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猪Mitf基因的比较基因组学和进化分析

生物技术通报 2010年第7期26卷 161-167页

作者：艾华水胡小芬周利华江西农业大学农业部江西省动物生物技术重点实验室南昌330045

Mitf(Microphthalmia-associtated transcription factor)是小眼畸形相关转录因子,在黑色素细胞的发育、分化和功能调节上起着重要作用,同时还参与了其它3种细胞包括肥大细胞、破骨细胞和眼色素上皮细胞的发育和分化。针对猪的Mitf基因,... 详细信息

Mitf(Microphthalmia-associtated transcription factor)是小眼畸形相关转录因子,在黑色素细胞的发育、分化和功能调节上起着重要作用,同时还参与了其它3种细胞包括肥大细胞、破骨细胞和眼色素上皮细胞的发育和分化。针对猪的Mitf基因,从GenBank核酸数据库和proenseml网站下载4条猪的含有Mitf基因片段的基因组序列与牛、人、鼠3种物种的Mitf基因组序列进行比较基因组分析,结果发现,下载的猪Mitf基因组序列或没有排序,或存在一定错误排列。通过生物信息学和比较基因组分析,将猪Mitf基因的基因组序列进行重新组装,得到由6条有序基因组片段组成的较为完整的Mitf基因组序列,并根据人类Mitf基因的转录本信息推测出5种不同猪Mitf基因的转录本。进化分析表明,在人类、小鼠、猪、牛、马和狗中,猪和牛Mitf基因的进化关系最近,提示做猪基因的生物信息学分析可借鉴牛的基因分析结果。

关键词：猪小眼畸形相关转录因子电子重排比较基因组学

生长激素基因(GH2)多态性与猪部分生产性能的关系

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Acta Genetica Sinica 2002年第2期29卷 111-114页

作者：王文君陈克飞任军丁能水林万华高军艾华水黄路生江西农业大学江西省动物生物技术重点实验室江西农业大学食品科学系南昌330045

采用PCR -RFLP对南昌白猪 (117头 )和大约克夏猪 (36 1头 )的GH 2基因 - 119～ +486bp的片段进行了扩增 ,并用ApaⅠ酶切 ,产生了 2个等位基因A(44 9+10 1+5 5bp)和B(316 +133+10 1+5 5bp)。分析了不同基因型对个体初生重、2月龄重、4月... 详细信息

采用PCR -RFLP对南昌白猪 (117头 )和大约克夏猪 (36 1头 )的GH 2基因 - 119～ +486bp的片段进行了扩增 ,并用ApaⅠ酶切 ,产生了 2个等位基因A(44 9+10 1+5 5bp)和B(316 +133+10 1+5 5bp)。分析了不同基因型对个体初生重、2月龄重、4月龄重、6月龄重、校正背膘厚、平均背膘厚、瘦肉率和料重比等生产性能的影响。结果表明 ,在南昌白猪中 ,不同GH 2基因型间在所测的生产性能上差异不显著 (P >0 0 5 ) ;在大约克夏猪中 ,AA型猪的瘦肉率最低、与BB型猪相比 ,差异显著 (P <0 0 5 )。

关键词：猪生长激素基因 PCR-RFLP 生产性能 GH2 多态性

猪a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)在26个中外猪种中的遗传变异研究(英文)

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Acta Genetica Sinica 2003年第9期30卷 830-834页

作者：晏学明任军郭源梅丁能水陈克飞高军艾华水陈从英麻骏武黄路生江西农业大学江西省动物生物技术重点开放实验室南昌330045

肠毒素大肠杆菌F18(ECF18)是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌 ,a1 岩藻糖转移酶基因(FUT1)是ECF18侵染猪小肠的受体蛋白候选基因。通过采用PCR RFLP方法检测了 5个西方商业猪种以及 2 1个中国地方猪种 (群 ) 14 5 8个个体在FUT... 详细信息

