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2009—2016年上海人冠状病毒OC43分子流行病学研究

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中华预防医学杂志 2018年第1期52卷 55-61页

作者：杨懿婧胡芸文生命科学学院温州医科大学检验医学院325035 上海市公共卫生临床中心 201508 生命科学学院温州医科大学检验医学院325035

目的分析上海2009年11月至2016年4月人冠状病毒（HCoV）流行特征,以及HCoV-OC43基因型分布和变异变迁规律.方法收集2009年11月至2016年4月期间上海7家哨点医院感染科急性呼吸道感染患者的临床资料和呼吸道样本,包括咽拭子、痰、鼻咽... 详细信息

目的分析上海2009年11月至2016年4月人冠状病毒（HCoV）流行特征,以及HCoV-OC43基因型分布和变异变迁规律.方法收集2009年11月至2016年4月期间上海7家哨点医院感染科急性呼吸道感染患者的临床资料和呼吸道样本,包括咽拭子、痰、鼻咽抽吸物和肺泡灌洗液,共6059例.采用HCoV通用引物对患者样本进行检测并测序分型.HCoV-OC43阳性样本进一步采用特异性引物对刺突蛋白、依赖RNA的RNA聚合酶（RDRP）和核衣壳蛋白全基因进行扩增和测序,并通过全基因序列构建进化树对HCoV-OC43进行基因分型和进化分析.结果共检出HCoV 63株（1.04%）,其中HCoV-OC43检出数最多,为34株,其后依次是HCoV-229E和HCoV-HKU1,检出数分别为18和10株,而HCoV-NL63、重症急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）均未检出.29例HCoV-OC43阳性样本获得刺突蛋白、RDRP和核衣壳蛋白全基因序列,根据进化树分析显示,其中27例为D型,2例为B型,而其他基因型E、F、G均未检出,其中D型为主导基因型.进一步分析与HCoV-OC43进入宿主和中和抗体产生相关的刺突蛋白发现,刺突蛋白重要的功能结构域——N端结构域（NTD）和受体结合结构域（RBD）含有较多氨基酸变异和阳性选择位点,并伴有氨基酸插入/缺失.13个阳性选择位点均位于NTD或RBD,其中10个位于NTD,3个位于RBD.结论2009—2016年,上海流行的HCoV主要为HCoV-OC43,其中D型为优势基因型.刺突蛋白的NTD区和RBD区是HCoV-OC43进化过程中的高变区域,伴有氨基酸替换、氨基酸插入/缺失.

关键词：冠状病毒OC43,人基因型分子流行病学

诺如病毒新型GII.4流行株Sydney_2012在上海地区的检出和鉴定

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病毒学报 2013年第6期29卷 608-614页

作者：沈震王刚宰淑蓓胡芸文袁正宏张军上海市公共卫生临床中心上海201508 复旦大学上海医学院上海20032

为了解上海地区诺如病毒相关急性胃肠炎疫情的流行病学特点及流行株基因型的演化情况，2012年3月至2013年2月，收集上海市两处哨点医院成人急性胃肠炎粪便样本进行诺如病毒的分子检测并对其基因特征进行系统分析。在502份样本中，GI群... 详细信息

为了解上海地区诺如病毒相关急性胃肠炎疫情的流行病学特点及流行株基因型的演化情况，2012年3月至2013年2月，收集上海市两处哨点医院成人急性胃肠炎粪便样本进行诺如病毒的分子检测并对其基因特征进行系统分析。在502份样本中，GI群共检出19例，检出率3．78％，呈现低位流行、全年散发的状态，无明显的季节分布；GII群检出86例，检出率17．13％，在10～12月出现高位流行，并发现中老年人群GII群诺如病毒检出率显著高于青年个体（Pd0．05）。同时首次于2012年9月在上海地区检出新型GII．4变异株Sydney-2012，证实是该变异株引发了2012年秋冬季诺如病毒急性胃肠炎的高位流行。序列分析表明该变异株为GII．e型开放阅读框（Openreadingframe，ORF）1与GII．4型ORF2的重组体，目前已成为本地区的优势流行株。研究发现，2012年上海地区出现GII．4新型变异株Sydney_2012，并引发秋冬季诺如病毒急性胃肠炎的高位流行。

关键词： GII.4流行株 Sydney_2012 上海重组株

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丙型肝炎病毒全长cDNA模板的构建及鉴定

中华实验和临床病毒学杂志 2004年第2期18卷 122-126页

作者：毛红霞胡芸文吴瑛兰水云袁正宏复旦大学上海医学院

目的　构建具有功能的丙型肝炎病毒 (HCV)全长cDNA克隆。方法　应用长模板RT PCR法扩增 1份上海地区HCV感染者血清的RNA(基因型为 1b) ,分段扩增、融合拼接成 9 2kb的基因片段 ,克隆入含有HCV基因两端非编码区序列的载体作为模板。为检... 详细信息

