研究

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科技视界 2017年第9期 5-7页

作者：于晖苏延森中国电子科技集团公司第三十八所安徽合肥230088 安徽大学计算机科学与技术学院安徽合肥230039

高质量的规划路径对自主式水下机器人(AUV)安全航行和高效成功完成任务起到了至关重要的作用。本文使用Fast Marching算法来解决AUV在三维大范围战场环境下的路径规划问题,并且在规划路径时考虑了碰撞障碍物和水雷的风险、被声纳发现的... 详细信息

高质量的规划路径对自主式水下机器人(AUV)安全航行和高效成功完成任务起到了至关重要的作用。本文使用Fast Marching算法来解决AUV在三维大范围战场环境下的路径规划问题,并且在规划路径时考虑了碰撞障碍物和水雷的风险、被声纳发现的概率、路径长度、AUV下潜深度和转弯半径等多个因素的影响。最后,在一组水下地形高程图和声纳与水雷密度图上通过仿真实验验证所提出的算法在大范围战场环境下进行路径规划的可行性、安全性和高效性。

关键词：自主式水下机器人路径规划多目标战场快速步进法.

面向211高校计算机专业的计算机文化基础教学的几点思考——以安徽大学为例

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电脑知识与技术 2017年第9期13卷 94-95页

作者：张磊苏延森程凡安徽大学计算机科学与技术学院安徽合肥230039

计算机文化基础是安徽大学计算机科学与技术学院计算机专业大一新生的基础课程,涉及操作系统、数据库、计算机网络、信息安全等基本知识,由于其教学内容繁杂以及新生的基础差异性很大等特点,使得高质量地完成计算机文化基础教学成为一... 详细信息

计算机文化基础是安徽大学计算机科学与技术学院计算机专业大一新生的基础课程,涉及操作系统、数据库、计算机网络、信息安全等基本知识,由于其教学内容繁杂以及新生的基础差异性很大等特点,使得高质量地完成计算机文化基础教学成为一项挑战性的任务。该文结合作者近年来的计算机文化基础的教学经历,首先总结了我院计算机文化基础教学过程中所遇到的比较普遍的几个问题,最后给出了解决这些问题的一些方法和措施。

关键词：计算机文化基础抛锚式教学模式课堂互动

面向"互联网+"的软件工程专业人才培养保障体系

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电脑知识与技术 2020年第10期16卷 82-83,85页

作者：程凡苏延森孙登第邱剑锋安徽大学计算机科学与技术学院安徽合肥230039

"互联网+"是当前社会的一个热点名词,它在推进我国社会经济发展的同时,也给国内各高校的本科人才培养提出了更多的要求.其中一个重要要求就是如何构建面向"互联网+"专业人才培养保障体系.对此,该文以安徽大学计算机科学与技术学院为例,... 详细信息

"互联网+"是当前社会的一个热点名词,它在推进我国社会经济发展的同时,也给国内各高校的本科人才培养提出了更多的要求.其中一个重要要求就是如何构建面向"互联网+"专业人才培养保障体系.对此,该文以安徽大学计算机科学与技术学院为例,重点介绍了该院软件工程专业的人才培养保障体系改革,包括制定面向"互联网+"的一体化专业人才培养体系;组建面向软件工程专业教学质量的监督组织;制定面向软件工程理论/实践教学的质量保障机制;建设面向"互联网+"的软件工程质量保障平台.该文为探索"互联网+"背景下的人才培养保障体系做出了积极的探索.

关键词：互联网+ 人才培养保障体系软件工程