肠毒素大肠杆菌F18(ECF18)是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌 ,a1 岩藻糖转移酶基因(FUT1)是ECF18侵染猪小肠的受体蛋白候选基因。通过采用PCR RFLP方法检测了 5个西方商业猪种以及 2 1个中国地方猪种 (群 ) 14 5 8个个体在FUT1基因开放阅读框架的 30 7核苷酸位点的G A点突变 (M30 7G A)遗传变异。结果表明 :5个外来猪种以及中国地方猪种中的临高猪在该FUT1基因位点存在多态性 ,其他中国地方猪种均表现为极端的单态分布 ,只有易感的GG基因型 ,没有多态性。由此提示 :1)如果猪FUT1M30 7G A 点突变是决定猪小肠上ECF18受体表达与否的关键因素 ,则绝大部分中国地方猪种均不具备抵抗ECF18的遗传基础 ,这除了表明ECF18抗性基因有可能起源于西方猪种外 ,同时也表明对中国地方猪种中在这个位点惟一存在多态性的海南临高猪的品种资源保存具有非常重要的意义。 2 )一般而言 ,在中国的养猪生产实践中 ,中国地方猪种的仔猪抗水肿与腹泻病能力普遍强于外来猪种 ,研究的结果提示有必要对中国地方猪种所具备的上述遗传抗性做更深入的研究 ,寻找、定位其相应的QTL或和抗性基因。

关键词：猪大肠杆菌F18 FUT1基因遗传变异

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

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Acta Genetica Sinica 2002年第9期29卷 774-781,T002页

作者：任军黄路生艾华水 Gary Evens 高军陈克飞丁能水邓素华江西农业大学江西省动物生物技术重点实验室南昌330045 DepartmentofPathology UniversityofCambridge

利用 12对AFLP引物组合检测了 19个中国地方猪种 (群 )、1个培育猪种和 4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异 ,根据AFLP分析结果计算了 2 4个猪种 (群 )间的遗传相似系数 ,据此构建了UPGMA聚类关系图。结果表明 ,AFLP标记有着很高... 详细信息

利用 12对AFLP引物组合检测了 19个中国地方猪种 (群 )、1个培育猪种和 4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异 ,根据AFLP分析结果计算了 2 4个猪种 (群 )间的遗传相似系数 ,据此构建了UPGMA聚类关系图。结果表明 ,AFLP标记有着很高的多态检测效率 (Ai) ,平均每个引物组合检测到 17.3个多态标记 ,非常适合于猪种(群 )遗传多样性分析和品种鉴定 ;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显 ,两类猪群间的亲缘关系较远 ;南昌白猪与大白猪、铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系 ,分别与其育成历史、地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种 (群 )的聚类分析结果与其形态学。

关键词：中国地方品种国外引进品种猪种 AFLP多态性群体遗传关系

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应用四元回归分析估测黄牛活重

西北农林科技大学学报（自然科学版） 2002年第6期30卷 73-76页

作者：禹学礼陈洪军艾华水栗颖华昝林森河南科技大学动物科技学院河南洛阳471003 江西农业大学动物科技学院江西南昌330045 洛阳白马寺种公牛站河南洛阳471013 西北农林科技大学动物科技学院陕西杨陵712100

　根据蒙城本地黄牛、秦本F1代、西本F1代(秦:秦川牛;西:西门塔尔牛;本:蒙城本地黄牛)及豫北黄牛、本夏利F2代和本夏西F2代(本:豫北黄牛;夏:夏洛来牛;西:西门塔尔牛)的体尺体重资料,运用生物统计方法对黄牛活重进行了四元回归分析,并建... 详细信息

　根据蒙城本地黄牛、秦本F1代、西本F1代(秦:秦川牛;西:西门塔尔牛;本:蒙城本地黄牛)及豫北黄牛、本夏利F2代和本夏西F2代(本:豫北黄牛;夏:夏洛来牛;西:西门塔尔牛)的体尺体重资料,运用生物统计方法对黄牛活重进行了四元回归分析,并建立了黄牛活重估测的四元回归方程。