目的　构建具有功能的丙型肝炎病毒 (HCV)全长cDNA克隆。方法　应用长模板RT PCR法扩增 1份上海地区HCV感染者血清的RNA(基因型为 1b) ,分段扩增、融合拼接成 9 2kb的基因片段 ,克隆入含有HCV基因两端非编码区序列的载体作为模板。为检测此过程是否发生对特定变异株的选择 ,分析 4个独立克隆的HVR1序列。对原核细胞中表达的HCV核心蛋白、NS3蛋白酶及解旋酶 ,以蛋白印迹实验确证其免疫反应性。并构建NS3 4A SEAP表达系统检验NS3的蛋白酶活性。结果　获得丙型肝炎病毒全长cDNA模板。不同克隆间HVR1序列存在较大差异 ,提示长模板RT PCR所制备HCVcDNA具有HCV基因准种 (quasispecies)的特性。该模板编码基因在原核细胞内得到高效表达 ,并具有良好的免疫反应性。在NS3 4A SEAP表达系统内 ,NS3可切割、释放其下游的SEAP ,具有蛋白酶活性。结论　本工作为构建全长功能性HCVcDNA模板及感染性克隆奠定了基础。

关键词：丙型肝炎病毒全长cDNA 模板鉴定克隆逆转录聚合酶链反应

慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒NS5A区序列与干扰素疗效的关系

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中华实验和临床病毒学杂志 2002年第2期16卷 114-118页

作者：胡芸文吴瑛袁正宏闻玉梅唐美芳蒋伟伦复旦大学医学院分子病毒学实验室上海200032 上海市传染病医院

目的　探讨上海地区丙型肝炎病毒 (HCV) 1b亚型慢性感染者的血清HCV非结构基因5A(NS5A)与干扰素 (IFN)疗效的关系。方法　收集上海地区 2 4例HCV1b慢性感染者在干扰素治疗前后及随访过程中的血清标本 ,定量检测治疗前血清HCVRNA ,用逆转... 详细信息

目的　探讨上海地区丙型肝炎病毒 (HCV) 1b亚型慢性感染者的血清HCV非结构基因5A(NS5A)与干扰素 (IFN)疗效的关系。方法　收集上海地区 2 4例HCV1b慢性感染者在干扰素治疗前后及随访过程中的血清标本 ,定量检测治疗前血清HCVRNA ,用逆转录聚合酶链反应方法扩增NS5A的干扰素敏感决定区 (ISDR)基因并进行测序和分析。另扩增干扰素应答类型不同的 3例患者治疗前后共 5株HCV病毒的NS5A全长序列 ,测序后作种系发生树分析及蛋白二级结构预测。结果　治疗前血清HCVRNA的定量结果显示 ,持续应答组的病毒滴度 (平均滴度 4 50× 1 0 4copies ml)明显低于复发组和无应答组 (平均滴度 1 82× 1 0 7copies ml)。 2 4例慢性丙型肝炎患者干扰素治疗前血清HCV的ISDR氨基酸序列与抗干扰素的HCV J株比较 ,1 3例为野生型 ,1 1例为中间型 ,无突变型。 6例完全应答者 3例感染的是野生型株 ,另 3例感染的是中间型病毒株。 5株HCV病毒的NS5A全长序列种系发生树显示 ,3种不同应答类型株在种系发生上分属 3个组别 ,无应答株与抗干扰素的HCV J株关系相近被归为 1组。蛋白质二级结构预测显示 ,上述病毒株NS5A蛋白在二级结构方面基本相似 ,仅在 2 2 55～ 2 2 89范围内有明显不同 ,这一区域与PKR结合域部分重叠。结论　HCVNS5A基因?

关键词：丙型肝炎病毒基因结构病毒干扰素α 氨基酸序列

丙型肝炎病毒1b亚型E2区序列与干扰素治疗应答的关系

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中华传染病杂志 2004年第5期22卷 318-322页

作者：胡芸文唐美芳蒋伟伦袁正宏复旦大学上海医学院分子病毒学实验室上海200032 上海市传染病医院

目的探讨上海地区丙型肝炎病毒(HCV)1b亚型感染者E2区的高变区1(HVR1)和高变区2(HVR2)、双链RNA激活的蛋白激酶真核翻译启动因子磷酸化同源区域(PePHD)及其邻近区域的基因序列与干扰素应答的相关性。方法收集上海地区24例HCV1b慢性感染... 详细信息

目的探讨上海地区丙型肝炎病毒(HCV)1b亚型感染者E2区的高变区1(HVR1)和高变区2(HVR2)、双链RNA激活的蛋白激酶真核翻译启动因子磷酸化同源区域(PePHD)及其邻近区域的基因序列与干扰素应答的相关性。方法收集上海地区24例HCV1b慢性感染者在α干扰素治疗前后及随访过程中的血清标本,用逆转录聚合酶链反应扩增E2区的HVR1、HVR2、PePHD及其邻近区域的基因并进行测序和氨基酸同源性分析。结果治疗前的HVR1区氨基酸序列高度变异,基于HVR1序列的种系发生树提示序列变化与干扰素应答类型无关。持续应答组(SR)、无应答组(NR)和复发组(TR)治疗前的HVR2区平均氨基酸变异数分别为2.0、1.0和1.5,统计学分析显示SR组与NR组差异有显著性(t=3.098,P<0.05)。治疗前的PePHD序列高度保守,无1例存在氨基酸变异。观察4例NR患者治疗过程中的PePHD序列,也未发现有任何氨基酸的突变。进一步比较PePHD邻近区域的氨基酸序列发现存在个别位点的变异(平均氨基酸变异SR组6.67,NR组5.75,TR组7.43),但变异的多少与疗效无关(SR组∶NR组t=1.413,P=0.195;SR组∶TR组t=1.706,P=1.107;TR组∶NR组t=0.682,P=0.504)。结论与HCVE2基因的HVR1区、PePHD区及其邻近区域序列与患者对干扰素的应答无相关性比较。

关键词：丙型肝炎病毒 1b亚型 E2区序列干扰素应答治疗

白细胞介素-4,-13促进人肺成纤维细胞ADAM33基因的表达

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中华医学杂志 2005年第44期85卷 3148-3149页

作者：揭志军金美玲蔡映云袁正宏胡芸文徐扬复旦大学附属中山医院呼吸病研究所上海200032 复旦大学上海医学院教育部医学分子病毒学重点实验室

研究发现ADAM33基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)与哮喘的发生以及气道高反应性有显著相关[1].ADAM33基因主要在肺的平滑肌细胞、成肌纤维细胞和成纤维细胞表达,而在上皮细胞、T细胞或免疫细胞中表达较少.... 详细信息

研究发现ADAM33基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)与哮喘的发生以及气道高反应性有显著相关[1].ADAM33基因主要在肺的平滑肌细胞、成肌纤维细胞和成纤维细胞表达,而在上皮细胞、T细胞或免疫细胞中表达较少.由于ADAM33基因在肺间充质细胞的选择性表达,因此,ADAM33基因可能与小气道重塑有关.IL-4和IL-13都是Th2型细胞因子,在哮喘的慢性气道炎症中起重要作用.最近研究发现IL-4和IL-13可以通过增加支气管上皮细胞对转化生长因子-β的释放,从而促进气道重塑[2].因此,我们研究IL-4和IL-13对人肺成纤维细胞ADAM33基因表达的影响,探讨ADAM33基因表达异常在哮喘气道重塑中的作用。

关键词：人肺成纤维细胞白细胞介素-4 3基因支气管上皮细胞 Th2型细胞因子转化生长因子-β ADAM33 基因表达异常 IL-13 单核苷酸多态性

中国人丙型肝炎病毒基因组3′端非编码区的研究

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中华实验和临床病毒学杂志 1999年第2期13卷 153-156页

作者：兰水云袁正宏胡芸文蒋伟伦闻玉梅上海医科大学医学分子病毒学实验室上海市传染病医院肝炎免疫室

目的分析中国丙型肝炎病人ＨＣＶ基因组３′端非编码区（３′ＮＣＲ），以促进对ＨＣＶ基因组复制机制的研究。方法采用两种方法，从上海地区感染ＨＣＶ的病人血清中，扩增获得ＨＣＶ基因组３′端非编码区：一是用套式ＰＣＲ直接扩增，... 详细信息

目的分析中国丙型肝炎病人ＨＣＶ基因组３′端非编码区（３′ＮＣＲ），以促进对ＨＣＶ基因组复制机制的研究。方法采用两种方法，从上海地区感染ＨＣＶ的病人血清中，扩增获得ＨＣＶ基因组３′端非编码区：一是用套式ＰＣＲ直接扩增，二是先分别获得ＨＣＶ３′ＮＣＲ的前半部分和后半部分，再将两片段进行融合ＰＣＲ。ＰＣＲ产物进行测序后作同源性分析。在此基础上，建立了针对３′端非编码区的ＲＴＰＣＲ方法，并与基于５′端非编码区的ＲＴＰＣＲ方法检测ＨＣＶＲＮＡ的特异性和灵敏度比较。结果序列分析表明，中国丙型肝炎病人ＨＣＶ基因组３′非编码区由４部分组成：高度变异区、Ｐｏｌｙ（Ｕ）区、Ｐｏｌｙ（Ｕ／Ｃ）区和９８碱基区。同源性分析显示，９８碱基区在不同分离株间高度保守并与国外报道株一致，而Ｐｏｌｙ（ＵＵＣ）区存在较大差异。３′端非编码区和５′非编码区ＲＴＰＣＲ检测血清ＨＣＶＲＮＡ有较高符合率（９５％）。结论ＨＣＶ基因组３′端非编码区的３′末端（９８碱基），在不同分离株间的高度保守性提示，该区在ＨＣＶ基因复制中起重要作用。基于３′非编码区的ＲＴＰＣＲ方法，将有助于ＨＣＶ感染的诊断。