关键词：四元回归分析估测黄牛活重

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单链莫奈林基因表达载体的构建及其分泌表达

复旦学报（自然科学版） 2003年第4期42卷 536-540页

作者：袁汉英艾华水范长胜高卜渝黄路生李育阳复旦大学生命科学学院上海200433 江西农业大学江西省动物生物技术重点实验室南昌330045

根据甜蛋白莫奈林的氨基酸序列,选择酵母偏爱密码子,化学合成单链莫奈林(Single ChainMonellin,SCM)基因片段,并拼接成全基因.基因的DNA序列分析表明,合成的单链莫奈林基因与设计的一致.该基因插入于毕赤氏酵母整合型质粒pPIC9K中置于A... 详细信息

根据甜蛋白莫奈林的氨基酸序列,选择酵母偏爱密码子,化学合成单链莫奈林(Single ChainMonellin,SCM)基因片段,并拼接成全基因.基因的DNA序列分析表明,合成的单链莫奈林基因与设计的一致.该基因插入于毕赤氏酵母整合型质粒pPIC9K中置于AOXI启动子的控制下,并通过电转化技术将重组质粒pPIC9K/SCM导入Pichiapastoris,在含有G418的YEPD平板上筛选整合型的多拷贝的转化子.转化子在BMMY培养基中经甲醇诱导表达,用SDS PAGE检测发酵液,表明SCM的分泌表达蛋白可达发酵液蛋白含量的90%.

关键词：单链莫奈林基因毕赤氏酵母分泌表达

猪黑素皮质素受体1(MC1R)基因与毛色表型的研究

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Acta Genetica Sinica 2003年第10期30卷 949-954页

作者：邓素华高军任军陈克飞丁能水艾华水林万华王文君刘宝生赖芬菊黄路生江西农业大学江西省动物生物技术重点实验室南昌330045 江西农业大学动物科学技术学院南昌330045

猪的毛色表型虽然与经济性状没有直接相关 ,但它却对经济效益产生重要影响 ,在猪育种实践、商品猪生产等方面都有应用。结合PCR AccⅡ RFLP、PCR BspHⅠ RFLP及PCR SSCP技术 ,分析了 16个全同胞家系和金华猪、嘉兴黑猪、玉山黑猪、乐... 详细信息

猪的毛色表型虽然与经济性状没有直接相关 ,但它却对经济效益产生重要影响 ,在猪育种实践、商品猪生产等方面都有应用。结合PCR AccⅡ RFLP、PCR BspHⅠ RFLP及PCR SSCP技术 ,分析了 16个全同胞家系和金华猪、嘉兴黑猪、玉山黑猪、乐平花猪、上高两头乌猪及嵊县花猪等 6个地方猪种随机采样个体的黑素皮质素受体 1(MC1R)基因型。结果显示 ,地方猪种在MC1R位点携带高频率的显性黑等位基因ED1 ,表明我国地方猪种的黑毛色可能主要由显性黑等位基因ED1 调控。通过对嵊县花猪MC1R位点的分析 ,首次发现PCR SSCP证据的新序列 ,与已知的其他 5个等位基因带型不同。家系个体的分析结果进一步验证了ED1 对EP、e为完全显性 ,EP

关键词：猪 MCIR基因 PCR-HELPs PCR-SSCP 毛色

凡纳滨对虾抗WSSV选育家系的建立及其抗病特性

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水产学报 2013年第3期37卷 359-366页

作者：黄永春艾华水潘忠诚陈锚翁少萍何建国李色东中山大学生命科学学院集美大学水产学院广东湛江恒兴集团有限公司

2002—2007年在人工感染白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的基础上进行一代个体选育(G1)后,对凡纳滨对虾连续进行4代家系选育,共建立120个抗WSSV家系,感染实验结果显示,G2～G5选育家系对虾平均成活率分别为5.57%±9.83%,... 详细信息