关键词：丙型肝炎病毒 3'端非编码区核苷酸序列 RT-PCR

人类免疫缺陷病毒和丙型肝炎病毒合并感染患者的抗病毒治疗进展

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中国新药与临床杂志 2013年第5期32卷 343-346页

作者：孙洪清黄琴徐国光蔡卫平胡芸文上海市公共卫生临床中心感染科上海200083 上海市公共卫生临床中心肝病科上海200083 广州第八人民医院感染科广东广州510060 上海市公共卫生临床中心检验科上海200083

目前对人类免疫缺陷病毒(HIV)和丙型肝炎病毒(HCV)合并感染的患者抗病毒治疗争议颇多。有些学者认为两种病毒相互作用加速了疾病进程,有些学者则认为因合并感染引起了肝脏、肾脏、心脏等方面的问题,所以对抗HIV和抗HCV的治疗方案必须要... 详细信息

目前对人类免疫缺陷病毒(HIV)和丙型肝炎病毒(HCV)合并感染的患者抗病毒治疗争议颇多。有些学者认为两种病毒相互作用加速了疾病进程,有些学者则认为因合并感染引起了肝脏、肾脏、心脏等方面的问题,所以对抗HIV和抗HCV的治疗方案必须要重新考虑新的策略。最近有些学者的研究结果显示早治疗可以降低发病率和病死率,并且认为对合并感染的患者选择个体化的治疗可以降低不良反应。本文综述抗病毒治疗的必要性、最佳时机和最佳方案。

关键词： HIV 肝炎病毒药物疗法

CpG ODN对活动性肺结核患者外周血Th1/Th2型免疫应答的调节作用

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复旦学报（医学版） 2005年第6期32卷 648-652页

作者：任涛金美玲蔡映云胡芸文袁正宏复旦大学附属中山医院呼吸病研究所复旦大学上海医学院医学分子病毒学教育部重点实验室上海200032

目的观察CpG寡脱氧核苷酸(CpG ODN)对活动性肺结核患者外周血单个核细胞(PBMC)γ干扰素(IFN-γ)、白细胞介素(IL)-12以及IL-10表达的影响。方法20例活动性肺结核患者和20名健康人PBMC根据刺激物不同分为空白对照组、结核菌素纯化蛋白衍... 详细信息

目的观察CpG寡脱氧核苷酸(CpG ODN)对活动性肺结核患者外周血单个核细胞(PBMC)γ干扰素(IFN-γ)、白细胞介素(IL)-12以及IL-10表达的影响。方法20例活动性肺结核患者和20名健康人PBMC根据刺激物不同分为空白对照组、结核菌素纯化蛋白衍化物(PPD)组(10ng/mL)、CpG ODN组(2nmoL/mL)和CpG ODN+PPD组。用real ti me-PCR法检测PBMCIFN-γmRNA、IL-12mRNA和IL-10mRNA的表达。结果①活动性肺结核患者PBMC空白对照组IFN-γmRNA和IL-12mRNA的表达低于健康人(P0.05);②经PPD刺激,IFN-γmRNA、IL-12mRNA和IL-10mRNA的表达较空白对照组增高(P0.05),IL-10mRNA的表达高于健康人(P0.05),与健康人也无差别(P>0.05);④经CpGODN+PPD刺激,IFN-γmRNA和IL-12mRNA的表达较空白对照组增高(P0.05),IL-10mRNA的表达与空白对照组相似(P>0.05),与健康人也无差别(P>0.05);⑤经CpG ODN+PPD刺激,肺结核患者IL-12mRNA的表达高于PPD组(P<0.05),IL-10mRNA的表达低于PPD组(P<0.01)。结论CpG ODN可促进活动性肺结核患者PBMC产生IFN-γ和IL-12,增强Th1型免疫反应。CpG ODN与PPD联合应用可进一步促进PPD对IL-12表达的诱导,并抑制PPD对IL-10表达的增强作用。

关键词：肺结核 CpG寡脱氧核苷酸 γ干扰素白细胞介素10 白细胞介素12