2002—2007年在人工感染白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的基础上进行一代个体选育(G1)后,对凡纳滨对虾连续进行4代家系选育,共建立120个抗WSSV家系,感染实验结果显示,G2～G5选育家系对虾平均成活率分别为5.57%±9.83%,8.66%±11.52%,9.52%±8.84%和13.79%±12.86%;G2～G5选育家系对虾平均成活率的变异系数分别为1.77、1.40、0.97和0.87。根据每个家系对虾的成活情况每个世代可分为敏感、中等抗性和高抗性家系,G2～G5敏感家系在各代选育家系中的比例逐年下降,分别占76.5%、55.2%、51.4%和33.3%,抗病成活率分别为0.44%±1.09%、0.78%±1.70%、2.27%±2.76%和2.44%±3.09%,感染WSSV后2～3 d出现1个急性死亡高峰;中等抗病家系在各代选育家系中的比例逐年上升,分别占0、20.7%、31.1%和38.5%,抗病成活率分别为0、9.08%±1.46%、10.7%±1.41%和11.36%±3.30%,感染WSSV后出现2个死亡高峰,第1死亡高峰值大于第2高峰;高抗家系在各代选育家系中的比例逐年上升(G4除外),分别占23.5%、24.1%、17.1%和28.2%,抗病成活率分别为22.23%±5.21%、22.70%±12.30%、24.45%±6.56%和28.98%±8.09%,感染WSSV后出现2个死亡高峰,第1死亡高峰值小于第2高峰。经连续的定向选育,对虾抗病性状一代比一代强,表现出明显的抗病性能,特别是高抗对虾不仅死亡率低且其死亡高峰推迟2～3 d,延缓了对虾WSSV暴发的时间,但是每代每尾对虾平均产卵量逐年下降。

关键词：凡纳滨对虾白斑综合征病毒家系选育

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猪小体型相关受选择基因位点的研究

畜牧兽医学报 2016年第10期47卷 1977-1985页

作者：李完波朱亚玲艾华水郭添福江西农业大学省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室南昌330045

旨在通过对比大、小体型两组中国地方猪种在基因组上的遗传分化,检测出全基因组选择信号,以期能鉴别出影响猪体型大小的相关基因及可能的突变位点,解析小体型猪种形成的分子机制。本研究选用小体型的五指山猪和巴马香猪,以大体型的金华... 详细信息

旨在通过对比大、小体型两组中国地方猪种在基因组上的遗传分化,检测出全基因组选择信号,以期能鉴别出影响猪体型大小的相关基因及可能的突变位点,解析小体型猪种形成的分子机制。本研究选用小体型的五指山猪和巴马香猪,以大体型的金华猪、二花脸、河套大耳猪为对照,基于全基因组重测序数据,使用两组猪群间的遗传分化系数(Fst)和小体型猪组内的杂合度(Heterozygosity)检测体型选择信号。Fst值较大而杂合度小的染色体区段作为体型相关的受选择候选区域。对这些候选区域所包含的基因进行基因功能及通路的注释分析、以及突变位点的搜寻,试图揭示与猪体型大小相关的可能受选择的基因和突变。结果,通过筛选全基因组重测序数据,我们得到32 475 218个高质量的SNPs,利用40kb的滑动窗口进行Fst和杂合度的计算。Fst值经Z转换(Z(Fst))后大于5的区段有242个。取杂合度最小值的前200个区间与242个Z(Fst)>5的区间的交集,确定了13个受选择候选区域,其中共包含28个基因。通过PANTHER进行基因注释,发现了17个与体型性状相关的候选基因,包括IGF1R、GUCY1A3等功能候选基因。本研究基于高通量测序数据,结合群体遗传学分析手段,确定了与体型大小相关的受选择区域,综合分析推测五指山和巴马香小体型猪的形成可能是由于处于非基因编码区域的一个或者多个突变造成。

关键词：小型猪全基因组重测序选择信号体型大小候选基因